Td corrigé UE de Biologie pdf

UE de Biologie

Nitrates, hydrocarbures? Substances toxiques. Arsenic, cadmium, cyanures.. Microbiologie. Coliformes, streptocoques? Pesticides et produits apparentés.




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OFFRE DE FORMATION LMD : le descriptif des UE
UFR SVE – 15/07/03

TABLE DES MATIERES


 TOC \o "1-3" ( UE de Biologie  PAGEREF _Toc46051289 \h 6
( Biochimie  PAGEREF _Toc46051290 \h 6
S 2 : Biomolécules  PAGEREF _Toc46051291 \h 6
S 3 : Biochimie Structurale.  PAGEREF _Toc46051292 \h 8
S 3 : Métabolisme Cellulaire et Enzymologie  PAGEREF _Toc46051293 \h 10
S 4 : Méthodologies Générales  PAGEREF _Toc46051294 \h 12
S 4 : Biologie Moléculaire  PAGEREF _Toc46051295 \h 14
S 4 : Métabolisme Cellulaire : catabolisme énergétique  PAGEREF _Toc46051296 \h 16
S 5 : Méthodologies de Biochimie Analytique  PAGEREF _Toc46051297 \h 18
S 5 : Voies métaboliques et leurs régulations  PAGEREF _Toc46051298 \h 20
S 5 : Enzymologie  PAGEREF _Toc46051299 \h 22
S 6 : Enzymologie appliquée  PAGEREF _Toc46051300 \h 24
S 6 : Biochimie Alimentaire  PAGEREF _Toc46051301 \h 26
S 7 : Biophysique moléculaire et cellulair  PAGEREF _Toc46051302 \h 28
S 7 : Outils et Méthodes de Bio-informatique  PAGEREF _Toc46051303 \h 30
S 7 : Physico-chimie des macromolécules biologiques PCMB.  PAGEREF _Toc46051304 \h 33
S 8 : Biomembranes  PAGEREF _Toc46051305 \h 35
( Biologie Cellulaire  PAGEREF _Toc46051306 \h 37
S 1 : La Cellule et son Information Génétique  PAGEREF _Toc46051307 \h 37
S 3 : Organisation Fonctionnelle de la Cellule  PAGEREF _Toc46051308 \h 39
S 3 / 5 : Organisation et Dynamique Cellulaire  PAGEREF _Toc46051309 \h 41
S 5 : Immunologie, Virologie et Applications  PAGEREF _Toc46051310 \h 43
S 5 : Communications Cellulaires  PAGEREF _Toc46051311 \h 45
S 5 ou 6 : Méthodologies de Biologie Cellulaire et Moléculaire  PAGEREF _Toc46051312 \h 47
S 5 ou 6 : Cycle cellulaire, apoptose et vieillissement cellulaire  PAGEREF _Toc46051313 \h 49
S 7 : Différenciation Cellulaire  PAGEREF _Toc46051314 \h 51
S 7 : Génétique du Développement et Immunologie  PAGEREF _Toc46051315 \h 53
S 7 : Immunologie Cellulaire et Moléculaire  PAGEREF _Toc46051316 \h 55
S 7 : Biologie et Génétique du Développement  PAGEREF _Toc46051317 \h 57
S 7 : Méthodes d’Etude des Complexes Biologiques  PAGEREF _Toc46051318 \h 59
S 8 : Cancérologie  PAGEREF _Toc46051319 \h 61
( Microbiologie  PAGEREF _Toc46051320 \h 63
S 3 : Bactériologie Générale  PAGEREF _Toc46051321 \h 63
S 4 : Microbiologie pratique – Identification des micro-organismes  PAGEREF _Toc46051322 \h 66
S 5 : Microbiologie Appliquée à l’Agro-Alimentaire  PAGEREF _Toc46051323 \h 68
S 5 : Pathogenie et Symbiose  PAGEREF _Toc46051324 \h 70
S 5 : Génétique Bactérienne  PAGEREF _Toc46051325 \h 72
S 6 : Bactéries, Virus, Défenses  PAGEREF _Toc46051326 \h 74
S 6 : Régulation des Gènes chez les Procaryotes  PAGEREF _Toc46051327 \h 76
S 6 : Physiologie Bactérienne  PAGEREF _Toc46051328 \h 78
S 7 : Interactions Bactériennes  PAGEREF _Toc46051329 \h 80
S 7 : Assurance qualité, Risques microbiologiques  PAGEREF _Toc46051330 \h 82
S 7 : Relations Bactérie-Hôte, Bactérie-Milieu  PAGEREF _Toc46051331 \h 84
S 7 : Microbiologie Appliquée aux Fermentations  PAGEREF _Toc46051332 \h 86
( Génétique  PAGEREF _Toc46051333 \h 88
S 3 : Introduction à la génétique moléculaire  PAGEREF _Toc46051334 \h 88
S 5 : Information Génétique de la Cellule et Génétique Evolutive  PAGEREF _Toc46051335 \h 90
S 5 : Evolution moléculaire et plasticité des génomes  PAGEREF _Toc46051336 \h 92
S 5 : Méthodologies de Génétique Moléculaire  PAGEREF _Toc46051337 \h 94
S 5 : Génomique et Post-génomique : production et analyse des données  PAGEREF _Toc46051338 \h 96
S 5 : Génétique eucaryote  PAGEREF _Toc46051339 \h 98
S 6 : Contrôle de l’Expression Génétique chez les Eucaryotes  PAGEREF _Toc46051340 \h 100
S 7 : Structure, maintien et expression des génomes  PAGEREF _Toc46051341 \h 102
S 7 : Dynamique et Evolution des Gènes et des Génomes  PAGEREF _Toc46051342 \h 104
S 8 : Applications de la Génétique Moléculaire  PAGEREF _Toc46051343 \h 106
S 8 : Biotechnologie et génie génétique  PAGEREF _Toc46051344 \h 108
( Physiologie Végétale  PAGEREF _Toc46051345 \h 110
S 3 : Bases Physiologiques de la Production Végétale  PAGEREF _Toc46051346 \h 110
S 3 : Phytoressources  PAGEREF _Toc46051347 \h 112
S 5 : Biologie cellulaire et moléculaire végétales  PAGEREF _Toc46051348 \h 114
S 6 : Physiologie et Intérêt Biotechnologique des Eucaryotes végétaux Inférieurs  PAGEREF _Toc46051349 \h 116
S 7 : Physiologie végétale : nutrition, croissance, interactions plante-milieu  PAGEREF _Toc46051350 \h 118
S 7 : Technologie et Biotechnologie Végétales  PAGEREF _Toc46051351 \h 120
S 7 : Intégration du métabolisme et du Développement des Plantes  PAGEREF _Toc46051352 \h 122
S 8 : Physiologie Cellulaire et Moléculaire Végétales  PAGEREF _Toc46051353 \h 124
( Physiologie Animale  PAGEREF _Toc46051354 \h 127
S 1 :Système nerveux et comportement  PAGEREF _Toc46051355 \h 127
S 3 : Communication hormonale  PAGEREF _Toc46051356 \h 129
S 4 : Communication nerveuse et excitabilité  PAGEREF _Toc46051357 \h 131
S5-S6 : Fonction de nutrition et de reproduction chez l’homme  PAGEREF _Toc46051358 \h 133
S 6 : Biologie et Physiologie de Reproduction  PAGEREF _Toc46051359 \h 135
S5 ou 6 : Endocrinologie Moléculaire  PAGEREF _Toc46051360 \h 137
S 7 : Nutrition et maintien de l’équilibre de l’organisme chez les animaux  PAGEREF _Toc46051361 \h 141
S 8 : Neurobiologie et Cognition  PAGEREF _Toc46051362 \h 143
S 8 : Neurophysiologie  PAGEREF _Toc46051363 \h 145
( Ecophysiologie  PAGEREF _Toc46051364 \h 147
S8 : Réponses fonctionnelles des organismes aux conditions environnementales  PAGEREF _Toc46051365 \h 147
S 8 : Ecophysiologie évolutive  PAGEREF _Toc46051366 \h 149
( Génétique des Populations, Evolution  PAGEREF _Toc46051367 \h 151
S 5 : Génétique et Evolution des Populations.  PAGEREF _Toc46051368 \h 151
S 6 : Biologie évolutive : Evolution des espèces  PAGEREF _Toc46051369 \h 153
S 7 : Biologie des Populations  PAGEREF _Toc46051370 \h 155
S8 : Biologie évolutive : modèles phénotypiques, adaptation, plasticité  PAGEREF _Toc46051371 \h 156
( Biologie Animale  PAGEREF _Toc46051372 \h 158
S 5 : Nutrition, développement post-embryonnaire.  PAGEREF _Toc46051373 \h 158
S 5 : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux  PAGEREF _Toc46051374 \h 160
S 5 : Plans d’organisation et diversité des animaux.  PAGEREF _Toc46051375 \h 162
S 6 : Biodiversité Animale  PAGEREF _Toc46051376 \h 164
S 8 : La mise en mouvement de l’organisme et son intégration au milieu  PAGEREF _Toc46051377 \h 166
( Biologie vegetale et Biologie animale  PAGEREF _Toc46051378 \h 168
S 1 : Bases Systématiques et Organisation du Vivant  PAGEREF _Toc46051379 \h 168
S 2 :Nutrition, Reproduction  PAGEREF _Toc46051380 \h 170
S 3 : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux et les spermaphytes  PAGEREF _Toc46051381 \h 172
S 4 : Reproduction et développement : mise en place des structures chez les animaux et végétaux  PAGEREF _Toc46051382 \h 174
( Biologie Végétale  PAGEREF _Toc46051383 \h 176
S 4 : Organisation, Reproduction et Adaptations chez les Spermathytes  PAGEREF _Toc46051384 \h 176
S 5 : Organisation et diversité des organismes chlorophylliens  PAGEREF _Toc46051385 \h 178
S 6 : Les Embryophytes  PAGEREF _Toc46051386 \h 180
S 6 : Biosystématique et Interactions Biotiques chez les Angiospermes  PAGEREF _Toc46051387 \h 182
S 6 : Organisation et Phylogénie Végétale  PAGEREF _Toc46051388 \h 184
S 7 : Organismes Chlorophylliens Thalloides, Champignons et Lichens, Interactions Biotiques  PAGEREF _Toc46051389 \h 186
S 8 : Evolution Végétale  PAGEREF _Toc46051390 \h 188
( Ecologie, Environnement  PAGEREF _Toc46051391 \h 190
S 2 : Bases de l’écologie  PAGEREF _Toc46051392 \h 190
S 3 : Chimie et Physique de l'Environnement 1  PAGEREF _Toc46051393 \h 192
S 4 : Chimie et Physique de l'Environnement 2  PAGEREF _Toc46051394 \h 194
S 3 : Les grands problèmes d’écologie.  PAGEREF _Toc46051395 \h 196
S 4 : Sol, eau, climat  PAGEREF _Toc46051396 \h 198
S 5 : Répartition des populations et des communautés  PAGEREF _Toc46051397 \h 200
S 5 : Bases Ecologiques de la Production Végétale  PAGEREF _Toc46051398 \h 202
S 6 : Ecologie Générale  PAGEREF _Toc46051399 \h 204
S 6 : Initiation à la pratique du diagnostic écologique  PAGEREF _Toc46051400 \h 206
S 6 : Microbiologie des sols et des eaux  PAGEREF _Toc46051401 \h 207
S7 : De l’individu à la population et à l’écosystème  PAGEREF _Toc46051402 \h 209
S 7 : Ecologie des communautés et fonctionnement des écosystèmes  PAGEREF _Toc46051403 \h 212
S 8 : Ecologie du Paysage  PAGEREF _Toc46051404 \h 214
S 8 : Ecologie aquatique  PAGEREF _Toc46051405 \h 216
S 8 : Ecologie et Ethologie  PAGEREF _Toc46051406 \h 218
S 8 : Ecologie Microbienne  PAGEREF _Toc46051407 \h 220
S 8 : Ecologie de la Restauration  PAGEREF _Toc46051408 \h 222
S 9 : Approche intégrée de terrain  PAGEREF _Toc46051409 \h 224
S 9 : Pollution – Remédiation.  PAGEREF _Toc46051410 \h 226
S 9 : Hydrogéologie de terrain : du réservoir à l’exploitation  PAGEREF _Toc46051411 \h 228
S 9 : Systèmes d'information géographique  PAGEREF _Toc46051412 \h 230
S 9 :Utilisation des ressources des bassins versants (eau et sols  PAGEREF _Toc46051413 \h 232
S 9 : Restauration des écosystèmes  PAGEREF _Toc46051414 \h 234
S 9 : Gestion de l'environnement à l'échelle des paysages.  PAGEREF _Toc46051415 \h 236
S 9 : Projet tutoré pluri-disciplianire.  PAGEREF _Toc46051416 \h 240
( Ethologie  PAGEREF _Toc46051417 \h 242
S 4 : L'animal et son milieu :  PAGEREF _Toc46051418 \h 242
comportement alimentaire, positionnement dans le temps et dans l'espace.  PAGEREF _Toc46051419 \h 242
S 5 : Chronobiologie et pharmacologie  PAGEREF _Toc46051420 \h 244
S 6 : Bases biologiques de la régulation des comportements interactifs  PAGEREF _Toc46051421 \h 246
S 7 : Ethologie  PAGEREF _Toc46051422 \h 248
S 8 : Adaptations éco-éthologiques aux conditions d'élevage  PAGEREF _Toc46051423 \h 250
( Agronomie  PAGEREF _Toc46051424 \h 252
S7 : Sciences agronomiques 1  PAGEREF _Toc46051425 \h 252
S8 : Sciences agronomiques 2  PAGEREF _Toc46051426 \h 254
( Master Sciences de la vie et de la terre  PAGEREF _Toc46051427 \h 257
S8 : Enseignement pré-professionnalisant  PAGEREF _Toc46051428 \h 257
S 9 : Tronc commun secteur A :  PAGEREF _Toc46051429 \h 259
Biologie et physiologie cellulaires, biologie moléculaire : leur intégration au niveau des organismes  PAGEREF _Toc46051430 \h 259
S 9 et 10 : Tronc commun secteur B : Biologie et physiologie des organismes et biologie des populations, en rapport avec le milieu de vie  PAGEREF _Toc46051431 \h 261
S 9 et 10 : Tronc commun secteur C : Sciences de la Terre et de l’Univers, interactions entre la biosphère et la planète Terre.  PAGEREF _Toc46051432 \h 263
S 10 : Stage de connaissances générales (tronc commun)  PAGEREF _Toc46051433 \h 265
S 10 : Préparation aux écrits et TP du concours  PAGEREF _Toc46051434 \h 267
S 9 et 10 : Programme de spécialité  PAGEREF _Toc46051435 \h 268
S 9 : Stage de spécialité  PAGEREF _Toc46051436 \h 269
S 9 : Projet de spécialité : communication et langue  PAGEREF _Toc46051437 \h 270
(UE « Outils » proposés par les biologistes  PAGEREF _Toc46051438 \h 272
Communications  PAGEREF _Toc46051439 \h 272
S6 : Insertion professionnelle  PAGEREF _Toc46051440 \h 272
S 6 : Mémoire Bibliographique  PAGEREF _Toc46051441 \h 274
S 7 : Je Crée Mon Emploi (J.C.M.E.)  PAGEREF _Toc46051442 \h 275
S 7 : Conduite de projets scientifiques  PAGEREF _Toc46051443 \h 277
S 8 : Communication Scientifique  PAGEREF _Toc46051444 \h 279
S 9 : Informations et Médias  PAGEREF _Toc46051445 \h 281
S 9 : Scientific English and Communication  PAGEREF _Toc46051446 \h 283
S 9 : Sociologie de la negociation  PAGEREF _Toc46051447 \h 285
( Biologie Quantitative, outils statistiques  PAGEREF _Toc46051448 \h 288
S 3 : Biologie Quantitative 1  PAGEREF _Toc46051449 \h 288
S 4 : Biologie Quantitative 2  PAGEREF _Toc46051450 \h 290
S 5 : Biologie Quantitative 3  PAGEREF _Toc46051451 \h 291
S 6 : Biologie quantitative 4  PAGEREF _Toc46051452 \h 293
S 8 : Biologie quantitative 5  PAGEREF _Toc46051453 \h 295
S 8 : Analyses spatiales en Biologie  PAGEREF _Toc46051454 \h 297
Divers  PAGEREF _Toc46051455 \h 299
S1 : Education aux choix professionnels  PAGEREF _Toc46051456 \h 299
S2 : Outils informatiques de base pour l’analyse des données et la communication  PAGEREF _Toc46051457 \h 301
S : L’outil informatique dans sa dimension réseau  PAGEREF _Toc46051458 \h 303
S : Méthodes avancées de publication électronique  PAGEREF _Toc46051459 \h 305
S 7 : Outils en Ecologie, Ethologie et Biologie des Populations + Langues  PAGEREF _Toc46051460 \h 307
S 8 : Brevet Industriel et Innovation  PAGEREF _Toc46051461 \h 309
(UE de Mathématiques  PAGEREF _Toc46051462 \h 311
S 1 : Mathématiques  PAGEREF _Toc46051463 \h 311
S 2 : Analyse 1  PAGEREF _Toc46051464 \h 314
S 3 : Algèbre linéaire 1  PAGEREF _Toc46051465 \h 316
S 4 : Analyse 2  PAGEREF _Toc46051466 \h 318
S 4 : Algèbre linéaire 4  PAGEREF _Toc46051467 \h 319
S 7 : Statistiques et Méthodes de Classifications  PAGEREF _Toc46051468 \h 320
(UE de Chimie  PAGEREF _Toc46051469 \h 322
S 2 : Chimie des Solutions et Méthodologie  PAGEREF _Toc46051470 \h 322
S 3 : Chimie organique générale  PAGEREF _Toc46051471 \h 324
S 4 : Physico-chimie  PAGEREF _Toc46051472 \h 326
S 4 : Atomistique, liaisons chimiques & applications en chimie organique  PAGEREF _Toc46051473 \h 328
S 5 : Stéréochimie et Réactivité en Chimie Organique  PAGEREF _Toc46051474 \h 330
S 6 : Chimie des Composés Polyfonctionnels d’interêt Biologique  PAGEREF _Toc46051475 \h 332
S 6 : Chimie Organique et Inorganique appliquée aux Productions Végétales  PAGEREF _Toc46051476 \h 334
S 7 : Stratégies en synthèse organique  PAGEREF _Toc46051477 \h 336
S 7 : Spectroscopie et Hétérochimie  PAGEREF _Toc46051478 \h 338
S 8 : Chimie et Biochimie du médicament  PAGEREF _Toc46051479 \h 340
S 8 : Agrochimie et Phytochimie  PAGEREF _Toc46051480 \h 342
(UE de Physique  PAGEREF _Toc46051481 \h 343
S2 : Etats de la matière et Interactions  PAGEREF _Toc46051482 \h 346
S4 : La Physique pour les Sciences de la Vie  PAGEREF _Toc46051483 \h 348
S3, 5, 6 : ENERGIE - Transport - Fluides  PAGEREF _Toc46051484 \h 350
S3,5,7 : Ondes, signaux, particules, atomes et molécules  PAGEREF _Toc46051485 \h 352
(UE de Géologie  PAGEREF _Toc46051486 \h 354
S2 : Géologie 1  PAGEREF _Toc46051487 \h 354
S2 : Geologie 2  PAGEREF _Toc46051488 \h 356
S 3 : Matériaux géologiques  PAGEREF _Toc46051489 \h 358
S4 : Structures géologiques  PAGEREF _Toc46051490 \h 360
S4 : Temps géologique  PAGEREF _Toc46051491 \h 363
S5 : Terre et Planètes  PAGEREF _Toc46051492 \h 366
S5 : Géodynamique interne  PAGEREF _Toc46051493 \h 368
S6 : Géogynamique externe  PAGEREF _Toc46051494 \h 370
S7 : Hydrologie de surface et systèmes aquifères  PAGEREF _Toc46051495 \h 372
S7 : Structure, Fonctionnement et Hydrochimie des Sols  PAGEREF _Toc46051496 \h 374
S7 : Histoire de la Biosphère  PAGEREF _Toc46051497 \h 376
S8 : Histoire de la Terre  PAGEREF _Toc46051498 \h 378
S8 : Erosion reliefs et climats  PAGEREF _Toc46051499 \h 380
S8 : Cartographie et spatialisation de l’information  PAGEREF _Toc46051500 \h 382
S8 : Gestion des risques et protection des milieux  PAGEREF _Toc46051501 \h 384
S7 : Cycle hydrogéochimique  PAGEREF _Toc46051502 \h 386
S8 : Ressources minérales et énergétiques  PAGEREF _Toc46051503 \h 388
S8 : Ressources et environnEment  PAGEREF _Toc46051504 \h 389
S8 : Dynamique de la paleodiversite  PAGEREF _Toc46051505 \h 391
(UE d’Informatique  PAGEREF _Toc46051506 \h 393
S 3 : Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation  PAGEREF _Toc46051507 \h 393
S 4 : Systèmes et réseaux  PAGEREF _Toc46051508 \h 395
S 5 : Bases de données et systèmes d’information  PAGEREF _Toc46051509 \h 397
S 5 : Traitement du Signal et de l’Image  PAGEREF _Toc46051510 \h 399
S 7 : Algorithmique : Complexité et Optimisation  PAGEREF _Toc46051511 \h 401
S 8 : Algorithmique des Séquences  PAGEREF _Toc46051512 \h 403
S 8 : Bases de Données et Gestion de l’Information  PAGEREF _Toc46051513 \h 405
(UE de Gestion  PAGEREF _Toc46051514 \h 407
S7 : Concepts de base en Marketing et Stratégie Marketing  PAGEREF _Toc46051515 \h 407
S7 : Droit et Entreprise  PAGEREF _Toc46051516 \h 409
S7 : Politiques de Produits et de Prix  PAGEREF _Toc46051517 \h 411
S8 : Etudes de Marché  PAGEREF _Toc46051518 \h 413
S8 : Comptabilité Générale et Comptabilité de Gestion  PAGEREF _Toc46051519 \h 415
S9 : Distribution et Achats  PAGEREF _Toc46051520 \h 417
S9 : contrôle de Gestion et Finance  PAGEREF _Toc46051521 \h 419
S9 : Conduite de projet managérial : realisation d’une etude de marche  PAGEREF _Toc46051522 \h 421
S10 : stratégie de Communication  PAGEREF _Toc46051523 \h 424
S10 : Strategie et Planification marketing  PAGEREF _Toc46051524 \h 426
(UE de Langues  PAGEREF _Toc46051525 \h 428
S2 : Langues vivantes etrangereS  PAGEREF _Toc46051526 \h 428
S3 ET 4 : Langues vivantes etrangereS  PAGEREF _Toc46051527 \h 429
S5 et 6 : Langues vivantes etrangereS  PAGEREF _Toc46051528 \h 430
S7 ou S8 : Langues Vivantes Etrangères  PAGEREF _Toc46051529 \h 432
S9 et S10 : Langues vivantes étrangères  PAGEREF _Toc46051530 \h 434
((UE de Droit  PAGEREF _Toc46051531 \h 436
S 1 : Droit communautaire II  PAGEREF _Toc46051532 \h 436
S 2 : Introduction au Droit  PAGEREF _Toc46051533 \h 438
S 3 : Institutions administratives  PAGEREF _Toc46051534 \h 440
S 3 : Institutions européennes  PAGEREF _Toc46051535 \h 441
S 5 et 6 : Droit des Obligations  PAGEREF _Toc46051536 \h 443
S 7 : Droit de l’environnement  PAGEREF _Toc46051537 \h 444
S 8 : Droit économique international et communautaire  PAGEREF _Toc46051538 \h 446
S 8 : Droit rural  PAGEREF _Toc46051539 \h 447
S 9 : Droit de l’urbanisme  PAGEREF _Toc46051540 \h 448
((UE de Culture Générale  PAGEREF _Toc46051541 \h 449
S 2 : Communication animale et humaine  PAGEREF _Toc46051542 \h 449
S 2 :Histoire de la biologie  PAGEREF _Toc46051543 \h 451
S 2 : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 1  PAGEREF _Toc46051544 \h 453
S 5 : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 2  PAGEREF _Toc46051545 \h 455
S2 : Arts culinaires 1  PAGEREF _Toc46051546 \h 457
S3 : Arts culinaires 2  PAGEREF _Toc46051547 \h 460
S4 : Arts culinaires 3  PAGEREF _Toc46051548 \h 462


( UE de Biologie

( Biochimie
S 2 : Biomolécules

Numéro de l’UE : BIO 203
Intitulé de l' U E : Biomolécules

Responsable(s) : V.GUILLAUME et L.KERN
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et biologie moléculaire


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : obligatoire pour toutes les filières

2) Parcours : 1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions, de la licence de Biochimie et Biologie moléculaire, de la licence de Sciences de la Vie et de la Terre, de la licence pluridisciplinaire

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :
connaître les structures fondamentales des biomolécules,
comprendre et mettre en œuvre un dosage colorimétrique.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

Cours *T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel152520-60Travail personnel15252060les cours et lesTD sont organisés par groupe de 40 étudiants (cours/TD)
Chaque enseignant assurera la totalité de l’enseignement (Cours/TD et TP) du groupe qu’il aura pris en charge.

Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:

COURS / TD
LES PROTEINES ET LEURS CONFORMATIONS : (6 h Cours / 4 h TD)
Propriétés chimiques des acides aminés
Liaison peptidique
Relation structure-fonction des protéines (exemple d’une protéine fibreuse et d’une protéine globulaire)

LES GLUCIDES : (6 h Cours / 4 h TD)
Structure des oses simples
Liaison O-glycosidique, diholosides (maltose, lactose, saccharose)
Polysaccharides structuraux (cellulose, chitine), de réserve (amidon, glycogène)

LES LIPIDES : (4 h Cours / 4 h TD)
Lipides de stockage énergétique
Lipides structuraux des membranes

LES PROPRIETES STRUCTURALES DES ACIDES NUCLEIQUES : (4 h Cours / 2 h TD)
Nucléosides, nucléotides
Liaison phosphodiester, acides nucléiques
Propriétés structurales des acides nucléiques
TP :
TP 1 : Dosage colorimétrique, dilution, prédosage, gamme d’étalonnage : 4 h
TP 2 : Dosage colorimétrique de glucides réducteurs : 4 h
TP 3 : Etude cinétique d’une enzyme : 4 h
TP 4 : Chromatographie d’échange d’ions (séparation d’acides aminés) : 4 h
TP 5 : Chromatographie sur couche mince de silice (lipides) : 4 h
TD d’analyse des résultats de TP : 6 h

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a pour objectif de donner une vue d’ensemble des différents aspects de la biologie, d’aider les étudiants à définir leur orientation. Elle a aussi été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 3 : Biochimie Structurale.

Numéro de l’UE : BIO 301
Intitulé de l' U E : Biochimie Structurale

Responsable(s) : Jean-François HUBERT, Laurence KERN
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biochimie et Biologie, licence de Biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, mention biologie et informatique

2) Parcours : 2ième année de licence de biochimie et des licences de Biologie

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
Etude de la structure et des propriétés fonctionnelles des macromolécules biologiques

5) Prérequis : Module Biomolécules (ou niveau équivalent)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28161660 Travail personnel30201060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours :
PROTEINES 12 h
Structures I-II-III-IV
Relations structure-fonction. Exemples : myoglobine et hémoglobine, collagène, récepteurs, canaux ioniques, pompes, rubisCO
Modifications post traductionnelles, concept de protéome.
GLUCIDES 8 h
Glycoprotéines
Protéoglycanes
Vitamine C
LIPIDES 8 h
Glycolipides
Terpènes et dérivés
Stéroïdes
Lipoprotéines
Vitamines A, E, D, K
TD
Protéines 4 h
Glucides 4 h
Lipides 4 h
Analyse de résultats de TP 4 h
TP
Dosages comparés : Bradford, Lowry, UV 4 h
Dosage du glucose par la glucose oxydase 4 h
Dosage de lipide 4 h
Vitamine C  4 h

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire filière Biochimie
optionnel Filière Biologie

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et pratiques

12) Capacité d'accueil : sans limite

S 3 : Métabolisme Cellulaire et Enzymologie

Numéro de l’UE : BIO 302
Intitulé de l' U E : Métabolisme Cellulaire et Enzymologie

Responsable(s) : F. LE CAHEREC et F. LEGAY
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence sciences de la vie et de la terre,
Licence pluridisciplinaire,
Licence biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie,
Licence biologie mention Biologie des organismes
Licence biologie mention biologie et informatique.

2) Parcours : 2ème année des licences concernées

3) Semestre n° 3

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement doit permettre à l’étudiant d’acquérir les notions de base de la catalyse enzymatique, les principes de bioénergétique et les voies essentielles du catabolisme énergétique.

5) Prérequis : UEBIO 101 : Biomolécules ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel281616-60Travail personnel30201060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:

ENZYMES ET CATALYSE ENZYMATIQUE : (10 h)
Enzymes, coenzymes
Cinétique Michaelienne , cinétique allostérique
Contrôle de l’activité (modulateurs, phosphorylation)
Isoenzymes
BIOENERGETIQUE : (8 h)
« Valeur » énergétique des substrats
Variation d’énergie libre d’hydrolyse
Coenzymes d’oxydo-réduction
Synthèse d’ATP : photophosphorylation et oxydation phosphorylante
VOIES METABOLIQUES : (10 h)
Les grands types de réaction, anabolisme et catabolisme
Voies principales : glycolyse, glycogénolyse, glycogénogenèse, gluconéogenèse, cycle de Krebs, (-oxydation, cycle de Calvin et synthèse de l’amidon, fermentation alcoolique et lactique.
Composés initiaux et terminaux, bilans, principales étapes, localisations intracellulaire et tissulaire
Régulation du débit des voies métaboliques

TD d’enzymologie (6 h)
TD de bioénergétique (2 h)
TD de métabolisme (4 h)
TD d’aide aux calculs et de correction pour les TP (4 h)

TP 1 : Séparation d’enzymes par gel-filtration et SDS-PAGE (4 h)
TP 2 : Cinétique enzymatique et détermination des constantes (4 h)
TP 3 : Influence du pH et de la température sur la vitesse initiale (4 h)
TP 4 : Influence d’un effecteur chimique (4 h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire ( en Licence SVT, Licence pluridisciplinaire, Licence biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie,

optionnel ( en Licence biologie mention Biologie des organismes

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 4 : Méthodologies Générales

Numéro de l’UE : BIO 401
Intitulé de l' U E : Méthodologies Générales

Responsable(s) : V.GUILLAUME, L.KERN et C.PIQUET-PELLORCE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et biologie moléculaire ; Biologie cellulaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
Licence de Biologie mention Biologie cellulaire et physiologie, mention biologie et informatique

2) Parcours : 2ème année des licences précitées

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :
Comprendre et mettre en œuvre des techniques de base de Biochimie et de Biologie Cellulaire permettant l’étude d’un matériel biologique (végétal et animal)

5) Prérequis : Module Biomolécules ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel4124460Travail personnel10302060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:
COURS (4 h)
Principales techniques de séparation de molécules : électrophorèses, chromatographies (exclusion-diffusion, échange d’ions, affinité), centrifugations
TD (12 h)
Illustrations des différentes techniques vues en cours, des techniques de sédimentation cellulaire et d’analyse cytochimiques et histochimiques.
TP  (44 h)
Extraction, séparation et analyse d’acides nucléiques :
analyses cytochimiques, électrophorèse d’ADN sur gel d’agarose de différents pourcentages
Extraction, séparation et analyse de protéines :
Analyses histochimiques
Electrophorèse de protéines sur gel de polyacrylamide de différentes densités en conditions natives
Electrophorèse de protéines sur gel de polyacrylamide en conditions dénaturantes
Chromatographie d’exclusion-diffusion
Chromatographie d’échange d’ions
Analyse d’un problème biologique :
Présenté sous forme d’exposés faits par les étudiants.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 4 : Biologie Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 402
Intitulé de l' U E : BIOLOGIE MOLECULAIRE

Responsable(s) : Florence DEMAY et Florence AUBRY
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie des organismes et des populations

2) Parcours : 2ème année de la licence

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement permettra à l’étudiant d’acquérir une vision globale des mécanismes moléculaires impliqués dans l’expression génétique.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel (partie BM)
Présentiel (partie BQ)201660Travail personnel402060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS (20h)
Nature du matériel génétique : l'ADN (5 h)
- rappels sur la structure et les propriétés de l'ADN
- structure de la chromatine
- la réplication
La structure des gènes et des génomes (procaryote versus eucaryote, génome nucléaire versus génome cytoplasmique) (4 h)
Flux de l'information génétique (11 h)
- rappel sur la structure de l'ARN
- la transcription procaryote versus eucaryote (initiation, élongation, terminaison, notion d'opéron)
- maturation des ARN pré-messagers chez les eucaryotes (coiffage, épissage, polyadénylation
- la traduction chez les eucaryotes et les procaryotes : code génétique, initiation, élongation, terminaison
TRAVAUX DIRIGES (16H) :
Techniques de l'ADN recombinant (enzymes de restriction, enzymes de modification, clonage)
Outils moléculaires pour l’analyse du génome et l’activité des gènes (séquençage, hybridation des acides nucléiques, PCR)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 4 : Métabolisme Cellulaire : catabolisme énergétique

Numéro de l’UE : BIO 403
Intitulé de l' U E : Métabolisme cellulaire : catabolisme énergétique

Responsable(s) : F. Bauché
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie et Biologie moléculaire

2) Parcours : 2ème année

3) Semestre n° : 4

4) Objectifs : acquérir les notions de base de la catalyse enzymatique,
étudier les principes de la bioénergétique cellulaire,
présenter les voies essentielles du catabolisme énergétique.

5) Prérequis : UE Biomolécules ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26181660 Travail personnel30201060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
( Cours magistraux :
Enzymologie (4h) : mécanismes catalytiques ; cinétique michaelienne et représentation de Lineweaver – Burk ; introduction à l’allostérie
Bioénergétique (10h) : rappels de thermodynamique (DðG0, DðG) ; les différents types de molécules à haut potentiel d hydrolyse ; synthèse d ATP (phosphorylation oxydative, photophosphorylation, phosphorylation au niveau du substrat)
Catabolisme énergétique (12h) : glycolyse, voie des pentoses phosphates, dégradation du fructose et du galactose, glycogénolyse, cycle de Krebs, bð-oxydation des acides gras

( TD :
enzymologie (4h) ; bioénergétique (6h) ; catabolisme énergétique (6h) ; aide aux calculs et corrections des TP (2h)

( TP :
cinétique enzymatique et détermination des constantes (4h) ; dosages enzymatiques: détermination d’activités enzymatiques, dosages de substrats (8h) ; préparation subcellulaire (4h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil




S 5 : Méthodologies de Biochimie Analytique

Numéro de l’UE : BIO 501
Intitulé de l' U E : METHODOLOGIES DE BIOCHIMIE ANALYTIQUE

Responsable(s) : Marie-Andrée ESNAULT et Sylvie FEON
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie–Biologie Moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, mention biologie et informatique

2) Parcours : 3ème année universitaire

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Compréhension et apprentissage de techniques utilisées dans l’identification, la quantification et la purification de molécules biologiques.

5) Prérequis : Méthodologies générales ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel6144060Travail personnel12282060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours : 6 h, TD : 14 h
Principes, paramètres et applications des techniques de :
Chromatographie phase liquide (IEC, exclusion-diffusion, affinité, interactions hydrophobes) basse et haute pression (LPLC, HPLC), phase gazeuse (CPG), sur couche mince (CCM)
Electrophorèse en conditions natives, dénaturantes, gradient de gel, bi-dimensionnelle
Transfert sur membrane et Western blotting
Précipitation et solubilisation par les sels, les solvants…
Dialyse, filtration sur membrane
Extraction et centrifugation différentielle
Centrifugation (gradient de densité)
TP : 40 h
Les TP viseront à mettre en application certaines techniques vues en théorie, concernant notamment :
L’analyse de lipides par CPG et CCM
L’analyse de protéines de protéagineux par IEC ; identification par SDS-PAGE, immunodétection
La purification d’une protéine par chromatographie d’affinité (HPLC)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 5 : Voies métaboliques et leurs régulations

Numéro de l’UE : BIO 502
Intitulé de l' U E : Voies métaboliques et leurs régulations

Responsable(s) : H. KERCRET
Equipe(s) pédagogique(s) :Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie et Biologie moléculaire

2) Parcours :3ème année

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Apporter les notions élémentaires sur les voies métaboliques afin de permettre à l’étudiant d’avoir une vision globale des régulations de ces voies dans la cellule.
Mettre en évidence le caractère universel de ces voies.
Favoriser, notamment grâce aux travaux dirigés, la réflexion des étudiants sur l’interdépendance des différents métabolismes cellulaires.

5) Prérequis : Biochimie structurale ou niveau équivalent
Métabolisme cellulaire : catabolisme énergétique

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel362460 Travail personnel303060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours magistraux
ACIDES AMINES :
Métabolisme général des acides aminés, uréogénèse, contrôle de l’ammoniaque.
Métabolismes particuliers des acides aminés : Acides aminés glucoformateurs, cétoformateurs, biosynthèse des amines biogènes.
NUCLEOTIDES :
Synthèse, voies « de novo » et de récupération. Catabolisme.
LIPIDES :
Biosynthèse des acides gras chez les procaryotes et les eucaryotes.
Désaturation, élongation des acides gras.
Biosynthèse des stéroïdes, des phospholipides, des triglycérides, métabolisme des lipoprotéines.
GLUCIDES :
Biosynthèse des sucres (sucres simples et polyosides), néoglucogénèse, glucogénèse, glycogénogénèse, cycle de Calvin, cycle du glyoxylate.
Régulation de la synthèse des sucres (sucres simples, amidon, glycogène)
INTEGRATION DU METABOLISME :
Métabolisme tissu-dépendant.
PORPHYRINES :
Synthèse et catabolisme de l’hème.

Travaux dirigés
Voies métaboliques et leurs régulations.

8) Bibliographie :

9) Coefficient 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



S 5 : Enzymologie

Numéro de l’UE : BIO 503
Intitulé de l' U E : Enzymologie

Responsable(s) : Sylvie Féon, Cyrille Garnier
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie Moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
A titre obligatoire en licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
A titre optionnel en licence et Master Sciences de la Vie et de l’Environnement, Sciences de la Vie et de la Santé, toutes mentions.

2) Parcours : 3ème année universitaire

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Acquérir les notions fondamentales en enzymologie et comprendre le rôle des enzymes dans la vie cellulaire, par des approches théoriques et pratiques.

5) Prérequis :
Cinétique chimique, connaissance de la structure des macromolécules biologiques ou niveau équivalent
Biochimie Structurale niveau S3 ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460Travail personnel24241260
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

Cours :
Techniques de dosages enzymatiques, mesures d’activités enzymatiques.
Suivi de purification d’enzymes.
Nomenclature et coenzymes.
Cinétique michaélienne pour une enzyme à un substrat et représentations linéaires. (Kd, KM, kcat)
Cinétiques des enzymes à deux substrats.
Effets des inhibiteurs et des activateurs réversibles.
Effets du pH.
Effets de la température, énergie d’activation, stabilité thermique.
Enzymes allostériques.
Régulations fonctionnelles des enzymes.
Etudes de sites catalytiques, structure et fonctionnement, modifications chimiques irréversibles, mutagénèse dirigée.

TD :
Exercices d’application du cours et exploitation des TP.

TP :
Purification de l’arginine kinase de muscle de homard, et étude du mécanisme à 2 substrats.
Cinétique Michaélienne et inhibitions, KM, Vmax, Ki.

8) Bibliographie : Les enzymes, catalyseurs du monde vivant, Jean Pelmont

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 6 : Enzymologie appliquée

Numéro de l’UE : BIO 601
Intitulé de l’UE : Enzymologie appliquée

Responsables : Bernadette Ducouret, Mohamed Jebbar
Equipe pédagogique : Biochimie Biologie Moléculaire


Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie, Licence de Biologie mention Biologie appliquée
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours :
UE optionnelle pour Licence de Biochimie et Licence de Biologie appliquée, 3ème année.

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Illustrer l’importance des enzymes dans les domaines des applications industrielles, médicales et agroalimentaires.

5) Prérequis : Connaissances de bases de l’enzymologie et de la biochimie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.Projet
Eq TDStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h12h16h12h60h Travail personnel20h12h6h22h60h 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
cours,TD
Préparation des enzymes industrielles.
Utilisations des enzymes solubles.
Utilisation des enzymes immobilisées.
Réacteurs à enzymes.
Biocapteurs, électrodes à enzymes.
Exemples d’application dans le domaine médical, diagnostique et thérapeutique.
Exemple d’utilisation dans l’industrie agroalimentaire, dosages, production.
TP : Immobilisation de bGalactosidase en gel d’alginate, rendement d’immobilisation.
Activité de la glucose-oxydase, soluble, confinée ou immobilisée sur membrane.

8) Bibliographie :
Génie enzymatique, G. Coutouly (ed Masson),
Enzyme technology, M.F.Chaplin and C. Bucke, (ed Cambridge University Press)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement sera dispensé sous forme de cours et de TD et de TP sur le thème de l’UE. Une partie importante de travail personnel est prévue. Elle consistera à préparer un dossier écrit et une présentation orale sur un sujet d’actualité traitant de l’utilisation d’une ou de plusieurs enzymes à des fins appliquées. L’ensemble des exposés sera suivi par tous les étudiants de l’UE et sera utilisé comme base pour certains enseignements.

12) Capacité d'accueil : Non limitée.


S 6 : Biochimie Alimentaire

Numéro de l’UE : BIO 602
Intitulé de l' U E : BIOCHIMIE ALIMENTAIRE

Responsable(s) : B.DUCOURET et V.GUILLAUME
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Biochimie et Biologie Moléculaire
Proposé à toutes les autres filières au niveau licence ou master notamment Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et gestion

2) Parcours : 3ème année des licences de Biologie pour toutes les mentions, de la licence de Biochimie et Biologie moléculaire

3) Semestre n° 6

4) Objectifs :
Les biomolécules d’intérêt alimentaire : aspects structuraux, nutritionnels et diététiques, application en industrie agroalimentaire, introduction aux aspects réglementaires.

5) Prérequis :
Biomolécules ou niveau équivalent
Connaissances de base en métabolisme

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28122060Travail personnel30201060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

MOLECULES ET MACROMOLECULES D’INTERET ALIMENTAIRE : (22 h Cours et 4 h TD)
L’eau, les glucides, les protéines, les lipides, les vitamines et les oligo-éléments :
-Structures des molécules d’intérêt alimentaire, sources, rôles dans la nutrition humaine
-Rôle de certaines molécules dans les aliments élaborés (goût, texturation : gels, mousses, émulsions…)
-Transformations au cours de la cuisson et des processus de transformations dans les industries agro-alimentaires.

DIETETIQUE : (4 h Cours et 2 h TD)

COMPOSITION DES PRINCIPAUX ALIMENTS :
- Présenté sous forme d’exposés par les étudiants. (4 h TD)
- Illustration : le lait (2 h cours- 2 h TD et 20 h TP)
TP : analyse des principaux constituants du lait selon les normes en vigueur.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La composition des principaux aliments sera abordée sous forme d’exposés préparés par les étudiants et présentés oralement en TD.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 7 : Biophysique moléculaire et cellulaire

Numéro de l’UE : BIO 701
Intitulé de l' U E : Biophysique moléculaire et cellulaire

Responsable(s) : P. BRON et C. GARNIER
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master de recherche « Biochimie et Biologie moléculaire »

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs : Connaissance des principes et des applications scientifiques des méthodes classiques et modernes d’étude des macromolécules biologiques isolées ou in situ.
NB Cette UE est en principe couplée avec l’UE « Physico-chimie des macromolécules biologiques».

5) Prérequis : Licence de Biochimie ou Licence de Chimie (si celle-ci comporte des UE de Biochimie).

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301416--60Travail personnel--60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS
Méthodes hydrodynamiques (en tant que méthodes de caractérisation)
Chromatographie
Electrophorèse
Viscosimétrie
Osmométrie
Ultracentrifugation analytique
Spectroscopie
Spectroscopie d’absorption (visible, UV, IR, Raman)
Dichroïsme circulaire
Fluorescence
Résonance magnétique nucléaire (RMN)
Résonance paramagnétique électronique (RPE)
Spectrométrie de masse
Diffusion et diffraction
Diffusion et diffraction des rayons X
Diffusion de la lumière visible
Diffusion des neutrons
Méthodes microscopiques
Microscopie photonique (visible, fluorescence, polarisation …)
Microscopie électronique (TEM, cryomicroscopie …)
Microscopie de force atomique (AFM)
TD : Les TD seront consacrés à des exercices d’application concrets concernant la structure et/ou la fonction de macomolécules biologiques. Principaux thèmes abordés :
Caractérisation d’une protéine par chromatographie d’exclusion stérique et ultracentrifugation analytique.
Cristallographie 2-D des protéines membranaires.
Cristallographie 3-D des protéines.
Spectrométrie de masse: détermination de la masse et séquençage des protéines.
Etude de la structure secondaire des protéines et des peptides par spectroscopie IR et dichroïsme circulaire.
Utilisation de sondes fluorescentes en spectroscopie et en microscopie.
Applications de la RMN multidimensionnelle.

TP : Les TP comprendront une partie expérimentale et des démonstrations, dans différents laboratoires, de techniques reposant sur l’utilisation d’appareils non disponibles en salle de TP.

8) Bibliographie :
«Méthodes biophysiques pour l’étude des macromolécules » (J. Janin ) (Editeur : Hermann Paris : collection méthodes ) ISBN: 2-7056-6000-3.
« Biochimie: méthodes biophysiques expérimentales » (M. Prats) (Editeur : Dunod ) ISBN: 2-10-005702-2.
« Biochimie – Un modèle d’étude : l’aspartate transcarbamylase – Théorie et guide d’expériences » (M. le Maire, R. Chabaud & G. Hervé) (Editeur : Masson) ISBN: 2-225-81918-1.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( (Master 1 « Biochimie et Biologie moléculaire »)
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cette UE méthodologique est couplée à l’UE « Physico-chimie des macromolécules biologiques » et sera enseignée par des spécialistes de différentes disciplines (Biologie, Chimie et Physique). L’illustration des principes et de leurs applications se fera essentiellement dans le domaine des macromolécules biologiques et des complexes supramoléculaires.

12) Capacité d'accueil : pas de limite.


S 7 : Outils et Méthodes de Bio-informatique

Numéro de l’UE : BIO 702
Intitulé de l' U E : Outils et Méthodes de Bio-informatique

Responsable(s) : Christian DELAMARCHE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master de recherche de Biologie et Environnement mention bio-informatique : obligatoire
Optionnel pour le master de Biochimie et Biologie Moléculaire

2) Parcours : Première année du Master de bio-informatique

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Etude des principales méthodes utilisées pour l'analyse de séquences nucléiques et protéiques et principe des algorithmes utilisés par certains logiciels
Formation pratique aux principaux logiciels du domaine (notamment ceux qui sont en accès libre sur le web ainsi que des outils de la plate forme bio-informatique de la génopole Ouest)
Permettre une utilisation intensive et raisonnée de ces outils et répondre aux questions suivantes : que faire avec mes séquences, quel logiciel utiliser, quelle est la méthode sous-jacente, comment régler les paramètres associés aux logiciels, quelles sont les limites des méthodes, que faire avec les résultats…

5) Prérequis :
Connaissances de niveau licence de biologie sur la structure, l'organisation et le fonctionnement des gènes procaryotes et eucaryotes. Connaissances en biochimie des protéines.
Connaissances des tests statistiques fondamentaux utilisés en biologie.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel201420660Travail personnel1520101560
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

THEMES DES COURS : (Les noms de logiciels sont indicatifs)
LA BIO-INFORMATIQUE POUR QUOI FAIRE ?
Les domaines et enjeux de la bio-informatique
Exemples d'apport de la bio-informatique à la biologie
Exemples de thématiques de recherche en bio-informatique
BANQUES DE DONNEES
Banques de séquences primaires et de structures : GENBANK, EMBL, Swiss-Prot, InterPro, PDB
Organisation des fichiers plats de données et format des séquences
Systèmes experts d'interrogation : SRS, ENTREZ (opérateurs Booléens et expressions régulières)
Sécurité et fiabilité des données
MATRICES ET TABLES DE SCORES
Tables pour les nucléotides
Matrices PAM et BLOSUM : principe de la réalisation
Matrices de structures et autres matrices de substitutions
ANALYSE D'UNE SEQUENCE
Recherche d'ORF, de promoteurs, prédiction des introns/exons, prédiction de structures secondaires … : principes de base, illustrations et limites des méthodes
INTRODUCTION AUX ALIGNEMENTS DE SEQUENCES
Pourquoi comparer des séquences ?
Principe de l'alignement de 2 séquences : DOTPLOT, ALIGN, SSEARCH
Similarité et distance entre séquences
Pénalités de gaps et calcul du score d'un alignement
Comment choisir les paramètres optimums de gaps ?
Alignements locaux et globaux : quelle méthode, pour quoi faire ?
Algorithmes de Needelman et Wunsch, Smith et Waterman et variantes (préparation au module de S8, algorithmique des séquences)
COMPARAISONS DE SEQUENCES
BLAST : principe, paramètres des alignements, statistique des scores, différents BLAST
FASTA : principe, paramètres des alignements, statistique des scores, différents FASTA
Choisir entre BLAST ou FASTA
CLUSTAL : principe pour l'alignement multiple, paramètres de l'alignement, statistique des scores. Introduction aux arbres phylogénétiques
RECHERCHE DE MOTIFS CONNUS ET DECOUVERTE DE MOTIFS
Consensus, motifs, domaines, empreintes, familles de protéines
Expressions en langage de type PROSITE
Théorie de l'information et entropie dans les séquences
Mutations corrélées : principe et illustration par l'exemple
Extraction de motifs spécifiques à partir d'alignements multiples
Présentation de logiciels standards: Blocks, Logos, PRATT
Logiciel de visualisation et de modélisation moléculaire: RASMOL, SWISS-MODEL

THEMES DE TD
Illustration du cours par connexions web. Plate forme bio-informatique Génopole Ouest
Exercices sur les alignements par programmation dynamique, sur l'utilisation des matrices de substitution et les profils de séquences
Analyse d'articles de recherche en bio-informatique : banques de données et principe de logiciels d'analyse de séquences …
Analyse d'articles de recherche en biologie basés sur l'application de méthodes d'analyses de séquences vues en cours

THEMES DE TP
Interrogation avancée dans PUBMED
Interrogations élaborées des banques par SRS et ENTREZ
Analyse d'une séquence : recherche d'ORF, gènes de tRNA, introns-exons, Dot plot, profils divers, prédiction de structures secondaires
Comparaison d'une séquence contre une banque : BLAST et FASTA
Comparaisons de 2 séquences et comparaisons multiples : ALIGN, CLUSTALW
Recherche de motifs : logos, Blocks, ScanPROSITE, MOTIF, PATTERN, PRATT
Visualisation de la structure 3D des protéines : RASMOL, SWISS-Model

Projet personnel (en binôme) autour d'un thème (mini projet de recherche, présentation d'une base de données, d'un logiciel, d'une technique de génération de données en masse…). Le projet est en partie encadré par un enseignant (discussion sur le projet, recherche de documents, conseils techniques, conseils de rédaction…). Le projet fait l'objet d'un rapport écrit sous la forme d'un article scientifique et d'une présentation orale. Le projet est noté. Certains rapports pourront être proposés pour publication dans la revue Biologos (http://biologos.univ-rennes1.fr/ )

8) Bibliographie :
Introduction à la bioinformatique. C. Gibas et P. Jambeck. Ed O'REILLY
Bioinformatique, F. Dardel et F. Képès, Ed Ecole Polytechnique
Bioinformatics, A. Baxevanis et F. Ouellette, Ed Wiley Interscience
Bioinformatics, P. Baldi et S. Brunak, MIP Press
Introduction to computational Molecular Biology, J. Sebutal and J. Meidanis, PWS Publishing Company

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( (Bio Informatique)
optionnel X ( Biochimie et Biologie Moléculaire)

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Une partie de l'enseignement théorique est présentée avec vidéoprojection et connexion en temps réel sur des sites web. Une partie de l'enseignement est disponible sur le site web du Master (diaporamas de cours, TD et TP corrigés, exercices animés…)

12) Capacité d'accueil : 40

________________________________________________________________________
S 7 : Physico-chimie des macromolécules biologiques PCMB.

Numéro de l’UE : BIO 703
Intitulé de l' U E : PHYSICO-CHIMIE DES MACROMOLECULES BIOLOGIQUES (PCMB)

Responsable(s) : H. WROBLEWSKI
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master recherche 1 de Biochimie et Biologie moléculaire 

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs : Connaissance approfondie de la structure et des relations structure-activité des macromolécules biologiques.
NB Cette UE est en principe couplée avec l’UE « Biophysique moléculaire et cellulaire ».

5) Prérequis :
Licence de Biochimie ou Licence de Chimie (si celle-ci comporte des UE de Biochimie).

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301416--60Travail personnel--60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
1. Protéines : conformation, évolution et repliement.
a. Interactions entre chaîne polypeptidique et solants (eau, solvants apolaires, bicouche lipidique, interfaces) ; amphipathie et effet hydrophobe.
b. Structure secondaire et structure tertiaire : liaisons et énergie de cohésion ; domaines et motifs de repliement.
c. Structure quaternaire et modularité.
d. Repliement spontané et repliement assisté : aspects mécanistiques, thermodynamiques et cinétiques ; dénaturation ; défauts de repliement et pathologies.
e. Evolution des protéines (mécanismes ; spéciation et différenciation ; convergence et divergence).
f. Prédiction de la structure et de la fonction des protéines ; notions de protéomique.
2. Structure moléculaire et supramoléculaire des acides nucléiques.
a. Structure et conformation des acides nucléiques (structures, modifications topologiques, nucléosomes).
b. Protéines de liaison aux ADN.
c. Protéines de liaison aux ARN.
3. Structure des polysaccharides et biopolymères dérivés.
4. Mécanismes d’activité des protéines et interactions moléculaires.
a. Interactions entre protéines et ligands.
b. Bases structurales du mécanisme d’action et de la fonction des protéines.

TD : Exercices sur le cours et interprétation de données expérimentales.
1. Structure primaire des protéines (détermination de la séquence des chaînes polypeptidiques ; ponts disulfures ; modifications covalentielles).
2. Analyse des structures secondaires périodiques : moment hydrophobe, diagramme d’Eisenberg, roue d’Edmunson. Aplication aux peptides et aux protéines.
3. Stabilité conformationnelle des protéines.
4. Analyse de séquences in silico : principe du ‘balayage paramétrique’ d’une séquence et notion de ‘fenêtre coulissante’ ; application aux profils d’hydropathie et d’amphipathie.
5. Méthodes expérimentales de détermination de la topologie des protéines membranaires.
6. Analyse fonctionnelle de l’interaction ADN-protéine.
7. Interactions protéine-ligand (spécificité et affinité ; méthodes d’étude et de mesure).

TP :
1. Etude spectroscopique de la dénaturation d’une protéine.
2. Caractérisation structurale d’une protéine in silico.

8) Bibliographie :
« Principles of protein structure » (G. E. Schulz & R. H. Schirmer) (Editeur: Springer Verlag)
ISBN : 0-387-90334-8.
« Introduction to protein structure » (C. Branden & J. Tooze) (Editeur: Garland Publishing)  ISBN : 0-8153-0270-3.
«Ezymes: catalyseurs du monde vivant » (J. Pelmont) (Editeur: Presses Universitaires de grenoble: Collection Grenoble Sciences) ISBN: 2-7061-0655-7. 

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( (Master 1 « Biochimie et Biologie moléculaire »)
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : pas de limite.

S 8 : Biomembranes

Numéro de l’UE : BIO 801
Intitulé de l' U E : BIOMEMBRANES

Responsable(s) : H. WROBLEWSKI
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche 1 « Biochimie et Biologie moléculaire »
Master recherche 1 Biologie et Environnement mention « Biologie cellulaire et moléculaire et Physiologie » (toutes spécialités)

2) Parcours :

3) Semestre n° 8

4) Objectifs : (1) Maîtrise des concepts modernes concernant l’organisation moléculaire des membranes biologiques, les relations structure-fonction des protéines membranaires (notamment transport et transduction des signaux), et les mécanismes de transduction d’énergie. (2) Connaissance des méthodes spécifiques utilisées en membranologie.

5) Prérequis : Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, ou Licence de Biologie cellulaire et moléculaire, et Physiologie, ou Licence de Chimie (si UE de Biochimie)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301416 --60 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours :
1. Organisation moléculaire des biomembranes.
a) Structure et propriétés physico-chimiques des lipides.
b) Organisation latéro-transversale des lipides et des protéines ; ordre et désordre.
c) Dynamique membranaire et interactions protéines-lipides.
2. Détergents : propriétés et applications pour l’études membranes.
a) Définition et classification.
b) Propriétés physico-chimiques essentielles pour l’étude des membranes.
c) Action sur les membranes.
d) Action sur les protéines.
e) Applications techniques dans le domaine de la membranologie.
3. Structure des protéines membranaires.
a) Revue des différentes catégories topologiques.
b) Comparaison des protéines transmembranaires: barils alpha et barils béta.
c) Modifications covalentielles (acylation, lipoylation, glycosylation …).
4. Mécanismes de transduction d’énergie et de transport.
a) Rappels de thermodynamique (énergie libre, potentiel chimique, potentiel élecrochimique, potentiel redox, loi d’action de masse, équilibre, état stationnaire).
b) Pompes primaires : génération du potentiel électrochimique transmembranaire.
c) Pompe secondaire : synthèse d’ATP par l’ATPaseF0F1.
d) Transports de solutés (diffusion libre, diffusion facilitée, transport actif).
c) Canaux ioniques.
5. Mécanismes d’adressage et de signalisation moléculaire.
Adressage des protéines chez les eucaryotes et les bactéries.
Mécanismes moléculaires de la transduction de signaux au niveau membranaire.

TD : Exercices sur le cours et analyse de données de la littérature. Principaux thèmes proposés :
1. Membranes artificielles, protéoliposomes et cristaux 2-D : préparation et applications.
2. Analyse critique d’un protocole de purification/reconstitution de protéine membranaire.
3. Prédiction de la topologie d’une protéine membranaire à partir de sa séquence et discussion de la validation expérimentale du modèle proposé.
4. Mesure du transport: méthodes et cinétiques.
5. Mesure du potentiel électrique et du "pH transmembranaires.
6. Méthodes d étude des canaux membranaires.
7. Adressage des protéines: interprétation de données expérimentales sur les séquences signal.

TP :
1. Détergents : caractérisation et utilisation (expériences de dissolution-reconstitution).
2. Etude du fonctionnement de la bactériorhodopsine, une pompe à protons activée par la lumière.
NB Une partie du travail expérimental sera réalisée, le cas échéant, au laboratoire.

8) Bibliographie :
« Biochimie et biophysique des membranes : aspects structuraux et fonctionnels » (E. Shechter & B. Rossignol) (Editeur: Masson, 2ème édition) ISBN : 2-225-83009-6.

« Biomembranes: molecular structure and function » (R. B. Gennis) (Editeur: Springer-Verlag ) ISBN : 0-387-96760-5.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil





( Biologie Cellulaire
S 1 : La Cellule et son Information Génétique

Numéro de l’UE : BIO 101
Intitulé de l' U E : La Cellule et son Information Génétique

Responsable(s) : F. LEGAY
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : obligatoire pour toutes les filières

2) Parcours :
1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions, de la licence de Biochimie et Biologie moléculaire, de la licence sciences de la vie et de la terre, de la licence pluridisciplinaire

3) Semestre n° 1

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement doit permettre à l’étudiant de comprendre les propriétés fondamentales de toutes les cellules.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel-4020-60Travail personnel501060* les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants
Chaque enseignant assurera la totalité de l'enseignement (Cours/TD et TP) du ou des groupes qu'il aura pris en charge.

Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:
INTRODUCTION (2 h )
La cellule, unité structurale et fonctionnelle des organismes vivants : Procaryotes (eubactéries et archées) et Eucaryotes.

I - Toute cellule est limitée par une membrane plasmique (10 h )
La membrane plasmique permet l'identification par rapport à l'environnement et les échanges avec cet environnement .
Des membranes biologiques internes créent des compartiments intracellulaires ayant des fonctions distinctes dans les cellules eucaryotes.
Le compartiment cytosolique (+ cytosquelette des cellules eucaryotes)

II - Toute cellule convertit de l'énergie pour son fonctionnement (6 h)
Oxydation phosphorylante de bactérie aérobie et photophosphorylation de bactérie photosynthétique.
Oxydations phosphorylantes mitochondriales et photophosphorylations chloroplastiques
Liens phylogénétiques entre bactéries, mitochondries et chloroplastes

III - Toute cellule possède de l'information génétique (14 h)
Nature de l'information génétique (ADN), (sans différencier les mécanismes moléculaires spécifiques aux procaryotes et aux eucaryotes)
Localisation cellulaire de l'information génétique
Procaryotes : chromosome et plasmides
Eucaryotes : noyau , mitochondries , chloroplastes
Expression de l’information génétique : conversion en protéines qui permettent de synthétiser les autres composants de la cellule
Exemples de biosynthèse d'une protéine soluble et d'une protéine membranaire ou sécrétée

IV - Toute cellule est produite par division d'une autre cellule (4 h)
Scission des procaryotes
Cycle cellulaire eucaryote (sans aborder les mécanismes moléculaires) avec biogenèse des mitochondries et chloroplastes

V - Les virus, perturbateurs de l'information génétique cellulaire (4 h)
Caractéristiques générales
Exemples de deux cycles de multiplication : virus à ADN et virus à ARN
20 h de TP illustreront plus particulièrement les parties I et III.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a pour objectif de donner une vue d’ensemble des différents aspects de la biologie, d’aider les étudiants à définir leur orientation. Elle a aussi été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil



S 3 : Organisation Fonctionnelle de la Cellule



Numéro de l’UE : BIO 413
Intitulé de l' U E : Organisation Fonctionnelle de la Cellule

Responsable(s) : Cathy LeGoff
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie cellulaire et physiologie, licence de Biochimie et Biologie Moléculaire, licence Sciences de la Vie et de la Terre, licence Pluridisciplinaire

2) Parcours : 2ème année et 3ème année

3) Semestre n° :S3/S5

4) Objectifs :
Présenter aux étudiants l’organisation et le fonctionnement cellulaires en fonction des différents contextes biologiques (apoptose, signalisation,…).

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24162060 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Dynamique cellulaire :
Cytosquelette et mouvements cellulaires
Flux de membranes
Compartimentation et routage des protéines

Cycle cellulaire, apoptose et vieillissement
Différentes phases du cylce et systèmes de contrôle
Mort cellulaire programmée
Vieillissement réplicatif et non-réplicatif

Signalisation cellulaire
Les systèmes de transduction du signal
systèmes hormones /récepteurs
récepteurs à sept domaines transmembranaires
récepteurs doués d’activité tyrosine kinase
rôles de messagers secondaires
de la membrane au noyau

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :





S 3 / 5 : Organisation et Dynamique Cellulaire

Numéro de l’UE : BIO 304
Intitulé de l' U E : Organisation et Dynamique Cellulaire

Responsable(s) : Gilles Salbert
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : 2ème et 3ème années

3) Semestre n° :S3/S5

4) Objectifs :
Présenter aux étudiants la structuration des cellules et des tissus et étudier les machines moléculaire liés à cette structuration et permettant les mouvements de matière et les flux d’informations

5) Prérequis : La cellule et son information génétique ou équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cytosquelette et moteurs moléculaires:
Actine et mouvements cellulaires (migration cellulaire, guidance axonale déplacement de vésicules/bactéries)
Microtubules interphasiques et mitotiques (positionnement des organites, duplication /migration du centrosome, ségrégation des chromosomes)
Filaments intermédiaires
Flux de membranes :
composition et structure des membranes (mosaïque fluide/liée, microdomaines, radeaux lipidiques)
contrôle des phénomènes de fusion et de fission de membranes
exocytose/endocytose et turnover membranaire (signalisation, réparation, perméabilité, systèmes de dégradation)
Compartimentation et routage des protéines :
Machineries d’importation protéique (translocon, importation/exportation nucléaire, TIM/TOM et mitochondrie, TIC/TOC et chloroplaste, système peroxysomal)
Transport vésiculaire et voies de sécrétion (systèmes COPI/COPII, maintien des protéines résidentes, contrôle qualité)
Jonctions cellulaires et Organisation des tissus
Jonctions intercellulaires
Matrice extracellulaire
Différents types de tissus

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 5 : Immunologie, Virologie et Applications

Numéro de l’UE : BIO 504 
Intitulé de l' U E : IMMUNOLOGIE , VIROLOGIE ET APPLICATIONS

Responsable(s) :Francis OMILLI et Claire PIQUET-PELLORCE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : 3ème année de licence Biologie

3) Semestre n° : 5 ou 6, 7 ou 8

4) Objectifs :
Donner aux étudiants :
les connaissances générales de bases en Immunologie et Virologie,
une ouverture aux applications de ces connaissances dans les domaine industriel pharmaceutique, agroalimentaire et biotechnologique.

5) Pré-requis :
UE obligatoires de Biochimie, de biologie cellulaire et de génétique de 1ère et 2ème année

6) Contenu des enseignements:

COURST. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30141660Travail personnel30141660
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS (30h):
Immunologie générale. (12h)
Introduction: définition de l’immunité et de ses grands principes.
Les composants cellulaires de l’immunité chez les mammifères (morphologie et origine)
Immunité innée chez les mammifères (barrières physiques, barrières cellulaires et moléculaires, inflammation).
Immunité acquise chez les mammifères (les molécules permettant la distinction du soi et du non-soi, la réponse humorale et la réponse cellulaire).

Virologie générale. (8h)
Historique, définition, caractéristiques et classification des virus (virus procaryotes, virus animaux et végétaux).
Interaction virus-cellules , cycle de multiplication virale et cycle latent (mode de pénétration, stratégies de multiplication, synthèse virale, assemblage, propagation de l’infection).
Réponse de la cellule et de l’organisme à l’infection virale (chez les bactéries, les végétaux et les animaux, quelques exemples de maladies virales chez l’homme).

Applications dans les domaines industriel et médical. (12h)
Production d’anticorps polyclonaux et monoclonaux
Vaccination et dessin de vaccins (dans le contexte médical et agroalimentaire)
Techniques de recherche d’un agent infectieux chez l’hôte et suivi de l’infection (dans le contexte médical et agroalimentaire)
Le virus, un vecteur d’information génétique vers les cellules eucaryotes (transgénèse et thérapie génique)

TD (14h): Exercices d’applications des concepts vus en cours et approfondissement des techniques d’étude du système immunitaire et des virus. Travail en groupe sur un sujet avec présentation orale.

TP (16h): Test de groupe sanguin et analyse d’un frottis.
Infection d’un modèle cellulaire eucaryote par un virus non pathogène avec identification dans le surnageant de culture d’éléments viraux et de virus (titration).

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire
optionnel(

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

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S 5 : Communications Cellulaires

Numéro de l’UE : BIO 505 
Intitulé de l' U E : COMMUNICATIONS CELLULAIRES

Responsable(s) : Claire PIQUET-PELLORCE et Christian SALIGAUT
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire et Physiologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
UE Obligatoire pour la licence Biologie mention Biologie Cellulaire, Moléculaire et Physiologie

2) Parcours : 3ème année des licences

3) Semestre n° : 5, 7

4) Objectifs : Présenter aux étudiants les concepts généraux qui régissent la communication entre les cellules ainsi que la communication des cellules avec leur environnement et ce en abordant les cellules procaryotes et les cellules eucaryotes.

5) Pré-requis : UE Organisation fonctionnelle de la cellule ou Organisation et dynamique cellulaire ou Biologie cellulaire générale recommandé

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS (24h):
Comment les cellules communiquent-elles entre elles et avec leur environnement?
Ce problème sera abordé pour les cellules procaryotes et les cellules eucaryotes.
Communication directe
Molécules d’adhésion
Molécules de jonctions
Echange de matériel
Communication indirecte :
Les grandes familles de ligands et leurs récepteurs
Ligands hydrophiles : hormones, facteurs de croissance, cytokines, composants de la matrice, ligands de natures biochimiques diverses impliqués dans les interactions hôtes-pathogènes,.
Ligands hydrophobes : stéroïdes …
Récepteurs membranaires
Récepteurs nucléaires

TD (12h):
Approfondissement des concepts vus en cours au moyen d’exercices d’analyse de données expérimentales visant à décrypter la communication cellulaire. Présentation des techniques d’étude des molécules de communications, notion de test biologique.

TP (24h):
Mise en œuvre de méthodes permettant la mise en évidence des molécules de communication cellulaire.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel(

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



S 5 ou 6 : Méthodologies de Biologie Cellulaire et Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 603
Intitulé de l' U E : Méthodologies de Biologie Cellulaire et Moléculaire

Responsable(s) : Stéphane DESCHAMPS
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, Licence de Biochimie et Biologie moléculaire

2) Parcours : 3ème année des licences

3) Semestre n° : S5/S6

4) Objectifs :
- Comprehension et Apprentissage de techniques nécessaires à l'étude des mécanismes de fonctionnement cellulaire

5) Prérequis : UE de biologie cellulaire et de Biochimie et méthodologies générales ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel6060 Travail personnel6060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Le module repose sur des séances de TP/TD intégrés visant à apprendre des techniques de biologie moléculaires et/ou cellulaires utilisées pour comprendre des mécanimes de fonctionnement de la cellule.

Travaux Pratiques
- Culture cellulaire (cellules adhérentes ou non)
- Transfection et transformation cellulaire
- Etude de l’expression de marqueurs phénotypiques :
- Utilisation de l’outil anticorps (western, ELISA, Immunoprécipitation immunodéplétion…)
- Utilisation de sondes fluorescentes et observation en microscopie photonique et cytométrie en flux)
Ces séances seront organisées autour d'un ou deux modèles cellulaires.

Travaux dirigés
Apprentissage de la démarche scientifique : à partir d’une hypothèse de travail conception de la démarche expérimentale, choix méthodologique, analyse critique de données (utilisation de l’outil stastistique).
Initiation aux methodes de recherche documentaire, de communication écrite et orale.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 5 ou 6 : Cycle cellulaire, apoptose et vieillissement cellulaire

Numéro de l’UE : BIO 604
Intitulé de l' U E : Cycle cellulaire, apoptose et vieillissement cellulaire

Responsable(s) : Catherine Gaillard-Le Goff
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
- licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie

2) Parcours :
Troisième année de la licence de biologie cellulaire et moléculaire et physiologie

3) Semestre n° 5 ou semestre 6

4) Objectifs :
Cette U.E. a pour objectif d’appréhender des mécanismes du cycle cellulaire et de la mort cellulaire (vieillissement et apoptose) chez les eucaryotes. En montrant les différentes approches utilisées (génétique, biochimique, cellulaire…) cette U.E. doit permettre à l'étudiant d’acquérir une bonne perception de ces mécanismes au niveau cellulaire et moléculaire.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20 h10 h30 h60 Travail personnel35 h20 h5 h60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Le Cycle cellulaire
1.Les différentes phases du cycle
les phases G, la phase S de réplication de l’ADN et la phase M
2. Analyse génétique du cycle cellulaire chez la levure
isolement des mutants cdc
étude des interactions génétiques
3. Régulation et dérégulation du cycle cellulaire
les CDK, les cyclines
Rôle des phosphorylations dans l’activité des CDK
Rôle des CKIs dans l’activité des CDK
Rôle de la dégradation des protéines dans le contrôle du cycle
Les « checkpoints » majeurs
Notion d’oncogènes et de gènes suppresseurs de tumeur
La mort cellulaire
la mort cellulaire programmée
la mort cellulaire accidentelle (nécrose)
1. Analyse génétique de l’apoptose chez C.elegans
2. Régulation de l’apoptose
les signaux : voies intrinsèque et extrinsèque
la mitochondrie : Bcl2, t-bid, les pores de perméabilisation
les caspases et les inhibiteurs
Vieillissement cellulaire
1. Le vieillissement réplicatif 
raccourcissement des télomères
ADN extrachromosomique chez la levure
2. Le vieillissement non réplicatif
Résistance au stress oxydatif
Analyse génétique du vieillissement chez C.elegans
TP :
Analyse de mutants du cycle cellulaire chez la levure S. pombe
- Etude de l’apoptose dans les cellules en culture

8) Bibliographie :
Cet enseignement ne s'appuiera pas sur un livre particulier. Nombre de documents proposés aux étudiants pourront être extraits principalement de :
- Molecular Biology of the Cell par B. Alberts et al, 4ème édition, Garland Science
- Gène VII par B. Lewin, Oxford University Press

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel oui

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

S 7 : Différenciation Cellulaire

Numéro de l’UE : BIO 704
Intitulé de l' U E : Différenciation Cellulaire

Responsable(s) : Daniel Boujard
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 recherche Biologie et Environnement mention Biologie Cellulaire, Moléculaire et Physiologie

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
La différenciation cellulaire suppose l’émergence de types cellulaires ayant une identité nettement définie chez l’adulte. L’objectif de ce module est de donner aux étudiants les bases pour comprendre comment la nature et les propriétés des cellules différenciées sont déterminées par le profil d’activité des gènes et les protéines qu’elles synthétisent. Divers aspects des mécanismes impliqués dans la différenciation cellulaire seront abordés en cours et les séances de TD permettront aux étudiants d’appréhender plus facilement les approches expérimentales dont certaines seront illustrées pendant les séances de TP.

5) Prérequis : Etre titulaire d’une licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460 Travail personnel3025560
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

1. Les cellules souches dans le règne animal et végétal
Chromatine et modifications héritables (Empreinte génétique, modifications épigénétiques,…)
Reprogrammation nucléaire (Clonage, transdifférenciation cellulaire….)
Modèles de différenciation cellulaire (cellules neuronales, cellules sanguines…)

8) Bibliographie

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour filières Biologie Cellulaire
optionnel ( pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 7 : Génétique du Développement et Immunologie

Numéro de l’UE : BIO 705
Intitulé de l' U E : Génétique du Développement et Immunologie

Responsable(s) : Céline RAGUENES-NICOL
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Sciences de la Vie et de la Terre, UE obligatoire

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
La biologie cellulaire et moléculaire du développement consiste à comprendre pourquoi et comment des gènes particuliers sont exprimés à des moments spécifiques de la vie d'une cellule ou d'un organisme. Dans ce module seront donc étudiés des processus tels que le développement embryonnaire, la différenciation cellulaire, la mort cellulaire programmée ou le développement de réponses immunes

5) Prérequis :
Licence SVT, licence de biologie, licence de Biochimie et Biologie Moléculaire ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30141660Travail personnel305101060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Génétique du développement 20h
La construction des organismes
Les gènes du développement et l'acquisition des plans d'organisation chez la drosophile, les amphibiens et Arabidopsis thaliana.
La communication au cours du développement précoce chez les amphibiens.
Les molécules d'adhésions pour la migration cellulaire lors de la gastrulation chez les amphibiens.
La différenciation et la dédifférenciation cellulaire : lignée érythroblastique des mammifères, éléments conducteurs des angiospermes.
Le renouvellement cellulaire : exemple des erythrocytes humains.
La mort cellulaire : développement embryonnaire et métamorphose des amphibiens, sénescence chez les angiospermes.

Immunologie 10h
Les défenses de l'organisme humain
Les cellules et molecules du système immunitaire
La reconnaissance du soi et du non-soi
La défense non spécifique
La défense spécifique

TD
Applications, illustration et approndissement du cours

TP
Analyse de mutants du développement d'Arabidopsis thaliana
Analyse et présentation d'article

8) Bibliographie :
programme du concours externe de l'agrégation STVU, B.O. n°26 du 6 juillet 2000.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( Master SVT
optionnel ( Master BBM

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 7 : Immunologie Cellulaire et Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 706 
Intitulé de l' U E : Immunologie Cellulaire et Moléculaire

Responsable(s) :Claire PIQUET-PELLORCE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master de recherche biologie et environnement mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : MASTER 1

3) Semestre n° : 7 et 8

4) Objectifs : Donner aux étudiants des connaissances approfondies des mécanismes moléculaires et cellulaires mises en œuvre par le système immunitaire des mammifères. Un certains nombres de pathologies affectant le système immunitaire ou liées au dysfonctionnement de celui-ci seront traitées sans qu’il ne s’agisse d’une formation à visée médicale.

5) Pré-requis : UE Immunologie, virologie et applications recommandée

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2662860Travail personnel
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

Cours (26h):
Le système immunitaire
Systèmes immunitaires et évolution
Les constituants du systeme immunitaire des mammifères et son organisation dans l’individu
Les molécules du systeme immunitaire
Le processus de différenciation et de production des lymphocytes fonctionnels
La réponse immunitaire
Les mécanismes de défense non-spécifiques et la réponse inflammatoire
Les réponses humorale et cellulaire et leur régulation.
La coordination des processus de défense spécifiques et non-spécifiques
La réussite des infections : importance des inter-relations hôte – pathogène.
L’exemple de quelques maladies infectieuses.
La tolérance immunitaire
Principes et mécanismes.
L'immunoprivilège
La tolérance foeto-maternelle
La relation hôte-tumeur
Pathologies du système de défense immunitaire
L’immunodéficience, le cas du SIDA.
L’hypersensibilité
Les processus autoimmuns.
TD (6h): exercices d’applications des notions vues en cours.
TP (28h): Etude du sang et de ses composés cellulaires.
Numération, formule sanguine, purification des cellules mononuclées. Caractérisation par identification de marqueurs moléculaires au moyen de technique variée (test des rosettes, immunofluorescence et analyse par cytométrie en flux). Caractérisation fonctionnelle des lymphocytes T auxiliaires par la mise en œuvre d’une stimulation et le dosage de cytokines au moyen d’un test biologique
Présentation orale d’un travail personnel d’analyse de publications de niveau international en immunologie.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

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S 7 : Biologie et Génétique du Développement

Numéro de l’UE : BIO 707
Intitulé de l' U E : Biologie et Génétique du Développement

Responsable(s) : Isabelle Chartrain
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
master de recherche biologie et environnement mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : 1ère, 2ème et Masters

3) Semestre n° : 7 ou 8

4) Objectifs :
Donner aux étudiants les bases pour comprendre comment l’activité régulée des gènes dirige des séquences d’évènements cellulaires qui conduisent à la construction d’un organisme à partir d’une cellule-œuf. Les mécanismes essentiels impliqués dans le développement embryonnaire seront abordés en cours et les séances de TD permettront aux étudiants d’appréhender plus facilement les approches expérimentales. Pendant les séances de TP, les étudiants réaliseront des expériences sur différents modèles embryonnaires pour illustrer certains mécanismes de différenciation rencontrés au cours du développement.

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26102460 Travail personnel3025560
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

1. Déterminisme maternel : importance des molécules d’origine maternelle pour le début du développement embryonnaire.
Etablissement des polarités embryonnaires (mise en place des gènes pair-rule, de polarité). Identité des segments : rôle des gènes homéotiques.
Conservation des mécanismes moléculaires au cours du développement.
Symétrie et asymétrie cellulaire au cours du développement.
Déterminisme sexuel dans différents modèles animaux.
Déterminisme et différenciation tissulaire (différents exemples seront étudiés : tissu musculaire, tissu nerveux, ébauches de membre……)

8) Bibliographie :
Biologie du Développement par Lewis Wolpert et al. ; Edition Dunod
Developmental Biology par Scott F. Gilbert; Edition Sinauer

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques

12) Capacité d'accueil : 50 à 60 étudiants maximum


S 7 : Méthodes d’Etude des Complexes Biologiques

Numéro de l’UE : BIO 708
Intitulé de l' U E : Méthodes d’Etude des Complexes Biologiques

Responsable(s) : Gilles Salbert
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire et SPM

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche en Biologie et Environnement mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° :S7 ou S8

4) Objectifs :
Présenter aux étudiants les méthodologies permettant la découverte, l’analyse, et la perturbation d’assemblages moléculaires biologiques.

5) Prérequis : Etre titulaire d’une licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
- Recherche et analyse de partenaires constituant des complexes  (Double hybride/triple hybride, Co-Immunoprécipitation couplée à la spectrométrie de masse, Couplage covalent et immunoprécipitation de la chromatine,…)
- Analyse de la dynamique des complexes par microscopie (Microscopie en champ lointain-interactions photon-matière - lumière blanche, fluorescence et transfert de fluorescence, microscopies confocale et multiphotonique ; Microscopie en champ proche, microscopie à force atomique…)
- Perturbation des assemblages (Modulateurs non peptidiques, Peptides inhibiteurs- in vitro/in vivo, phage display)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 8 : Cancérologie

Numéro de l’UE : BIO  823
Intitulé de l' U E : Cancérologie

Responsable(s) : Thierry Guillaudeux
Equipe(s) pédagogique(s) :Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) Recherche Biologie et Environnement mention Biologie Cellulaire et Physiologie

2) Parcours : 4ème année

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :

5) Prérequis : UE Cycle cellulaire, Apoptose et Vieillissement cellulaire recommandé

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30151560Travail personnel30201060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
Notions de Cancérologie générale et Epidémiologie
Caractérisation des cancers :
Phénotypique
Altérations chromosomiques
Division et cycle cellulaire/apoptose
Carcinogénèse et prédispositions génétiques
Oncogènes, marqueurs tumoraux et hormones
Invasion locale, Angiogénèse, Métastases
Immunité antitumorale
Les thérapies actuelles :
Chirurgie
Radiothérapie
Chimiothérapie
Imagerie
TP :
Transformations cellulaires, identification de marqueurs, résistance à l’apoptose, étude de translocations chromosomiques
TD = Minicolloque
Travail par binôme sur les voies de recherche dans les nouvelles thérapies antitumorales. Présentation orale.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Une partie des enseignements pourra éventuellement être suivie dans le cadre de la MSBM (maîtrise des sciences biologiques et médicales) sous réserve d’emploi du temps concordant.

12) Capacité d'accueil :

( Microbiologie
S 3 : Bactériologie Générale

Numéro de l’UE : BIO 305
Intitulé de l' U E : Bactériologie Générale

Responsable(s) : Annie Trautwetter
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité microbiologie,
Obligatoire pour la spécialité biologie appliquée
Obligatoire pour la spécialité sciences végétales
Optionnel pour les autres
Licence de Biologie mention biologie des organismes

2) Parcours :
Licences de biologie – 2ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 2ème année


3) Semestre n° : S3

4) Objectifs : Objectifs : Cette UE doit permettre aux étudiants de prendre conscience de la diversité du monde microbien et d’acquérir les notions fondamentales nécessaires à tout approfondissement dans cette discipline.


5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30161460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

programme de cours
1 - Structure de la cellule procaryote
2 - Métabolisme
besoins nutritifs et types trophiques
métabolisme énergétique
auxotrophie
absorption des nutriments
adaptation du métabolisme à l’environnement

3 – Milieux de culture
définition
paramètres physico-chimiques
notion de stérilité
4 – Analyse quantitative de la croissance
5 – Réplication du chromosome , mutations
6 – Organisation génétique et régulation de l’expression des gènes
7 – Transfert de matériel génétique
transformation
transduction
conjugaison

Programme des TP
Notions de stérilité et milieux de culture
Types trophiques et respiratoires
Transfert de gènes
Analyse quantitative de la croissance


8) Bibliographie :
TitreAuteurs EditeursMicrobiologie LM Prescott, JP Harley, DA KleinDe Boeck-Wesmael 
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité

3) Semestre n° : S3

4) Objectifs : Connaissances de base en Bactériologie

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30161460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Structure cellule procaryote
Métabolisme des microorganismes
Types trophiques, métabolisme énergétique, source de carbone et d'azote. Adaptation métabolique. Milieux de culture : nature, paramètres physico-chimiques.

Croissance (notion de culture pure, notion de stérilité) Analyse quantitative de la croissance.
Bases de la génétique bactérienne
Replication du chromosome. Mutations.
Organisation en opéron. Régulation de l'expression des gènes. Transfert de matériel génétique chez les bactéries.

Travaux pratiques : Croissance (inclure les notions sur la stérilité)
Types trophiques
Transfert de gènes (conjugaison)

8) Bibliographie :
TitreAuteurs EditeursMicrobiologie LM Prescott, JP Harley, DA KleinDe Boeck-Wesmael 
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité

S 4 : Microbiologie pratique – Identification des micro-organismes

Numéro de l’UE : BIO 404
Intitulé de l' U E : Microbiologie pratique – Identification des micro-organismes

Responsable(s) : Catherine Fontenelle & Gwennola Ermel
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité microbiologie,
Obligatoire pour la spécialité biologie appliquée
Optionnel pour les autres

2) Parcours :
Licence de biologie – 2ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 2ème année

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs :
Acquisition de bonnes pratiques en microbiologie
Compréhension de la diversité microbienne

5) Prérequis :
UE Bactériologie Générale

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel10104060Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Notion de phylogénie et de taxonomie
Bases de l'identification
Milieux de sélection,
Stérilisation, Désinfection

Développement d'une stratégie de recherche et d'identification de micro-organismes
A partir d'un mélange inconnu pour les étudiants : identification classique, identification ARN16S
Auxotrophie
Croissance avec différents facteurs
Sérotypage de bactéries de type 1
Phages avec spectres d'hôte

8) Bibliographie :
TitreAuteurs EditeursMicrobiologie LM Prescott, JP Harley, DA KleinDe Boeck-Wesmael 
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité

S 5 : Microbiologie Appliquée à l’Agro-Alimentaire

Numéro de l’UE : BIO 506
Intitulé de l' U E : Microbiologie Appliquée à l’Agro-Alimentaire

Responsable(s) : Gwennola Ermel
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité biologie appliquée
Optionnel pour les autres
Master professionnel biologie, environnement et santé mention biologie et gestion

2) Parcours :
Licence de biologie – 3ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 3ème année

3) Semestre n° : S5

4) Objectifs : Connaissances des micro-organismes intervenant dans l'agro-alimentaire : origine, rôles et actions.

5) Prérequis :
UE Bactériologie Générale
UE Microbiologie pratique

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20103060Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Structure et organisation des génomes
Les différents supports de l'information génétique : nombre, topologie, organisation
Replication (chromosome, plasmides, phages)

Les apports de la génomique
Séquençage et annotation des génomes
Nombre de gènes, notion de génome minimal
Signatures et transfert horizontal
Evolution en mosaïque des gènes et des génomes

Mécanismes impliqués dans la variabilité de structure des génomes
Recombinaison homologue, Recombinaison site spécifique, Transposition

Altérations et Réparation de l'ADN
Origine des mutations spontanées, Les agents mutagènes.
Sélection et identification des mutants
Réparation de l'ADN : photoréparation, le système UVR, le système SOS, réparation des mésappariements (SPR, LPR)

Les travaux pratiques illustreront principalement la sélection et la caractérisation de mutants par diverses approches génétiques

8) Bibliographie :

TitreAuteurs EditeursMicrobiologie

Microbiologie Alimentaire LM Prescott, JP Harley, DA Klein

JP GuiraudDe Boeck-Wesmael

DUNOD
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 5 : Pathogenie et Symbiose
A revoir : non finalisé

Numéro de l’UE : BIO 508
Intitulé de l' U E : PATHOGENIE ET SYMBIOSE

Responsable(s) :
Equipe(s) pédagogique(s) : Microbiologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : L3 spécialité Sciences végétales et spécialité Biologie appliquée

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :

5) Prérequis : UE de Bactériologie général en S4

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel60Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Pathogénie
Macération des plantes et infection systémique
Pathologie animale, mécanismes d’infection et d’invasion
Résistance des pathogènes par rapport aux défenses de l’hôte
Lutte contre les pathogènes
Symbioses
Commensalisme et symbiose
Endosymbiotes des animaux
Rhizobium - Légumineuses

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 5 : Génétique Bactérienne

Numéro de l’UE : BIO 509
Intitulé de l' U E : Génétique Bactérienne

Responsable(s) : Annie Trautwetter
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité microbiologie,
Obligatoire pour la spécialité biologie appliquée
Optionnel pour les autres

2) Parcours :
Licence de biologie – 3ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 3ème année

3) Semestre n° : S5

4) Objectifs : Connaissances des génomes bactériens, de leur diversité et des systèmes de maintenance de l'information génétique

5) Prérequis :
UE Bactériologie Générale ou équivalent
UE Microbiologie pratique ou équivalent
UE Introduction à la génétique Moléculaire ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2882460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Structure et organisation des génomes
Les différents supports de l'information génétique, nombre topologie, organisation
Replication (chromosome, plasmides, phages)
Les apports de la génomique
Séquençage et annotation des génomes
Nombre de gènes, notion de génome minimal
Signatures et transfert horizontal
Evolution en mosaïque des gènes et des génomes
Mécanismes impliqués dans la variabilité de structure des génomes
Recombinaison homologue, Recombinaison site spécifique, Transposition
Altérations et Réparation de l'ADN
Origine des mutations spontanées, Les agents mutagènes.
Sélection et identification des mutants
Réparation de l'ADN
Photoréparation,, le système UVR, Le système SOS, réparation des misappariements (SPR, LPR)

8) Bibliographie :

TitreAuteurs EditeursMicrobiologie LM Prescott, JP Harley, DA KleinDe Boeck-Wesmael 
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité


S 6 : Bactéries, Virus, Défenses

Numéro de l’UE : BIO 605
Intitulé de l' U E : BACTERIES, VIRUS, DEFENSES

Responsable(s) : Laurence Poitou
Equipe(s) pédagogique(s) : microbiologie, biologie cellulaire et physiologie végétale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :Licence Sciences de la Vie et de la Terre
Licence de Biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : 3ème année de licence

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs : acquérir les connaissances correspondant aux rubriques 1-6, 1-7, 2-5 et 7-6 du programme national du CAPES et de l’agrégation de SVTU.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

COURST. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26142060 Travail personnel30141660 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
I- Particularités des cellules procaryotes 14h (équipe de microbiologie)
A- La cellule bactérienne : une cellule originale
Unité et diversité structurale
Comparaison avec une cellule eucaryote
B-La diversité bactérienne
Les facteurs influençant la croissance bactérienne
Diversité des métabolismes et nutrition
C-Relations des bactéries avec leur environnement à composante positive
D-Relations des bactéries avec leur environnement à composante négative
Les pathogénies dues aux bactéries
Traitements des pathogénies bactériennes
(Plasticité génétique : résistance aux antibiotiques)
II-Les systèmes biologiques sub-cellulaires (équipe de microbiologie) 4 h
A- Les virus : originalité de leur organisation
B-Des hôtes variés
Cycles du bactériophage, virus de la mosaïque du tabac, virus du SIDA (structure, génome viral et cycle réplicatif)
III- Les principes de la défense de l'organisme (équipes de biologie cellulaire et physiologie végétale) 6 h
A-Origine des cellules de l'immunité
B-Les différents types de réponses
C-L'hypersensibilité et la résistance acquise des végétaux
IV-L’homme face aux maladies (équipes de microbiologie et biologie cellulaire) 2h
A-Eléments relatifs à diverses affections infectieuses
Origine parasitaire, bactérienne et virale…
B-Prophylaxie et thérapeutiques
Antibiothérapie, vaccinothérapie, sérothérapie, dépistage, médicaments.
TD
Bactériologie 6h
Virologie 2h
Immunologie 6h
TP
Bactériologie 12h
Virologie 4h
Hématopoïèse 4h

8) Bibliographie :
BORREL TH,. Les virus, 128 p, Coll. 128 Nathan, 1996. Collectif (Pour la science) Les maladie émergentes , 180p, Belin, 1995 CORNUET P. Eléments de virologie végétale, 206 p, INRA, 1987. GIRARD M. & coll. Virologie générale et moléculaire, 617 p, Doin, 1989. GOLDSBY RICHARD, KINDT CLe cours de Janis Kuby avec questions de révision Dunod2001 JANEWAY & TRAVERS Immunobiologie, De Boeck Université1998. PRESCOTT L. & coll. Microbiologie, 1014p, De Boeck, 1999 REGNAULT J.P. Microbiologie générale, 859 p, Vigot, 1990. REVILLARD J.P. Immunobiologie, 367 p, De Boeck Université 1994. RICHARDImmunologie, 600pDunod2001
9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue)

12) Capacité d'accueil : pas de limite

________________________________________________________________________
S 6 : Régulation des Gènes chez les Procaryotes

Numéro de l’UE : BIO 606
Intitulé de l' U E : Régulation des Gènes chez les Procaryotes

Responsable(s) : Carlos Blanco
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité microbiologie,
Optionnel pour les autres

2) Parcours :
Licence de biologie – 3ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 3ème année

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs : Compréhension de l'expression des gènes chez les procaroytes et des mécanismes de régulation

5) Prérequis :
UE Génétique Bactérienne ou équivalent
UE Bactériologie Générale ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2882460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Hiérarchies dans l'expression des gènes
stratégies expérimentales
Méthodes globales de l'étude des micro-organismes
Principes des méthodes d'analyse : protéome, transcriptome, métabolome…
Acquisition et traitement des données
Comparaison de séquences
- operon, regulon, stimulon
- perception des stimulis
- cascades de régulation
Mécanismes impliqués dans la régulation
- régulation transcriptionnelle
facteurs sigma, topologie de l'ADN et protéines histone like, familles de régulateurs
- régulation traductionnelle
protéines régulatrices, ARN anti sens, structures secondaires, stabilité de l'ARN messager,séquestration des régulateurs
- régulations post traductionnelles
- modifications post traductionnelles et stabilité des protéines
Exemples de régulations intégrées
- cycle lytique des bactériophages
- la sporulation chez Bacillus subtilis
- contrôle du métabolisme

8) Bibliographie :
TitreAuteurs EditeursMicrobiologie LM Prescott, JP Harley, DA KleinDe Boeck-Wesmael 
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 6 : Physiologie Bactérienne

Numéro de l’UE : BIO 607
Intitulé de l' U E : Physiologie Bactérienne

Responsable(s) : Henri Wroblewski
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie mention Biologie cellulaire et moléculaire et Physiologie
Obligatoire pour la spécialité Microbiologie,
Obligatoire pour la spécialité Biologie appliquée
Optionnel pour les autres
Licence de Biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours :
Licence de biologie – 3ème année
Licence de biochimie et biologie moléculaire – 3ème année

3) Semestre n° 6

4) Objectifs : Connaissance du fonctionnement intégré de la cellule bactérienne.

5) Prérequis : UE Bactériologie Générale ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30141660Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS :

Organisation, fonctions et biogenèse de l’enveloppe cellulaire.
Paroi bactérienne et introduction de la notion d’antibiotique.
Membranes bactériennes.
Autres composants: couche S et capsule polysaccharidique.
Energétique bactérienne, acquisition des nutriments et excrétion de substances.
Fonction énergétique du catabolisme.
Métabolisme énergétique, aérobiose et anaérobiose : respiration, photosynthèse, fermentation.
Transport des nutriments.
Excrétion de métabolites et de substances toxiques.
Voie générale de sécrétion et d’adressage des protéines.
Motilité bactérienne et comportement taxique.
Différents types de motilités chez les bactéries.
Structure et fonctionnement des flagelles bactériens.
Transduction des signaux et tactisme bactérien (chimiotaxie, phototaxie …).
Principales homéostasies cellulaires.
Contrôle de la charge énergétique.
Contrôle du pH intracellulaire.
Osmorégulation.
Contrôle de la fluidité membranaire.
Cycle cellulaire et phase stationnaire.
Méthodes d’étude.
Coordination des événements fondamentaux du cycle cellulaire.
Mécanismes d’entrée et sortie de phase stationnaire.
Morphogenèse de la cellule procaryote.

TD : Les travaux dirigés seront consacrés à l’analyse de démarches expérimentales et de données de la littérature en rapport avec le programme du cours.

TP : Illustration expérimentale de certains thèmes du cours.

8) Bibliographie :
« Physiologie de la cellule bactérienne : une approche moléculaire » (F. C. Neidhardt, J. L. Ingraham & M. Schaechter) (Editeur : Masson) ISBN : 2-225-84383-X ;

« Microbiologie » (Prescott, Harley & Klein) (Editeur : DeBoeck Université) ISBN : 2-8041-1591-7.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 7 : Interactions Bactériennes

Numéro de l’UE : BIO 709
Intitulé de l' U E : Interactions Bactériennes

Responsable(s) : Carlos Blanco (& Gwennola Ermel)
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) recherche Biologie et ’Environnement mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie
Obligatoire pour la spécialité microbiologie
Optionnel pour les autres
Master professionnel de Sciences agronomiques, Agroalimentaires et Vétérinaires
Obligatoire pour la spécialité maîtrise et utilisation des micro-organismes
Optionnel pour les autres

2) Parcours : Master – 1ème année

3) Semestre n° : S7

4) Objectifs : Compréhension des mécanismes de communication entre bactéries, les transferts d'ADN et leurs rôles dans l'évolution

5) Prérequis :
UE bactériologie générale ou niveau équivalent
UE Génétique bactérienne ou niveau équivalent
(UE Régulation de l'expression des gènes chez les procaryotes conseillé)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Ecologie microbienne
Biodiversité et Taxonomie (Taxonomie numérique, systématique moléculaire, phylogénie, cladistique, Évolution des séquences d’ADN. Écologie moléculaire)
Communications cellulaires
Comportement social
Interactions microbiennes
Biofilms
Comportement bactérie-hôte (symbiose, pathogénie)
Capture et transfert d'ADN
Transfert via les bactériophages
mécanismes et implications conversion lysogénique et îlots de pathogénicité
transduction restreinte
transduction généralisée
La conjugaison
Les plasmides conjugatifs, mécanismes de transfert et régulation
la mobilisation
transfert interrègne
La compétence
état de compétence et transport de l'ADN
régulation
Rôle dans l'évolution
demie vie de l'ADN dans l'environnement
capture et transfert de gènes chromosomiques
incidences évolutives et écologiques
Applications

8) Bibliographie :
TitreAuteurs EditeursMicrobiologie

Introduction à l'analyse génétique
LM Prescott, JP Harley, DA Klein

Griffiths et al.De Boeck-Wesmael

De Boeck-WesmaelJourneaux scientifiques : Applied and Environnemntal Microbiology, Journal of Bacteriology, Molecular Microbioloy…
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 7 : Assurance qualité, Risques microbiologiques

Numéro de l’UE : BIO
Intitulé de l' U E : Assurance qualité, Risques microbiologiques

Responsable(s) : Gwennola Ermel (& Michel Gautier ENSAR)
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 professionnel de Sciences agronomiques, agroalimentaires et Vétérinaires
Obligatoire pour la spécialité maîtrise et utilisation des micro-organismes
Optionnel pour les autres
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion
Master recherche Biologie et Environnement mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie et mention sciences végétales fondamentales

2) Parcours : Master– 1ème année

3) Semestre n° : S7 ou S8 ou S9

4) Objectifs : Acquérir les connaissances nécessaires de microbiologie dans un cadre appliqué à l'agro-alimentaire, et plus spécifiquement l'assurance qualité

5) Prérequis : Connaissances des bases en bactériologie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2882460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

EN FONCTION DES EMPLOIS DU TEMPS ET DES EFFECTIFS, CETTE UE POURRAIT ETRE REMPLACEE PAR 2 MODULES ENSAR "Hygiène Alimentaire" et "Management de la Qualité"

Assurance Qualité appliquée à l'Agro-alimentaire (Accréditation et normes, HACCP)
Bonnes Pratiques de Laboratoire. Contrôle qualité. HACCP. Normes.
Risques biologiques, risques bio-industriels.
Réglementation sur l’utilisation des OGM. Réglementation sur la dissémination des OGM et sur l’étiquetage des bioproduits
Réglementation sur l’expérimentation animale.
Labels, certifications (RNE, AFAQ)
Contrôles microbiologiques : microflores et flores d’altération, intoxications et toxi-infections, analyses microbiologiques.

Caractérisation et identification microbienne
Typage moleculaire (serotypage, génotypage…)
Diversité, notion de clonalité
Taxonomie numérique, systématique moléculaire, phylogénie, cladistique
Évolution des séquences d’ADN. Écologie moléculaire.

Microbiologie prévisionnelle

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 7 : Relations Bactérie-Hôte, Bactérie-Milieu

Numéro de l’UE : BIO
Intitulé de l' U E : Relations Bactérie-Hôte, Bactérie-Milieu

Responsable(s) : Henri Wroblewski
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) de Biologie et Environnement mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie
Obligatoire pour la spécialité Microbiologie
Optionnel pour les autres

Master professionnel de Sciences agronomiques, Agroalimentaires et Vétérinaires
Obligatoire pour la spécialité Maîtrise et utilisation des micro-organismes
Optionnel pour les autres

2) Parcours : Master – 1ème année

3) Semestre n° : S7 ou S8

4) Objectifs : Comprendre les modalités cellulaires et moléculaires des interactions des bactéries soit avec l'hôte, soit avec le milieu environnant.

5) Prérequis : UE de Physiologie bactérienne ou niveau équivalent


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30141660Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS :

Origine évolutive des interactions bactérie-hôte
Rappel des principales théories de l’évolution des procaryotes et des eucaryotes.
Endosymbiontes : origine bactérienne des mitochondries et des chloroplastes.
Importance de la notion de co-évolution.
Pathogénie
Diversité des bactéries pathogènes et incidences sociales et économiques des maladies infectieuses.
Facteurs de virulence (adhésines, sidérophores , endotoxines, exotoxines, hydrolases, superantigènes, modulines, autres).
Mécanismes de résistance des bactéries aux défenses de l’hôte  (variabilité de surface, localisation intracellulaire, comportement pro- ou anti-apoptotique).
Etude approfondie de quelques exemples de bactéries pathogènes (Bacillus anthracis ; Mycobacterium ; Agrobacterium …).
Symbioses
Revue des principales symbioses entre bactéries et animaux, végétaux ou champignons.
Etude approfondie du modèle rhizobium/légumineuse.
4. Antibiotiques
Principales familles d’antibiotiques.
Mécanismes d’action des antibiotiques.
Mécanismes de résistance des bactéries ; régulation et coordination.
Modulation des interactions bactérie/hôte par les antibiotiques.
5. Adaptation aux contraintes environnementales
Microorganismes et environnement
Notion de cultivabilité
Mise en place de stratégie de survie

TD : Les travaux dirigés seront consacrés à l’analyse de démarches expérimentales et de données de la littérature en rapport avec le programme du cours.

TP : Illustration expérimentale de certains thèmes du cours.

8) Bibliographie :
« Microbiologie » (Prescott, Harley & Klein) (Editeur : DeBoeck Université) ISBN : 2-8041-1591-7.
« Antibiotiques, agents antibactériens et antifongiques » (A. Bryskier) (Editeur : Ellipses Edition Marketing) ISBN : 2-7298-4712-X.
« Introduction à la nouvelle classification bactérienne » (J.-P. Larpent) (Editeur : Editions Technique & Documentation) ISBN : 2-7430-0417-7.
« Bactéries et Environnement » (J. Pelmont) (Editeur : Presses Universitaires de Grenoble)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée.

S 7 : Microbiologie Appliquée aux Fermentations

Numéro de l’UE : BIO 710
Intitulé de l' U E : Microbiologie Appliquée aux Fermentations

Responsable(s) : Gwennola Ermel (& Michel Gautier ENSAR)
Equipe(s) pédagogique(s) : MICROBIOLOGIE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master-professionnel de Sciences agronomiques, Agroalimentaires et Vétérinaires
Obligatoire pour la spécialité maîtrise et utilisation des micro-organismes
Optionnel pour les autres
Master-professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

2) Parcours : Master – 1ème année

3) Semestre n° : S7 ou S8 ou S9

4) Objectifs : Acquérir les connaissances nécessaires de microbiologie dans un cadre appliqué à l'agro-alimentaire, et plus spécifiquement liées aux biotechnologies

5) Prérequis : Connaissances des bases en bactériologie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2882460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
EN FONCTION DES EMPLOIS DU TEMPS ET DES EFFECTIFS, CETTE UE POURRAIT ETRE REMPLACEE PAR 2 MODULES ENSAR "Microbiologie des produits fermentés" et " Génie des séparations"
Génie fermentaire
Génie fermentaire et enzymatique : types de culture, les bioréacteurs, les paramètres de la fermentation, capteurs et régulation, extraction et purification de métabolites, microorganismes et enzymes immobilisés
Technologie d'extraction, de fractionnement et de purification (ultracentrifugation, dialyse, chromatographie (partage échangeuse d'ions, exclusion moléculaire, affinité…), electrophorèse et methodes dérivées)
Production d'aliments fermentés. Fermentations en agro-alimentaire : laits fermentés et fromages, boissons fermentées.

Production industrielle de biomasse
Etudes des techniques de récolte (filtration, centrifugation), de formulation et de conservation de la biomasse microbienne.
Etude de faisabilité des procédés à l'échelle pilote
Constitution et gestion de collection de micro-organismes. Base de données, entretien et vérification de souches constituant la collection

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité

( Génétique
S 3 : Introduction à la génétique moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 306
Intitulé de l' U E : Introduction à la Génétique Moléculaire

Responsable(s) : Serge HARDY
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
- Licence de biochimie et de biologie moléculaire
- Licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie

2) Parcours :
Deuxième année de la licence de biochimie et de biologie moléculaire et deuxième année de la licence de biologie mention biologie cellulaire et moléculaire et physiologie

3) Semestre n° 3

4) Objectifs :
Cette U.E. a pour objectif de donner une vue générale du fonctionnement des gènes chez les eucaryotes et les procaryotes et de rendre l'étudiant familier avec le concept de gène décliné d'un point de vue moléculaire. Cette U.E. doit également conduire l'étudiant à une bonne maîtrise des principales techniques de la biologie moléculaire.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

COURST. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30 h14 h16 h60 Travail personnnel35 h20 h5 h60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Nature du matériel génétique : l'ADN (5 h)
rappels sur la structure et les propriétés de l'ADN
interaction de l'ADN avec les protéines
compaction de l'ADN
biosynthèse de l'ADN : la réplication
La structure des gènes et des génomes (2 h)
Techniques de la biologie moléculaire (8 h)
Techniques de l'ADN recombinant (enzymes de restrictions, enzymes de modification, clonage)
Outils moléculaires pour étudier les gènes et l'activité des gènes Northern blot, Southern blot, PCR, séquençage
Flux de l'information génétique (15 h)
rappel sur la structure de l'ARN
la transcription chez les procaryotes : initiation, élongation, terminaison, notion d'opéron (2 h)
la transcription chez les eucaryotes : différentes classes de gènes et d'ARN polymérases (4h)
la maturation des ARN : maturation des ARN ribosomaux et des ARN de transfert chez les procaryotes et les eucaryotes; maturation des ARN pré-messagers chez les eucaryotes (coiffage, épissage, polyadénylation) (3 h)
l'exportation et la stabilité des ARN (2 h)
la traduction chez les eucaryotes et les procaryotes : code génétique, initiation, élongation, terminaison (4 h)
- TP :
préparation et analyse des différentes classes d'ARN
préparation de plasmides et réalisation de cartes de restriction

8) Bibliographie :
Cet enseignement ne s'appuiera pas sur un livre particulier. Les documents proposés aux étudiants seront extraits principalement de :
- Molecular Biology of the Cell par B. Alberts et al, 4ème édition, Garland Science
- Gène VII par B. Lewin, Oxford University Press
- Molecular Biology par R.F Weaver, 2ème édition, Mc GrawHill Higher Education

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

S 5 : Information Génétique de la Cellule et Génétique Evolutive

Numéro de l’UE : BIO 507
Intitulé de l' U E : Information Génétique de la Cellule et Génétique Evolutive

Responsable(s) : Sylvie Bonnassie
Equipe(s) pédagogique(s) : Microbiologie, Biologie cellulaire, Biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence Sciences de la Vie et de la Terre : Obligatoire

2) Parcours : Licence – 3ème année

3) Semestre n° : S5 ou S6

4) Objectifs : Donner les bases théoriques et pratiques indispensables à la compréhension des techniques et de génétique nécessaire à la préparation aux concours CAPES et Agrégation

5) Prérequis : Modules obligatoires de la filière SVT

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28201260Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS TD

Le support de l’information génétique 4H
- l’ADN support de l’information génétique
- l’ADN dans la cellule
- le gène, unité d’information génétique
- organisation générale des génomes eucaryotes et procaryotes
- la réplication de l’ADN

Dynamique et variabilité de l’information génétique 8H 6H
- les mutations (spontanées, agents mutagènes, éléments génétiques mobiles)
réparation des mutations
- Réarrangement des gènes
- Les transferts génétiques chez les bactéries

L’expression des gènes et son contrôle chez les eucaryotes et les procaryotes 8H 6H
- transcription et maturation des ARNm
- traduction et maturation des protéines
- régulation de l’expression des gènes

Bases de la génétique des populations 8H 6H
- Introduction:  place et objectifs de la Génétique des pop - Polymorphismes - Structure génétique d'une population: loi de Hardy-Weinberg, gènes liés au sexe - Ecarts à la panmixie: consanguinité , homogamie
- Mécanismes modifiant les séquences allèliques
- mutation, dérive génétique
- migration (flux de gènes)
- sélection sur caractères qualitatifs et quantitatifs

8) Bibliographie :

TitreAuteurs EditeursMicrobiologie

Introduction à l'analyse génétique LM Prescott, JP Harley, DA Klein

Griffiths et al.De Boeck-Wesmael

De Boeck-Wesmael
9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 5 : Evolution moléculaire et plasticité des génomes

Numéro de l’UE : BIO 510
Intitulé de l' U E : Evolution moléculaire et plasticité des génomes

Responsable(s) : Malika Ainouche
Equipe(s) pédagogique(s): Biologie Végétale, Biologie Cellulaire, IFSIC

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et Informatique
Et autres mentions

2) Parcours : Deuxième ou Troisième année

3) Semestre n° : 4 ou 5

4) Objectifs : Appréhender les processus évolutifs affectant les génomes.

5) Prérequis :
Génétique moléculaire (structure, réplication et fonctionnement du matériel génétique).

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30h10h20h60 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 

7) Programme des enseignements:
Cours :
Evolution structurale des génomes nucléaires et cytoplasmiques chez les Eucaryotes (synténie versus restructuration, évolution de la taille des génomes),
Eléments transposables et plasticité des génomes,
Duplication des gènes et des génomes
Evolution moléculaire et phylogénie.

Travaux pratiques et dirigés :
Analyses de séquences, taux de diversité nucléotidique (substitutions synonymes et non-synonymes), divergence moléculaire, reconstruction phylogénétique.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 5 : Méthodologies de Génétique Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 511
Intitulé de l' U E : Méthodologies de Génétique Moléculaire

Responsable(s) : Florence AUBRY et Pascale LE GOFF
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie moléculaire,
Licence de Biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie
Optionnel pour les 2 licences 

2) Parcours : L3

3) Semestre n° : S5

4) Objectifs : Cette Unité d’Enseignement va permettre à l’étudiant de maîtriser les techniques fondamentales du génie génétique.

5) Prérequis : UE Introduction à la Génétique Moléculaire ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel204060Travail personnel303060 
Crédit total de l’UE : 7 .
7) Programme des enseignements :
TRAVAUX DIRIGES (20 h)
Vecteurs de clonage et systèmes d’expression
Constructions virtuelles de plasmides recombinants
Alignement et comparaison de séquences
Analyse et interprétation des résultats de TP
TRAVAUX PRATIQUES (40 h)
Construction d’un vecteur d’expression, production et purification de la protéine recombinante correspondante :
Clonage d’un ADNc d’intérêt (préparation de plasmide, ligation, transformation)
Analyse du plasmide recombinant par digestion enzymatique et par PCR (à partir de Taq polymérase purifiée en TP)
Production de la protéine recombinante et purification par chromatographie d’affinité

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________

S 5 : Génomique et Post-génomique : production et analyse des données

Numéro de l’UE : BIO 512
Intitulé de l' U E : Génomique et Post-génomique : production et analyse des données

Responsable(s) : Thierry Guillaudeux, Michel Philippe
Equipe(s) pédagogique(s) :Biologie Cellulaire et IFSIC

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et informatique et autres mentions

2) Parcours : 3ème année

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Donner les connaissances de base sur ce qui se fait dans le domaine de la génomique et post-génomique, en insistant sur une formation pratique forte pour ces étudiants dont certains seront destinés au marché du travail.

5) Prérequis : De Biologie et d’Informatique enseignés les années précédentes

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20103060Travail personnel30102060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
1- Séquençage des génomes : (6h)
Cartographie génétique et physique
Séquençage des génomes entiers, des ESTs, technique SAGE…
2-Génotypage : (2h)
3-Puces à ADN, PCR Quantitative en temps réel (5h)
4-Protéome et puces à protéines (5h)
5-Micro et nanotechnologies (2h)
TD :
Exercices d’initiation sur les logiciels de référence en bio-informatique et analyse des séquences.
TP :
Un accent fort sera mis sur les TP dans cette UE en insistant sur la qualité de la préparation des échantillons biologiques. Les modèles levures, lignées cellulaires animales, tissus animaux et végétaux seront utilisés dans ces séances. Une analyse des données bioinformatiques et la validation biostatistiques des expériences seront réalisées au cours de ces TP.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40 ?

S 5 : Génétique eucaryote

Numéro de l’UE : BIO 513
Intitulé de l' U E : Génétique eucaryote

Responsable(s) : Isabelle Pellerin
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licences biologie (toutes mentions) et Licence de biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours : 1ère année et 2ième des licences de Biologie pour toutes les mentions et de la licence de biochimie et biologie moléculaire

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Donner aux étudiants des bases théoriques solides de génétique classique et moléculaire et l’aptitude à raisonner sur des problèmes de génétique. A cette fin, de nombreux exercices seront proposés aux étudiants au cours des séances de TD pour leur apprendre à appliquer les principes de la génétique aux données expérimentales. Les étudiants apprendront au cours des séances de TP à réaliser et à interpréter des expériences de génétique sur le modèle de la levure.

5) Prérequis : UE introduction à la génétique moléculaire ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24162060 Travail personnel3025560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
La structure et la nature des génomes
La transmission des gènes (rappels de génétique mendélienne, la liaison génétique, cartes génétiques…)
L'interaction des gènes (notions d'épistasie et de suppression, notions de pénétrance et d'expressivité)
Les mutations géniques et chromosomiques (fondements moléculaires des mutations, conséquences des mutations)
La Dynamique et la variabilité des génomes (éléments génétiques mobiles, réarrangement des gènes)
Modèles génétiques (levure, drosophile, Caenorhabditis elegans…)
Introduction à la génétique humaine

8) Bibliographie :
Analyse génétique moderne par Griffiths, Gelbart, Miller et Lewontin, édition DeBoeck Université

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et pratiques

12) Capacité d'accueil : sans limite



S 6 : Contrôle de l’Expression Génétique chez les Eucaryotes

Numéro de l’UE : BIO 608
Intitulé de l' U E : CONTROLE DE L’EXPRESSION GENETIQUE CHEZ LES EUCARYOTES

Responsable(s) : Florence DEMAY et Yves LE DREAN
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Obligatoire pour la Licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
Optionnel pour Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie 

2) Parcours : L3

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement est le complément de l’Unité d’enseignement « Introduction à la génétique moléculaire » vue en S3. Son objectif est de permettre à l’étudiant d’appréhender les 4 niveaux de régulations de l’expression génétique : transcriptionnel, post-transcriptionnel, traductionnel et post-traductionnel.

5) Prérequis : UE Introduction à la Génétique Moléculaire ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26181660Travail personnel25201560
Crédit total de l’UE : 7 .
7) Programme des enseignements :

COURS (26h)
Régulation de l’initiation de la transcription (6 h)
- séquences régulatrices
- facteurs de transcription : les domaines de liaison à l’ADN, les domaines d’activations, modes d’actions illustrés avec quelques exemples.
Régulation de la maturation des ARN pré-messagers : l’épissage alternatif et la polyadénylation alternative (6 h)
- séquences régulatrices introniques et exoniques
- facteurs d’épissage : les domaines de liaison à l’ARN, modes d’action illustrés avec quelques exemples.
Contrôle de l’exportation des ARNm et de la régulation de la stabilité des ARNm (2 h)
Contrôle de la traduction (6 h)
- traductibilité des ARNm
- régulation de l'initiation de la traduction
Modifications post-traductionnelles (6 h)
Conséquences sur l’adressage, l’activité et la demie-vie des protéines.
TRAVAUX DIRIGES (18 h)
- Exercices d’application directe du cours.
TRAVAUX PRATIQUES (16 h)
- Etude de l'activité transcriptionnelle dans la levure (cas des récepteurs nucléaires et des facteurs de chocs thermiques )(8 h)
- Etude des interactions ADN protéines (technique de gel retard) (8 h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( (licence de biochimie et de biologie moléculaire)
optionnel ( (Licence de biologie cellulaire, moléculaire et physiologie)

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________


S 7 : Structure, maintien et expression des génomes

Numéro de l’UE : BIO 724
Intitulé de l' U E : Structure, maintien et expression des génomes

Responsable(s) : Yves Le Dréan
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et Biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Optionnel pour le Master de Biochimie et Biologie Moléculaire
Optionnel pour le Master 1 de recherche de Biologie et Environnement mention Biologie Cellulaire et Physiologie.

2) Parcours : Master 1

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
L’objectif de cette Unité d’Enseignement est de permettre à l’étudiant d’appréhender les processus opposés permettant la conservation ou la variabilité des génomes. Une étude globale des niveaux d'expression responsables de la lecture différentielle du génome, dans la différenciation et la réponse au variations de l'environnement, sera également abordée. Cette dernière partie est le complément de l’Unité d’enseignement « Contrôle de l’expression génétique chez les eucaryotes » vue en S6.

5) Prérequis :
Module "Contrôle de l'expression génétique chez les eucaryotes" ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel36141060 Travail personnel30102060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours
Mécanismes et machineries de la réplication de l'ADN. Régulation
Mécanismes et machineries de la recombinaison de l'ADN - Recombinaisons ponctuelles,
homologues, fonctions connues.
Mécanismes et machineries de la réparation de l'ADN - Systèmes conservateurs et fautifs,
incidences évolutives et pathologiques.
Structure-fonction des différentes classes d'ADN - Centromères, télomères, MARs, isochores, ADN
non-B, gènes.
Modifications épigénétiques des génomes- leurs différents rôles connus
Intégration des niveaux de régulation de l'expression génétique - Organisation intégrée des
mécanismes vus les années précédentes, détail de mécanismes particuliers, réponse aux stimuli
extérieurs.
TD
Illustrations concrètes des cours par des exercices. Préparation à l'examen.
TP
Analyse in silico de promoteur, recherche d'éléments "cis"
Enroulement de l'ADN – analyse de l’activité des Topoisomérases
Travail personnel: Rédaction d'un rapport sur des analyses d'articles.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X (Master de Biochimie et Biologie Moléculaire et Master de Biologie Cellulaire et Physiologie).

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________


S 7 : Dynamique et Evolution des Gènes et des Génomes

Numéro de l’UE : BIO 711
Intitulé de l' U E : DYNAMIQUE ET EVOLUTION DES GENES ET DES GENOMES

Responsable(s) : Abdelhak El Amrani
Equipe(s) pédagogique(s) :Biologie végétale et Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1recherche de Biologie et Environnement mention bio-informatique, mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Dans une formation de Master Bio-Informatique, où il est question d’analyse des données obtenues par séquençage massif des génomes, il est nécessaire d’aborder un certain nombre de notions sur la dynamique et l’évolution des gènes et des génomes Dans ce module seront abordés les mécanismes évolutifs et la plasticité des gènes et des génomes et la notion de comparaison à l’échelle de génomes entiers

5) Prérequis :
- Notions de base de la nature du matériel génétique
- Notions de base de la structure et expression de gènes (promoteur, cadre de lecture ouvert, transcription ...)

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T.D.T.P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel20202060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Chapitre I : Rappels concernant l’organisation des génomes
- Structure répétitive du génome Eucaryote
- Localisation des gènes, génomique comparative et synténie,
origine des introns
- Composition en GC, organisation du génome des Angiospermes et des Vertébrés, origine des isochores …
- Mécanismes augmentant ou réduisant la taille du génome
- Génome lié au sexe
- Origines du génome des mitochondries et des chloroplastes
- Diversité des génomes eucaryotes
Chapitre II Mécanismes évolutifs de la régulation de l’expression des gènes
- Gènes homéotiques
- Innovation évolutive par combinatoire de domaines conservés. Exemple des facteurs de transcription
RNomique: ARNs non codants, petits ARNs de régulation 
Mécanismes de co-évolution au niveau génique
- Pseudogènes
Chapitre III : Eléments transposables - Rôle dans l’évolution des gènes et de la taille des génomes:
- Notions générales sur les éléments transposables (ETs)
- Les ETs et les virus
- Transposition et ses conséquences
- Notion d’éléments de contrôle
- Conséquences de la transposition sur la taille et la structure des gènes et des génomes
- Variation de la taille des génomes et « paradoxe de la valeur C ».
- Transferts horizontaux et évolution des génomes
Chapitre IV : Duplication des gènes et des génomes
- Duplication des gènes, familles multigéniques et acquisition de nouvelles fonctions, évolution concertée, orthologie et paralogie des gènes.
- Redondance fonctionnelle et pseudogénisation.
- Dynamique des génomes polyploïdes

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours/TD par groupe de 40 étudiants maxi, enseignement diffusé par le web

12) Capacité d'accueil : 40 étudiants maximum

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S 8 : Applications de la Génétique Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO 802
Intitulé de l' U E : Applications de la Génétique Moléculaire

Responsable(s) :Denis Michel
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et biologie moléculaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master de recherche de biochimie et biologie moléculaire
Master professionnel Biologie, Environnement et Santé mention Biologie et gestion

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : S8

4) Objectifs :
Module destiné aux étudiants tournés vers la recherche ou le développement bioindustriel. Vision du potentiel de la génétique moléculaire sous ses aspects expérimentaux et inventifs.

5) Prérequis : Titulaire d'une licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20122860Travail personnel30201060 ou 16
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

Cours.
Technologies de génétique moléculaire (8H)
Différentes techniques et applications de : mutagenèse, transfert génétique, détections moléculaires, recherches de ligands, stratégies d'inhibition de programmes cellulaires, productions de polypeptides naturels ou artificiels.
Evolution des stratégies exploratoires (8H)
De la protéine au gène
Identification directe de gènes (à partir de critères fonctionnels, par complémentation, par perturbations aléatoires)
Approches "post-génomiques"
Du gène à la fonction (Dérégulations expérimentales)
TD.
Illustrations concrètes des cours. Etude de quelques retombées de la génétique moléculaire valorisée en terme d'outils biotechnologiques et médicaux. Préparation à l'examen.
TP.
Synthèse et utilisation d'un vecteur de transfert protéique eucaryote; vérification de sa fonctionnalité (ce travail inclut du clonage et de la mutagenèse simple)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : Selon les disponibilités en salles et équipements de TP.


S 8 : Biotechnologie et génie génétique

Numéro de l’UE : BIO 803
Intitulé de l' U E : Biotechnologie et génie génétique

Responsable(s) : Isabelle pellerin
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie cellulaire, microbiologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours : Master Sciences de la Vie et de la Terre 1ère année

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
Donner les bases théoriques et pratiques des techniques de génie génétique et de biotechnologies indispensables à la préparation aux concours CAPES et agrégation.
Au cours d’un TP, les étudiants appliqueront une technique de génie génétique en réalisant l’expression de protéines recombinantes.

5) Prérequis : Modules obligatoires de la filière Sciences de la Vie et de la Terre ou équivalents

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2262048Travail personnel3014448
Crédit total de l’UE : 4
7) Programme des enseignements :
1-Bases scientifiques des biotechnologies (6H)
- Le génie génétique
- La génomique
- Les cultures in vitro (Cultures de cellules animales et végétales)
2-Biotechnologie des plantes et des animaux (8H)
- Méthodes de clonage; conservation de la structure génétique
- Induction d’une variabilité génétique
- Mutagenèse artificielle
- Les biotechnologies de l’embryon
- Les transformations génétiques (exemple-modèle, éléments sur les applications agronomiques, industrielles, médicales)
3- Les produits biologiques, matières premières de l’industrie (2H)
4-Utilisation des micro-organismes dans l’industrie (6H)
- Utilisation des micro- organismes dans la production de biomasse
- Application des métabolismes microbiens (micro-organismes dans les transformations industrielles)
- Les substances d’intérêt issues des micro-organismes (utilisation des enzymes microbiennes, production de métabolites naturels, production de molécules recombinantes)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

( Physiologie Végétale

S 3 : Bases Physiologiques de la Production Végétale

Numéro de l’UE : BIO 307
Intitulé de l' U E : Bases Physiologiques de la Production Végétale

Responsable(s) : L. Leport
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention BCMP et mention Biologie des Organismes, licence sciences de la vie et de la terre, licence pluridisciplinaire

2) Parcours : L2 spécialité «  Sciences végétales »

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
Acquisition des bases fonctionnelles de la production de biomasse végétale.

5) Prérequis :
Bases de biologie et de biochimie enseignées en L1 ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20102010-60 Travail personnel20102010-60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
NM2 :- Relations hydriques de la plante entière.
- Absorption minérale à partir de la solution du sol.
- Photosynthèse et échanges gazeux au niveau foliaire.
- Métabolismes carbonés photosynthétiques.

CD2 : - Implication des phytohormones dans les processus de développement.
Embryogenèse et morphogenèse.
Mouvements et tropismes.

8) Bibliographie :
Ouvrages classiques de Physiologie :Mazliak, Morh…

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Conduite de l’enseignement et moyens : Une attention particulière sera portée à la découverte des filières majeures de la production végétale et des organismes para-agricoles en amont et en aval de ces productions. Ceci donnera lieu à des travaux d’enquêtes et  à des exposés.

12) Capacité d'accueil :


S 3 : Phytoressources

Numéro de l’UE : BIO 308
Intitulé de l' U E : PHYTORESSOURCES

Responsable(s) : A. Bouchereau
Equipe(s) pédagogique(s) :Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie
Licence de Biologie, mention Biologie des Organismes.

2) Parcours : L2 spécialité Sciences végétales et spécialité Biologie appliquée

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
Identification des ressources végétales de la biosphère et des agrosystèmes et de leurs intérêts environnementaux, alimentaires et bioindustriels.

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20102010-60 Travail personnel20102010-60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Contenu pédagogique :
Inventaire et typologie des productions végétales et des agrosystèmes
Productions végétales d’intérêt agronomiques (exemples)
Matières premières d’origine végétale : propriétés et intérêts pour l’homme
Valorisation bioindustrielle de quelques productions végétales (exemple)
Notion de qualité des produits végétaux
Bases de la physiologie des organes végétaux après récolte

8) Bibliographie :
Documentation abondante récente au SCD de l’établissement

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
ou selon spécialité
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Conduite de l’enseignement et moyens : Dans le cadre des travaux personnels, les étudiants seront amenés à préparer de courtes monographies relatives aux productions ciblées pour l’étude

12) Capacité d'accueil :


S 5 : Biologie cellulaire et moléculaire végétales

Numéro de l’UE : BIO 514
Intitulé de l' U E : Biologie cellulaire et moléculaire végétales

Responsable(s) :F. Cabello-Hurtado
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : L3 en spécialité  Sciences végétales et spécialité Biologie appliquée
de la mention BCMP

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Objectif général : Appréhender la complexité structurale et fonctionnnelle de la cellule végétale eucaryote via l’étude de ses génomes, des compartiments cellulaires, leur structure membranaire, leur fonction et leur coopération fonctionnelle.

5) Prérequis :
Bases de la biologie, de la biochimie et de la physiologie végétale enseignées en L1 et en L2 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20102010-60Travail personnel205105-60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Contenu pédagogique

Compartement nucléaire
Organisation et expression des génomes végétaux
Compartiments et systèmes membranaires (transporteurs)
Membranes végétales transductrices d’énergie

8) Bibliographie :
Ouvrages classiques de Physiologie végétale (SCD)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Conduite de l’enseignement et moyens : Chacun des compartiments spécifiques de la cellule végétale donnera lieu à un travail documentaire et à des exposés individuels (chloroplaste, peroxysome, glyoxysome, vacuole, paroi..)

12) Capacité d'accueil :


S 6 : Physiologie et Intérêt Biotechnologique des Eucaryotes végétaux Inférieurs

Numéro de l’UE : BIO 609
Intitulé de l' U E : Physiologie et Intérêt Biotechnologique des Eucaryotes végétaux Inférieurs

Responsable(s) : C. Deleu
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

2) Parcours : L3 spécialité  Sciences végétales et spécialité biologie appliquée de la mention BCMP

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Acquérir les connaissances de bases relatives à la biologie et à la physiologie des eucaryotes végétaux inférieurs et identifier leur intérêt technologique ou biotechnologique.

5) Prérequis : Bases de physiologie végétale acquises au niveau L2 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2010201060Travail personnel2010201060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Contenu pédagogique
Bases de la biologie, de la physiologie et de la biochimie des algues :
- Eléments de taxonomie
Algues marines
Micro-algues et cyanobactéries
On insistera sur les originalités des systèmes photosynthétiques et les processus de l’autotrophie pour le carbone et sur les capacités biosynthétiques originales de ces organismes
Bases de la biologie, de la physiologie et de la biochimie des systèmes fongiques :
Eléments de taxonomie fongique
Particularités de la biologie et de la reproduction des champignons
Relations champignons-environnement (réponses à la déshydratation, à l’anoxie, à la lumière, aux conditions extrèmes)
Utilisations technologiques et biotechnologiques de ces organismes
Algues
Eléments de domestication, de culture et de valorisation des algues marines
Exploitation des gènes d’intérêt des cyanobactéries
Production de biométabolites, de toxines et de composés bioactifs
Algues extrêmophiles et applications bioindustrielles
Champignons
Culture des comestibles
Relations mycorhiziennes
Valorisation de leurs aptitudes à la dégradation et au parasitisme
Processus fermentaires
Technologies enzymatiques
Problèmes de santé publique

8) Bibliographie :
Documentation récente au SCD

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Conduite de l’enseignement et moyens : des travaux personnels seront dédiés à des visites d’entreprises bio-industrielles valorisant l’un ou l’autre des organismes étudiés pour l’élaboration de produits d’intérêt pour l’homme ( ces visites donneront lieu à des CR validés par les entreprises d’accueil)

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Physiologie végétale : nutrition, croissance, interactions plante-milieu

Numéro de l’UE : BIO 712
Intitulé de l' U E : Physiologie végétale : nutrition, croissance, interactions plante-milieu

Responsable(s) : Ivan Couée
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Sciences et Vie de la Terre 1ère année

2) Parcours : Master Sciences et Vie de la Terre 1ère année

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Donner les connaissances scientifiques solides de physiologie végétale qui seront mises en pratique dans la préparation aux concours CAPES et agrégation (année Master Sciences et Vie de la Terre 2)
Favoriser la réflexion intégrative des différents niveaux d'approche (plante entière, métabolisme, biochimie, fonctionnement du génome) et la comparaison des différentes disciplines (physiologie végétale, physiologie animale, biologie cellulaire et moléculaire, biologie évolutive)
Développer les capacités de rigueur scientifique (expérimentation), de clarté et de synthèse rédactionnelles (sujets écrits de réflexion et de synthèse), et de prise de parole (exposés)

5) Prérequis : Modules obligatoires de la Licence Sciences et Vie de la Terre ou équivalents

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2882460Travail personnel20103060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
- Nutrition : nutrition carbonée et azotée, chaîne photosynthétique et photophosphorylation acyclique, cycle de Calvin, synthèse de l'amidon, parenchyme palissadique foliaire, échanges gazeux (fonctionnement des stomates), nature, synthèse et utilisation des réserves
- Croissance et développement : la plante-modèle Arabidopsis thaliana , développement végétatif post-embryonnaire, appareil racinaire des plantes, rhizogenèse, croissance en longueur (méristèmes primaires) et en épaisseur (cambiums), étude d'une cellule méristématique caulinaire, les plasmodesmes, ramification, port des végétaux, métabolisme, action et rôles des phytohormones, la paroi cellulaire
- Interactions plante-milieu : contrôle du développement par les facteurs de l'environnement, réponses aux stress environnementaux, problèmes de l'eau en milieu terrestre, absorption de l'eau, phototropisme et gravitropisme, perception et transduction des signaux

8) Bibliographie : exemples
- Alberts et al. Biologie Moléculaire de la Cellule, Flammarion
- Buchanan B, Gruissem W, Jones R (2000) Biochemistry and molecular biology of plants. ASPP
- R. Heller et al. Physiologie Végétale, (1) Nutrition, (2) Développement
- Hans Mohr, Peter Schopfer (1995) Plant Physiology. Springer
- Tagu D, Principes des techniques de biologie moléculaire, INRA
- Peter Westhoff et al. (1998) Molecular plant development: from gene to plant. Oxford University Press
- Lewis Wolpert et al. (2000) Biologie du développement, les grands principes. Dunod
- Journal PLANT PHYSIOLOGY http://www.plantphysiol.org/ ACCES online sauf année en cours
- Journal PLANT CELL http://www.plantcell.org/ ACCES online sauf année en cours
- Base de données bibliographiques Medline http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/index.html
- Base de données bibliographiques Agricola http://www.nal.usda.gov/ag98/ag98.html
- Série TRENDS http://www.trends.com/ ACCES online BU Sciences

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours magistraux, travaux dirigés d'application (étude de documents scientifiques, analyse de données, recherches bibliographiques), travaux pratiques d'approche scientifique expérimentale et d'illustration expérimentale pédagogique, travail personnel individuel (projet écrit basé sur les travaux pratiques) et en petit groupe (préparation d'exposé court)

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________

S 7 : Technologie et Biotechnologie Végétales

Numéro de l’UE : BIO 713
Intitulé de l' U E : Technologie et Biotechnologie Végétales

Responsable(s) : Marie – Françoise Niogret
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 recherche en Biologie et Environnement
Mention : Sciences végétales fondamentales
Master professionnel en Sciences agronomiques et agroalimentaires
Mention : Sciences et productions végétales
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

2) Parcours : M1 recherche ou M1 professionnel (domaine végétal)

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Examiner les principales vitrométhodes utilisables en recherche et développement pour la multiplication, la transformation et l’amélioration génétique, la création variétale ainsi que la conservation des ressources génétiques d’intérêt agronomique.

5) Prérequis :
Bases de biochimie et de biologie moléculaire. Notions de base en physiologie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h10h20h10h60 h Travail personnel20h10h20h10h60 h
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Contenu pédagogique :
Totipotence chez le végétal : signification et limites
Mise en culture : vitroculture et vitrométhodes
Cultures cellulaires végétales, production de biométabolites
Micropropagation et multiplication conforme
Bases de la transformation génétique et de l’agrotransformation
Biotechnologies végétales : leurs applications en amélioration génétique et en phytoprotection
Planticorps et autres applications pharmacologiques
Applications en phytorémédiation

8) Bibliographie : Documentation abondante récente au SCD

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les travaux personnels viseront à effectuer des travaux d’enquêtes et de documentation auprès d’organismes utilisateurs des méthodologies concernées et auprès des centres documentaires disponibles (CR et exposés individuels).

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Intégration du métabolisme et du Développement des Plantes

Numéro de l’UE : BIO 804
Intitulé de l' U E : Intégration du métabolisme et du Développement des Plantes

Responsable(s) : A. Bouchereau
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) recherche en Biologie et Environnement
Mention : Sciences végétales fondamentales
Master professionnel en Sciences agronomiques et agroalimentaires
Mention : Sciences et productions végétales

2) Parcours : M1 recherche ou M1 professionnel (domaine végétal)

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Approche détaillée des mécanismes de la construction des biomolécules, de leur gestion, de leur répartition et de leur utilisation contrôlée aux différentes phases du développement.

5) Prérequis : UE de Physiologie végétale en L2 et L3 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h10h20h10h60 h Travail personnel20h10h20h10h60 h
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Contenu pédagogique :
NM3 : - Absorption, réduction et métabolisation des éléments N,S et P
Bioénergétique de l’organisme photoautotrophe et de l’organisme hétérotrophe
Translocation, répartition et valorisation des photoassimilats
Adaptations physiologiques aux contraintes environnementales
CD3 : - Biochimie, modes et mécanismes d’action des phytohormones
Photopériodisme et chronobiologie
Bases des biotechnologies végétales

8) Bibliographie : Documentation abondante récente au SCD

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les travaux seront orientés vers la découverte des structures de recherche fondamentale et des structures de recherche et développement dans le domaine des sciences végétales et de leurs applications agroalimentaires et industrielles.

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Physiologie Cellulaire et Moléculaire Végétales

Numéro de l’UE : BIO 825
Intitulé de l' U E : PHYSIOLOGIE CELLULAIRE ET MOLECULAIRE VEGETALES

Responsable(s) : Marie – Françoise Niogret
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 recherche en Sciences de la Vie et de l’Environnement
Mention : Sciences végétales fondamentales
Master professionnel en Sciences agronomiques et agroalimentaires
Mention : Sciences et productions végétales

2) Parcours : M1 recherche

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
Identifier les spécificités structurales et fonctionnelles de la cellule végétale et les mécanismes de perception et de transduction par la plante de signaux internes ou externes affectant le métabolisme et le développement.

5) Prérequis :
Bases de biochimie et de biologie moléculaire. Notions de base en physiologie.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h10h20h10h60 h Travail personnel20h10h20h10h60 h
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
A- Interactions des 3 génomes végétaux
B- Compartimentation des structures et des fonctions dans la cellule végétale
C- Perception et transduction de signaux par la cellule végétale
Signaux lumineux (phytochromes, cryptochromes, phytotropines)
Signaux hormonaux
D- Réponses moléculaires aux contraintes environmentales


8) Bibliographie : Documentation récente au SCD

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les étudiants répartis par binômes réaliseront un court mémoire bibliographique ciblé sur l’organisation temporelle des évènements biochimiques se produisant dans la plante depuis la perception du message jusqu’à l’expression d’une réponse adaptative mesurable (ces mémoires seront validés et feront l’objet de soutenance)

12) Capacité d'accueil :


( Physiologie Animale
S 1 :Système nerveux et comportement

Numéro de l’UE : BIO 103
Intitulé de l' U E : Système nerveux et comportement

Responsable(s) : Marie-Annick Richard et Colette Vaillant-Capitaine
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie et Physiologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : 1ère année de la licence de Biologie (pour toutes les mentions) et de la licence de Biochimie et de Biologie moléculaire

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : S1

4) Objectifs : Cette unité d'enseignement doit donner à l'étudiant des bases sur le comportement de l'individu et sur son système nerveux. Cela doit permettre de comprendre comment l'individu prend l'information dans le milieu, de quelles structures il dispose pour traiter cette information et comment il va agir et exploiter son milieu

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel15252060 Travail personnel15252060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours/TD
Buts et méthodes de l’éthologie (4h)
Prise d’informations sur le milieu (6h)
Apprentissage et conditionnement (6h)
Le système nerveux central, structure et fonctions (6h)
Information sensorielle (6h)
Motricité réflexe et volontaire (4h)
Régulation de la vie végétative (4h)
Exploitation du milieu (4h)

TP
Anatomie du système nerveux (4h)
- Intégration sensorielle et réponse motrice (4h)
Temps de réaction (4h)
Perception - sélection d’items chez les oiseaux (4h)
Apprentissage (4h)

8) Bibliographie :
Ethologie (J.C. Guyomarc'h - Edition Masson - 1995)
Neurosciences : A la découverte du cerveau (M.F. Bear, B.W. Connors, M.A. Paradiso - Edition Pradel)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a pour objectif de donner une vue d'ensemble des différents aspects de la biologie, d'aider les étudiants à définir leur orientation. Elle a aussi été conçue de manière à favoriser l'insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l'échec.
L'enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil



S 3 : Communication hormonale

Numéro de l’UE : BIO 309
Intitulé de l' U E : Communication hormonale

Responsable(s) : Colette Vaillant-Capitaine / Elisabeth Pellegrini
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire, Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours :2ème année de la licence

3) Semestre n° :  3

4) Objectifs :
Donner aux étudiants des connaissances fondamentales sur le système endocrinien et les mécanismes d’action des hormones sur leurs tissus cibles.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel32h6h10h48 Travail personnel48
Crédit total de l’UE : ?
7) Programme des enseignements :

Cours  (32h)
Introduction
Différents types de communications cellulaires (communication nerveuse, communication hormonale et communication dans les mécanismes immunitaires)
Systèmes endocriniens et hormones 
caractéristiques générales
Transductions des signaux hormonaux 
Les récepteurs :
Récepteurs membranaires couplés aux protéines G (AC, AMPc, PKA, PLC, IP3, DAG, PKC, Ca2+, Phosphorylation..)
Récepteurs membranaires couplés aux tyrosine kinase
Récepteurs nucléaires
Les cibles :
Expression génomique (d’enzymes, de transporteurs……….)
Echanges transmembranaires (membrane plasmique, membrane des organites cellulaires…..)
Quelques exemples de mécanismes de transduction de signaux hormonaux 
Adrénaline et vasomotricité (récepteurs RCPG b2 et a1 au niveau de la paroi vasculaire)
Vasopressine et volémie (récepteur RCPG et aquaporine au niveau rénal)
Insuline et son implication dans la régulation de la glycémie (récepteur couplé à une tyrosine kinase et transporteurs du glucose).
Hormones thyroïdiennes (récepteurs nucléaires)
TP (10h)
Régulation nerveuses et hormonales du diamètre de l’aorte
Histologie des glandes
TD (6h)
Histologie des glandes (4h)
Régulation nerveuses et hormonales du diamètre de l’aorte (2h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 

10) Statut :
obligatoire X
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 4 : Communication nerveuse et excitabilité

Numéro de l’UE : BIO 405
Intitulé de l' U E : Communication nerveuse et excitabilité

Responsable(s) : F. TIAHO
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, Licence Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours :

3) Semestre n° : 4 Licence biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie ou 8 licence Sciences de la Vie et de la Terre

4) Objectifs :
Cet enseignement concerne la physiologie de la cellule excitable. Un accent sera mis sur la transduction et le codage de l’information sensorielle abordée dès le semestre S1.

5) Prérequis :
Système nerveux et comportement du semestre 1 ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Programme des cours :
A. Bio-électricité communes à toutes les cellules excitables
Mécanismes ioniques de genèse du potentiel de repos membranaire et du potentiel d’action.
B. Propriétés structurale et fonctionnelle des neurones
-Structure : neurites, cytosquelette, classification, synapses.
-Influx nerveux : caractéristique, origine, propagation, électroneurogramme, électrophysiologie et pharmacologie des canaux ioniques du potentiel d’action (canaux sodique et potassique).
-La transmission synaptique :potentiels synaptiques, intégration spatio-temporelle, propriétés fonctionnelles de certains récepteurs de neuromédiateurs.
C. Les cellules musculaires
Les grandes caractéristiques générales (excitabilité et contractilité : myofilaments, etc...)
Classification : en fonction de leurs caractéristiques morphologiques et fonctionnelles
- Les fibres striées squelettiques : jonction neuro-musculaire, couplage excitation-contraction)
- Les fibres striées cardiaques :automatisme et régulation nerveuse
- Les fibres lisses : automatisme et régulation nerveuse
D Les cellules sécrétrices :Couplage excitation-sécrétion
E Cellules sensorielles et transduction des signaux : spécificités de la transduction, potentiel récepteur , codage et transmission des signaux
Programme des TD :
- Préparation aux études expérimentales abordées dans le cadre des travaux pratiques
Programme des TP :
Activité nerveuse et transmission synaptique.
Jonction neuro-musculaire.
Rôle des ions et régulation de l’activité Cœur perfusé par les neurotransmetteurs.
Histologie des organes sensoriels

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire X
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



S5-S6 : Fonction de nutrition et de reproduction chez l’homme

Numéro de l’UE : BIO
Intitulé de l' U E : Fonctions de nutrition et de reproduction chez l’homme

Responsable(s) :Cécile Lecomte
Equipe(s) pédagogique(s) :Physiologie animale



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :Licence pluridisciplinaire mention biologie


2) Parcours :3ème année de licence


3) Semestre n° : 5 ou 6


4) Objectifs :Cet enseignement de physiologie humaine apporte une vision synthétique des grandes fonctions de reproduction et de nutrition à destination des étudiants préparant les concours du professorat des écoles.


5) Prérequis :
UE Nutrition et Reproduction S2
ou un enseignement équivalent présentant les modalités de prise alimentaire et les étapes de la digestion (sans la régulation)



6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel32h10h18h60Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 

7) Programme des enseignements :
Chap 1 Fonctions de nutrition 30h

1-Nutrition à l’échelle de l’organisme 6h
2- Nutrition à l’échelle cellulaire 5h
3- Excrétion 5h

TD Respiration 2h
Alimentation 2h

TP ESAO respiration humaine
Histologie tube digestif et poumon

Chap 2 Fonction de reproduction 30h
Fonctions ovariennes et régulations 4h
Fonctions testiculaires et régulations 4h
Fécondation 2h
Gestation, parturition, lactation 4h

TD Contraception 2h
Procréation médicalement assistée 2h
Puberté,ménopause 2h
TP Histo ovogenèse, spermatogenèse
Fécondation




8) Bibliographie :
Anatomie et physiologie humaines , Marieb, De Boeck Université


9) Coefficient :

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :




12) Capacité d'accueil :


S 6 : Biologie et Physiologie de Reproduction

Numéro de l’UE : BIO 610
Intitulé de l' U E : Biologie et Physiologie de Reproduction

Responsable(s) : Norredine BOUJRAD (co-responsable C. VAILLANT)
Equipe(s) pédagogique(s) : Equipe pédagogique de Physiologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie, Licence Sciences de la Vie et de la Terre.
Licence de Biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : 1ère année du master, 2ème et 3ème année de la licence

3) Semestre n° : 6 LSVT , 4 ou 6 pour la Licence

4) Objectifs :
Cet enseignement concerne la biologie et la physiologie de l’axe hypothalamo-hypophyso-gonadique. Un accent sera mis sur la production des gamètes, des stéroïdes et d’autres hormones ainsi que leur rôle dans la préparation de la femelle, après la fécondation, à porter l’embryon, pendant la grossesse (Vivipares) et à le nourrir après la naissance.

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel32101860 Travaux personnels60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Programme du cours :
Déterminisme du sexe (2h)
Chromosome Y
Gène SRY
Développement et Différenciation sexuelle de l’appareil génital (2h)
Gonades et tractus génitaux
L’axe hypothalamo-hypophyso-gonadique (4h)
Complexe hypothalamo-hypophysire et pulsatilité
Stéroïdogenèse et rétrocontrôle gonadique
Structure et fonctions du testicule (4h)
Anatomie
Spermatogenèse
Cellules de Sertoli, cellules de Leydig
Régulation de la fonction testiculaire
L’épididyme et les glandes annexes (2h)
Fonctions ovariennes (5h)
Folliculogenèse et ovulation
Croissance et maturation de l’ovocyte in vivo et in vitro
Corps jaune cyclique et lutéolyse
Cycles menstruels et oestriens
Voies génitales
Fécondation (2h)
Capacitation, reconnaissance-fixation spz-ovocyte
Fusion des membranes plasmiques
Activation de l'œuf
Pathologie des gamètes et de la fécondation
Gestation (3h)
Corps jaune gestatif : évolution morphologique et fonctionnelle
Physiologie et endocrinologie placentaire
Immunologie de la gestation
Parturition (2h)
Caractéristiques de la contraction du myomètre
Régulation de l'activité contractile du myomètre : endocrine et paracrine
Lactation (3h)
Anatomie de la glande mammaire
Mammogenèse
Lactogenèse
Lactation
Puberté et ménopause (2h)
Programme des TD :
Les muscles lisses
Analyse des dosages des gonadotropines
La procréation médicalement assistée
Un exemple de réflexe neuroendocrinien : la tétée
Programme des TD :
Ovogenèse et voies génitales femelles
Spermatogenèse et voies génitales males
Fécondation
Dosage ELISA des gonadotropines
Mobilité Utérine

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire X
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S5 ou 6 : Endocrinologie Moléculaire

Numéro de l’UE : BIO
Intitulé de l' U E : Endocrinologie Moléculaire

Responsable(s) :Elisabeth Pellegrini / Isabelle Anglade
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie

2) Parcours :

3) Semestre n° : 5 ou 6

4) Objectifs :
Donner aux étudiants des connaissances fondamentales mais surtout des supports de réflexion sur les mécanismes moléculaires impliqués dans les régulations endocriniennes de l’organisme.

5) Prérequis : UE de communication cellulaire ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28h6h26h60 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

COURS (28h)
I – Introduction
Les hormones sont des molécules signal, leur production, leur action
La communication hormonale : paracrinie, autocrinie
Hormones VS neurotransmetteurs

II – La démarche expérimentale en endocrinologie et ses limites
Rappel historique de la découverte, des méthodes utilisées
Les principales hormones et la notion de rythmicité (la reproduction et la pulsatilité)

III – Production et sécrétion des hormones
Synthèse
Maturation
Régulation de la sécrétion

IV – Distribution et métabolisme des hormones
Transport dans le sang
Clearance métabolique et demi-vie
Endocrinologie des métabolites

V – Rétrocontrôles
Stéroïdiens
Non stéroïdiens

VI – Quelques exemples choisis
Endocrinologie de la croissance
Les hormones corticotropes
L’angiotensine…

VII – Aspect physiopathologiques
Altération des sécrétions hormonales
Cancer hormono-dépendants

VIII – Perspectives
Hormones, facteurs de croissance et oncogènes
Neurostéroïdes

TP (26h)
Régulation par l’estradiol de l’expression de l’aromatase cérébrale chez l’embryon de zebrafish : étude par hybridation in toto.

TD (6h)
Principe de la technique d’hybridation in toto (2h)
Exploitation des résultats de TP et discussion sur leur signification physiologique (2h)
Analyse d’article (2h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire X
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil S 7 : Perception et Transduction des Signaux


Numéro de l’UE : BIO 715
Intitulé de l' U E : PERCEPTION ET TRANSDUCTION DES SIGNAUX

Responsable(s) : F. Ferrière (co-responsable G. Salbert)
Equipe(s) pédagogique(s) : Equipes pédagogiques de physiologie animale et de biologie cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) de Recherche de Rennes (UE obligatoire pour la mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie ; optionnelle pour les autres mentions) ;
Masters professionnels (UE optionnelle)

2) Parcours : master1

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
L’approche conceptuelle et expérimentale de cette UE sera basée sur l’étude des processus cellulaires et moléculaires à la base de la reconnaissance et de la transduction des signaux (structure-fonction des récepteurs) et du fonctionnement des canaux et transporteurs sensibles aux modifications environnementales. Les exemples traités seront pris aussi bien dans les systèmes procaryotes qu’eucaryotes animaux et végétaux.

5) Prérequis :
UE Communications Cellulaires (semestre 5 de la filière BCMP) ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Programme des cours :
- Perméabilité à l’eau et aux solutés non électrolytes
- Canaux ioniques et transporteurs
- Récepteurs membranaires couplés aux protéines G
- Récepteurs membranaires couplés à une activité protéolytique
- Récepteurs membranaires à activité kinase directe ou indirecte
- Récepteurs nucléaires (stéroïdes, vitamines,…)
- Photorécepteurs, leucin-rich-repeat récepteurs-kinases et récepteurs His-Asp-kinases des cellules végétales
Programme des TD :
- Approfondissement des concepts vus en cours au moyen d’analyses de données expérimentales
- Préparation aux études expérimentales abordées dans le cadre des travaux pratiques
Programme des TP :
TP de physiologie cellulaire (les modèles choisis concerneront la cellule animale et viseront à la compréhension du rôle de canaux ioniques, transporteurs et récepteurs membranaires, ainsi qu’à l’intégration des réponses dans les couplages excitation-contraction de cellules musculaires lisses ou myocardiques)

Il est important ici de préciser la complémentarité et la logique dans la progression de l’acquisition des connaissances existant entre l’UE « Communications Cellulaires » (semestre 5) et l’UE « Perception et transduction du signal ».

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel x

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Nutrition et maintien de l’équilibre de l’organisme chez les animaux

Numéro de l’UE : BIO 716
Intitulé de l' U E : Nutrition et maintien de l’équilibre de l’organisme chez les animaux

Responsable(s) :Cécile Lecomte et Patrick Jego
Equipe(s) pédagogique(s) :Physiologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Obligatoire en Master Sciences de la Vie et de la Terre
Optionnel dans les licences de Biologie mention Biologie cellulaire et moléculaire, mention Biologie des Organismes

2) Parcours : master 1ère année en SVT et 3ème année de licence pour les autres filières

3) Semestre n° : S 7 en SVT et S 5 pour les autres filières

4) Objectifs :
A partir d’un enseignement intégré sous forme de Cours Magistraux, de Travaux dirigés et de Travaux Pratiques cette unité d’enseignement donne une vision synthétique de l’ensemble des fonctions de nutrition et de leurs régulations chez les Mammifères ainsi du maintien de l’équilibre des principaux paramètres de l’organisme.

5) Prérequis :UE Nutrition et Reproduction S2
ou un enseignement équivalent présentant les modalités de prise alimentaire et les étapes de la digestion (sans la régulation)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel32h10h18h60 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS
Chapitre1 : Nutrition à l’échelle de l’organisme
Digestion et absorption et leurs régulations
B- Distribution des nutriments dans l’organisme
- circulation
- ventilation
Chapitre2 : Nutrition à l’échelle cellulaire
Echanges gazeux
Devenir des nutriments :mise en réserve, ajustement des voies métaboliques entre les repas (le détail des voies métaboliques n’apparaît pas dans cette présentation)
Chapitre 3 : Excrétion
Anatomie fonctionnelle de l’appareil excréteur
Physiologie rénale : diurèse, filtration glomérulaire,circulation rénale ,phénomènes de résorption, excrétion, sécrétion,concentration de l’urine.
Elimination des substances exogènes (détoxication)
Chapitre 4 : Le milieu intérieur et sa constance : homéostasie et systèmes de régulations.
le milieu intérieur
Régulation du pH
Régulation de la glycémie
Thermorégulation
Homéostasie calcique.

Travaux Dirigés
- Circulation,effort, stress
- Pression artérielle
- Régulation de l’activité cardiaque
- Régulation nerveuse et hormonale de la sécrétion d’amylase pancréatique
- Respiration
- Physiologie rénale

Travaux Pratiques
-Respiration humaine( ESAO )
- Régulation nerveuse et hormonale de la sécrétion d’amylase pancréatique
- Régulation de l’activité cardiaque chez la grenouille

8) Bibliographie :
Anatomie et physiologie humaines , Marieb, De Boeck Université
Physiologie humaine , Ph. Meyer, Flammarion Medecine-Sciences
Biochimie , Harper, Mc Graw Hill

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( en SVT
optionnel ( autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cet unité se déroulera sous forme d’enseignements présentiels répartis en cours magistraux , travaux dirigés et travaux pratiques. On attend des étudiants un investissement personnel dans cette discipline, indispensable pour acquérir l’autonomie nécessaire en travaux pratiques (applications des notions de cours et de travaux dirigés).

12) Capacité d'accueil : non limitatif


S 8 : Neurobiologie et Cognition

Numéro de l’UE : BIO 805
Intitulé de l' U E : NEUROBIOLOGIE ET COGNITION

Responsable(s) : Laure Debure et François Tiaho
Equipe(s) pédagogique(s) : Physiologie animale, éthologie et intervenants extérieurs médecins

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) de recherche en Biologie et Environnement

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : S7 ou S8

4) Objectifs :
Cette UE est complémentaire de l’UE “Neurophysiologie” (master de recherche en biologie). Elle a pour objectif d’aborder l’étude du cerveau en présentant plusieurs fonctions cérébrales et des dysfonctionnements existant dans des pathologies comme l’épilepsie ou les démences de type Alzheimer. Les mécanismes cellulaires à l’origine du fonctionnement du cerveau seront abordés mais il sera fait une grande place à l’aspect intégré du fonctionnement cérébral notamment pour comprendre comment se mettent en place certaines tâches dîtes “cognitives”.

5) Prérequis :
UE Communication nerveuse et cellules excitables ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3282060Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
Quatre grands thèmes seront abordés.
I-(8 h) L’épilepsie : c’est la maladie du cerveau la plus fréquente. Elle sera présentée ainsi que les méthodes d’exploration du système nerveux et leur application dans le cas de l'épilepsie (Imagerie statique et fonctionnelle, Scanner, IRM, EEG,...). Les modèles animaux permettant de comprendre l’épilepsie seront présentés ainsi que les bases fondamentales des traitements de la maladie.
II-(8 h) Neuropsychologie ou “les bases cérébrales du comportement humain”. On abordera les conséquences des lésions cérébrales rencontrées dans des maladies de type Alzheimer, sur le comportement humain et les modèles que l'on peut en tirer sur le fonctionnement cognitif normal.
III-(8 h) Mécanismes neurobiologiques de la mémoire. L'objet du cours sera de définir les différentes formes de mémoire, d'étudier certaines pathologies humaines affectant le stockage de l'information, de comprendre le fonctionnement de circuits nerveux impliqués dans certains apprentissages à partir de comportements simples chez des animaux modèles.
IV-(8 h) Lateralisation du cerveau et dimorphisme sexuel.

TP/TD :
L’objectif des TP et des TD sera de compléter les connaissances acquises en cours.
TP 1- (5 h) Rappels sur l’anatomie fonctionnelle du SNC : utilisation d’un CD-ROM, maquette, planches.
TP 2- (5 h) Travail sur des images cérébrales de patients épileptiques (Scanner, IRM, EEG….), le but sera de corréler les anomalies visualisées avec les symptômes et les troubles décrits chez ces personnes.
TP 3- (5 h) Présentation de tests neuropsychologiques utilisés pour connaitre les troubles cognitifs rencontrés chez des patients notamment dans les maladies neurodégénératives. Présentations de vidéos montrant des troubles cognitifs chez des patients.
TP 4- (5 h) Dimorphisme sexuel dans le cerveau

Les TD permettront d’approfondir certaines connaissances, entre autre par une étude bibliographique. Si l’effectif des étudiants le permet, des heures TD serviront (1) à encadrer les étudiants dans une recherche sur un thème de leur choix touchant le fonctionnement cérébral et (2) à leur permettre de présenter oralement le résultat de leur recherche.

8) Bibliographie :
Neurosciences, à la découverte du cerveau, Editions Pradel, 1997.
Mark F. BEAR, Barry W. CONNORS et Michael A. PARADISO
Neurosciences, DeBoeck Université, 1999.
D. PURVES, G.J. AUGUSTINE, D. FITZPATRICK, L.C. KATZ, A.S. LAMANTIA, J.O. McNAMARA

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Neurophysiologie

Numéro de l’UE : BIO 806
Intitulé de l' U E : Neurophysiologie

Responsable(s) : F. TIAHO (co-responsable C. SALIGAUT)
Equipe(s) pédagogique(s) : Equipe pédagogique de physiologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnment mention Biologie cellulaire et Physiologie  spécialité Physiologie Animale (UE obligatoire), optionnelle pour les autres spécialités ;
Master professionnel Sciences agronomiques, agroalimentaires et vétérinaires (UE optionnelle)

2) Parcours : master 1ère année

3) Semestre n° :7 ou 8

4) Objectifs :
Il s’agit d’un enseignement de neurophysiologie cellulaire qui prolonge et complète des connaissances abordées antérieurement.

5) Prérequis :
Communication nerveuse et cellules excitables ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28122060 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Programme des cours :
--le cerveau et son environnement 
- Nutrition, protection, compartimentalisation
- Les cellules constitutives du SNC : neurones et cellules gliales
-dynamique neuronale, neurochimie
-Médiateurs classiques et neuropeptides :synthèse, maturation, libération, inactivation contrôle de certaines fonctions.
-les pathologies du SNC 
- Ischémie, maladies neurodégénératives (Parkinson, Alzheimer, Prion)
- Modèles animaux et cellulaires en recherche (avantages et inconvénients)
-développement du système nerveux
- migrations neuronales et croissance axonale par guidage du cône de croissance
- survie neuronale et synaptogenèse
- remodellement synaptique dépendant de l’activité nerveuse et de l’expérience sensorielle (exemple de la vision)
-prolifération et migration neuronales chez l’adulte : un espoir thérapeutique ?
Programme des TD :
- Approfondissement des concepts vus en cours au moyen d’analyses de données expérimentales
- Préparation aux études expérimentales abordées dans le cadre des travaux pratiques
Programme des TP :
Etudes ex-vivo et in vitro permettant d’aborder des aspects de neurobiologie axés sur les mécanismes de différenciation ou de survie neuronale ou sur la caractérisation biochimique de médiateurs cérébraux.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



( Ecophysiologie

S8 : Réponses fonctionnelles des organismes aux conditions environnementales

Numéro de l’UE : BIO 807
Intitulé de l' U E : Réponses fonctionnelles des organismes aux conditions environnementales

Responsable(s) : Luc Madec
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie animales, Biologie et écologie végétales

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours :

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
En plus d’une approche descriptive de l’écophysiologie (cf. programme des enseignements), cette UE propose aux étudiants un travail fondé sur l’observation et sur l’expérimentation pratiquée dans cette discipline : ils devront réaliser une expérimentation personnelle (de la mise en place de l’expérience jusqu’au traitement des données) sur des thèmes imposés (cf. contenu des TP) qui conduira à la rédaction d’un rapport dont le format sera celui d’un article scientifique.

5) Prérequis : Biologie quantitative : notions de plan d’expérience et d’analyse de variance conseillé ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel28102260 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS
Introduction  (1h)
Contrainte abiotique et réponses des organismes
- Vie et environnement physique : flux environnement-organismes ; forme et fonction / taille et allométrie (2h)
- Notion de stress et réponses au stress (hors réponses comportementales), (1h)
- Mécanismes physiologiques et biochimiques ; (4h)
- Plasticité du développement ; asymétrie fluctuante (2h)
- Réponses aux environnements changeants : (i) importance du ’grain’ de la variation, (ii) , notion d’homéostasie, (iii) cycles saisonniers, diapause-migration (2h)
- Illustrations : adaptations à quelques milieux extrêmes (milieux aride-polaire ; milieu souterrain ; stress salins) (6h)
Contrainte biotique et adaptations
- Dans le cadre de relations (i) plante-animal, (ii) hôte-parasite/parasitoïde ; (4h)
- La réponse immunitaire (2h)
Contrainte environnementale et structuration des communautés (4h)

TD
- Régulation de la température corporelle (2h)
- Salinité et organisation spatiale des communautés végétales (2h)
- Systèmes anhydrobiotiques : pollen, semences, plantes, lichens, mousses xérophytes (2h)
- Interactions biotiques (relation plantes/insectes, insectes/insectes, champignon/plante) (2h)
- Réponses aux stress xénobiotiques / polluants (2h)

TP
- Sortie « Mt St Michel  » : description et caractérisation des sols halomorphes ; adaptations morphologiques et physiologiques des halophytes. Analyse selon le gradient de salinité (i) du microphytobenthos et des micro-algues épiphytes, (ii) de l'organisation spatiale des communautés végétales (6h)
- Survie en conditions extrêmes : température et jeûne (6h)
- Relation température-respiration chez un ectotherme (6h)
- Consommation et taille de l’organisme (4h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : limitée ; 20 minimum en fonction du potentiel enseignant, en raison du projet de recherche encadré



S 8 : Ecophysiologie évolutive

Numéro de l’UE : BIO 808
Intitulé de l' U E : Ecophysiologie évolutive

Responsable(s) : Luc Madec
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie animale, Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours :

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs : Cette UE est centrée sur le concept d’adaptation. Elle intègre dans un contexte évolutif les mécanismes physiologiques à l’origine des réponses des organismes aux variations du milieu. Les cours définiront les contributions de la génétique, de la biologie des populations, de la biologie évolutive et de la phylogénie à notre compréhension de la diversité de ces mécanismes. Les TP seront pour une large part fondés sur l’expérimentation (manipulations de phénotypes, manipulations environnementales)

5) Prérequis :
Biologie quantitative : notions de plan d’expérience et d’analyse de variance ; génétique quantitative conseillés

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS
Introduction : problématique de l’Ecophysiologie évolutive (1h)
Réponse adaptative à une variation environnementale (10h)
- Pressions sélectives : nature, variabilité spatiale et temporelle 
- Plasticité phénotypique vs. spécialisation ; plasticité, canalisation et stabilité du développement
- Evolution des caractères à effet de ‘seuil’
- Trade-off physiologique et trade-off ‘microévolutif’
- Variation génétique et sélection naturelle en environnement extrême
Modèles d’évolution des gènes à effet majeur : résistance aux pathogènes (4h)
Reconnaître l’adaptation : (9h)
- manipulations phénotypiques, manipulations environnementales
- manipulations génétiques
- méthode comparative
Modèles de DDP sous contrainte abiotique (6h)
- modélisation sous contrainte de la température (vitesses de développement variables, - modélisation de diapauses, arrêts de développement)
Illustration : modèles du refuge sous contrainte et de la colonisation active des eaux souterraines

TD
Evolution du trade-off âge-taille à maturité sous contraintes abiotiques (température, alimentation) (2h)
Polyphénisme (3h)
Evolution de la résistance aux xénobiotiques (3h)
Adaptations au milieu souterrain (2h)

TP
Température et mélanisation/polychromatisme (6h)
Utilisation de l’analyse comparative (4h)
Insecticides organophosphorés et évolution des fréquences alléliques des estérases chez la drosophile. Comparaison de la fitness de lignées exposées ou non (10h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : limitée (20 ?)=> projet de recherche encadré

( Génétique des Populations, Evolution

S 5 : Génétique et Evolution des Populations.

Numéro de l’UE : BIO 515
Intitulé de l' U E : GENETIQUE ET EVOLUTION DES POPULATIONS

Responsable(s) : Malika Ainouche & Eric Petit
Equipe(s) pédagogique(s): Biologie-Ecologie Végétale, Biologie – Ecologie Animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : Troisième année

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs: Dispenser les bases de Génétique des Populations et d’Evolution.

5) Prérequis :
Génétique Générale (structure, réplication et fonctionnement du matériel génétique, lois de l’Hérédité) ; statistique élémentaire (lois de probabilités, tests statistiques) ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h10h30h60 Travail personnel30 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements:
Histoire des idées sur l’évolution, Notion de variation et de polymorphisme dans les populations naturelles, Equilibre de Hardy-Weinberg, déséquilibres de liaison, écarts à la panmixie, facteurs évolutifs (mutations, sélection, dérive, migrations). Exercices d’application, simulations sur ordinateurs, travaux pratiques concernant les outils moléculaires d’analyse des polymorphismes.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
optionnel X
obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 6 : Biologie évolutive : Evolution des espèces

Numéro de l’UE : BIO 621
Intitulé de l' U E : BIOLOGIE EVOLUTIVE : EVOLUTION DES ESPECES

Responsable(s) : Joan van Baaren
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : 3ème année de la licence

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Donner aux étudiants les connaissances indispensables à l’évolution des espèces et à la reconstruction phylogénétique.

5) Prérequis :
Le module de Génétique des populations et évolution (semestre 5) ou niveau équivalent est fortement conseillé, mais non obligatoire.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26h12h22h60 Travail personnel25h10h25h60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
La spéciation : 15 h cours
Les concepts de l’espèce et leurs limites
Les mécanismes de la spéciation allopatrique et sympatrique
Histoire des espèces et phylogénie

Coévolution : 4h cours

Evolution de la communication : 4h cours + 2h TD + 3h TP

Evolution de l’homme : 3h cours + 3h TP

Phylogénie : méthodes de reconstruction des arbres phylogénétiques : 8h TD + 16h TP
Reconstruction de scénarios macroévolutifs : 2h TD.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 7 : Biologie des Populations

Numéro de l’UE : BIO 717
Intitulé de l' U E : Biologie des Populations

Responsable(s) : Denis Poinsot
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie végétale, Biologie et écologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) Recherche Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs : Acquérir les bases théoriques nécessaires à l'étude d'une population, et les mettre en pratique en particulier dans l'analyse des résultats d'une sortie d'échantillonnage sur un estran rocheux, rédigée sous la forme d'un article scientifique (par groupe de 5 étudiants).

5) Prérequis : licence de biologie mention Biologie des Organismes ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel281214660Travail personnel281214660
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Structure et dynamique des populations (16 cours, 4h TD, 6h TP, 6h sortie)
Stratégies démographiques (4h cours, 4h TD, 8 h TP)
Génétique des populations (8h cours, 4h TD)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours, TD et TP ainsi qu'une sortie d'échantillonnage sur le terrain (estran rocheux). La notation repose en partie sur un travail réalisé par groupes de 5 étudiants (échantillonnage de terrain et rédaction d'un rapport sous la forme d'un article scientifique).

12) Capacité d'accueil : sans limitation.
S8 : Biologie évolutive : modèles phénotypiques, adaptation, plasticité



Numéro de l’UE : BIO 809
Intitulé de l' U E : BIOLOGIE EVOLUTIVE : MODELES PHENOTYPIQUES, ADAPTATION, PLASTICITE
Responsable(s) : Jean-Sébastien Pierre
Equipe(s) pédagogique(s) :Ethologie


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnement mention Biologie des organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 8


4) Objectifs :
Compléments de biologie évolutive consacrés principalement à l’évolution des phénotypes (théorie des jeux, traits d’histoire de vie…).

5) Prérequis : Les unités précédentes de biologie évolutive (Génétique des populations et évolution (semestre 5) et biologie évolutive : évolution des espèces (semestre 6) sont conseillées

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26h14h4h16h60 Travail personnel2010h10h20h60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Théorie des jeux et évolution : notion de stratégie évolutivement stable. : 4h cours + 4h TD + 4h TP
Evolution des traits d’histoire de vie : contraintes, trade-offs… : 6h cours + 2h TD
Ecologie comportementale : théorie de l’optimal foraging, investissement parental, sélection sexuelle…6h cours + 2h TD
Théories expliquant la conservation de la sexualité. : 6h cours + 2h TD
Evolution de la socialité : sélection de parentèle, valeur adaptative inclusive… : 4h cours + 4h TD + 16h Stage sur le terrain (station de Paimpont) sur la socialité chez les fourmis.


8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire

optionnel X


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :



12) Capacité d'accueil : non limitée




( Biologie Animale
S 5 : Nutrition, développement post-embryonnaire.

Numéro de l’UE : BIO 516
Intitulé de l' U E : Nutrition, développement post-embryonnaire

Responsable(s) : Maryvonne Charrier
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie animales

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie, mention biologie des organismes

2) Parcours : 3ème année de la licence de biologie

3) Semestre n° 5

4) Objectifs :
Cette unité d’enseignement a pour but d’aborder des fonctions de nutrition (alimentation) et de reproduction (développement post-embryonnaire) sur des modèles biologiques classiques pris parmi les mollusques, les arthropodes et les vertébrés. Il s’agira de mettre en relation des structures morpho-anatomiques avec leur fonction de nutrition et d’aborder le développement post-embryonnaire par l’étude de quelques modèles de croissance et des facteurs exogènes et endogènes qui le contrôlent.

5) Prérequis : UE de reproduction et développement, UE sur les plans d’organisation et adaptations ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
COURS
I : Nutrition : Structures morpho-anatomiques impliquées dans la nutrition et leur fonctionnement (12h)
1) mollusques
2) arthropodes
3) mammifères
II : Développement post-embryonnaire : (18h) 
1) Modèles de croissance : arthropodes et mammifères
2) Différenciations morpho-anatomiques : arthropodes et batraciens
3) Facteurs de contrôle : arthropodes, batraciens
TD 
I : Construction de modèles de croissance  (4h)
II : Formation de différents outils de préhension et leur intérêt dans la détermination du régime alimentaire : radulas de mollusques, pièces buccales d’insectes, dents de mammifères (6h)
TP 
I : Prise alimentaire chez les mollusques, insectes et mammifères (9h)
II : Modes de développement larvaire chez les insectes et types de larves (3h)
III : Etapes du développement larvaire des batraciens (3h)
IV : Traitement de données permettant d’établir des modèles de croissance (5h)

8) Bibliographie :
Barone, R. 1986, Anatomie comparée des mammifères domestiques. T1 : Ostéologie, Ed. Vigot
Turquier, Y. 1989, Les fonctions de nutrition. Ed. Doin
Hourdry et al. 1995, Métamorphoses animales. Ed. Hermann
Collenot, A. et Signoret, J. 2000, L’organisme en développement. Ed. Hermann

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement non présentiel inclura l’analyse d’articles scientifiques, au moins un dans l’axe « nutrition » et un dans l’axe « développement post-embryonnaire ». Ces articles seront intégrés aux connaissances exigées dans les épreuves écrites d’examen.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

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S 5 : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux

Numéro de l’UE : BIO 517
Intitulé de l' U E : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux

Responsable(s) : Luc Madec
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours :

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Cette UE complète les connaissances acquises lors des semestres précédents sur les principaux plans d’organisation mis en évidence chez les animaux. Elle prolonge ces connaissances en développant une approche fonctionnelle des structures morphologiques et anatomiques mises en place chez les différents taxons (cf. programme des enseignements) et en accordant une place importante aux phénomènes évolutifs majeurs qu’elles ont subis.

5) Prérequis : S3. Plans d’organisation et adaptations chez les animaux et les spermaphytes ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel221721660 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS
Spongiaires + Eumétazoaires 1 10h
Eumétozoaires 2 : Arthropodes 10h
Vertébrés 2h

TD
Annélides (Polychètes) 1h
Mollusques (Gastéropodes) 1h
Crustacés 1h
Insectes-Bases morphologiques de la classification 2h
Insectes- Développement 1h
Insectes-Pièces buccales 1h
Poissons 2h
Oiseaux 2h
Amphibiens-« Reptiles » 2h
Mammifères 2h

Bilan sortie marine 2h

TP
Annélides (Polychètes) 3h
Mollusques (Gastéropodes) 3h
Crustacés 3h
Insectes- Développement 3h
Insectes-Pièces buccales 3h

Sortie marine 6h

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

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S 5 : Plans d’organisation et diversité des animaux.

Numéro de l’UE : BIO 518
Intitulé de l' U E : Plans d’organisation et diversité des animaux.

Responsable(s) :Russo Jacqueline
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence Pluridisciplinaire, option biologie.

2) Parcours :3ème année de la licence pluridisciplinaire

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
L’étudiant se forge des connaissances par l’observation d’animaux dans les différents milieux lors de sortie dans l’environnement proche (sortie marine), ou bien à partir d’animaux d’élevage (Apiculture, conchyliculture ect). Par ailleurs, l’étudiant acquière une approche des grandes fonctions du vivant (locomotion, nutrition, reproduction).

5) Prérequis :
Bio 102 du S1,S3 plan d’organisation et adaptation chez les animaux et les spermaphytes ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel221218860 Travail personnel181222860 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Les étudiants inscrits en Licence Pluridisciplinaire, ont, dans la presque totalité d’entre eux, défini leur orientation, à savoir devenir professeur des écoles. Pour répondre «aux besoins et objectifs des étudiants»,ce programme est conçu de manière à faciliter leur cursus. L’IUFM les prépare aux modalités du concours mais la licence pluridisciplinaire vise à leur donner les acquis indispensables à cette épreuve.

Le programme porte sur les groupes d’animaux les plus représentatifs pour les enfants que les professeurs des écoles auront à éduquer.
Protozoaires impliqués dans les grandes endémies humaine (paludisme).
Vers parasites ( Taenias, Douves, Schistosomes, oxyures, Ascaris, Ankylostomes).
Annélides
Bivalves, Gastéropodes, Crustacés ( trouvés sur l’estran ou commercialisés)
Insectes et leurs larves
Vertébrés, Poissons, amphibiens, Reptiles, Oiseaux, Mammifères).

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les cours magistraux, appuyés par les TP et TD en effectifs plus réduit, ont pour but l’acquisition de connaissances scientifiques tout autant que le développement du savoir faire. L’étudiant doit acquérir une idée claire des notions scientifiques visées grâce à :
des dessins d’observation.
des compte-rendus écrits et des communications orales
savoir utiliser les clefs de détermination.
Travail autonome et bilan.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 6 : Biodiversité Animale

Numéro de l’UE : BIO 611
Intitulé de l' U E : Biodiversité Animale

Responsable(s) : Frédéric Ysnel
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et Ecologie animales

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie, mention Biologie des Organismes

2) Parcours : 3ème année de la licence de Biologie

3) Semestre n° : S 6

4) Objectifs : Cette UE donne les bases nécessaires pour la connaissance de la « biodiversité » animale des habitats terrestres et dulcicoles. Cette unité d’enseignement présente les outils d’échantillonnages, les systèmes de classification systématiques et d’évaluation de la diversité animale à l’échelle spécifique.

5) Prérequis (non obligatoire)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel217141860 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours :
Les différents systèmes de classification de la diversité animale (2H00)
Les bases morpho-anatomiques de la classification des espèces animales terrestres et dulcicoles (16H00)
III)La perception et l’évaluation de la biodiversité (animale) à l’échelle spécifique (3H00)
Travaux dirigés : (7H00)
Eléments de classification
( Arthropodes terrestres et dulcicoles ; Vertébrés)
Travaux pratiques : (7 séances de 2 heures)
Structures morpho-anatomiques clés pour l’identification des espèces
(Arthropodes terrestres et dulcicoles ; Vertébrés)
Stages de terrain : (18 heures)
Thème : Approche comparative de la Biodiversité d’habitats terrestres et dulcicoles
Techniques d’échantillonnage
Inventaire des espèces
Bilan comparatif.

8) Bibliographie :
.– Classification Phylogénétique du Vivant , Belin, 2001 (Le Cointre G. & Le Guyader G)
- Animal Diversity , WCB, 1995 (Hickman C.P.& Roberts L.S.)
- Invertebrate Biodiversity as bioindicators of sustainable Landscapes , Elsevier (Paoletti, ed.), 1999
- Rarity. Population and Community biology series 13 (Gaston, K.J. 1994 ) ( M.B.Usher, D.L. DeAngelis & R.L. Kitching eds), Chapman & Hall,201 p.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel X

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement non présentiel inclura la remise d’un rapport de stage.

12) Capacité d'accueil : nombre de places illimitées

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S 8 : La mise en mouvement de l’organisme et son intégration au milieu

Numéro de l’UE : BIO 810
Intitulé de l' U E : La mise en mouvement de l’organisme et son intégration au milieu

Responsable(s) : Maryvonne CHARRIER
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et Ecologie animales

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master (maîtrise) de Sciences de la Vie et de la Terre
Obligatoire pour la filière

2) Parcours : 1ère année de master

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs : Connaissance du programme général de secteur B au niveau de l’organisme : (i) sa construction au cours du développement post-embryonnaire, (ii) sa perception du milieu.

5) Prérequis : UE de paléontologie du S5 , UE de biologie animale en S5, UE de reproduction et développement en S4, ou niveau équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel16102248Travail personnel28
Crédit total de l’UE : 4
7) Programme des enseignements :

I – DEVELOPPEMENT (6h cours, 1h TD, 7h TP)
Déterminisme neuro-endocrinien des métamorphoses. Modèles = insectes et batraciens.

II – SYSTEME NERVEUX (4h cours, 1h TD, 3h TP)
Les différents types de systèmes nerveux chez les invertébrés et les processus de cérébralisation.

III- OSTEOLOGIE (6h cours, 8h TD, 12h TP)
La croissance de l’os et l’évolution du squelette chez les vertébrés, lignée humaine incluse.

8) Bibliographie :
Barone, R. 1986. Anatomie comparée des mammifères domestiques. T1 : Ostéologie, Ed. Vigot.
Collectif, 1997. L’évolution. Dossier Pour La Science.
Collectif, 2002. l’os. Médecine-Sciences.
Gilbert, . 1995. Biologie du développement. Ed. De Boeck Université
Marieb, E.N. 1993. Anatomie et physiologie humaines. Ed. De Boeck Université.
Richard, D. et al. 1998. Physiologie des animaux. T.2. Ed. Nathan université
Wolpert, . 1999. Biologie du développement. Ed. Dunod

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement non présentiel inclura l’observation des collections du musée de zoologie. L’enseignement présentiel comprendra une préparation à un écrit et un entretien oral de type CAPES.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

( Biologie vegetale et Biologie animale
S 1 : Bases Systématiques et Organisation du Vivant

Numéro de l’UE : BIO 102
Intitulé de l' U E : BASES SYSTEMATIQUES ET ORGANISATION DU VIVANT

Responsable(s) : M.T. MISSET et D. Poinsot
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale et Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : obligatoire pour toutes les filières de biologie

2) Parcours : 1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions, de la licence de Biochimie et Biologie moléculaire, licence Sciences de la Vie et de la Terre, licence pluridisciplinaire

3) Semestre n° 1

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement doit permettre à l’étudiant (i) de prendre conscience de la systématique comme essentielle pour comprendre la biologie des organismes dont la diversité actuelle est le résultat de l’évolution, (ii) de faire l’apprentissage des principaux critères d’identification des grands groupes.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements :

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel122218-860Travail personnel10201015560* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:

I – SORTIE EN FORET : les organismes dans leur milieu (8h)

II – INTRODUCTION (2h)
Le vivant = Biodiversité, résultat de l’évolution des organismes. Relations avec la diversité du milieu; besoin de le classer (en biologie et paléontologie) pour l’étudier, l’utiliser et le conserver.
Ordonner le monde vivant : la Systématique :
Définition ; caractérisation et classification des organismes ; nomenclature
Qu’est-ce qu’une espèce ?
Historique des classifications : approches phénétique et phylogénétique
Les apports de la Systématique phylogénétique à la compréhension de l’évolution est l’organisation du monde vivant : présentation des grands domaines de l’Arbre de laVie

III –EUBACTERIES ET ARCHEES (10h C et 6h TP)
définitions et diversité des Procaryotes
classification phénotypique
classification phylogénétique

IV - PROTISTES ET METAZOAIRES (12h C, 6h TP d’exploitation de la sortie en forêt), poster (15h travail personnel)
les grandes étapes de l’évolution des Métazoaires :
acquisition du mésoderme
acquisition du coelome
passage à la vie terrestre
acquisition de la chorde

V – CHAMPIGNONS, ALGUES BRUNES ET LIGNEE VERTE (10hC, 6hTP d’exploitation de la sortie)
les traits biologiques caractéristiques des grands groupes
endosymbiose et lignée verte
passage à la vie terrestre : du thalle aux organes spécialisés, acquisition des stomates et de la cuticule
acquisition de la lignine

VI – VIRUS (2hC)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a pour objectif de donner une vue d’ensemble des différents aspects de la biologie, d’aider les étudiants à définir leur orientation. Elle a aussi été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

A la suite d’une sortie en forêt destinée à voir les organismes dans leur milieu, les enseignements seront répartis en cours et travaux pratiques. Un travail personnel (évalué à 15 h) sous forme d’un poster, permettra aux étudiants de se familiariser avec une recherche bibliographique sur un thème précis, avec restitution orale.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

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S 2 :Nutrition, Reproduction

Numéro de l’UE : BIO 202
Intitulé de l' U E : NUTRITION - REPRODUCTION

Responsable(s) : MT MISSET, AM CORTESERO
Equipe(s) pédagogique(s) :Physiologie, Biologie animale et Biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie toutes mentions, Licence de Sciences de la Vie et de la terre, Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, licence pluridisciplinaire
obligatoire pour toutes les filières

2) Parcours :
1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions, de la licence de Biochimie et Biologie moléculaire

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :
Cette UE traite de deux grandes fonctions communes à tous les organismes vivants, nutrition et reproduction. Cet enseignement a pour but de faire comprendre (i) la complémentarité entre végétaux autotrophes et animaux hétérotrophes, (ii) l’évolution des systèmes digestifs et des systèmes reproducteurs ainsi que des modalités de reproduction chez les animaux et les végétaux.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursCours / TDT. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel-3218-60 Travail personnel352560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

I - Nutrition
Introduction générale : autotrophie - hétérotrophie (2h)
Nutrition végétale: de la nutrition à la production (14h)
Les plantes absorbent et utilisent l'eau
Les plantes absorbent et utilisent des nutriments minéraux
Les plantes exploitent l'énergie solaire et la lumière
Quelques aspects de la nutrition carbonée et azotée des plantes
TP- TD Sensibilisation des étudiants à la mesure de processus physiologiques au travers de 2 exemples : mesure de l'intensité photosynthétique et mesure de l'absorption de l'eau.
Nutrition animale : de la prise alimentaire à l'excretion  (14h)
Les principales catégories d’aliments
Nutrition énergétique , nutrition azotée , oligoéléments , vitamines
Les principales méthodes de prise alimentaire (des protozooaires aux vertébrés)
Description de quelques appareils digestifs
Digestion et absorption des principaux aliments
Régulation hormonale de la digestion
TP-TD communs entre nutrition et reproduction animales

II- Reproduction
Introduction générale 2hC:
reproduction conforme de l’information génétique et transmission à la descendance : mitose et reproduction asexuée ; notion de clone
brassage de l’information génétique, cellules spécialisées dans sa transmission (gamètes) : méiose et reproduction sexuée
fécondation
Reproduction chez les animaux (14h)
Reproduction asexuée (Gemmulation, Bourgeonnement, Strobilation, Régénération et Parthénogénèse)
Reproduction sexuée (Gonades, Gamétogénèse, Gamètes, Fécondation, Phéromones et Rapprochement des partenaires, Gonochorisme, Hermaphrodisme, Formation de l’appareil uro-génital des Vertébrés)
Cycles de Reproduction .
TP sur matériel commun avec la nutrition
Reproduction chez les végétaux (14h)
Reproduction asexuée ( Plantes clonales, multiplication végétative)
Reproduction sexuée : notion d'alternance de générations ; répartition des sexes ; de la simple à la double fécondation
adaptation à la vie terrestre : de la cryptogamie à la phanérogamie
TP- TD : comparaison entre le développement d’une plante sans fleur et d’une plante à fleur (matériel commun avec nutrition végétale si possible)

8) Bibliographie :
- La reproduction. POUXVIELC D. Eds Nathan, 1996
- La reproduction des Invertébrés. CASSIER et Col Eds Masson, 1997
- Les grandes fonctions - HEUSSER S. Eds Dunod, 2000
- Les fonctions de nutrition (Tome 1) Turquier Y. Eds Doin, 1989
- En bref ... Physiologie de SCHMIDT. Eds De Boeck - Université
- Anatomie et Physiologie Humaines de MARIEB. Eds De Boeck - Université
- Botanique. Lüttge, Kluge, Bauer. Eds Lavoisier
Atlas de Biologie Végétale T.1 Organisation des plantes sans fleurs’’. Roland et Roland. Eds Masson
ABV T. 2 Organisation des plantes à fleurs. Roland et Vian. Eds Masson

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire ( pour toutes les filières
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limitée

S 3 : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux et les spermaphytes

Numéro de l’UE : BIO 310
Intitulé de l' U E : Plans d’organisation et adaptations chez les animaux et les spermaphytes

Responsable(s) : Liliane KRESPI (zoologie) et Kader AINOUCHE (botanique)
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale et Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie des Organismes, mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie
Licence pluridisciplinaire,
Licence Sciences et Vie de la Terre.

2) Parcours :Deuxième année de licence

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs : Cet enseignement doit amener l’étudiant (i) à connaître les structures mises en place au cours de l’évolution, (ii) à faire le lien entre structures et fonctions (étudiées par ailleurs), et (iii) à comprendre comment les organismes s’adaptent à leur milieu

5) Prérequis : UE BIO 102 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel21122760 Travail personnel20103060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

I Les animaux :
Cours : 9h - Les grands plans d'organisation chez divers groupes d'animaux : Annélides, Arthropodes, Mollusques et Echinodermes : Adaptations et différents modes de vie chez ces animaux
TD : 6h - Plans d'organisation et Adaptations chez les Annélides, Crustacés, Insectes, Mollusques et Echinodermes
Introduction à l'étude des Vertébrés
TP : 15h - Plans d'organisation et adaptations chez les Annélides, Crustacés, Insectes, Mollusques et Echinodermes, 12.5h
- Introduction à l'étude des Vertébrés, 2.5h

II Les Spermaphytes :
Cours : 12h - les méristèmes , organogenèse : tige, racine, feuille (histogenèse, cambium)
Croissance, architecture des plantes. Diversité des structures morphologiques, relations structures-fonctions, adaptations
TD 6h -TP 12h: Anatomie des Angiospermes
structures primaires et secondaires
diversité des structures anatomiques

8) Bibliographie :
Biologie végétale. Raven, Eichhorn, Evert. Eds de Boeck
Structure des plantes. Bowes.Eds INRA
Biologie animale:
Les plans d’organisation du règne animal GINET R. et ROUX A.L. Doin (ed) 1986
Biologie animale (Tomes 1 et 2) Des Protozoaires aux Métazoaires épithélioneuriens BEAUMONT A. et CASSIER P. Dunod université 1987
Biologie animale Les Cordés, Anatomie comparée des Vertébrés BEAUMONT A. et CASSIER P. Dunod université 1987
Travaux Pratiques de Biologie animale BEAUMONT A. et CASSIER P. Dunod
Principes de Zoologie CHAPRON C. Dunod 1989
Biologie animale (Tome 1) Les grands plans d’organisation HEUSSER S. et DUPUY H.G. Dunod 1998
Invertabrates BRUSCA R.C. et BRUSCA G.J. Sinauer Associates, Sunderland 1990
Classification phylogénétique du vivant LECOINTRE G et LEGUYADER H. Belin 2001

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour la licence de Biologie, mentions Biologie des organismes et SVT, licence pluridisciplinaire
optionnel ( pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques : : pour une meilleure compréhension, l’accent est mis sur les enseignements pratiques soutenus par les TD. Outre le matériel étudié en TP, films et visite de la serre pédagogique seront proposés pour illustrer l’enseignement théorique.

12) Capacité d'accueil : non limitée

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S 4 : Reproduction et développement : mise en place des structures chez les animaux et végétaux

Numéro de l’UE : BIO 406
Intitulé de l' U E : REPRODUCTION ET DEVELOPPEMENT : mise en place des structures chez les animaux et végétaux

Responsable(s) : M.TARAYRE, C. GERARD
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale, Biologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention biologie des organismes, mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie
Licence pluridisciplinaire,
Licence Sciences de la Vie et de la Terre.

2) Parcours : 2ème année de licence

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :
Cet enseignement, faisant suite aux plans d’organisation des organismes, est destiné à faire comprendre leur mise en place chez les vertébrés et les plantes à graines. En lien avec le développement, l’accent est mis, notamment chez les plantes, sur les interactions plantes-insectes à l’origine d’une grande diversité des structures liées au transfert du pollen d’une part et à la dispersion des semences d’autre part.

5) Prérequis : UE BIO 107 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursTDT. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26112360 Travail personnel35101560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

I- Embryologie descriptive et expérimentale chez les Vertébrés 14h C
TD :
- Embryologie des Amphibiens et des Oiseaux, 3h
- Reproduction et développement chez les Mammifères (ex : la souris), 1h
- Reproduction et développement chez les Insectes, 1h
TP
- Embryologie des Amphibiens et des Oiseaux, 6h
- Reproduction et développement chez les Mammifères (ex : la souris), 3h
- Reproduction et développement chez les Insectes, 2h

II – Appareils reproducteurs chez les Spermaphytes 12h C
Cycle de reproduction chez les Coniférophytes (Ginkgo et Pin)
Les Angiospermes : fleurs et inflorescences, androcée, gynécée, pollinisation et fécondation, graines et fruits, dispersion

TD 6h TP 12h
- cycle de reproduction du Pin
- fleurs et inflorescences
- graines et fruits

8) Bibliographie :

Biologie végétale. Raven, Eichhorn, Evert. Eds de Boeck
Atlas de Biologie végétale 2 Organisation des plantes à fleurs. Roland et Vian. Eds Masson

Biologie animale :
Beaumont A., Hourdry J., Vernier J.-M. & Wegnez M., 1994. Développement. Ed. Dunod, 282 pages.
De Vos L. & Van Gansen P., 1980. Atlas d’embryologie des Vertébrés. Ed. Masson, 94 pages.
Dollander A. & Fenart R. Eléments d’embryologie. Embryologie générale 1. Ed Flammarion, 394 pages.
Franquinet R. & Foucrier J., 1998. Atlas d’embryologie descriptive. Ed. Dunod, 147 pages.
Freeman W. H. & Bracegirdle. Atlas d’embryologie. Ed. Dunod, 100 pages.
Gallien L., 1976. L’œuf et les stades initiaux de l’ontogénèse. Le Biologiste, Ed. Presses Universitaires Françaises, 324 pages.
Houillon C., 1967. Embryologie. Ed Hermann Paris, 183 pages.
Le Moigne A., 1989. Biologie du développement. Collection Abrégés, Ed. Masson, 243 pages.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour licence de biologie et licence pluridisciplinaire
optionnel ( pour autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cet enseignement est dispensé sous forme de cours TD et TP avec dissections et observations en microscopie photonique. La pollinisation et reproduction végétale sera également illustrée par la projection de documents filmés.

12) Capacité d'accueil : non limitée
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( Biologie Végétale
S 4 : Organisation, Reproduction et Adaptations chez les Spermathytes

Numéro de l’UE : BIO 407
Intitulé de l' U E : Organisation, Reproduction et Adaptations chez les Spermathytes

Responsable(s) : M-T MISSET
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, Module obligatoire pour les spécialités « Sciences Végétales » et « Biologie appliquée » .


Parcours :
2ème année de licence de Biologie.

Semestre n° 4
Les 30h consacrées aux structures reproductrices, à la pollinisation et reproduction sexuée sera commune avec la partie végétale de l'UE ' Reproduction et développement: mise en place des structures chez les animaux et les végétaux'


4) Objectifs :
Cet enseignement doit amener l’étudiant (i) à comprendre la mise en place des structures au cours de l’ontogenèse de la plante, (ii) à faire le lien entre structures et fonctions (étudiées par ailleurs), (iii) à comprendre comment les organismes s’adaptent à leur milieu abiotique et biotique et (iv) comment les Spermaphytes se reproduisent et colonisent leur environnement. Ces notions sont fondamentales pour des étudiants souhaitant orienter leur parcours vers les biotechnologies végétales ou l'amélioration des plantes

5) Prérequis : UE BIO 102 et UE BIO 107

6) Contenu des enseignements:

CoursTDT. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel241224-60 Travail personnel30102060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements:
Cours :
I - Appareil végétatif des Spermaphytes
introduction
de la plantule à la plante : organogenèse, morphogenèse
architecture de la plante : croissance monopodiale et sympodiale
les organes : morphologie, relations structures - fonctions et adaptations

II - Appareil reproducteur
du cône à la fleur : aspects évolutifs et conséquences
ontogenèse du gamétophyte mâle (le pollen) et du gamétophyte femelle (endosperme et sac embryonnaire)
pollinisation
fécondation et formation de la graine
les fruits et la dispersion des diaspores
incidence des mécanismes de dipersion (pollen et diaspores) sur les flux de gènes
et les capacités colonisatrices
TD-TP :
anatomie : structures primaires, secondaires et adaptations des différents organes
analyse florale
le pollen : ontogenèse et germination
graines et fruits ; adaptations à la dispersion

8) Bibliographie :
Biologie végétale. Raven, Eichhorn, Evert. Eds de Boeck Université
Atlas de Biologie végétale 2 Organisation des plantes à fleurs. Roland et Vian. Eds Masson
Structure et développement de la plante : morphogenèse et biologie de la reproduction. Vallade. Eds Dunod

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour la licence de Biologie mention Sciences Végétales
optionnel ( pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Pour une meilleure compréhension, l’accent est mis sur les enseignements pratiques soutenus par les TD. Outre le matériel étudié en TP, films et visite de la serre pédagogique seront proposés pour illustrer l’enseignement théorique.

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 5 : Organisation et diversité des organismes chlorophylliens

Numéro de l’UE : BIO 519
Intitulé de l' U E : Organisation et diversité des organismes chlorophylliens

Responsable(s) :Agnès Schermann
Equipe(s) pédagogique(s) :biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence pluridisciplinaire mention biologie

2) Parcours : 3 ème année de licence pluridisciplinaire de biologie

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
A partir de l’observation d’exemples disponibles localement (collections du campus, forêts voisines, côte), permettre aux étudiants de découvrir la diversité des formes, des modes de vie et de reproduction des plantes. Apporter des connaissances sur l’évolution de ces groupes. Exercer les compétences de transmission orale en petit et grand groupe, ainsi que la rédaction de compte-rendus d’observation.

5) Prérequis : BIO1, BIO2 , BIO5 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel221218860 Travail personnel152017860 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
CM : Diversité des appareils végétatifs et de la reproduction chez les végétaux et les algues, tendances évolutives, rappel de la phylogénie.
TP et TD : séances comprenant l’étude détaillée d’un ou deux exemples et une présentation de la diversité du groupe. Algues, Mousses et hépatiques, Ptéridophytes, Gymnospermes, Angiospermes : morphologie végétative, morphologie florale et reproduction, adaptation morphologique et anatomique.

8) Bibliographie :
Biologie végétale / Peter H. Raven, Ray F. Evert, Susan E. Eichhorn ; traduction de la 6e édition américaine par Jules Bouharmont ; avec la collaboration scientifique de Charles-Marie Evrard. Biology of Plants. Paris : De Boeck Université, 2000

Botanique / Ulrich Lüttge, Manfred Kluge, Gabriela Bauer ; trad. et adapt. par Véronique et André Sieffert. Paris : Tec & doc-Lavoisier, 2002

Larousse de la nature : encyclopédie du monde vivant / responsable d'édition Michel Zelvelder ; edition : Thierry Olivaux assisté de Vanina Pialot, Noémie Deutsch. Paris : Larousse, 2000

Dictionnaire de la botanique / Collection Encyclopaedia universalis

9) Coefficient : 3

10) Statut
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
En TP et en TD, les étudiants devront examiner à l’avance pour chaque séance une série de questions leur permettant de cerner et réactualiser leurs connaissances. Un travail par petits groupes permettra à ceux qui ont davantage de connaissances de s’exercer à les transmettre, il sera suivi d’une restitution orale, constituant en même temps une récapitulation pour l’ensemble du groupe, et un exercice d’oral. L’enseignant présentera ensuite les exemples et les étudiants procèdent à des manipulations et des observations accompagnées de la rédaction d’un compte-rendu.

12) Capacité d'accueil : illimitée



S 6 : Les Embryophytes

Numéro de l’UE : BIO 612
Intitulé de l' U E : Les Embryophytes

Responsable(s) : M.T. MISSET
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours : 3ème année de licence, obligatoire

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Cette unité d’enseignement permet d’acquérir les connaissances exigées pour la préparation aux concours CAPES et Agrégation. Elle concerne les plantes ayant colonisé le milieu terrestre à partir du Dévonien en insistant sur l’indépendance progressive de la reproduction vis à vis de l’eau, associée à une protection croissante des organes reproducteurs comme de l’embryon. Les aspects évolutifs basés sur les fossiles et les espèces actuelles feront le lien avec l’enseignement dispensé par les collègues géologues.
Le regroupement des organes mâles et femelles au sein d’une même fleur chez la majorité des Angiospermes rend possible divers régimes de reproduction sexuée qui permettront d’aborder les notions d'auto / allogamie, de compatibilité / incompatibilité, y compris des points de vue cellulaires et moléculaires.

5) Prérequis : UE BIO 102, UE BIO 107, Plans d’organisation et adaptations chez les animaux et les Spermaphytes (UE BIO 2 ) et Reproduction et Développement (UE BIO 2 ) ou équivalents

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h14h26h60Travail personnel25h10h25h60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
COURS :
Phylogénie des Embryophytes : classification des Archégoniates et des Angiospermes.
Biologie et cycles de reproduction des différents clades, adaptation de la reproduction au milieu aérien chez les Archégoniates
Les grandes étapes évolutives : apparition de l’ovule (Cycadophytes), apparition de la graine (Coniférophytes), mise en place de la double fécondation (Gnétophytes), apparition de la fleur et du fruit (Angiospermes).
Les régimes de reproduction sexuée (auto- / allogamie), mécanismes d’allogamisation, aspects cellulaires et moléculaires des incompatibilités sporophytique et gamétophytique, stérilités mâles

TD-TP :
Morpho-anatomie des Embryophytes
Principales familles d’Angiospermes et analyses florales.

8) Bibliographie : Morphologie des végétaux vasculaires. Camefort. Ed. Doin
Reproduction et Biologie des végétaux supérieurs. Camefort. Ed. Doin
Les végétaux : organisation et diversité biologique. Ozenda. Ed. Dunod
Biologie végétale. Tome 2 : organisation végétative. Robert , Catesson
Tome 3 : la reproduction. Robert, Dumas, Bajon. Eds Doin
Biologie végétale. Raven, Eichhorn, Evert. Eds de Boeck Université
Atlas de biologie végétale Tomes 1 et 2. Roland. Eds Masson

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire q pour la mention SVT
optionnel q pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cet enseignement est délivré sous forme de cours, TD et TP. Comme pour les modules précédents, l’accent est mis sur les séances d’observation. Il sera demandé aux étudiants de réaliser des compte-rendus de TP enrichis par des recherches personnelles.

12) Capacité d'accueil : non limitée


S 6 : Biosystématique et Interactions Biotiques chez les Angiospermes

Numéro de l’UE : BIO 613
Intitulé de l' U E : Biosystématique et Interactions Biotiques chez les Angiospermes

Responsable(s) : MT. Misset
Equipe(s) pédagogique(s) : Botanique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie


2) Parcours : L3 spécialité Sciences végétales  et spécialité Biologie appliquée

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Sur la base de l’étude de familles d’intérêt économique, renforcer les connaissances relatives aux systèmes de reproduction sexuée et asexuée et aux interactions symbiotiques ou parasitaires.

5) Prérequis : BIO 102 , BIO 107

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060Travail personnel2010161460 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
A – Cours
Rappel de la Phylogénie des Angiospermes
A travers quelques grandes familles d’intérêt économique (Poaceae, Fabaceae, Solanaceae, Brassicaceae…) seront développés les traits biologiques suivants :
Origine et domestication, rôle de la polyploïdie
Biologie de la reproduction sexuée et asexuée ( incompatibilités, stérilités, apomixie…)
Nature et origine des réserves
Symbioses ( fixation d’azote : formation des nodules à Rhizobium et Frankia, relations structures – fonctions ; ecto- et endomycorhizes)
Parasitisme (relations hôte - parasite) ; l’accent sera mis sur les Angiospermes parasites
B- TP - TD
Analyses morpho - anatomiques des familles choisies, organes de réserve, graines, types de réserve
Incompatibilités et stérilités mâles
Symbioses
Parasitisme
Présentation orale des thèmes choisis

8) Bibliographie :
Biologie végétale. Tome3 : la reproduction Dumas, Robert, Bajon , Eds Doin
Symbioses. MA Selosse Eds V. Vibert
Nodulation in legumes. J. Sprent. Eds RBG Kew
Articles scientifiques

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les étudiants seront amenés à réaliser un petit dossier sur un thème donné à partir d’articles proposés et complétés par une recherche personnelle qu’ils présenteront oralement devant le groupe.

12) Capacité d'accueil :


S 6 : Organisation et Phylogénie Végétale

Numéro de l’UE : BIO 614
Intitulé de l' U E : Organisation et Phylogénie Végétale

Responsable(s) : Abdelkader Aïnouche
Equipe(s) pédagogique(s): Biologie Végétale Botanique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : Troisième année

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Approfondir les bases de la systématique végétale à la lumière des approches phylogénétiques afin de comprendre et ordonner la biodiversité végétale. Ces notions permettront aux étudiants se destinant aux filières d’Ecologie et de Biologie Evolutive d’appréhender dans une perspective historique les processus évolutifs et adaptatifs ayant affecté les végétaux.

5) Pré-requis :
Plans d’organisation et adaptation des plantes ou niveau équivalent
Reproduction et développement des Spermaphytes ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h12h20h8h60 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements:
Seront traités dans cet enseignement, l’organisation, la diversité, les cycles de développement / reproduction, la phylogénie et la systématique des différents groupes de la lignée verte (Chlorobiota) : des algues vertes aux plantes à fleurs. Un intérêt particulier sera accordé à la compréhension des traits et processus évolutifs fondamentaux ayant conduit les plantes vasculaires (les Trachéophytes), et plus spécialement les Angiospermes, à occuper une position dominante dans la plupart des écosystèmes terrestres.
Les bases théoriques et méthodologiques de la systématique dispensées en cours, seront développées à travers des travaux dirigés et pratiques d’anatomie, de morphologie, d’analyse florale, et de taxonomie: caractérisation, principes de classification, identification, utilisation des flores, excursion botanique et confection d’un herbier.

8) Bibliographie :
Judd, Campbell, Kellog, Stevens (2002) . Botanique systématique. Une perspective phylogénétique. DeBoeck Université.
Guignard. Abrégé de botanique. Ed Masson.
Spichiger, Savolainen, Figeat (2000). Botanique systématique des plantes à fleurs. Presses Polytechniques et Universitaires Romandes, Lausane.
Raven, Evert, Eichorn (2000). Biologie végétale. DeBoeck Université.
Blamey M., C. Grey-Wilson. Flore d’Europe occidentale. Ed. Arthau.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
optionnel X
obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 7 : Organismes Chlorophylliens Thalloides, Champignons et Lichens, Interactions Biotiques

Numéro de l’UE : BIO 718
Intitulé de l' U E : Organismes Chlorophylliens Thalloides, Champignons et Lichens, Interactions Biotiques

Responsable(s) : Rozene GUESNE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Sciences de la Vie et de la Terre ; préparation aux concours du CAPES et de l’AGREGATION

2) Parcours : 4ème année, Master 1

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Cette UE apporte une connaissance de groupes dont la position phylogénétique a été récemment bouleversée : les algues, organismes chlorophylliens essentiellement marins et les champignons, organismes non chlorophylliens essentiellement terrestres. En milieux terrestres, ces deux groupes ont de plus développé des interactions biotiques originales d’une importance capitale d’un point de vue biologique et écologique, les mycorhizes et les lichens. D’autres interactions biotiques de type symbioses seront abordées à cette occasion. L’étude des champignons permettra de dégager la notion de parasitisme comme mode de nutrition.

5) Prérequis : UE BIO 102 Bases systématiques et organisation du vivant

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h8h12h8h48Travail personnel22h5h15h6h48
Crédit total de l’UE : 4
7) Programme des enseignements :

Cours :
La structuration de l’arbre des Eucaryotes : discussion de la notion de champignon et d’algue.
rappel de l’origine endosymbiotique de la cellule eucaryote (exemple de l’origine des plastes dans la lignée verte)
Biologie des principaux groupes d’algues et leurs cycles de reproduction (Fucus, Ulve…)
Importance du phytoplancton et valorisation des algues
Biologie des champignons et leurs cycles de reproduction  (Mildiou, coprin..)
Importance des processus de saprophytisme, de parasitisme et de mycorhization dans le monde végétal
Biologie des lichens et importance de la symbiose lichénique
La notion de symbiose sera élargie aux symbioses fixatrices d’azote.

TD-TP :
Excursion sur le littoral et constitution d’un alguier de référence. Etude des principaux facteurs régissant la répartition des algues sur le littoral.
Morphologie et cycles de reproduction des algues vertes, brunes et rouges.
Morphologie et cycles de reproduction des principaux de groupes de champignons.
Endo et ecto-mycorhizes
Morpho-anatomie des lichens
Organismes symbiotiques et fixation de l’azote atmosphérique (dont lichens et associations plantes/procaryotes)

8) Bibliographie :
Les champignons : mycologie fondamentale et appliquée. Bouchet, Guignard et Villard. Eds Masson ; Abrégés
Biologie et phylogénie des Algues. B. de Reviers T1 et T2. Eds Belin
Les Algues. Gayral Eds Doin
Organisation et biologie des Champignons. Boiron et Perilleux. Eds Nathan
Les symbioses. MA Selosse. Eds Vuibert
Guide des Lichens. Van Haluwyn et Lerond. Eds Lechevalier

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour la préparation aux concours
optionnel ( pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Outre les cours, TD et TP, les étudiants auront à réaliser un alguier à l’issue de l’excursion et des compte-rendus de TP enrichis d’éventuelles recherches personnelles.


S 8 : Evolution Végétale

Numéro de l’UE : BIO 811
Intitulé de l' U E : Evolution Végétale

Responsable(s) : Malika AINOUCHE
Equipe(s) pédagogique(s):Biologie Végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 de recherche Biologie et Environnement mention Sciences Végétales
Master professionnel de Sciences agronomiques, agroalimentaires et vétérinaires mention Productions végétales

2) Parcours : première année de Master

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
Cette UE devrait permettre aux étudiants d’appréhender les processus évolutifs affectant les plantes à l’échelle du gène, du génome, et des populations. Ces notions, prenant appui sur une bonne connaissance des systèmes végétaux et en particulier de la biologie de la reproduction, sont indispensables aux étudiants souhaitant s’orienter vers l’amélioration génétique des plantes, la production végétale, la gestion des cultures ou des forêts…

5) Prérequis :
Biologie cellulaire et Moléculaire ou niveau équivalent
Organisation, reproduction et adaptations des Spermaphytes ou niveau équivalent
Biosystématique et interactions biologiques chez les Angiospermes ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20h10h30h60 Travail personnel25102560
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements:
Evolution comparée des génomes nucléaires et cytoplasmiques des plantes, dynamique des gènes dans les populations, flux géniques (semences versus pollen), évolution réticulée (par hybridation) et diversité génétique, spéciation et phylogénie.

8) Bibliographie (sous réserve de mise à jour):
Variation and Evolution in Plants and Micro-organisms : Toward a new synthesis 50 years after Stebbins. F. Ayala, W. Fitch & M. Clegg (Eds) 2000 – National Academy Press. Washington.
Evolution Biologique. Ridley 1997 – De Boeck Université.
Les avatars du gène. P-H Gouyon, J-P Henry, J. Arnould 1997 – Belin
Reconstruction Phylogénétique : Concepts et méthodes. P. Darlu et P.Tassy 1993 – Masson.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour le master 1 Recherche en Sciences végétales
optionnel ( pour les autres filières

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement sera diffusé sous forme d’enseignement théorique, de travaux dirigés (exercices ou exposés thématiques) et travaux pratiques (cytogénétique, polymorphismes, reconstructions phylogénétiques).

12) Capacité d'accueil : non limitée

( Ecologie, Environnement
S 2 : Bases de l’écologie

Numéro de l’UE : BIO 201
Intitulé de l' U E : Bases de l’Ecologie

Responsable(s) : Anne Marie Cortesero et Françoise Forgeard
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie écologie animale et Biologie écologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie, mention biologie des organismes

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 2

4) Objectifs :
Les étudiants arrivent à l’université ayant entendu parlé d’écologie politique ou d’écologie médiatisée. Cet enseignement a pour objectif de resituer les problématiques et la démarche scientifique des problèmes écologiques de notre temps en leur donnant les notions de bases indispensables à l’approche scientifique de l’écologie. Cette approche se fera à partir d’exemples concrets se basant sur des excursions ( forêt, ruisseau …) et sur des cas actuels ( changements climatiques, développement durable…)

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301014660 Travail personnel30151560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS (20h)
- Introduction : problématiques et démarches en Ecologie
Niveaux d'organisation des systèmes (Biome, écosystèmes et grands processus écologiques ( production, prédation, décomposition))
Fonctionnement des écosystèmes ( exemples :forêt, ruisseau, …)
Organismes et facteurs abiotiques (Sol -Climat-Eau)
Applications aux problèmes environnementaux (Changements climatiques, Biologie de la Conservation, Développement durable)

TD (10h)
- Fonctionnement bio-géochimique des écosystèmes
Interactions biotiques (relation plantes/insectes, insectes/insectes, champignon/plante)
Relation caractéristiques du milieu-réponses des organismes (gradient de température, écophysiologie, …)
Relation caractéristiques du milieu- composition des communautés (gradients écologiques, cartographies écologiques)

TP (20h)
Sortie en forêts, prairies, zone humide, ruisseau 
Recyclage de la MO et fonctionnement des humus
Adaptations et Structures des peuplements de la faune du sol
Biodiversité et bio-indicateurs (ex. des mousses)
Hétérogénéité interne et biodiversité (Analyse d'une système ruisseau, Rôle des interfaces)
Gradient et structures des communautés (Forêt, prairies, zone humide)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________

S 3 : Chimie et Physique de l'Environnement 1

Numéro de l’UE : BIO 311
Intitulé de l’UE : Chimie et Physique de l'Environnement 1

Responsable(s) : Yvan LAGADEUC & Daniel CLUZEAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie végétale (écologie) & Biologie animale (écologie)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Optionnel Licence de biologie mention Biologie des organismes
Optionnel Licence de biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie spécialité sciences végétale
Conseillé pour une entrée en master Sciences de la Vie et la Santé mention Environnement

2) Parcours : 2ème année de la licence

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
Acquisitions des bases de physiques et chimie nécessaires aux études environnementales
Ecologie quantitative BIOQUANT S3 12 H

5) Prérequis :
Bases de l’Ecologie, Ecologie 1 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26181660Travail personnel102060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

Chimie : Chimie des solutions + méthodologie responsables : S. Dérien, M. Hissler : 8hC 6hTD 10TP
Equilibres acido-basiques (Définitions, acidité et pH)
Equilibres de complexation (complexes métalliques, stabilité, complexes et acidité)
Equilibres de solubilité (solubilité et produit de solubilité, séparation des ions, solubilité et pH, compétition solubilité-complexation)
Oxydoréduction (Nombre d’oxydation, équilibres rédox, échelle de potentiels, modification des propriétés oxydoréductrices)
Travaux pratiques : Dosages colorimétriques et potentiométriques.

Physique : Responsable V. Vié :24 H : 18 h cours/TD et 6hTP
Transport – Fluide et Particules : diffusion, viscosité, sédimentation, percolation Atomes et molécules : particules et radioactivité, structure des atomes

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 4 : Chimie et Physique de l'Environnement 2

Numéro de l’UE : BIO 408
Intitulé de l’UE : Chimie et Physique de l'Environnement 2

Responsable(s) : Daniel CLUZEAU & Yvan LAGADEUC
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie animale (écologie) & Biologie végétale (écologie)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Optionnel Licence de biologie mention Biologie des organismes
Optionnel Licence de biologie mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie spécialité sciences végétale
Conseillé pour une entrée en master Environnement

2) Parcours :

3) Semestre n° : S 4

4) Objectifs :

5) Prérequis :
Bases de l’Ecologie, Ecologie 1, Ecologie 2, Chimie et Physique de l’Environnement 1, Sol-Eau-Climat ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel181224660Travail personnel20202060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
COURS
Physique des sols caractérisation physique des sols de l’échelle du profil à celle des versants - variabilité spatio-temporelle) 6h
Chimie et Physique des eaux : acquisition des caractéristiques globales d’une eau, les nutriments dissous et leur estimation 6h
Rôles des organismes sur la chimie et la physique de l’environnement 6h

TD
Qualité des compartiments de l’environnement (travaux sur documents) :
Les sols agricoles : Impact des activités agricoles 6h
Les eaux douces : qualité et évaluation des eaux 6h

TP
Sortie sur un transect agricole (versant, zone de bas-fond, ruisseau) 6h
Méthodes et techniques en physique des sols (état de surface, profil-tarière, densité, porosité de surface, infiltrométrie) 6h
Méthodes et techniques en hydro-géo-chimie  (mesures des caractéristiques fondamentales d’une eau (pH, alcalinité, conductivité électrique, teneurs en ions majeurs, salinité, …)) 6h
Exploitation des résultats en salle et mise en forme des résultats (inventaire, diagnostic) avec réalisation de cartes numériques 9h
Synthèse des approches physico-chimiques – Restitution – discussion 3h

Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 3 : Les grands problèmes d’écologie.

Numéro de l’UE : BIO 312
Intitulé de l' U E : LES GRANDS PROBLEMES D’ECOLOGIE

Responsable(s) : F. ROZE, AJ. FRANCEZ
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale ; Ecologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie spécialité sciences végétales et spécialité Biologie appliquée , Licence de biologie mention biologie des organismes

2) Parcours :
L2 pour les spécialités  Sciences végétales et Biologie appliquée

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
De lourdes menaces pèsent sur l’avenir du fait de la dilapidation des ressources naturelles, de la dégradation des grands biomes, des pollutions, de la disparition de nombreuses espèces et du changement climatique. Il est important d’analyser les facteurs de la dégradation de la biosphère, de faire un diagnostic des dégradations dans une démarche conservatoire.

5) Prérequis :
Bases de Biologie et d’écologie enseignées en L1 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301014660 Travail personnel2010102060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
A – Cours
Les grands problèmes planétaires (changements globaux, désertification, déforestation, érosion…) en liaison avec des aspects biogéographiques. Flux d’énergie (14h)
Cycle de l’eau et risques
Cycle du carbone et effet de serre
Cycle de l’ Azote et du Phosphore ( fertilisation, eutrophisation)
Dynamique de la Biodiversité (12h)
Les aspects biogéographiques
Le fonctionnement des écosystèmes
La biologie de la conservation
B – TD
Cycles des nutriments et traitements de l’eau (2h)
Changements globaux et gaz à effet de serre (production, stockage et relargage de l’Azote et du Carbone) (2h)
Cartographie appliquée aux problèmes de la désertification et des crues
Ressources forestières et déforestation (biomasse et productivité) (4h)
C – TP
Sortie « Station d’épuration » (2h)
Processus biologiques et traitement de l’eau (3h)
Biodiversité, gestion des espèces rares et cadre juridique (6h)
Paléoécologie et changement climatique (3h)

8) Bibliographie :
Ramade, 1995 : Eléments d’Ecologie appliquée ; FAO UNESCO, 1994 : Stratégie mondiale de la biodiversité

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 4 : Sol, eau, climat

Numéro de l’UE : BIO 409
Intitulé de l' U E : Sol , eau, climat

Responsable(s) : Daniel Cluzeau et Françoise Forgeard
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie animale et Ecologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie, mention biologie des organismes

2) Parcours : 2ème année de la licence

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs :
Comprendre et analyser le rôle des facteurs abiotiques dans le fonctionnement des écosystèmes.
Mettre en relation les caractéristiques des sols et du climat avec la répartition et le fonctionnement des organismes vivants.

5) Prérequis : UE bases de l’écologie (S2) Ecologie 1 (S3) ou niveau équivalent
Chimie et Physique de l’Environnement 1 (S3) ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301014660 Travail personnel30151560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

COURS ( 30h)
Pédologie : origine, pédogénèse, propriétés physiques, chimiques et biologiques des sols, typologie des sols et des humus
Climatologie : les échelles en climatologie, les facteurs climatiques, les grands types de climat, l’évolution des climats
Relation facteurs du milieu et organismes (édaphologie) : relations naturelles sol-climat-végétation-humus (interactions entre les MOS, le pédoclimat et les activités biologiques).
Hydrobiologie (dynamique, fonctionnement)

TD (10h)
Méthodes d ‘analyses en pédologie - Interprétation des données pédologiques
Etude des cartes climatologiques - Analyse des indices climatiques
Analyse d’exemples de relations sol - végétation
Réservoirs et lacs: stratification, production primaire, eutrophisation
Les fleuves: hétérogénéité et fonctionnement

TP et excursion (30h)
Méthodes de description et d’analyse des sols
Méthodes de description des relations naturelles sol-eau-climat-végétation-humus
Sortie : "sols peu anthropisés sur granit et sur schiste"
Exploitation des données de la sortie (typologie des sols, toposéquences, phytoécologie
Un système aquatique lentique : gradient de la bordure à la zone pellagique
Un systèmes aquatique lotique : du chenal à la ripisylve, habitats, faune et flore

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

________________________________________________________________________


S 5 : Répartition des populations et des communautés

Numéro de l’UE : BIO 520
Intitulé de l' U E : Répartition des populations et des communautés

Responsable(s) : B. Clément et F. Ysnel
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale et Ecologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie, mention Biologie des Organismes (Obligatoire)

2) Parcours : 3ème année

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Comprendre les mécanismes de réponse des organismes, des populations et des communautés biologiques aux contraintes environnementales et aux changements globaux (changements climatiques et d’utilisation des terres)

5) Prérequis : UE de systématique et d’écologie ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel201062460Travail personnel1212122460
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Structure et organisation spatiale des organismes et des populations à différentes échelles géographiques, du site au biome.
Hétérogénéité des systèmes étiologiques ; flux es organismes et des propagules ; modes de dispersion et conséquences pour la gestion des habitats et des paysages
Structure et dynamique des écosystèmes ; gradients et écoclines ; successions écologiques ; phytosociologie et groupes écologiques.
Applications à la biologie de la conservation
TD : méthodes d’échantillonnage en écologie et traitements des données.
TP et stages :
analyses spatio-temporelles :
contraintes en zone inter-tidale
contraintes en zone palustre

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’effectif


S 5 : Bases Ecologiques de la Production Végétale

Numéro de l’UE : BIO 521
Intitulé de l' U E : Bases Ecologiques de la Production Végétale

Responsable(s) : F. ROZE
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie
Licence de Biologie mention biologie des Organismes

2) Parcours : L3 pour les spécialités Sciences végétales et Biologie appliquée LBCMP et pour la LBO

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Il est de plus en plus essentiel de situer les différentes productions dans un contexte environnemental. Les notions de conservation des sols et des paysages seront abordées en relation avec les facteurs écologiques de production (qualité de la production, fertilité et durabilité). A l’échelle du paysage, les interactions agrosystème-paysage seront détaillées. Un travail sur les méthodes d’analyse, d’évaluation et de conservation sera effectué de manière théorique et pratique.

5) Prérequis : UE d’ écologie en S4

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel251019660Travail personnel2010102060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

A – Cours
Biomasse, production et productivité et facteurs de production (6h)
Contrôle des facteurs de production, qualité de la production, fertilité, développement durable (7h)
Interactions agrosystèmes et paysages et indice de qualité des paysages (7h)
Lutte biologique (5h)

B- TD
Réhabilitation des sols agricoles (2h)
Fonction de protection et production de sols (2h)
Facteurs de production (2h)
Désertification (2h)
Contrôle des facteurs de production (2h)

C – TP
Sortie : un paysage rural (6h)
Analyse de la structure et de la dynamique d’un paysage (agro-sylvo-pastoral) (3h)
Dégradation restauration des sols (amélioration des humus) (3h)
Biomasse et productivité (3h)
Evaluation des paysages et rôle de la biodiversité (analyse comparative) (4h)
Enrichissement organique des sols (3h)

8) Bibliographie :
Soltner 1987 : Les bases de la production végétale ; Gobat et al., 1995 : Le sol vivant ; Alard et al., 2002 : A le recherche d’une agriculture durable

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire X
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 6 : Ecologie Générale

Numéro de l’UE : BIO 615
Intitulé de l' U E : Ecologie générale

Responsable(s) : Françoise Rozé
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale et Ecologie animale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours : 3ème année de la licence

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs : Préparer aux concours de l’enseignement secondaire et au métier d’enseignant. Les supports théoriques seront complétés par des excusions et stages de terrain

5) Prérequis : bases de l’écologie ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2283060Travail personnel2283060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours 24h
Analyse des populations (tables de survie, paramètres, dérives , équation de Euler-Lotka, dynamique des pop modèles à 1espèce en temps continu et en temps discret et modèles à deux espèces )
Relations trophiques dans les biocénoses, compétition, modèle prédateur proie
Flux d’énergie, cycles de l’eau, du carbone et de l’azote
Le sol et ses composants
Analyse des communautés : concepts de niche écologique, partage des ressources, traits d’histoire de vie, groupes écologiques, espèce clé, attributs vitaux, capital biologique, bio-geographie( les grands biomes), biodiversité….
La succession écologique

TD 6h
Flux de matière dans un écosystème
Interactions durables entre le sol et la végétation
La dune (écosystème paysage et succession : différentiation spatiale)

Stage d’écologie végétale 2,5 j à Paimpont :
Colonisation, et succession en suivant la relation végétation sol sur un transect analyse des contraintes écologiques.
L’homme et les landes.
Le sol et la végétation dans les écosystèmes forestiers.
Zonations de bordure d’étang

2,5 J d’écologie animale

8) Bibliographie :
Barbault
Fischesser
Gobat

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 6 : Initiation à la pratique du diagnostic écologique

Numéro de l’UE : BIO 616
Intitulé de l' U E : Initiation à la pratique du diagnostic écologique

Responsable(s) : Agnès Schermann, Bernard Clément et André-Jean Francez,
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie végétale, Biologie et écologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biologie, mention biologie des organismes

2) Parcours : 3ème année des licences

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs :
Beaucoup d’offres de stages et d’emplois potentiels ( bureau d’étude en environnement ) concernent l’application des normes européennes (habitat Natura 2000, …) nécessitent des compétences pratiques en vue d’études de terrain (flore, faune, milieu ). L’objectif de cette UE est de former les étudiants à ces pratiques de terrain et à poser un diagnostic à partir des informations recueillies sur le terrain.

5) Prérequis : Ecologie 2 (S4), Sol-Eau-Climat (S4) ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel416162460 Travail personnel515152560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours (4h)
Cours introductif 2h
Gestion de l’environnement (législation, Natura 2000, normes, schémas directeurs) 2h
TD (16h)
Techniques de reconnaissance de la diversité du monde vivant 10h
Travaux sur documents (normes et législation sur l’eau, le sol et la biodiversité) 6h
TP et excursion (40h)
Sortie : Reconnaissance et analyse des végétaux et des animaux (3j) 24h
Analyse des principales adaptations morpho-anatomiques aux conditions du milieu 6h
Notion d’indicateurs écologiques 10h

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 32
S 6 : Microbiologie des sols et des eaux

Numéro de l’UE : BIO 617
Intitulé de l' U E : Microbiologie des sols et des eaux

Responsable(s) : André-Jean FRANCEZ et Daniel CLUZEAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale et Ecologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Optionnel Licence de biologie mention Biologie des organismes

2) Parcours : Bac +3
Conseillé pour une entrée en master Environnement

3) Semestre 6

4) Objectifs :
Montrer l’importance de la diversité des micro-organismes aquatiques et terrestres et leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes (flux de matières). Illustration sur la gestion de la ressource EAU.

5) Prérequis :
Bactériologie générale (S4), Sol Eau Climat (S4), Ecologie 2 (S5) ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel201027360Travail personnel1071030360
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours
1 – Microorganismes : diversité des fonctions
Dynamique des micro-organismes dans les milieux aquatiques et sédimentaires 6 h
Micro-organismes : types trophiques et habitats;
Dynamique de croissance des populations de micro-organismes;
Facteurs physico-chimiques; compétition pour la ressource
Microorganismes du sol et microhabitats  4h
Stratégies nutritionnelles des microorganismes dans le sol ;
Rôles des principaux groupes de microorganismes dans le sol ;
Facteurs abiotiques et réponse des microorganismes aux facteurs du milieu ;
Quels liens entre aspects taxonomiques, physiologiques et fonctionnels ?
Synthèse : Les groupes trophiques microbiens et les cycles biogéochimiques 4 h

2 - Microbiologie et gestion des risques 6h
Rôle des micro-organismes dans la dégradation et la restauration de la ressource EAU
Les phénomènes de pathogénie : contamination et santé humaine, cyanobactéries toxiques;
Protection de l’environnement : L’épuration des eaux pour l’alimentation humaine
TD
Exercices sur l’implication des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes 4h
Exercices sur les cycles biogéochimiques et les flux 4h
Fonctionnement d’une station d’épuration et gestion des risques sanitaire 2h
TP
Visite de station d’épuration (Excursion) 3h
Les micro-organismes aquatiques: mesures de biomasse et d’activité 3h
Communautés zooplanctoniques 3h
Dynamique des communautés algales d’un milieu naturel (bioessais)
et modélisation de cette production primaire 9h
Rôle des micro-organismes dans le fonctionnement des sols (ex : Minéralisation C et N, activité globale et spécifique, … 12h

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Le travail personnel comprendra un bilan d’excursion sur le rôle des microorganismes sur le recyclage des eaux.

12) Capacité d'accueil :
S7 : De l’individu à la population et à l’écosystème


Numéro de l’UE : BIO 719
Intitulé de l' U E : De l’individu à la population et à l’écosystème

Responsable(s) : Françoise Rozé
Equipe (s) pédagogiques (s) : Biologie et écologie végétale, Biologie et écologie animale



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Droit et Environnement

2) Parcours :

1re année des deux masters

3) Semestre n° : 7



4) Objectifs : UE introductive aux problématiques du master qui présente les différentes interventions et doit permettre aux enseignants de cadrer les travaux en fonction des différentes origines des étudiants.



5) Prérequis :

bases de l’écologie ou niveau équivalent


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel121224Travail personnel6612
Crédit total de l’UE : 2

7) Programme des enseignements :
TD
Individus :les comportements, rappels des buts de l’éthologie et synthèse.
Population : structure d’une population
Ecosystème et paysages : structures et fonctions
TP
Stage de 2 jours ou 2 excursions
-observations comportementales
-étude d’une population
-Forêt étang et agrosystèmes

8) Bibliographie :


9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :




12) Capacité d'accueil :








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S 7 : Ecologie des communautés et fonctionnement des écosystèmes

Numéro de l’UE : BIO 725
Intitulé de l' U E : Ecologie des communautés et fonctionnement des écosystèmes

Responsable(s) : Jan-Bernard Bouzillé
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale ; Ecologie animale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master de recherche Biologie et Environnement mention « Biologie des organismes, des Populations et des Ecosystèmes
Master Professionnel Biologie, Environnement, Santé mention « Environnement »

2) Parcours : 1ère année de Master

3) Semestre n° : S7

4) Objectifs:
Cette UE s’attachera à l’étude de la structure et de la dynamique des communautés en réponse aux contraintes et perturbations d’origine naturelle ou anthropique. Les mécanismes écologiques intervenant dans la dynamique des communautés et le rôle des espèces dans le fonctionnement des écosystèmes seront développés dans le cadre de la dynamique de la biodiversité.

5) Prérequis :
Conseillé : Ecologie1(S3); Sol, Eau, climat (S4) ; Ecologie2 (S6) ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel26h10h18h6h60 Travail personnel10h6h6h8h30 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements:
COURS
- Réponses aux perturbations (groupes fonctionnels, hétérogénéité, espèces-clés…). Microperturbations, macroperturbations, variabilité et traits de vie.
-Biodiversité : hypothèses du ‘Temps-Stabilité’ et de la ‘Perturbation d’Intensité Moyenne’. Approche expérimentale de la biodiversité.
-Rôle des espèces dans le fonctionnement des écosystèmes.
Organismes ingénieurs.
- Les structures des communautés : facteurs abiotiques et interactions biologiques (compétition, relations prédateurs-proies…).
TD
- Groupes fonctionnels et les organismes ingénieurs
- Descripteurs de fonctionnement, attributs vitaux
- Espèces invasives
- Perturbations expérimentales, résistance et résilience
TP
- Sortie ‘pâturage et hétérogénéité’
- Analyse des résultats de la sortie : impact des perturbations
- Réponse des sols et des humus aux perturbations
- Indices biologiques et groupes fonctionnels en eau douce
- Groupes de réponses, traits de vie.

8) Bibliographie :
Ecologie : de l’écosystème à la biosphère . Lévèque (Dunot)
Ecosystèmes : structure, fonctionnement, évolution ; Frontier, Pichod-viale (Masson)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Ecologie du Paysage

Numéro de l’UE : BIO 812
Intitulé de l' U E : Ecologie du Paysage

Responsable(s) : Pierre MARMONIER
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie animale et Ecologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) de Recherche Biologie et Environnement,
mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours : Master 1ère année

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs: Spécialisation en Ecologie du Paysage, analyse des systèmes hétérogènes et des paysages, dynamique et régulation des flux de nutriments et d'organismes.

5) Prérequis : Licence de Biologie des Organismes

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel25 h10 h25 h60Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:
Cours : Hétérogénéité et structuration spatiale des paysages, variabilité temporelle et échelles de perception, rôle des activités humaines dans la dynamique des paysages, relation populations – paysage
Travaux Dirigés : Analyse des paysages (du terrain à la cartographie), connectivité et fragmentation, systèmes arborescents (exemple des grands fleuves), flux de gènes et d'individus
Travaux Pratiques : analyse des relations entre zone agricole et zone humide (sortie de terrain), le bocage (sortie sur le terrain), rôle des interfaces et des écotones (exemple d'un cours d'eau).

8) Bibliographie : Ecologie du Paysage (2001) Burel & Baudry.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnelle (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE :
Enseignements sous forme de cours, TD et TP ainsi que deux sorties d'échantillonnage sur le terrain (zone agricole-zone humide et bocage). Notation basée sur un travail de groupe (3 à 5 étudiants) de rédaction d'un rapport sous la forme d'un article scientifique.

12) Capacité d'accueil : sans limitation
S 8 : Ecologie aquatique

Numéro de l’UE : BIO 813
Intitulé de l' U E : Ecologie aquatique

Responsable(s) : Yvan LAGADEUC
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie animale et végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes

2) Parcours : 1ère année master

3) Semestre n° : S8

4) Objectifs :
Acquisition de connaissances théoriques sur le fonctionnement des milieux aquatiques.

5) Prérequis : Modules d’écologie et de chimie et de physique de l’environnement ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24102660 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
Les enseignement magistraux seront organisés autour de concepts clés du fonctionnement des écosystèmes aquatiques :
Le contrôle physique dans les écosystèmes aquatiques (énergie auxiliaire et ergocline)
La boucle microbienne en systèmes aquatiques et le recyclage de la matière
Relation top-down et bottom-up
Continuité et discontinuité en système courant
Le spiralling concept
Eutrophisation
TD
Méthodes de mesures de biomasse et de production
Les indices de qualité
Les modèles d’écosystème aquatique
Mise en place des stratégies d’échantillonnage et interprétations des données issus des sorties
Travaux Pratiques
Sortie : rivière, lac, bordure tourbeuse. Ces séances seront basés sur des analyses de terrain permettant de mettre en œuvre les concepts introduits en cours. Elles feront largement appel aux initiatives des étudiants.
Analyses des caractéristiques chimiques de l'eau (nutriments)
Analyse des caractéristiques biotiques des eaux du lac (plancton, chlorophylle, production primaire)
Analyse des communautés de la rivière (benthos, périphyton, activités microbiennes hétérotrophes)
Les communautés de la zone tourbeuse (micro-organismes, respiration, activité microbiennes)
Modélisation en systèmes aquatiques

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (
Les UE qui sont pas dans des listes d’options mais peuvent être proposées en UE libres apparaîtront ici en optionnel.

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 8 : Ecologie et Ethologie

Numéro de l’UE : BIO 814
Intitulé de l' U E : Ecologie et Ethologie

Responsable(s) :Marie Annick Richard, Françoise Rozé
Equipe(s) pédagogique(s) :Ethologie, Ecologie végétale et Ecologie animale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Maîtrise Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours : bac+4

3) Semestre n° S8

4) Objectifs :
Préparation aux concours de l’enseignement et au métier de professeur.
Cet enseignement donne les bases théoriques, il s’appuie également sur une connaissance des milieux naturels sur le terrain.

5) Prérequis : Bases en écologie, écologie ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24822660 Travail personnel3081260 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Facteurs environnementaux abiotiques, psychologiques et reproduction 4h
Socialité et évolution des structures sociales 4h
Développement des comportements (expérience, maturation, empreinte) 4h
Ecophysiologie, réponse aux contraintes et stratégies adaptatives 3h
Ecologie évolutive (notion de trait d’histoire de vie, génétique quantitative et sélection naturelle) 3h
Ecologie des perturbations et biologie de la conservation ( concepts de résistance résilience et tolérance, invasions biologiques) 3h
Biodiversité et gestion durable 3h
TD
Méthodes d’évaluation et de quantification des comportements 4h
Les invasions biologiques 2h
Les écosystèmes et le feu 2h
TP 22h
Construction de répertoires dans le cadre de comportements sociaux et parentaux
Analyse de processus (mobilité embryonnaire, apprentissages)
Comparaison d’un agrosystème et de la forêt
Cartographie et analyse de la dynamique de la végétation (à partir de la sortie sur le terrain)
Excursion
De l’agrosystème à la forêt tempérée anthropisation des écosystèmes et des paysages 6h

8) Bibliographie :
Ramade
Barbault
Fischesser
Gobat

9) Coefficient 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil

S 8 : Ecologie Microbienne

Numéro de l’UE : BIO 815
Intitulé de l' U E : Ecologie microbienne

Responsable(s) : Daniel CLUZEAU et André-Jean FRANCEZ
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie animale et Ecologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) de Recherche Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
et Master 1 (maîtrise) Professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Environnement

2) Parcours : Bac +4

3) Semestre 8

4) Objectifs :
Maitriser les concepts de l’écologie microbienne. Comprendre les implications des micro-organismes aquatiques et terrestres dans les flux de matières et appréhender les phénomènes d’interaction et de transfert intégrant la dimension spatiotemporelle des processus sousjacents.
Illustrer ces concepts par le recyclage des déchets et la bioremédiation des sols contaminés par des xénobiotiques.

5) Prérequis :
Microbiologie des eaux et des sols, Chimie et Physique de l’Environnement 2 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20103060 Travail personnel1010202060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours
Introduction : Histoire et concepts de l’écologie microbienne 2h
Biodiversité microbienne fonctionnelle 2h
Rôles des interactions microbiennes au sein des sphères d’activités préférentielles du sol, l’aggrégatosphère, la rhizosphère, la drilosphère, la détritosphère 6h
Rôles des interactions microbiennes dans les émissions de gaz à effet de serre (processus aérobie vs anaérobie dans les cycles C, N) 4h
Illustrations :
Compostage et gestion des matières déchettaires (rôles de la microflore dans les processus de compostage ; devenir des microorganismes pathogènes, …) 3 h
Bioremédiation des sols contaminés par des composés organiques naturels et xénobiotiques
3 h
TD
Interactions micro-organismes / aggrégatosphère et drilosphère 2h
Les champignons décomposeurs (ex. d’interactions au sein de la détritosphère) 4h
L’écologie microbienne au service de la gestion des risques environnementaux 4h
TP
Techniques d’analyse de la diversité et activités spécifiques microbiennes 6h
Méthodes d’étude des interactions microbiennes en milieux aquatiques 6h
Méthodes d’étude des interactions microbiennes à l’interface eau/sol 6h
Méthodes d’étude des interactions microbiennes dans le sol (rhizosphère,...) 6h
Restitutions sous forme d’exposés 6h

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Le travail personnel et par petits groupes comprendra la rédaction de rapports (approches fondamentale, méthodologique et appliquée) et la préparation de la restitution orale associée.

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Ecologie de la Restauration

Numéro de l’UE : BIO 816
Intitulé de l' U E : Ecologie de la Restauration

Responsable(s) : F. ROZE
Equipe(s) pédagogique(s) : ECOLOGIE VEGETALE

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) recherche 1 en Biologie et Environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes
Mention : Sciences végétales fondamentales
Master 1 (maîtrise) professionnel en Sciences agronomiques et agroalimentaires
Mention : Sciences et productions végétales
Master Biologie, Environnemnt, Santé mention Droit et Environnement

Parcours : M1 recherche ou M1 professionnel (domaine végétal)

3) Semestre n° 8

4) Objectifs :

Prérequis : Enseignements d’écologie en L2 et L3 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2662860Travail personnel2662860 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Contextes juridiques, acteurs, concepts, les systèmes de références, restauration naturelle et restauration par l’homme
Restauration de bassins versants
Restauration de zones humides, utilisation de pâturage
Restauration des cours d’eau
Restauration d’habitats littoraux ( dunes, falaises, landes)
TD
Recréation de landes
Espèces invasives
Biorémédiation
TP
Stage de terrain
Natura 2000, Sortie de cartographie
Utilisation des SIG pour la gestion des bassins versants

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 9 : Approche intégrée de terrain

Numéro de l’UE : BIO 915
Intitulé de l' U E : Approche intégrée de terrain

Responsable(s) : Jan-Bernard Bouzillé
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie végétale ; Biologie et écologie animale ; Géosciences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention  Environnement . « Gestion intégrée des bassins versants »

2) Parcours : 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs:
Cette UE consistera en un stage pluridisciplinaire de 5 jours au cours duquel les étudiants mettront en œuvre sur le terrain les méthodes et les techniques d’analyse et d’évaluation présentées dans les différentes UE du semestre.

5) Prérequis : UE de S9

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30h30hTravail personnel15h15h
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Analyse de la structure d’un paysage
Réalisation de divers diagnostics (phyto-écologiques, pédo-biologiques, hydrobiologiques…) et interprétation des résultats
Gestion des rejets dans le sol et l'eau
- décontamination des sols pollués
- stockage de déchets
- bioremédiation
Utilisation du SIG
Synthèse dans le cadre de la mise en œuvre d’une gestion intégrée

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Stage de terrain

12) Capacité d'accueil : 15 à 20 étudiants

S 9 : Pollution – Remédiation.

Numéro de l’UE : BIO 901
Intitulé de l' U E : Pollution – Remédiation

Responsable(s) : Davranche M. et Le Rouzic B.
Equipe(s) pédagogique(s) : Geosciences/Ecobio

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Environnement : « Gestion et restauration des bassins versants »

2) Parcours : Master 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs:
Décrire les phénomènes mise en jeu dans les processus de pollution des différents compartiments de l’environnement.
Appréhender les principales atteintes qualitatives des écosystèmes
Décrire les méthodes d’études des phénomènes
Maîtriser et résoudre les impacts des pollutions

5) Prérequis :
Master 1 ‘biologie des organismes, des population et des écosystèmes’ ou équivalent
Master 1 Pro ‘Environnement’ conseillé

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel14 h10 h0 h24Travail personnel6612
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
ContenuVolumeEquipe
PédagogiqueCoursPollutions :
Types : diffuse, ponctuelles, accidentelles, Mécanismes de mobilité
Cibles : eau, sédiments, sols
Sources :
Inorganique, organique
Biologique
7Geosciences/EcobioRemèdiation :
Autoépuration
Méthodes de remediation :
physique,
chimique,
bioremediation,
Applicabilité et choix
Conception de sites contrôlés7Geosciences/EcobioTD:Etudes de cas Décharges : Déchets ménagers
Déchets industriels
2
2GeosciencesSites miniers2GeosciencesEutrophisation, pollution biologique4Ecobio
8) Bibliographie :
Appelo C. A. J. , Postma D. (1999) Geochemistry, groundwater and pollution. Balkema
Bededient P. B., Rifai H. S., Newell C. J. (1999) Groundwater contaminant : transport and remediation, Prentice Hall.
Hamby, D. M. (1996) Site remediation techniques supporting environnemental restoration activities, a review, The Science of the Total environment, 191, 203-224.
Lecomte P. (1998) Les sites pollués : traitements des sols et des eaux souterraines, Technique et Documentation.
 HYPERLINK "http://www.lavoisier.fr/fr/livres/detail.asp?texte=3779&action=new&select=auteur" LEHR J.,  HYPERLINK "http://www.lavoisier.fr/fr/livres/detail.asp?texte=3780&action=new&select=auteur" HYMAN M.,  HYPERLINK "http://www.lavoisier.fr/fr/livres/detail.asp?texte=3781&action=new&select=auteur" GASS T.,  HYPERLINK "http://www.lavoisier.fr/fr/livres/detail.asp?texte=3782&action=new&select=auteur" SEEVERS W. J. (2001) Handbook of complex environmental remediation problems, McGraw Hill.
Liu D. H. F., Liptak B. G., Bouis P. A. (2000) Groundwater and surface water pollution, CRC press.
Nordstrom D. K., Alpers C. N. (1999) Geochemistry of acid mine waters. In ‘the environnemental geochemistry of Mineral Deposits’. Rev. Econ. Geol., 6A, Soc. Econ. Geol., Littleton, CO.
Valdes J. J. (2000) Bioremediation, Kluwer.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) : La partie pratique de cette UE pourra être réalisée en relation avec les UE ‘Projets tutorés’ et ‘Approche Intégrée de terrain’.

12) Capacité d'accueil : 15-20 étudiants

S 9 : Hydrogéologie de terrain : du réservoir à l’exploitation

Numéro de l’UE : BIO 911
Intitulé de l' U E : Hydrogéologie de terrain : du réservoir à l’exploitation

Responsable(s) : C. Tarits et Y. Quété
Equipe(s) pédagogique(s) : C. Tarits (Domaines Océanqiues-UBO), Y. Quété, L. Aquilina (Géosciences), J. Molénat (INRA-SAS)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Environnement
"Gestion Intégrée des Bassins Versants"

2) Parcours : 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs:
Aborder les méthodes de l’hydrogéologie et l’hydrochimie pour la caractérisation des ressources en eau

5) Prérequis : Hydrogéologie et hydrochimie conseillés

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel8 h6 h9 h24Travail personnel1616
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
ContenuVolumeEquipe
pédagogiqueCoursLa notion de réservoir2TaritsCaractérisation des réservoirs et propriétés hydrauliques2QuétéInteractions ressources en eau et ressources minérales2BallèvreInteraction entre ressources en eau et activités biologiques2TaritsTDExploitation des ressources : recharge et bilans3QuétéBiogéochimie des milieux à faible perméabilité (zones humides) 3AquilinaBilans hydrochimiques à l’échelle des bassins versants3TaritsTPCaractérisation hydrologique – Essais de pompages3QuétéCaractérisation hydrologique – Débits3QuétéCaractérisation hydrochimique3Tarits
8) Bibliographie :
Hydrogéologie Quantitative – De Marsily – Ed Dunod
L’eau dans l’espace rural – Neveau – Ed INRA
L’eau tomes I et II – Grosclaude – Ed INRA
Vie microbienne et production végétale – Davet – Ed INRA
Agriculture intensive et qualité des eaux – Cheverry – Ed INRA
Introduction à la Géochimie et ses applications – Hagemann & Treuil - Ed CNRS
Géologie de l’environnement – Tarits – Ed Dunod
L’environnement et France – IFEN
Biogeochemistry of small catchments – Moldan & Cerny – Ed Wiley

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire X
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : non limité


S 9 : Systèmes d'information géographique

Numéro de l’UE : BIO 902
Intitulé de l' U E : Systèmes d'information géographique

Responsable(s) : Alain BELLIDO & Yves QUETE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie animale et SPM

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Professionnel Biologie, Environnement, Santé, Mention Environnement Spécialité "Gestion Intégrée des Bassins Versants"et spécialité Droit et Environnement

2) Parcours : Master 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs: Acquisitions de compétences pratiques dans les systèmes de gestion de données géoréférencées.

5) Prérequis : Conseillé S8 : UE "Analyses spatiales" ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel6 h0 h18h24Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Cours
Méthodes de cartographie et d'analyses spatiales 
Présentation d’une approche-projet dans la mise en œuvre d’un SIG
TP
Distribution morpho-fonctionnelle des sols et de l'eau 3h
Méthodes de cartographie diagnostic 3h
Analyse d'images aériennes 3h
Réalisation d'un projet SIG sur l'analyse d'un bassin versant, 9h
en relation avec l'UE " Gestion de l'environnement à l'échelle des paysages
ou/et l’UE «Evaluation de la qualité des Ecosystèmes»
ou/et l’UE « Restauration des écosystèmes»
(ex. de diagnostic sur la relation agriculture-environnement)

8) Bibliographie.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE :
La partie pratique de cette UE sera associée aux contenus des UE "Projet Tutoré" et "Approche Intégrée de Terrain"

12) Capacité d'accueil :

S 9 :Utilisation des ressources des bassins versants (eau et sols

Numéro de l’UE : BIO 903
Intitulé de l' U E : Utilisation des ressources des bassins versants (eau et sols)

Responsable(s) : L. Aquilina et D. Cluzeau
Equipe(s) pédagogique(s) :L. Aquilina (Géosciences), D. Cluzeau (Ecobio), C. Walter (INRA-SAS), Y. Quété (Géosciences), S. Bonnet (Géosciences), J. Molénat (INRA-SAS)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Environnement spécialité « Gestion Intégrée des Bassins Versants » et spécialité Droit et Environnement

2) Parcours : 2ème année du master

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs:
Appréhender dans sa globalité le bassin versant en tant que ressource : ses différentes composantes et leur interaction, notamment en matière de flux.

5) Prérequis :
Master 1 Pro ‘Environnement’ ou équivalent conseillé
Pédologie et hydrologie, notions de géologie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel10 h4 h9 h24Travail personnel1212
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
ContenuVolumeEquipe
pédagogiqueCoursLes différentes unités des bassins versants2AquilinaLes différentes unités du sol des bassins versants et leurs fonctions2CluzeauLa formation et les propriétés des altérites2AquilinaRôle de la macrofaune dans les transferts2CluzeauRessources utilisables du sol2WalterTDRessources utilisables en eau (solutions de surface et solutions souterraines)2AquilinaLes différentes unités du sol des bassins versants et leurs fonctions2CluzeauTPUnités géomorphologiques et fonctionnelles3Bonnet-MolénatProtection de la ressource en eau3QuétéProtection de la ressource en sols3Walter
8) Bibliographie :
L’eau dans l’espace rural – Neveau – Ed INRA
L’eau tomes I et II – Grosclaude – Ed INRA
Vie microbienne et production végétale – Davet – Ed INRA
Agriculture intensive et qualité des eaux – Cheverry – Ed INRA
Introduction à la Géochimie et ses applications – Hagemann & Treuil - Ed CNRS
Géologie de l’environnement – Tarits – Ed Dunod
L’environnement et France – IFEN
Biogeochemistry of small catchments – Moldan & Cerny – Ed Wiley

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire X
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Une partie pratique de cette UE pourra être réalisée en relation avec les UE "Projet Tutoré" et "Approche Intégrée de Terrain"

12) Capacité d'accueil : 15 à 20 étudiants

S 9 : Restauration des écosystèmes

Numéro de l’UE : BIO 904
Intitulé de l' U E :Restauration des écosystèmes

Responsable(s) : Françoise Rozé
Equipe(s) pédagogique(s) :Ecologie végétale et Ecologie animale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention environnement « Gestion intégrée des Bassins Versants »

2) Parcours : 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs :
Grâce à de nombreuses interventions extérieures et à un support théorique orrespondant il est souhaité faire le point sur la restauration des écosystèmes et la réintégration des paysages tant du point de vue des trajectoires choisies que de la faisabilité et des techniques en usage.
Le travail sera organisé autour de travaux sur le terrain avec des gestionnaires d’espaces plus ou moins anthropisés.

5) Prérequis : Ecologie de la restauration conseillé ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel14h10h 24Travail personnel8h8h16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
COURS
Les concepts de l’écologie de la restauration : restauration des habitats, gestion des espèces, réintégration des paysages…
Les différents contextes de restauration (des politiques locales aux politiques mondiales).
Biodiversité et développement durable.
TD
Exemples de restauration de systèmes dégradés (écosystèmes au choix)
Gestion et restauration en régions agricoles ; action des fédérations de pêche.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Participation d’intervenants extérieurs : responsables de l’ONF, conservatoires, DIREN, Projet Life, grands Sites, Natura 2000.
La partie pratique de cette UE sera réalisée dans le cadre des UE : "Approche Intégrée de Terrain" et "Projet Tutoré"

12) Capacité d'accueil : 15 à 20 étudiants

S 9 : Gestion de l'environnement à l'échelle des paysages.

Numéro de l’UE : BIO 905
Intitulé de l' U E : Gestion de l'environnement à l'échelle des paysages

Responsable(s) : Pierre MARMONIER et Luc AQUILINA
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie animale, Ecologie végétale, Géosciences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Environnement
"Gestion Intégrée des Bassins Versants"

2) Parcours : Master 2ème année

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs:
Acquisitions de compétences pratiques en Ecologie du Paysage, évaluation, gestion et restauration des systèmes complexes.

5) Prérequis :
Master 1 de Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes ou équivalent conseillé

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel14 h10 h24Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Cours : Structures spatiales, hétérogénéité, fragmentation, connexions. Liens paysages et activités agricoles. Structures linéaires, flux de nutriments et flux d'espèces.
Travaux Dirigés : Pratiques agricoles et environnement. Diagnostic, analyse et bilan de bassins versants.

8) Bibliographie : Ecologie du Paysage (2001) Burel & Baudry.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE :
Enseignements sous forme de cours et de conférences de professionnels de la gestion des bassins versants (animateurs de bassins, Conseil Supérieur de la Pêche, ONF)
La partie pratique de cette UE sera réalisée au sein des UE "Systèmes d'Information Géographique", "Projet Tutoré" et "Approche Intégrée de Terrain"

12) Capacité d'accueil : de 15 à 20 étudiants S 9 : Evaluation de la qualité des écosystèmes

Numéro de l’UE : BIO 906
Intitulé de l' U E : Evaluation de la qualité des écosystèmes

Responsable(s) : Jan-Bernard Bouzillé
Equipe(s) pédagogique(s) : Ecologie végétale ; Ecologie animale

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention « Environnement ». Gestion intégrée des bassins versants

2) Parcours : 2ème année

3) Semestre n° : S9

4) Objectifs:
L’objectif de cette UE est la possession et la pratique d’une large gamme d’outils et de techniques d’évaluation des qualités du milieu et des communautés d’organismes qui s’y développent. Savoir évaluer la valeur patrimoniale des espèces et des habitats et développer une politique de la conservation. Savoir replacer le système à gérer dans une typologie afin de pouvoir établir des diagnostics de sa sensibilité, de sa vulnérabilité, de son état actuel et de sa possible évolution.

5) Prérequis :
Ecologie1(S3); Sol, Eau, Climat (S4) ; Ecologie2 (S6) ; Ecologie des communautés et fonctionnement des écosystèmes (S7).
Master 1 ‘biologie des organismes, des population et des écosystèmes’
Master 1 Pro ‘Environnement’

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel14h10h24Travail personnel8h8h16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
COURS
Evaluer des systèmes écologiques : bases théoriques (indicateurs, descripteurs, indices, grilles de qualité et échelles).
Typologie des systèmes et des habitats, successions et évolution des écosystèmes.
Méthodologies d’évaluation : stratégies d’échantillonnage et traitement des données.
TD
Interprétation d’études de qualité et de diagnostics
Diagnostics phyto-écologiques (forêts, landes, prairies…)
Indicateurs de qualité des sols
Diagnostics fonctionnels sur les haies
Diagnostic en zones humides (continentales et littorales)
Les indices de la qualité des eaux

8) Bibliographie :
Ecologie : de l’écosystème à la biosphère . Lévèque (Dunot)
Ecosystèmes : structure, fonctionnement, évolution ; Frontier, Pichod-viale (Masson)

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La partie pratique de cette UE sera réalisée dans le cadre des UE : ‘Approche Intégrée de Terrain’ et ‘Projet Tutoré’

12) Capacité d'accueil : 15à 20 étudiants

S 9 : Projet tutoré pluri-disciplianire.

Numéro de l’UE : BIO 915
Intitulé de l' U E : Projet tutoré pluri-disciplianire

Responsable(s) : Jan-Bernard Bouzillé
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et écologie végétale ; Biologie et écologie animale ; Géosciences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Environnement :Gestion intégrée des bassins versants

2) Parcours : 2éme année

3) Semestre n° : 10

4) Objectifs:
Les étudiants auront à mener à bien une étude complète de gestion de l’environnement émanant d’une entreprise ou d’un organisme. Ce projet aura pour objectif de permettre aux étudiants d’appréhender la nature fondamentalement pluri-disciplinaire d’une gestion intégrée des écosystèmes.

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentielTravail personnel40h40h
Crédit total de l’UE : 7 ?
7) Programme des enseignements:
Recherche et choix du projet, recherche de documentations administratives, juridiques et techniques.
Suivi pluri-disciplinaire
Rendus réguliers de l’état d’avancement du projet et rendu final

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3 ?

10) Statut :
obligatoire (
optionnelle

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les stages en milieu professionnel se dérouleront au second semestre, ils auront une durée de 5 mois, de Mars à Juillet. Ils donneront lieu à la rédaction d'un mémoire écrit et à une présentation orale résumant le travail exécuté. Des soutenances pourront également être réalisées en Septembre dans le cas où le stagiaire n'aurait pu mener à bien son rapport écrit pour le mois de Juin.

12) Capacité d'accueil : 15 à 20 étudiants

( Ethologie
S 4 : L'animal et son milieu :
comportement alimentaire, positionnement dans le temps et dans l'espace.

Numéro de l’UE : BIO 410
Intitulé de l' U E : L'animal et son milieu : comportement alimentaire, positionnement dans le temps et dans l'espace.

Responsable(s) : Catherine Blois-Heulin et Sophie Lumineau
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie :
obligatoire mention Biologie des Organismes

2) Parcours : 2e année

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs :
Cette unité d'enseignement doit permettre à l'étudiant de comprendre au mieux les relations entre l'organisme et son milieu. On insistera plus particulièrement sur l'organisation spatiale et temporelle des activités de l'individu et sur l'analyse de son comportement alimentaire.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel30102060 Travail personnel30102060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Comportement alimentaire : ontogenèse, déterminismes et fonctions (10h)
L’individu et le temps : les rythmes biologiques des comportements (8h)
L’individu et l’espace : l’orientation et les migrations animale (12h)
TD
Illustrations du cours
Analyse des résultats des travaux pratiques
TP
Comportement alimentaire chez les oiseaux (4h)
- Influence de la nouveauté sur le choix alimentaire et l’occupation de l’espace chez la souris (4h)
- Influence de la répartition des proies sur les comportements de recherche alimentaire (4h)
Organisation temporelle des comportements et synchronisation dans un groupe de cailleteaux (4h)
- Orientation et déplacement chez l’asticot en fonction de facteurs abiotiques (4h)

8) Bibliographie :
- Les rythmes du vivant (J. Boissin et B. Carguilhem) Ed. Nathan - Paris - 1998.
- Ethologie. Approche systémique du comportement (R. Campan et F. Scapini) Ed. DeBoeck Université - 2002.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Organisation des TP en TP tournants

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil


S 5 : Chronobiologie et pharmacologie

Numéro de l’UE : BIO 522
Intitulé de l' U E : Chronobiologie et pharmacologie

Responsable(s) : Sophie Lumineau et Hugo Cousillas
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie : mention Biologie des organismes

2) Parcours : 3ème année

3) Semestre n° : S5

4) Objectifs :
Cette unité d'enseignement a pour objectif de donner à l'étudiant des bases de psychopharmacologie expérimentale et de chronobiologie ouvrant ainsi sur deux domaines d'applications des connaissances en éthologie.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3062460 Travail personnel30102060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Les rythmes circadiens, ultradiens, infradiens – les horloges biologiques (5h)
Le cycle veille / sommeil (4h)
La chronobiologie appliquée (6h)
La neurotransmission (5h)
Dopamine, sérotonine, acétylcholine et comportements (5h)
Psychopharmacalogie expérimentale : modèles animaux et comportements (5h)

TD (6h)
Les TD illustreront par des exercices et applications (travaux sur documents) les cours de psychopharmacologie et de chronobiologie.

TP (24h)
- Notion de barrière hémato-encéphalique
- Traitement pharmacologique et comportement chez un rongeur dans un labyrinthe en croix surélevé.
- Médiateurs et structures nerveuses impliqués dans le comportement de fuite chez la blatte.
- Modèle éco-éthologique de l’anxiété chez un rongeur.
- Rythme ultradien
- Rythme circadien
- Désorganisation du rythme suite à un stress

8) Bibliographie :
- Pharmacologie intégrée (C.P. Page, M.J. Curtis, M.C. Sutter, M.J. Walker et B.B. Hoffman) - Ed. DeBoeck - 1999.
- Le sommeil humain. Bases expérimentales, physiologiques et physiopathologiques. (O. Beroit et J. Foret) - Ed. Masson
Une bibliographie actualisée sera conseillée aux étudiants pour certains aspects particuliers.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Certains TP seront obligatoires ; d'autres au choix
Travail personnel sur analyses d'articles

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil


S 6 : Bases biologiques de la régulation des comportements interactifs

Numéro de l’UE : BIO 618
Intitulé de l' U E : Bases biologiques de la régulation des comportements interactifs

Responsable(s) : Marie-Annick Richard
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie mention Biologie des organismes
Mention Biologie cellulaire, moléculaire et physiologie

2) Parcours : 3ème année pour la licence de biologie (mention biologie des organismes)

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs :
Cette unité d'enseignement a pour objectif d'étudier les déterminismes et les fonctions des comportements utilisés dans le cadre des interactions entre individus de la même espèce (relations intraspécifique, signaux de communication, comportements sexuels, comportements parentaux)

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel221418660 Travail personnel2010201060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Les relations intraspécifiques, les structures sociales, l'organisation sociale (6h)
Déterminismes et fonctions des comportements sexuels (6h)
Déterminismes et fonctions des comportements parentaux (10h)
TD (6h)
Présentation générale (1h30)
Déterminisme du sexe et effets organisationnels des hormones (2h30)
Communication mère - jeunes chez les Rongeurs (2h)
Méthodes d'étude des parades sexuelles (1h30)
Préparation des manipulations de terrain (2h30)
Initiation à la construction de protocoles expérimentaux (2h30)
Exploitation des résultats en salle (2h)
TP (24h)
- Hiérarchie et relations sociales (poules) (3h)
- Etude des parades sexuelles (cailles) (3h)
- Etude du comportement parental (souris) (6h)
- Importance des acquisitions individuelles (3h)
- Variabilité individuelle, différences liées au sexe (3h)
- 2 TP au choix (terrain ou labo)
. Le chant des Oiseaux : communication - territorialité (3h)
. Comportement sexuel chez les Blattes (3h)
. Fonctionnement de groupes sociaux structurés (3h)
. Choix du site de ponte chez quelques insectes (3h)

8) Bibliographie :
- Reproduction chez les Mammifères et l'Homme (C. Thibault et M.C. Levasseur) - INRA Ellipse 1991
- Encyclopaedia Universalis (article Sociétés animales)
Une bibliographie actualisée sera conseillée aux étudiants pour certains aspects particuliers.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( (2 parmi les 3)
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
TP tournants au laboratoire et TP au choix (terrain et labo). Ces travaux pratiques permettent à l'étudiant d'observer, de quantifier et d'analyser les comportements. Les séances au choix ont pour objectif de permettre des initiations particulières et un apprentissage à la construction de protocoles expérimentaux.

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

S 7 : Ethologie

Numéro de l’UE : BIO 720
Intitulé de l' U E : Ethologie

Responsable(s) : Marie-Annick Richard et Catherine Blois-Heulin
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Biologie et environnement
mention biologie des organismes, des populations et des écosystèmes : obligatoire

2) Parcours : 1ère année du master

3) Semestre n° : S7

4) Objectifs :
Cette unité d'enseignement a 2 objectifs : 1) permettre à l'étudiant de découvrir quels sont les processus de l'ontogenèse comportementale de l'individu (phase pré et post natale). 2) d'étudier les modes d'organisations sociales en insistant sur l'étude du fonctionnement des sociétés complexes (en particulier chez les insectes).

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel221121660 Travail personnel201025560 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cours
Socialité : De l’inter-attractivité aux sociétés animales complexes (8h)
Ontogenèse : Embryologie comportementale et ontogenèse postnatale (14h)
TD (11h)
Préparation des TP et du stage
Exploitation des résultats en salle
TP (27h)
- Développement de la motilité embryonnaire
- Reconnaissance de parentèle chez le rat
- Ontogénèse des vocalisations
- Etude de la grégarité chez les Blattes
- Mise en place du comportement de picorage chez le poussin
- Empreinte chez les Oiseaux nidifuges
- Reconnaissance de l'espèce et de la colonie chez les Fourmis
- Affinités sociales chez les Primates

8) Bibliographie :
- Le comportement animal : Développement comportemental, Evolution (R.A. Hinde)
- Ethologie : approche systémique du comportement (R. Campan et F. Scapini) 2002 - De Boeck Université
Une bibliographie actualisée sera conseillée aux étudiants.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Certains TP seront obligatoires, d'autres seront organisés sous formes de mini-stages au choix pour l'étudiant

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

S 8 : Adaptations éco-éthologiques aux conditions d'élevage

Numéro de l’UE : BIO 817
Intitulé de l' U E : Adaptations éco-éthologiques aux conditions d'élevage

Responsable(s) : Marie-Annick Richard
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Biologie et environnement
mention biologie des organismes, des populations et des écosystèmes : optionnelle

2) Parcours : 4e année

3) Semestre n° : S8

4) Objectifs :
L'objectif de cette unité d'enseignement du second semestre est d'analyser comment les animaux peuvent s'adpater à des conditions crées par l'Homme et de mesurer les limites de ces adaptations. L'UE propose en outre une ouverture au monde économique et législatif (bien-être). Elle prépare à des entrées dans des formations de 3e cycle mais donne également une ouverture possible sur le monde professionnel.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel241218660 Travail personnel2010201060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours
La domestication (4h)
Les contraintes temporelles et spatiales liées aux conditions d’élevage (7h)
Stress et émotion (neuro-endocrinologie de la réponse au stress ; situations inductrices ; émotivité et facteurs de contrôle) (8h)
Amélioration de l'ajustement aux conditions d'élevage (sélection génétique; exploitation des expériences précoces) (5h)
TD
Notion de bien-être chez l'animal : (4h)
. définitions , méthodes d'appréciation (2,5 h)
. aspect législatif : les normes (1,5 h)
Les contraintes liées aux interactions avec d'autres espèces : l'exemple des Coccidies (1,5h)
Conservation du patrimoine biologique (4h)
Préparation de la sortie (1h)
Exploitation des résultats (1,5)
TP
Mesure de l'émotivité (Oiseaux) (3h)
Qualité de l'environnement (riche/pauvre) et expression de comportements exploratoires (Mammifères) (3h)
Mode d'élevage (isolement / groupement) et comportements sociaux (Mammifères) (3h)
Réponses émotionnelles chez les cailles : influence des variables spécifiques et individuelles (3h)
Les nématodes zooparasites (3h)
Arthropodes parasites nuisibles pour les animaux d’élevage (3h)
Sortie : gestion et fonctionnement d’un zoo (6h)

8) Bibliographie :
L'Ethologie appliquée aujourd'hui (Cl. Baudoin - Editions ED - 2003)
Volume I : Bien-être, élevages et expérimentation
Volume II : Gestion des espèces et des habitats
Une bibliographie actualisée sera conseillée aux étudiants pour certains aspects particuliers.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Organisation d'une sortie avec mise en situation et rédaction d'un rapport.
Possible intervention d'intervenants extérieurs spécialistes des questions traitées.

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

( Agronomie

S7 : Sciences agronomiques 1


Numéro de l’UE : BIO 721
Intitulé de l' U E : Sciences agronomiques 1

Responsable(s) :P. Leterme, J.M. Rivière
Equipe(s) pédagogique(s) : Sciences végétales, Sciences du sol, Département statistiques



Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche (I) en biologie et environnement, mention Sciences végétales fondamentales
Master professionnel (I) en Sciences agronomiques et agro-alimentaires,
mention Sciences et Productions Végétales.

Parcours : « Filières végétales »


3) Semestre n° : S7


4) Objectifs : Faire l’apprentissage des connaissances de bases en sciences du sol, en écophysiologie et en amélioration génétique des plantes cultivées.


5) Prérequis :

Bases de physiologie et de biologie végétales acquises en L1, L2, L3


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentielA suivre à l’ENSAde Rennes84hTravail personnel- -  --Mini-projet14h
Crédit total de l’UE : 7 

7) Programme des enseignements :
I – Bases scientifiques de l’études des plantes et des peuplements végétaux (28h): les fondements scientifiques de l’élaboration de la production végétale.
1 – Amélioration des plantes : modelage génétique de la plante cultivée,
Progrès génétiques et enjeux de l’amélioration des plantes
Principales méthodes de la sélection variétale
2 – Ecophysiologie
Bases théoriques
Notion de modèle – Modélisation de la croissance
Exemples d’application de ces modèles
II – Science du sol (28)
1 – Morphologie, constitution et organisation des sols
2 – Sol et coexistence de 3 phases
3 - Organique de l’azote dans le sol
4 – Géographie des sols

III – Statistiques générales (28h)
Etude d’une variable, qualitative ou quantitative : graphiques, indicateurs.
Population et échantillon ; problèmes simples d’estimation (ponctuelle par intervalle).
Comparaison entre deux moyennes : test de Student.
Comparaison entre plusieurs moyennes (liaison entre une variable quantitative et une variable qualitative) : analyse de variance à un facteur. Modèle. Test global. Test de chaque coefficient.
Analyse de variances à deux facteurs sans répétitions. Plan complet ; modèle croisé. Test global d’un facteur. Test de chaque coefficient.
Liaison entre deux variable quantitatives : corrélation, régression simple.

IV – Mini-projet

Intervenants J.M. Rivière, C. Walter, A. Jaffrezic, P. Leterme, G. Thomas, D. Poulain, C. Bissuel, J. Pages, D. Causseur, E. Perinel et F. Husson (tous enseignants-chercheurs à l’ENSA de Rennes


8) Bibliographie : Moyens documentaires de l’ENSA (Sciences végétales et Sciences du sol)


9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

Tous les enseignements seront dispensés à l’ENSA, les étudiants universitaires se joignent aux élèves ingénieurs.




12) Capacité d'accueil :





S8 : Sciences agronomiques 2


Numéro de l’UE : BIO 821
Intitulé de l' U E : Sciences agronomiques 2

Responsable(s) :C. Bissuel, D. Barloy, D. Poulain
Equipe(s) pédagogique(s) : Sciences végétales(ENSA Rennes),


Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche (I) en Biologie et Environnement, Mention : Sciences végétales fondamentales
Master professionnel (I) en Sciences agronomiques et agro-alimentaires,
Mention Sciences et Productions Végétales.

Parcours : « Filières végétales »


3) Semestre n° : S8



4) Objectifs : Familiariser les étudiants avec les grandes productions végétales françaises, l’implication forte du fonctionnement du continuum sol-plante-atmosphère et du progrès génétique dans le mécanisme et le niveau de production. .


5) Prérequis :

Module SA1 (S7)


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentielA suivre à l’ENSAde Rennes84hTravail personnel- -  --Mini-projet14h
Crédit total de l’UE : 7 


7) Programme des enseignements :

I – Connaissance des plantes cultivées (28h)
Panorama de la production végétale française : situation actuelle et évolution récente
Les graminées
Céréales (avec un développement sur le blé et le maïs)
Fourrages (avec un développement particulier sur les modes de récolte et de conservation)
Les légumineuses :
A graines (avec un développement particulier sur le pois protéagineux)
Fourrages
Les crucifères (avec un développement particulier sur le colza)
Les autres plantes cultivées (cas particulier du tournesol, de la betterave et de la pomme de terre)



II – Eau – sol - plante (28h)
- Eau et comportement des sols :
Cohésion et adhésivité
Stabilité et activité structurale
- Eau et disponibilité des éléments dans le sol :
Potentiel de l’eau, transferts hydriques dans le sol
Transferts de solutés, mobilité et biodisponibilité des éléments minéraux
- Eau et alimentation hydrique des plantes
Evapotranspiration, bilan hydrique
Déficit hydrique
- Eau et agriculture dans le monde



III – Biotechnologie végétale (28h)

De nombreuses opérations biologiques réalisées par l’homme pour transformer ou modifier les caractéristiques des plantes représentent les biotechnologies végétales. Ces méthodes faisant appel aux cultures in vitro et aux manipulations génétiques permettent de notables progrès, notamment en amélioration des plantes.
Ce module au choix cherche à intégrer ces biotechnologies tant sur leur présentation théorique que sur l’initiation pratique à certaines techniques (culture in vitro) associées à la visite de laboratoires orientés vers les biotechnologies. Les thèmes abordés couvrent la multiplication conforme (micropropagation, régénération, embryogenèse somatique, haploïdie) la création de variabilité génétique nouvelle ( mutagenèses, fusion de protoplastes, transformation génétique..) les outils d’analyse de polymorphisme enzymatique et moléculaire et les méthodologies d’analyse de la variabilité génétique et de ressources génétiques.


IV – Mini-projet

Intervenants : J.M. Rivière, C. Walter, A. Jaffrezic, P. Leterme, G. Thomas, D. Poulain, C. Bissuel, J. Pages, D. Causseur, E. Perinel et F. Husson (tous enseignants-chercheurs à l’ENSA de Rennes)


8) Bibliographie : Moyens documentaires de l’ENSA (Sciences végétales et Sciences du sol)


9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire ( pour Master PRO (I)

optionnel ( pour Master recherche (I)


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

Tous les enseignements seront dispensés à l’ENSA, les étudiants universitaires se joignent aux élèves ingénieurs.




12) Capacité d'accueil :
( Master Sciences de la vie et de la terre

S8 : Enseignement pré-professionnalisant


Numéro de l’UE :

Intitulé de l' U E : Enseignement préprofessionnalisant aux épreuves écrites et orales des concours Capes et agrégation de SVT.

Responsable(s) : Laurence Poitou et Jacques Bouffette

Equipe(s) pédagogique(s) : toutes


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :master professionnel SVT

2) Parcours : 1ère année de master

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :préparer les étudiants aux épreuves écrites et orales des concours de recrutement capes et agrégation SVTU.

5) Prérequis : licence SVT

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel481260 Travail personnel481260 
Crédit total de l’UE : 7 

7) Programme des enseignements :

Conférences sur les questions d’actualité en biologie et géologie du programme de l’agrégation (révisées annuellement).

Préparation aux épreuves écrites sous forme de :
- séquences de préparation à la technique de l’écrit des concours capes et agrégation.
- écrits blancs pour le capes et les trois secteurs de l’agrégation.

C) Préparation aux épreuves orales sous formes de leçons capes, agrégation option et contre-option.



8) Bibliographie :

‘Réussir le CAPES’ de Bardinzeff et Le Vot

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue)

12) Capacité d'accueil : 80

S 9 : Tronc commun secteur A :
Biologie et physiologie cellulaires, biologie moléculaire : leur intégration au niveau des organismes

Numéro de l’UE : BIO 907
Intitulé de l’U E : Tronc commun secteur A : Biologie et physiologie cellulaires, biologie moléculaire ; leur intégration au niveau des organismes

Responsable(s) :Laurence Poitou
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9 et S10

4) Objectifs : Compléter les connaissances du programme général de secteur A

5) Prérequis : master 1 SVT ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel701442126Travail personnel120
Crédit total de l’UE : 14
7) Programme des enseignements :
Cf. programme officiel paru au JO N°175 du 31/07/99 : Programme de connaissances générales. Il est réparti en 7 UE de biologie, dont l’UE 7 commune aux secteurs A et B. Les titres de ces UE sont indiqués ci-dessous. Les parties du programme qui seront enseignées en master 2 seront complémentaires des enseignements dispensés en licence et master 1 de la filière SVT.

I) M1 La cellule, unité structurale et fonctionnelle du vivant (CM20h, TD 4h, TP 12h)
II) M2 L’organisme, une société de cellules (CM20h, TD 4h, TP 12h)
III) M3 L’utilisation du vivant et ses biotechnologies (CM20h, TD 4h, TP 12h)
IV) M7 Eléments de biologie et de physiologie dans l’espèce humaine (CM10h, TD 2h, TP 6h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 6

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement présentiel se fera sous forme de cours largement illustrés. Des documents polycopiés donneront aux étudiants les éléments de base à l’approfondissement du sujet par une recherche bibliographique personnelle.

12) Capacité d'accueil :

S 9 et 10 : Tronc commun secteur B : Biologie et physiologie des organismes et biologie des populations, en rapport avec le milieu de vie

Numéro de l’UE : BIO 908
Intitulé de l’U E : Tronc commun secteur B : Biologie et physiologie des organismes et biologie des populations, en rapport avec le milieu de vie

Responsable(s) : Claudia Gérard et Rozène Guesné
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9 et S10

4) Objectifs : Compléter les connaissances du programme général de secteur B

5) Prérequis : master 1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel701442126Travail personnel120
Crédit total de l’UE : 14
7) Programme des enseignements :
Cf. programme officiel paru au JO N°175 du 31/07/99 : Programme de connaissances générales. Il est réparti en 7 UE de biologie, dont l’UE 7 commune aux secteurs A et B. Les titres de ces UE sont indiqués ci-dessous. Les parties du programme qui seront enseignées en master 2 seront complémentaires des enseignements dispensés en licence et master 1 de la filière SVT.
I) M4 Plans d’organisation du vivant. Phylogénie (CM20h, TD 4h, TP 12h)
II) M5 L’organisme dans son milieu (CM20h, TD 4h, TP 12h)
III) M6 Biodiversité, écologie, éthologie, évolution (CM20h, TD 4h, TP 12h)
IV) M7 Eléments de biologie et de physiologie dans l’espèce humaine (CM10h, TD 2h, TP 6h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 6

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement présentiel se fera sous forme de cours largement illustrés. Des documents polycopiés donneront aux étudiants les éléments de base à l’approfondissement du sujet par une recherche bibliographique personnelle.

12) Capacité d'accueil :

S 9 et 10 : Tronc commun secteur C : Sciences de la Terre et de l’Univers, interactions entre la biosphère et la planète Terre.


Numéro de l’UE : BIO 909
Intitulé de l’ U E : Tronc commun secteur C : Sciences de la Terre et de l’Univers, interactions entre la biosphère et la planète Terre.

Responsable(s) :Jacques Bouffette
Equipe(s) pédagogique(s) : Géologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9 et S10

4) Objectifs : Compléter les connaissances du programme général de secteur C

5) Prérequis : master 1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel5268120Travail personnel120
Crédit total de l’UE : 14
7) Programme des enseignements :
Cf. programme officiel paru au JO N°175 du 31/07/99 : Programme de connaissances générales. Le tronc commun est ici réparti en 3 UE dont les titres sont indiqués ci-dessous. Les parties du programme qui seront enseignées en master 2 seront complémentaires des enseignements dispensés en licence et master 1 de la filière SVT.
I) M1 Le système Terre : dynamique et transfert (CM 20h, TP 28h)
II) M2 La Terre : temps et évolution (CM 20h, TP 28h)
III) M3 Evolution et gestion de l’environnement (CM 12h, TP 12h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 6

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement présentiel se fera sous forme de cours largement illustrés. Des documents polycopiés donneront aux étudiants les éléments de base à l’approfondissement du sujet par une recherche bibliographique personnelle.

12) Capacité d'accueil :
S 10 : Stage de connaissances générales (tronc commun)

Numéro de l’UE : BIO 1003
Intitulé de l' U E : STAGE DE CONNAISSANCES GENERALES (tronc commun)

Responsable(s) : Jacques Bouffette, Maryvonne Charrier, Bernard Clément, Laurence Poitou
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques
1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S10

4) Objectifs :
La filière Sciences de la vie et de la terre requiert de la part des candidats une excellente pratique expérimentale. Ils pourront développer des compétences techniques et une approche naturaliste dans les secteurs de contre-option, sur le terrain (secteurs écologie et géologie) et en laboratoire (secteur biologie cellulaire, biochimie).

5) Prérequis : master 1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel7272Travail personnel72
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Le stage se fera dans des stations biologiques qui accueilleront les étudiants sur un total de 9 jours dans l’année. A partir de ces sites, des excursions seront proposées à la journée et l’exploitation du matériel (quand il y aura des récoltes) sera faite en soirée en salle de travaux pratiques. Des expérimentations simples seront aussi proposées ayant trait au programme général du secteur A.
I) Exploitation de milieux de la région Bretagne : géologie armoricaine, milieux marin, dunaire et forestier.
II) Pratiques expérimentales en laboratoire à la station d’accueil

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Un compte-rendu d’observation, de manipulation, d’exploitation du matériel sera demandé dans le cadre d’un travail personnel réalisé sur le site d’accueil. Ce compte-rendu pourra se faire sous la forme d’un bref exposé oral de fin de stage.
12) Capacité d'accueil

S 10 : Préparation aux écrits et TP du concours

Numéro de l’UE : BIO 1004
Intitulé de l' U E : PREPARATION AUX ECRITS ET TP DU CONCOURS

Responsable(s): Jacques Bouffette, X, X, Laurence Poitou
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques
1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S10

4) Objectifs :
Entraînement des candidats aux épreuves écrites et de travaux pratiques. Ils auront des sujets blancs dans les temps impartis lors du concours.

5) Prérequis : master 1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2424Travail personnel27
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
Cf. Les rapports de jury des concours précédents. Il s’agira de préparer les étudiants au styles d’épreuves qui sont exigés, puis de donner des corrigés détaillés des sujets blancs.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Le travail personnel sera celui du candidat devant sa copie pour rédiger le sujet qui lui est proposé. Les durées des épreuves sont les suivantes : écrit d’option 7h ; 2 écrits de contre-option de 5h chacun ; TP d’option 6h ; TP de contre-option 4h.

12) Capacité d'accueil :
S 9 et 10 : Programme de spécialité

Numéro de l’UE : BIO 910
Intitulé de l' U E : PROGRAMME DE SPECIALITE

Responsable(s) : Jacques Bouffette, Maryvonne Charrier, Laurence Poitou
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques
1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9 et S10

4) Objectifs :
Donner aux candidats des compléments de cours sous forme de synthèses dans l’option de leur choix et mettre en pratique les connaissances par la présentation orale de leçons de spécialité basées sur des démarches expérimentales (50 min d’exposé + 30 min de discussion).

5) Prérequis : master 1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel481260 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cf. programme de l’agrégation paru au JO N°175 du 31 juillet 1999. Le programme est revu chaque année et réactualisé si nécessaire, par parution au BO.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La préparation aux leçons exigera des candidats un fort investissement personnel, à la fois bibliographique, expérimental et pédagogique.

12) Capacité d'accueil

S 9 : Stage de spécialité

Numéro de l’UE :
Intitulé de l' U E : STAGE DE SPECIALITE

Responsable(s) : Jacques Bouffette, Laurence Poitou, Frédéric Ysnel
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques
1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9

4) Objectifs :
La filière Sciences de la vie et de la terre requiert de la part des candidats une excellente pratique expérimentale. Ils pourront l’acquérir dans le cadre de cette UE de spécialité, soit sur le terrain (secteurs B et C) soit en laboratoire (secteur A), selon l’option choisie pour le concours.

5) Prérequis : master1

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel4848Travail personnel48
Crédit total de l’UE : 4
7) Programme des enseignements :
I) Secteur A : stage sous forme de travaux pratiques (séances de 4h à 6 heures) de biologie cellulaire, microbiologie, biochimie et immunologie.
II) Secteur B : stage d’écologie animale et végétale en milieu terrestre, dulcicole ou marin selon les disponibilités dans les stations d’accueil.
III) Secteur C : stage de géologie dans le Massif Central et les Alpes.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Dans le cadre du travail personnel, il sera demandé aux candidats un compte-rendu de stage, sous forme d’un bref exposé oral.

12) Capacité d'accueil :

S 9 : Projet de spécialité : communication et langue

Numéro de l’UE : BIO 911
Intitulé de l' U E : PROJET DE SPÉCIALITÉ  Communication et langue

Responsable(s) : Denis Poinsot et Scelva
Equipe(s) pédagogique(s) : Toutes les équipes pédagogiques
1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : master professionnel de l’agrégation SVT

2) Parcours : master 2

3) Semestre n° : S9

4) Objectifs :
La validation d’un master au niveau européen suppose l’apprentissage d’une langue étrangère. L’intégration dans un établissement universitaire exige une initiation à la recherche. Des acquis antérieurs en langues (TOEFL, CLES) et en recherche (stage) seront encouragés dès la licence.

5) Prérequis : UE de langues en S5 et S7.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel242448Travail personnel48
Crédit total de l’UE : 4
7) Programme des enseignements :
I) Initiation à la recherche : Cette partie d’UE pourra être acquise au sein d’UE présentes dans l’offre des formations à la recherche des UFR SVE et SPM.
Ex : UE communication scientifique du master 1 de biologie des organismes, des populations et des écosystèmes de l’UFR SVE, UE communication et langue du master professionnel 2 spécialité environnement des UFR SPM et SVE.
II) Communication scientifique en langue étrangère : Le projet de recherche servira de charpente à la préparation d’un poster utilisant des connaissances linguistiques de base.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 2

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
L’enseignement personnel inclura une recherche bibliographique, une réflexion méthodologique et une analyse informatique de données. Les TP permettront de maîtriser les supports de la communication scientifique, à savoir : l’utilisation de transparents, de présentations assistées par ordinateur (logiciel PowerPoint), une évaluation filmée de la démarche pédagogique.

12) Capacité d'accueil :

(UE « Outils » proposés par les biologistes
Communications

S6 : Insertion professionnelle

Numéro de l’UE : BIO 622
Intitulé de l' U E : INSERTION PROFESSIONNELLE

Responsable(s) : Claire Piquet-Pellorce
Equipe(s) pédagogique(s) : équipe de formation de LBCMP mention Biologie Appliquée (incluant des enseignants des équipes pédagogiques impliquées dans cette formation c'est-à-dire les équipes de Biologie Cellulaire, Microbiologie, Physiologie végétale…ainsi que les personnels des services de l’université dédiés à cette mission)

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention biologie cellulaire, moléculaire et physiologie, mention biologie et informatique

2) Parcours : UE obligatoire pour la licence BCMP mention Biologie

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs : Favoriser l’insertion professionnelle des étudiants dans le secteur industriel par une meilleure connaissance de la structure des entreprises des secteurs d’activités agro-alimentaire, pharmaceutique et biotechnologique.

5) Prérequis : s’engager à faire un stage qu’il soit à caractère obligatoire (LCBMP mention biologie appliquée) ou optionnel (LCBMP autres mentions ou autres Licences BBM, Biologie et Informatique)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel204060Travail personnel204060
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Cours :
Présentation de la structure et du fonctionnement de différentes entreprises des secteurs d’activités agro-alimentaire, pharmaceutique et biotechnologique par le biais de conférences par les professionnels de ces secteurs. Clarification de leurs objectifs et de leurs activités en terme de production autant de que de recherche et développement.
Présentation d’un certains nombres d’outils facilitant la recherche d’un stage/emploi en entreprise
TP : un travail d’enquête de cas sera menée en binôme par les étudiants sur au moins 2 aspects : - la structure et les activités d’une entreprise des secteurs d’intérêt dans le grand
ouest,
- l’application et/ou industrialisation d’une méthode de génie biologique.
Chacun de ses travaux donnera lieu à un mémoire et une présentation orale devant l’ensemble de la promotion d’étudiants.
De plus, les étudiants travailleront en groupe avec un encadrement adéquat sur les outils de l’insertion professionnelle tels que la formulation des savoirs et compétences, la rédaction d’un CV et d’une lettre de motivation, la préparation d’un entretien…


8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (

optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Le succès de cet enseignement nécessite un grand niveau d’implication des étudiants et un gros travail personnel.

12) Capacité d'accueil : L’encadrement rapproché des étudiants dans cette formation nous obligera éventuellement à limiter le nombre d’étudiants sur la base du caractère obligatoire de l’UE dans la filière choisei et du nombre de crédit déjà obtenu (50 soit au moins 3 semestres d’études validés) .
S 6 : Mémoire Bibliographique

Numéro de l’UE : BIO 619
Intitulé de l' UE : Mémoire Bibliographique

Responsable(s) : Laurence KERN
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie-Biologie Moléculaire et autres

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
A titre obligatoire en licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
A titre optionnel en licence de Biologie toutes mentions

2) Parcours : 3ème année universitaire

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs : Rechercher des documents sur un thème scientifique choisi, en faire l’analyse et la synthèse sous la forme d’un rapport écrit, suivi d’une présentation orale.

5) Prérequis : niveau 2ème année universitaire

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.Projet heures TPStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2 h6 h16 h24 hTravail personnel16 h16 h
Crédit total de l’UE : 2 
7) Programme des enseignements :
Présentation des consignes de rédaction, présentation des ressources pédagogiques (BU) et informatiques, exploration et recherche de documents sur le Web, analyse détaillée d’articles scientifiques en anglais.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire ( Licence de Biochimie et Biologie Moléculaire
optionnel ( Licence de Biologie toutes mentions

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 7 : Je Crée Mon Emploi (J.C.M.E.)

Numéro de l’UE : BIO 722
Intitulé de l' U E : Je Crée Mon Emploi (J.C.M.E.)

Responsable(s) : Jean-Michel Guiraud
Equipe(s) pédagogique(s) : Biochimie et biologie moléculaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie Gestion : Obligatoire
Libre pour les autres Masters

2) Parcours : 1ère année du Master 1 Biologie Gestion

3) Semestre n° : S7

4) Objectifs : Proposer des outils en vue de l’intégration professionnelle à partir d’un projet professionnel qui s’apparente à un projet de « vie ».

5) Prérequis : avoir une licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2424Travail personnel1616
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
Il s’agit de déterminer son Marché et son Bilan Professionnel. Cela se met en place à partir d’outils proposés et d’actions ciblées :
Formulation des savoirs et compétences
Revue de presse collective et analyse médiatique
Simulations d’entretiens
CV et lettre de motivation
Management de groupe
L’approche de l’entreprise (veille technologique)
Création collective d’un événement
Le but final est de formuler individuellement son projet professionnel. La communication sera privilégiée ainsi que la réalisation d’une action collective.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire ( pour le master1 biologie gestion
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les exercices proposés permettent une meilleur définition de son projet professionnel en regard du Marché public ou privé. Cela va dans le sens d’une meilleure employabilité


12) Capacité d'accueil :
Le suivi personnalisé oblige à travailler avec un nombre limité d’étudiants.
48 étudiants (soit 3 groupes de 16 étudiants)


S 7 : Conduite de projets scientifiques


Numéro de l’UE : BIO 723
Intitulé de l' U E : Conduite de projets scientifiques

Responsable(s) : Marie-Andrée Esnault et Jean-Michel Guiraud
Equipe(s) pédagogique(s) : toutes les équipes pédagogiques de SVE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Sciences de la Vie et de la Santé mention Biologie et Gestion (obligatoire)
Autres filières (optionnel) dans la limite des places disponibles

2) Parcours : Master 1ère année

3) Semestre n° 7

4) Objectifs : L’objectif de ce module est d’apprendre aux étudiants à établir un projet scientifique, le mettre en œuvre en tenant compte des limites techniques, rédiger et présenter les résultats et objectifs atteints.

5) Prérequis : aucun, seul un grade de licence dans le secteur de la biologie est nécessaire

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.Projet
eq TDStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel204060 
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

Sur un thème proposé ou libre, l’étudiant devra élaborer un protocole de manipulation pour vérifier des hypothèses, affiner des travaux publiés… Pour cela, il aura à sa disposition des documents bibliographiques qu’il pourra compléter. Il devra proposer un protocole d’analyse en tenant compte des possibilités techniques. Un ensemble de 5 journées de travaux pratiques lui permettra de mettre en œuvre le protocole (regroupées sous forme de mini-stage, par exemple une semaine lorsque le sujet s’y prête ou 1 journée d’échantillonnage suivie de 4 journées de traitement de données). Un bilan journalier devant le groupe d’étudiants l’entraînera à présenter ses résultats et le conduira à faire évoluer ses travaux.
Les résultats obtenus feront l’objet de la rédaction d’un document écrit sous forme d’une publication scientifique et d’un exposé devant l’ensemble du groupe d’étudiants.
Les thèmes scientifiques abordés pourront concerner les secteurs de la biochimie, physiologie, microbiologie, biologie des organismes, environnement en fonction du potentiel et des spécialités des enseignants et de l’origine des étudiants (différentes spécialités de biologie).

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire ( pour le master Biologie et Gestion
optionnel ( pour les autres masters

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Il s’agira d’un travail par groupe de 3 à 4 étudiants (apprentissage de la gestion du travail en groupe)

12) Capacité d'accueil : 32 minimun
Ce nombre pourra être augmenté en fonction du potentiel et des spécialités des encadrants

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S 8 : Communication Scientifique

Numéro de l’UE : BIO 818
Intitulé de l' U E : Communication Scientifique

Responsable(s) : Denis Poinsot
Equipe(s) pédagogique(s) : toutes les équipes pédagogiques

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Recherche Sciences de la Vie et Environnement

2) Parcours : Master Recherche Biologie et Environnement

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs : Apprendre par la pratique à présenter des résultats scientifiques à l'écrit et à l'oral en respectant les standards professionnels utilisés dans le monde de la recherche. Cette UE constitue donc en particulier un entraînement à la rédaction et la soutenance d'un rapport de Master recherche ou professionnel.

5) Prérequis : aucun.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel16824Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

L'UE est structurée en 8 séances de 2h de TP suivies de 2 séances "projet" de 4h au cours desquelles les étudiants préparent le poster et la présentation PowerPoint finale sur laquelle ils seront notés. Les séances dont le titre est en gras se déroulent en salle informatique.

1Méthodes de collecte d'information : recherche biblio et normes biblio.
Application : effectuer une recherche bibliographique en ligne, à mettre en forme de manière correcte pour la séance suivante.
2Les écrits scientifiques. Structure détaillée et conventions à respecter.
Application : examen détaillé d'articles primaires, de « review », de vulgarisation, de posters, sur un même sujet pour bien identifier le caractère de chaque type de document.
3Ecrit 1. Titre, résumé, introduction, matériel et méthodes
Application : jugement de plusieurs exemples. Pour la séance suivante : rédaction d'un rapport de « referee » sur un ensemble titre + intro + matériel et méthodes (base : une synthèse des erreurs les plus courantes chez les étudiants).
4Ecrit 2. Résultats : créer des figures et tableaux professionnels
Application : production de tableaux et figures sous Word et Excel à partir de données brutes, à rendre lors de la séance suivante..
5Ecrit 3. Discussion.
Application : Examen d'exemples professionnels. Rédaction d'un rapport critique sur une discussion présentant des défauts.. Pour la séance suivante : rédaction d'une discussion à partir de données fournies et analysées.
6Oral 1. Technique de l'exposé oral : utilisation des transparents
Application : jugement de plusieurs exemples. Création de transparents sous PowerPoint
7Oral 2. Technique de l'exposé oral : utilisation d'animations PowerPoint
Application : jugement de plusieurs exemples. Création de diapos sous PowerPoint.
8Oral 3. Pratique : Exposés d'entraînement courts (3 minutes), filmés en vidéo, pour que l'étudiant puisse ensuite chez lui observer sa prestation pour l'améliorer.
9Atelier 1 : mise en forme du poster et de l'exposé final
10Atelier 2 : mise en forme du poster et de l'exposé final

8) Bibliographie :
Day R., 1998. How to write and publish a scientific paper. Oryx Press; 5th edition, 296p. ISBN: 1573561657.
Instructions aux auteurs et articles du site Biologos (http://biologos.univ-rennes1.fr)

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cette UE utilise exclusivement une approche d'apprentissage par la pratique : examen, jugement puis production de supports de communication scientifique : articles, transparents, posters et présentations PowerPoint, exposés (filmés en vidéo pour permettre une auto-évaluation postérieure). La notation est basée sur la préparation d'un poster et d'une présentation orale PowerPoint).

12) Capacité d'accueil : Groupe(s) de 16 personnes (contraintes de la salle informatique : 1 poste par étudiant). Le nombre de groupes sera déterminé chaque année en fonction du potentiel d'encadrement disponible.

-
S 9 : Informations et Médias

Numéro de l’UE : BIO 912
Intitulé de l' U E : Informations et Médias

Responsable(s) : Jean-Michel Guiraud
Equipe(s) pédagogique(s) : Professionnels

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master Sciences de la Vie et de la Santé mention Biologie et Gestion : Obligatoire
Libre pour les autres Master

2) Parcours : 2ème année du master biologie et gestion

3) Semestre n° : S9

4) Objectifs :
Aujourd’hui, à tort ou à raison, information et communication sont deux concepts étroitement, presque intimement liés. Il est devenu impossible d’informer sans communiquer et une communication un tant soi peu crédible contient un minimum d’information. Dans ces conditions, il nous paraît important de réfléchir au concept d’information dans un système économique et politique qui tend à faire de “ La Nouvelle ” une marchandise à forte valeur ajoutée. Il s’agira d’amener l’étudiant-citoyen à se positionner par rapport à une information en recherchant la vérité par l’observation et l’analyse systématique des faits et le recoupement des témoignages.

5) Prérequis : avoir une licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel81624Travail personnel41216
Crédit total de l’UE : 2
Programme des enseignements :

Enseignement assuré par M. Philippe Pichon, journaliste et réalisateur de documentaire TV (A2 - TF1).
Connaissance des médias : presse écrite, radio, télévision. Analyse de la fabrication d’un journal. Si possible : visite par petits groupes d’une salle de rédaction et si autorisation, possibilité d’assister aux conférences de rédaction et au montage des sujets. Mise en pratique de la visite par une revue de presse. Exposé des différentes revues de presse.

Quand la presse s’emballe... L’effet “ Boule de neige ” : Analyse de l’exemple “ Buffalo Grill ”. Le préjudice et la réparation. La contre-attaque par la communication. Travail sur l’objectivité et l’équilibre de la parole.

Désinformation et manipulation : De la rumeur à la propagande. Quand la presse se fait le relais d’une rumeur populaire, économique, politique...

Être à la source de l’information : Mise en pratique par la constitution d’un dossier de presse. Comment attirer l’attention sur un évènement. Choisir ce que l’on dit, ce que l’on montre. “ Vendre ” son projet. Accepter de s’exposer à la critique. Travail par petits groupes.

Nous sommes tour à tour émetteurs et récepteurs d’informations. Il nous faut donc pouvoir être responsables des informations que l’on diffuse et savoir appréhender avec discernement les informations que l’on reçoit. Ne pas trahir la réalité dans un cas, ne pas se laisser envahir par l’émotion dans l’autre


8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire ( pour master 2 Biologie Gestion
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Matériel nécessaire : un magnétoscope (VHS) et un moniteur.

12) Capacité d'accueil : Disponibilité du professionnel assurant ce module limitée : 48 étudiants


S 9 : Scientific English and Communication

Numéro de l’UE : BIO 913
Intitulé de l' U E : Scientific English and Communication

Responsable(s) : Denis Poinsot
Equipe(s) pédagogique(s) : aucune en particulier, SCELVA

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Recherche Sciences de la Vie et Environnement et master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé

2) Parcours : Master Recherche Sciences de la Vie et Environnement

3) Semestre n° : 9

4) Objectifs : Maîtriser les bases indispensables de l'anglais scientifique et apprendre par la pratique à les utiliser pour présenter des résultats scientifiques dans cette langue à l'écrit comme à l'oral. Cette UE constitue en particulier un entraînement à la consultation régulière de la littérature scientifique et à la participation à une réunion de travail/conférence internationale (poster ou présentation orale).

5) Prérequis : Première année de Master.
Remarque : la présente UE se concentrera spécifiquement sur l'usage pratique de la langue anglaise, dans la communication scientifique. Les aspects de forme scientifique eux-mêmes (comment présenter un tableau ou une figure, que mettre dans un matériel et méthodes... etc.) seront supposés connus. Ils sont abordés en détails (et en français) dans l'UE "communication scientifique" de première année du Master Recherche SVE, et peuvent être abordés par l'étude de la bibliographie sur le sujet (voir plus bas l'ouvrage de R. Day, ou les instructions aux auteurs du site du journal étudiant Biologos http://biologos.univ-rennes1.fr).

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel208836Travail personnel16 
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

( Acquisition du vocabulaire scientifique par l'analyse et le commentaire de textes professionnels.
( Entraînement pratique à l'expression orale (mini-exposés de 3 minutes, filmés en vidéo)
( Entraînement à l'expression écrite en anglais scientifique (rédaction de textes courts)
( Projet : réalisation d'une (mini) étude bibliographique sur des articles internationaux donnant lieu à un exposé final de 10 minutes en Anglais et la réalisation d'un poster (du type "communication à une conférence internationale").

8) Bibliographie :
Defourneaux, M. 1980. Do You Speak Science ? Comment s'exprimer en Anglais scientifique. Gauthier - Villars
Upjohn J., S. Blattes & V. Jans, 1991. Minimum competence in scientific English, PUG.
Day R., 1998. How to write and publish a scientific paper. Oryx Press; 5th edition, 296p. ISBN: 1573561657.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La notation de la partie "communication" de l'UE est basée sur la préparation d'un poster et d'une présentation orale PowerPoint). Idéalement, la notation de la partie "Langues" reposerait sur un test de type TOEFL qui donnerait aux étudiants une idée de leur niveau relativement à un standard international reconnu.

12) Capacité d'accueil : Groupe(s) de 16 personnes en TP (contraintes de la salle informatique : 1 poste par étudiant, et nécessité d'une participation orale maximum). Le nombre de groupes sera déterminé chaque année en fonction du potentiel d'encadrement disponible.

S 9 : Sociologie de la negociation

Numéro de l’UE : BIO 914
Intitulé de l' U E : Sociologie de la négociation

Responsable(s) : Véronique Van Tilbeurgh
Equipe(s) pédagogique(s) : Sociologie Rennes2


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Master professionnel. Spécialité « Environnement ». Gestion intégrée des bassins versants
Master Environnement-Droit

2) Parcours : 2ème année


3) Semestre n° : 9



4) Objectifs:

UE permettant de poser les bases de la sociologie de la négociation dans une double perspective, à la fois, générale et appliquée aux controverses environnementales. Dans un premier temps, ce sont les bases de la sociologie de la négociation qui seront abordées, puis, la seconde partie sera centrée sur les caractéristiques des contextes sociaux des négociations spécifiques à l’environnement.

5) Prérequis :




6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24hhh 24Travail personnel12h12
Crédit total de l’UE : 2

7) Programme des enseignements:

La sociologie de la négociation
L’action collective
Les processus de négociation
Contextes et règles de la négociation
La négociation interpersonnelle, intra-organisationnelle et interorganisationnelle
Les contextes sociaux de la négociation dans le champ environnemental
Les acteurs sociaux
Les savoirs et représentations de l’environnement
Les lieux de négociation
La négociation de l’incertitude : le risque naturel


8) Bibliographie :


9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (

optionnelle


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

Enseignement dispensé par des intervenants extérieurs




12) Capacité d'accueil : 15 à 25 étudiants

( Biologie Quantitative, outils statistiques

S 3 : Biologie Quantitative 1

Numéro de l’UE : BIO 313
Intitulé de l' U E : Biologie quantitative 1

Responsable(s) :Yvan LAGADEUC & Claude BOISSEAU
Equipe(s) pédagogique(s) :Ecologie animale et végétale, Bio et informatique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie toutes mentions, Licence de biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours :

3) Semestre n° : S3

4) Objectifs :
Premières bases des analyses des données en biologie. Utilisations des acquis de première année en proba-stat pour introduire les statistiques descriptives et les tests statistiques

5) Prérequis : UE proba S2

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel121224Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
Cours et TD illustrant le cours
Statistiques descriptives :
Les données : V.A. quantitatives et qualitatives,
La représentation graphique des variables et des distributions
Les paramètres d’estimation des échantillons, des populations
Statistiques inférentielles :
Test d’hypothèse et risques
Comparaison de moyenne et de proportions, Khi2, Corrélation et régression

8) Bibliographie :
Frontier, Davoult, Gentilhomme et Lagadeuc,2001. Statistiques pour les sciences de la vie et de l’environnement

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Cours et TD venant illustrer le cours

12) Capacité d'accueil :

S 4 : Biologie Quantitative 2 

Numéro de l’UE : BIO 411
Intitulé de l' U E : Bio quantitative 2 plan d’expérience et ANOVA

Responsable(s) : Eric PETIT, Luc MADEC
Equipe(s) pédagogique(s) :

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie toutes mentions, Licence de biochimie et biologie moléculaire


2) Parcours : 2ème année de la licence

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs : Donner les bases statistiques de la mise en place des plans d’expériences.

5) Prérequis : Autres UE de math ou de Bioquant des semestres précédents

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel681024Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
analyse de variance
test post hoc
plan d’expérience et d’échantillonnage

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

fonction du parc informatique

S 5 : Biologie Quantitative 3


Numéro de l’UE : BIO 523
Intitulé de l' U E : Biologie quantitative 3

Responsable(s) :Jean-Sébastien PIERRE, Eric PETIT
Equipe(s) pédagogique(s) :Ecologie animale et végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie toutes mentions, Licence de biochimie et biologie moléculaire


2) Parcours :

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
Introduction à la modélisation : pourquoi des modèles en biologie, et quel types de modèles ?
Statistiques inférentielles non-paramétriques
Méthodes de rééchantillonnage 

5) Prérequis :
UE math en S1, S2 et S3 (ou niveau équivalent)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel121224Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

Introduction à la modélisation 8 h cours, 4 h TD :
Présentation de différents type de modèles :
Croissance de populations
Modèle linéaire à compartiment
Modèle enzymatique (michaelis-menten), modèle de monod…

Statistiques inférentielles non-paramétriques 3h cours 3h TD :
Test des signes, statistiques de rangs
Méthodes de rééchantillonnage 2h cours 4h TP : jackknife, bootstrap, permutations

8) Bibliographie :

9) Coefficient :

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :
S 6 : Biologie quantitative 4

Numéro de l’UE : BIO 620
Intitulé de l' U E : Biologie quantitative 4 (Outils)

Responsable(s) :MA Coutellec et A. Bellido
Equipe(s) pédagogique(s) :Ecologie animale et végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie toutes mentions, Licence de biochimie et biologie moléculaire


2) Parcours : 3ème année de la licence

3) Semestre n° : S6

4) Objectifs : Initiation aux analyses multivariées : ACP, AFC, ACM et classification

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel661224Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
Bases de calcul matriciel, ACP, AFC, ACM, méthodes de classification : les indices utilisés en écologie et les algorithmes de groupement
Après une présentation des principes en cours et une description des méthodes en TD, les étudiants utiliseront en particulier le logiciel Calmat pour décomposer les étapes des calculs et traiter des matrices de grandes tailles.

8) Bibliographie :
Escofier B. et Pagès J., (1988).- Analyses factorielles simples et multiples. Objectifs, méthodes et interprétation. Dunod, Paris.
Lebart, L., Morineau, A. & Piron, M. (1995) - Statistique exploratoire multidimensionnelle. Dunod Paris.
Legendre L. et Legendre P., (1984).- Ecologie numérique. 1 & 2. MASSON éd., Paris. 2° éd.
Volle, Fenelon

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les cours consisteront en une introduction et une présentation des principes (bases communes aux analyses multivariées).
La partie pratique utilisera si possible des données collectées sur le terrain par les étudiants dans d'autres UE (Ecologie)
Pour une meilleure efficacité, il est souhaitable de grouper les enseignements (TD et TP en alternance) sur une ou deux semaines.

12) Capacité d'accueil : fonction du parc informatique

S 8 : Biologie quantitative 5

Numéro de l’UE : BIO 819
Intitulé de l' U E : Biologie quantitative 5

Responsable(s) : Yvan LAGADEUC & Jean Sébastien PIERRE
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Animale, Ethologie, Biologie végétale

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Optionnelle
Master 1(maîtrise) recherche biologie et environnement mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes 

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
Acquisition des concepts et méthodes relatives à la modélisation en écologie et en éthologie

5) Prérequis : S4 : Biologie quantitative ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel18h16h26h60 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Modèles dynamiques (populations, écosystèmes)
en temps continu : équations différentielles
en temps discret : développement des modèles matriciels
Application à la dynamique des populations, des communautés et des systèmes (modèles "stocks et flux" cf logiciel Stella ©)

Méthodes statistiques avancées
Analyses multi-tableaux (co-inertie, AFM, etc.)
Analyses de séries temporelles
Statistiques Bayésiennes, Maximum de vraisemblance, EM-algorithme…
Réseaux neuronaux
Fractals

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : fonction du parc informatique



S 8 : Analyses spatiales en Biologie

Numéro de l’UE : BIO 820
Intitulé de l' U E : Analyses spatiales en Biologie

Responsable(s) : Alain Bellido
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Animale (Ecologie) et Biologie Végétale (Ecologie)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Optionnel.
Master 1 (maîtrise) recherche Biologie et Environnement mention Biologie des organismes, des populations et des écosystèmes

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
L'objectif de cette UE est de présenter les bases communes à toutes les approches des processus et des patterns spatiaux en Ecologie, et de permettre aux étudiants d'acquérir une maîtrise des outils statistiques et de spatialisation de l'information.

5) Prérequis : S5 Statistiques paramétriques

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20103060 Travail personnel60 
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
COURS
L'utilisation de l'espace par les organismes
Systèmes d'Information Géographique et bases de données géoréférencées
Statistiques spatiales (autocorrélation, géostatistiques…)
Indices de dispersion
Loi de puissance (Taylor)
Blocs contigus, transects
K-fonctions (Ripley)
Autocorrélation, Géostatistiques.
TD
Réflexion méthodologique à partir de documents sur table
Interprétation de documents cartographiques
Photointerprétation
TP
Pratique d'un SIG et d'un SGBD
Pratique de logiciels de statistiques spatiales (PASSAGE, GS+…)
Trois exemples d'analyses spatiales en écologie
Biologie des populations : Habitat suitability : analyse de la distribution d'une espèce (analyse des données de terrain avec Biomapper)
Eco-éthologie : cartographie d'un territoire
Ecologie appliquée – Ecologie du paysage : étude d'un bassin versant

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



Divers
S1 : Education aux choix professionnels


Numéro de l’UE : BIO 104
Intitulé de l' U E : Education aux choix professionnels

Responsable(s) : Cécile Lecomte
Equipe(s) pédagogique(s) : toutes les équipes



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

licences de biologie, licence de biochimie et biologie moléculaire, licence pluridisciplinaire, licence sciences de la vie et de la terre

2) Parcours :

1ère année

3) Semestre n° : S1

4) Objectifs :
Ce travail doit permettre à l’étudiant de confronter son projet personnel avec les réalités professionnelles pour construire son parcours d’orientation.



5) Prérequis :
aucun


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel1212Travail personnel2424
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

Lors d’une première séance de présentation générale les étudiants devrons faire le choix du thème de leur projet professionnel en indiquant sur une fiche soit :
- une profession, un domaine d’activité ou une discipline.
Le travail est effectué au sein d’un groupe de TD regroupant des sous-groupes de 4 ou 5 étudiants ayant des projets voisins ou complémentaires. Ce groupe est encadré par un enseignant dont le rôle est de les guider pour :
- Effectuer des recherches documentaires
- Rencontrer des professionnels et réaliser des interviews.
- Rédiger un rapport présentant une vision critique et synthétique des informations recueillies.
- La dernière séance consiste en une présentation orale en temps limitée avec pour support un poster réalisé au sein d’un sous-groupe travaillant sur le même thème.

Le choix du thème ne prédétermine pas le cursus mais ce travail doit engager l’étudiant dans une démarche active face à son orientation.

8) Bibliographie :


9) Coefficient : 1

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :




12) Capacité d'accueil :

S2 : Outils informatiques de base pour l’analyse des données et la communication


Numéro de l’UE : BIO 207 
Intitulé de l' U E : Outils informatiques de base pour l’analyse des données et la communication

Responsables : M. GARREAU, C. BOISSEAU
Equipe pédagogique : Biologie et informatique


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licences de biologie (obligatoire pour toutes les mentions), Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire mention Biologie

2) Parcours :

1ère année – 2ème semestre

3) Semestre n° : 2


4) Objectifs :

Apprentissage raisonné des bases de l’utilisation d’un ordinateur (système d’exploitation, gestion de fichiers) et des logiciels à usage général (traitement de texte , tableur, logiciel de présentation, navigateur).

5) Pré-requis :


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel1041024Travail personnel61016
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

Généralités sur le matériel.
Les composants logiciels :
fonctions fondamentales du système d'exploitation.
gestion du système de fichiers
en ligne de commande.
au moyen de l'interface graphique.
les grandes catégories de logiciels d'application.
Connaissance de logiciels à usage général :
le traitement de texte et la maîtrise de l'écrit.
le tableur et les feuilles de calcul.
le logiciel de présentation et la création de diaporamas.
l'échange et la fusion d'informations entre applications.
Bases de la recherche et de la gestion d’informations sur le web


8) Bibliographie :
Les documents originaux nécessaires sont fournis en cours

9) Coefficient : 1

10) Statut :

obligatoire (

optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

Cours, TD et TP distincts. Réalisation du projet pro-parte en autonomie.


12) Capacité d'accueil :
S : L’outil informatique dans sa dimension réseau


Numéro de l’UE : BIO 4 ? ? ou BIO 5 ? ? ou BIO 6 ? ?

Intitulé de l' U E : L’outil informatique dans sa dimension réseau

Responsable(s) : M.GARREAU, C.BOISSEAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et Informatique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence Biochimie et Biologie Moléculaire

2) Parcours :

2ème année (S4) ou 3ème année (S5 ou S6)

3) Semestre n° : 4, 5 ou 6

4) Objectifs : prise en main de l’environnement réseau des systèmes informatiques ; initiation à la publication sur le web.

5) Pré-requis :

Outils informatiques de base pour l’analyse des données et la communication (1ère année, S2) ou équivalence.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel841224Travail personnel6612
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
La dimension réseau des systèmes informatiques.
Le web, système d'information hypertexte distribué.
Bases de l'écriture de pages web; le langage HTML.
création de pages web simples et avec cadres.
réalisation d'un projet (mini-site web).
Utilisation approfondie des navigateurs web.
Utilisation des autres applications basées sur Internet.

8) Bibliographie :
Les documents originaux sont fournis en cours.
Voir aussi : www.bioinfo.univ-rennes1.fr

9) Coefficient : 1

10) Statut :

obligatoire

optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

Cours, TD et TP distincts. Réalisation du projet pro-parte en autonomie.


12) Capacité d'accueil : /

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S : Méthodes avancées de publication électronique


Numéro de l’UE : BIO 
Intitulé de l' U E : Méthodes avancées de publication électronique

Responsable : C.BOISSEAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie et Informatique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Biochimie et Biologie moléculaire

2) Parcours :

3éme ou 4ème année?

3) Semestre n° : 5, 6 ou plus ?

4) Objectifs :
Approfondissement des méthodes de publication électronique (principalement sur le web) : modularité, personnalisation, interactivité, sécurisation, contenus dynamiques et enrichis.

5) Prérequis :

L’outil informatique dans sa dimension réseau (ou équivalence)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24122460Travail personnel1261230
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
HTML avancé :
feuilles de style ; formulaires; couches (layers).
méthodes de génération semi-automatique de pages web.
interfaçage de la messagerie avec les pages web. Paramétrage des "applets" Java.
Standard XHTML et validation des pages web.
Interactivité côté navigateur (JavaScript)
manipulation des formulaires HTML
génération dynamique de pages personnalisées
création d'applications en ligne.
Interactivité côté serveur (PHP)
accès dynamique au système de fichiers
traitement sécurisé des formulaires
gestion de bases de données relationnelles de type SQL en ligne.
accès aux bases de données MySQL à partir de formulaires et de PHP.
génération d'images dynamiques avec la bibliothèque GD.
Initiation au développement d'applets en Java
L’application des concepts enseignés se fera dans le cadre de la réalisation progressive d’un projet complet

8) Bibliographie :
Les documents originaux sont fournis en cours. La recherche d’informations techniques sur le web sera largement mise à contribution

9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire

optionnel (


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE.

Cours, TD et TP distincts mais fortement inter-dépendants. Travail personnel important.

12) Capacité d'accueil : 36 (deux groupes de TP)








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S 7 : Outils en Ecologie, Ethologie et Biologie des Populations + Langues

Numéro de l’UE : BIO 714
Intitulé de l' U E : Outils en Ecologie, Ethologie et Biologie des Populations + Langues

Responsable(s) : M.-A. Coutellec, J.-B. Bouzillé, M.-A. Richard
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Animale, Ethologie, Biologie végétale, Scelva

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Obligatoire
Master 1 (maîtrise) de recherche de Sciences de la vie et de l’environnement
mention Biologie des Organismes, des Populations et des Ecosystèmes 
Master 1 (maîtrise) Professionnel de Sciences de la Vie et de la Santé mention Environnement

2) Parcours : Master 1ère année

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Présentation et mise en œuvre de méthodes d'analyse des données relatives aux disciplines enseignées dans les UE de ce semestre . Pratique de langues d’usage scientifique international.

5) Prérequis :
S5 – Statistiques paramétriques (ou niveau équivalent)
S6 – Analyses multivariées (ou niveau équivalent)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel6h6h48h60Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Cours et Travaux Dirigés (12h)
Présentation et pratique des méthodes d’analyse des données applicables et de modèles spécifiques aux trois disciplines enseignées dans l’UE :
Analyse des comportements (3h) : méthodologie et traitement des données (statistiques non paramétriques)
Analyse des populations (6h) : dynamique des populations, mesures des paramètres démographiques, modèles de croissance en temps continu / discontinu.
Analyse des communautés (3h) : relevés phytosociologiques, relevés faunistiques et méthodes d'analyse structurelle et fonctionnelle des communautés (analyse multivariées, analyses sous contraintes, analyses de co-inertie, processus markoviens).
Initiation aux Systèmes d'Information Géographique
Travaux pratiques 
Partie commune : trois exemples
étude de comportement : établissement de répertoires comportementaux, budget-temps
étude de population :distribution d’âges / stades, tables de survie (dynamiques, statiques), tables de fécondité, courbes de survie
étude d’un assemblage d’espèces.
Spécialisation : deux domaines au choix
étude de comportements : analyse de sons, actographie, trajectométrie
structure de populations : structure d’âge, taux d’accroissement. Modèles de croissance en temps discret / continu, modèles sans / avec limitation de ressources.
analyse de communautés : traitement des données (lignes et placettes permanentes, plan d'échantillonnage par quadrats)
Langues en tant qu’outil scientifique : mise en œuvre par analyse et présentation écrite ou orale :
d’articles scientifiques issus d’ouvrages internationaux
de travaux personnels ou de résultats acquis dans le cadre des TP de l’UE.

8) Bibliographie :
Legendre L. & Legendre P. 1984. Ecologie numérique. 2 - la structure des données écologiques. Masson éd., Paris. 2ème édition. 335 P.
Caswell H. 1989. Matrix population models. Sinauer, Sunderland, MA.
Begon M., Harper J. L. &Townsend C. R. 1996. Ecology. Individuals, populations and communities. 3ème édition. Blackwell Science.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Brevet Industriel et Innovation

Numéro de l’UE : BIO 821
Intitulé de l' U E : Brevet Industriel et Innovation

Responsable(s) : Jean-Michel Guiraud – Marie-Andrée Esnault
Equipe(s) pédagogique(s) : professionnels

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master 1 (maîtrise) Sciences de la Vie et de la Santé mention Biologie Gestion : Obligatoire
UE Libre pour les autres Masters

2) Parcours : 1ère année du Master 1 Biologie Gestion

3) Semestre n° : S8

4) Objectifs : - Le brevet : Connaître les procédures de dépôt
- Institut de la Protection Industrielle : INPI
- La protection industrielle internationale par le brevet
- Le Brevet : arme stratégique
- L’ Innovation : l’incontournable (pour la plupart) des entreprises

5) Prérequis : Avoir une licence de Biologie / Biochimie

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel16824Travail personnel12416
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
1° partie : Cours et TP sur Site de l’INPI sur le Brevet ; assurés par l’INPI de Rennes et son directeur Mr René LEBLANC
2° partie : Cours sur l’Innovation assurée par Créat’iv , cellule Innovation Européenne de la Chambre de Commerce et d’Industrie de Rennes, et son directeur Mr Jean-Luc Hannequin.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire ( pour Master Biologie Gestion
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Les étudiants travailleront sur des cas concrets afin de disposer d’un outil professionnel directement utilisable dans l’entreprise

12) Capacité d'accueil : Limitée par la capacité d’accueil de l’INPI : 32 étudiants

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(UE de Mathématiques
S 1 : Mathématiques

Numéro de l’UE : MATH 10
Intitulé de l' U E : Mathématiques
(demi-UE complémentaire de l’E.C.P.)

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistique pour la biologie 

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licences de biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours : 1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions

3) Semestre n° 1

4) Objectifs :
Donner les bases d’analyse des fonctions d’une variable, nécessaires pour les enseignements de physique, chimie et biologie

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel-24-24Travail personnel2424* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 
7) Programme des enseignements:
Limites et continuité
Dérivées et primitives
Fonctions usuelles : trigonométriques, logarithme, exponentielle et puissances
Développements limités et formule de Taylor
Equations différentielles linéaires du 1er et du 2nd ordre

8) Bibliographie :
Y Allain – A Dorange – J Langlois « Mathématiques pour les sciences de la vie – 1 – analyse »

9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 2 : Analyse 1

Numéro de l’UE : MATH 20
Intitulé de l' U E : Analyse 1

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistique pour la biologie 

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licences de biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours : 1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :
Donner les bases d’analyse des fonctions de deux variables, nécessaires pour les enseignements de physique, chimie et biologie.

5) Prérequis : mathématiques S1

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel-24-24Travail personnel2424* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 
7) Programme des enseignements:
Fonctions de deux variables
Dérivées partielles et notion de différentielle
Formule de Taylor et applications
Intégrales doubles, calcul d’aires et de volumes

8) Bibliographie :
Y Allain – A Dorange – J Langlois « Mathématiques pour les sciences de la vie – 1 – analyse »
J.D. Murray « Mathematical biology »

9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 3 : Algèbre linéaire 1

Numéro de l’UE : MATH 21
Intitulé de l' U E : Algèbre linéaire 1

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistique pour la biologie 

Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licences de biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours : 1ère année des licences de Biologie pour toutes les mentions

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :
Donner les bases du calcul vectoriel et matriciel nécessaires pour les enseignements de physique, chimie et biologie avec application à la régression

5) Prérequis : mathématiques S1

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel-24-24Travail personnel1616* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 
7) Programme des enseignements:
Calcul vectoriel et interprétation géométrique
Régression affine simple et multiple, interprétation géométrique
Utilisation du calcul matriciel et autres applications

8) Bibliographie :
B. Falissard « Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie »

9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
La première année des licences a été conçue de manière à favoriser l’insertion des néo-bacheliers dans le système universitaire et lutter contre l’échec.
L’enseignement théorique dispensé en cours/TD par groupe de 40 fait partie de ce dispositif.

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil

S 4 : Analyse 2

Numéro de l’UE : MATH 40
Intitulé de l' U E : Analyse 2

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistique pour la biologie 

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licences de biologie

2) Parcours : 2ème année des licences de Biologie pour toutes les mentions

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :
Donner des compléments d’analyse utiles pour les enseignements de physique, chimie et biologie et indispensables pour la troisième année de licence de bio-informatique.

5) Prérequis : mathématiques S1 et analyse S2 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

Cours T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel1212-24Travail personnel8816* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Convergence de suites et de séries.
Séries entières et séries de Fourier
Filtrage linéaire à temps discret et à temps continu.
Transformée de Fourier rapide.

8) Bibliographie :
Y Allain – A Dorange – J Langlois « Mathématiques pour les sciences de la vie – 1 – analyse »
J.D. Murray « Mathematical biology »

9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 4 : Algèbre linéaire 4

Numéro de l’UE : MATH 41
Intitulé de l' U E : Algèbre linéaire 2

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistique pour la biologie 

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licences de biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours : 2ème semestre

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :
Donner des compléments du calcul vectoriel et matriciel nécessaires pour les enseignements de physique, chimie, biologie et biostatistique avec application à l’analyse de variance.

5) Prérequis : mathématiques S1 et algèbre linéaire S2

6) Contenu des enseignements:

Cours T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel1212-24Travail personnel8816
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Calcul matriciel ; produit de matrices
Matrices de covariance ; matrices orthogonales , inverse d’une matrice, diagonalisation
Utilisation du calcul matriciel en analyse de variance et autres applications (transformée de Fourier rapide…)

8) Bibliographie :
B. Falissard ?

9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil


S 7 : Statistiques et Méthodes de Classifications

Numéro de l’UE : MATH 70
Intitulé de l' U E : Statistiques et Méthodes de Classifications

Responsable(s) : J. DESHAYES
Equipe(s) pédagogique(s) : Mathématiques et statistiques pour la biologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Biologie et Environnement mention Bio-Informatique

2) Parcours : 1ère année de master

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs : Donner aux étudiants une formation de base sur les outils mathématiques, modèles probabilistes et méthodes statistiques utilisés en biologie et en particulier en génomique dans les domaines d'intérêt du master.

5) Prérequis :
- introduction aux probabilités-statistiques et connaisance des tests statistiques les plus usuels, - module de biologie évolutive ou équivalent.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24241260Travail personnel18241860 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Définition de problèmes biologiques motivant l'introduction des outils - Données dépendantes et modèles de chaînes de Markov - Calcul matriciel : vecteurs et opérations sur les vecteurs, interprétation géométrique matrices, produit de matrices, matrices particulières : matrices stochastiques, matrices de covariances, matrices orthogonales ; matrice inverse ; diagonalisation de matrices et interprétation - Estimation et tests statistiques méthode du maximum de vraisemblance ; statistique bayésienne - Applications aux modèles suivants : régression multiple et analyse de variance - Chaines de Markov : simulation d'évolutions dans le cas stationnaire ou non (exemple des processus de branchement), estimation paramétrique - Analyse de données introduction aux méthodes factorielles (ACP, analyse discriminante,AFC) méthodes de classification et clustering

TD et TP d'applications générales et en génomique, à mettre au point en collaboration avec les biologistes. logiciels statistiques et logiciels de simulation à préciser

8) Bibliographie :
S. Frontier – D. Davoult – V. Gentilhomme – Y. Lagadeuc « Statistique pour les sciences de la vie et de l’environnement »
M.S. Waterman « Introduction to computational biology »

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40


(UE de Chimie

S 2 : Chimie des Solutions et Méthodologie

Numéro de l’UE : CHIM 20
Intitulé de l' U E : Chimie des Solutions et Méthodologie

Responsable(s) : M. Hissler et S. Dérien
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Toutes les licences du domaine Sciences de la Vie

2) Parcours : l’UE sera enseignée en première année (L1)

3) Semestre n° : 2

4) Objectifs : Munis des résultats de la thermodynamique, essentiellement de la loi des équilibres, l’étude de quelques types particuliers d’équilibres vont être abordés.
Nous étudierons ainsi successivement les équilibres entre acides et bases, entre oxydant et réducteurs en solutions aqueuses.
Pour les équilibres acido-basiques, les définitions fondamentales seront données : basicité, acidité, couple acido-basique, force des acides et des bases ; les propriétés acido-basiques de l’eau seront décrites et la notion de pH sera définie.
Pour les équilibres rédox, les notions de base seront introduites : oxydant , réducteur, oxydation et réduction, réaction d’oxydoréduction, nombre d’oxydation ; la notion de potentiel d’oxydoréduction sera définie et appliquée aux piles électrochimiques.

5) Prérequis : CHIM 1 : notions de thermodynamique sur les équilibres chimiques et sur les
déplacements des équilibres chimiques.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel888--24Travail personnel754--16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
Electrolytes
Rôle du solvant, Constante d ‘équilibre
Equilibres acido-basiques
Diagrammes de prédominance
Acidité et pH, solutions tampons
Réactions rédox
Nombre d’oxydation
Ecriture des réactions rédox
Etude de Piles électrochimiques
Potentiel d’électrode et de Nernst
Méthodologie
Travaux pratiques : atomistique / thermodynamique / réactions acides-bases.

8) Bibliographie : Paul Arnaud « Cours de Chimie Physique » Dunod

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) : -

12) Capacité d'accueil : -


S 3 : Chimie organique générale

Numéro de l’UE : CHIM 30
Intitulé de l' U E : Chimie organique générale

Responsable(s) : Pascal PELLON
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie et Biologie moléculaire

2) Parcours : 2ème année de la licence

3) Semestre n° : S3

4) Objectifs : Appréhender les bases de la chimie organique : réactivité, structure, groupement fonctionnel.

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2420160060Travail personnel2424120060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Cinétique chimique
Ordre, molécularité, vitesse d’une réaction.
Lois cinétiques de réactions simples.
Introduction générale à la chimie organique
Nomenclature, isoméries.
Effets électroniques (inductif, mésomérie, moment dipolaire).
Chimie organique descriptive
Alcènes, Alcynes, dérivés halogénés aliphatiques.
Organomagnésiens
Alcools, thiols, amines.
Dérivés carbonylés, acides et dérivés.

8) Bibliographie :
Cours de chimie organique, Paul Arnaud, Editions Dunod

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 4 : Physico-chimie

Numéro de l’UE : CHIM 40
Intitulé de l' U E : Physico-chimie

Responsable(s) : Sylvie Dérien, Muriel Hissler
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours : L2 Licence de biochimie et biologie moléculaire

3) Semestre n° : S4

4) Objectifs :
Comprendre l’évolution de divers systèmes en équilibre en solution aqueuse. Acquérir des notions de base en spectroscopies pour analyser des molécules organiques.

5) Prérequis :
UE CHIM 1 et CHIM 2 (ou un niveau équivalent en chimie générale)

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24241260 Travail personnel2430660 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Chimie générale
Equilibres de complexation (complexes métalliques, stabilité, complexes et acidité)
Equilibres de solubilité (solubilité et produit de solubilité, séparation des ions, solubilité et pH, compétition solubilité-complexation)
Oxydoréduction (rappels, échelle de potentiels, types d’électrodes, modification des propriétés oxydoréductrices)
Liaison chimique (rappels sur le modèle de Lewis, hybridation)
Notions de chimie de coordination (tableau périodique des métaux de transition, géométrie des complexes)
Notions de chimie minérale (diagrammes de phase, champ cristallin)
Etude spectroscopique des molécules organiques
Bases de spectroscopies IR, UV, RMN et spectrométrie de masse.

8) Bibliographie :
Cours de chimie-physique, Paul Arnaud, Editions Dunod. Analyse chimique, F. et A. Rouessac, Editions Masson.

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 4 : Atomistique, liaisons chimiques & applications en chimie organique

Numéro de l’UE : CHIM 41
Intitulé de l' U E : Atomistique, liaisons chimiques & applications en chimie organique

Responsable(s) : O. MONGIN
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention Biologie cellulaire, moléculaire et Physiologie spécialité Sciences Végétales et spécialité Biologie appliquée

2) Parcours : L2 pour les spécialités Sciences végétales  et Biologie appliquée

3) Semestre n° : 4

4) Objectifs :

5) Prérequis :

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel402060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

Contenu pédagogique :
Atomistique et liaisons chimiques (24 h)
Notions d’orbitales atomiques et moléculaires : liaisons chimiques
Diagrammes d’orbitales
Effets inductifs et mésomères
Applications en chimie organique (24h)
Stéréochimie
Entités réactives et mécanismes
Cinétiques des réactions simples et thermodynamique (12h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



S 5 : Stéréochimie et Réactivité en Chimie Organique

Numéro de l’UE : CHIM 51
Intitulé de l' U E : Stéréochimie et Réactivité en Chimie Organique

Responsable(s) : JF Carpentier
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie & Biologie Moléculaire

2) Parcours :
L3 de Licence "Biochimie & Biologie Moléculaire"
ouvre vers:
Master Recherche "Biochimie & Biologie Moléculaire"
Master "Chimie du Vivant"

3) Semestre n° : S5

4) Objectifs :
Compléments de chimie organique permettant d'appréhender des processus biologiques fondamentaux et la réactivité de molécules naturelles.

5) Prérequis :
CHIM 3: "Chimie organique fondamentale" ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel222216--60Travail personnel27276--60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Stéréochimie fondamentale (éléments de symétrie, chiralité, prochiralité….)
Equilibres conformationnels en série cyclique
Mécanismes et intermédiaires réactionnels: réactivité, aspects thermodynamiques et cinétiques ; Applications à la chimie des polymères
Alcanes et processus radicalaires; dégradation oxydante des lipides, processus redox
Hydrocarbures et hétérocycles aromatiques, phénols: Aromaticité, substitution électrophile ; Applications en synthèse de médicaments

8) Bibliographie :
Volhardt, "Chimie Organique"

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : illimitée (dans la mesure des possibilités en TP)


S 6 : Chimie des Composés Polyfonctionnels d’interêt Biologique

Numéro de l’UE : CHIM 60
Intitulé de l' U E : Chimie des Composés Polyfonctionnels d’interêt Biologique

Responsable(s) : F. Berrée ; J. Vidal
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie et de Biologie Moléculaire

2) Parcours : L3 Licence de Biochimie et de Biologie Moléculaire

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :
Ce cours développe les outils nécessaires à la compréhension de la réactivité des molécules biochimiques. Il explore la synthèse par voie chimique de ces molécules et d’analogues non-naturels ainsi que leurs applications en chimie.

5) Prérequis :
UE pré-requises : CHIMIE ORGANIQUE GÉNÉRALE (CHIM 3) ; STÉRÉOCHIMIE ET RÉACTIVITÉ EN CHIMIE ORGANIQUE (CHIM 5)
niveau équivalent en cas de mobilité : réactivité des fonctions de base en chimie organique, mécanismes réactionnels, stéréochimie.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel22h18h20h60 Travail personnel30h20h10h60 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
- Acides aminés et Peptides.
Structure, propriétés acido-basiques (rappels).
Introduction à la préparation des acides aminés par voie chimique : dédoublement, synthèse asymétrique. Acides aminés non-naturels.
Liaison peptidique.
Introduction à la synthèse peptidique : protection, activation et couplage.
Détermination chimique de la séquence des peptides.
- Sucres.
Stéréchimie, mutarotation (rappels).
Réactivité des monosaccharides. Protection et glycosidation.
Structure de quelques disaccharides, applications industrielles.
Introduction à la synthèse des oligosaccharides. 
Sucres en synthèse asymétrique.
- Hétérocycles azotés et oxygénés d’intérêt biologique.
Structure, propriétés, synthèse et dérivés naturels d’hétérocycles
(aziridine, indole, quinoléine, isoquinoléine, pyrimidines, purines).
- Terpènes et Stéroïdes.
Structure et intérêt industriel.
Transpositions des carbocations.
Exemples d’hémisynthèses et de synthèses totales de terpénoïdes.
Synthèse de polycycles condensés.

8) Bibliographie :
VOLLHARDT K. P. C. ; SCHORE N. E. Organic Chemistry: Structure and Function ; W. H. Freeman ; 2002. (Traduction française : Traité de chimie organique ; De Boeck ; 1999)

CLAYDEN J ; GREEVES N. ; WARREN S. ; WOTHERS P. Organic chemistry ; Oxford University Press ; 2001. (Traduction française : Chimie organique ; De Boeck ; 2003)

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 6 : Chimie Organique et Inorganique appliquée aux Productions Végétales

Numéro de l’UE : CHIM 61
Intitulé de l' U E : Chimie Organique et Inorganique appliquée aux Productions Végétales

Responsable(s) : J.P. Bazureau
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biologie, mention BCMP spécialité Sciences Végétales
Licence de Biologie, spécialité Biologie appliquée

2) Parcours : L3 spécialité « Sciences végétales » et Biologie appliquée de la mention BCMP

3) Semestre n° : 6

4) Objectifs :

5) Prérequis : UE de Chimie en S4 ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060Travail personnel402060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Groupements fonctionnels (CM/TD : 26h)
Alcools, thiols
Amines
Aldéhydes, cétones
Phénols
Hétérocycles aromatiques
Acides carboxyliques et dérivés (amides, nitriles, esters).
(*) à chaque chapitre, des exemples de composés organiques issus du monde végétal seront traités
Propriétés chimiques des éléments N, P, K, O et S (CM/TD : 12h)
Chimie des éléments de transition Mn, Fe, Mg, Co, Cu, Mo (CM/TD : 8h)
Cinétique des réactions complexes et enzymatiques ( CM/TD : 14h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Stratégies en synthèse organique

Numéro de l’UE : CHIM 70
Intitulé de l' U E : STRATÉGIE EN SYNTHÈSE ORGANIQUE

Responsable(s) : Joëlle VIDAL ; Sylvie DÉRIEN
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
master chimie du vivant
master biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours : M1, master  biochimie et biologie moléculaire 

3) Semestre S7

4) Objectifs :
Ce cours développe différents outils permettant la création de la liaison carbone – carbone en chimie organique. Il introduit les notions de base de la rétrosynthèse et de la synthèse asymétrique. La réactivité des énolates et dérivés, une introduction aux réactions péricycliques et à la catalyse organométallique seront développées dans ce but.

5) Prérequis :
UE pré-requises : CHIM 3, CHIMIE ORGANIQUE GÉNÉRALE ; CHIM 5, STÉRÉOCHIMIE ET RÉACTIVITÉ EN CHIMIE ORGANIQUE.
niveau équivalent en cas de mobilité : réactivité des fonctions de base en chimie organique, mécanismes réactionnels, stéréochimie.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel24201660 Travail personnel3220860 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :

— Introduction à la rétrosynthèse : disconnexion et synthon
— Enolates et organolithiens : structure et préparation, C-alkylation et O-silylation des énolates, stéréosélectivité de l’addition des lithiens sur le carbonyle (Felkin-Anh), addition1,2 et 1,4 aux énones, aldolisation (mixte, intramoléculaire, aldolisation de Mukayama), réactions apparentées à l’aldolisation, énolates et réactions stéréosélectives, notions de synthèse asymétrique, carbanions stabilisés par le soufre et « umpolung ».
— Réactions péricycliques : réactions permises et réactions interdites (aspect expérimental), cycloaddition : régiosélectivité et stéréosélectivité de la réaction de Diels-Alder, interprétation de la réaction de Diels Alder à l’aide des orbitales frontières, transposition de Cope et de Claisen, réactions de transfert de groupe.
— Catalyse organométallique pour la synthèse : caractéristiques des complexes et réactions fondamentales, liaisons métal-molécule, métalloporphyrines, couplage carbone-carbone (réactions de couplage mixte, de Heck et d'activation allylique), métaux-carbènes.
— Étude de quelques synthèses.

8) Bibliographie :
VOLLHARDT K. P. C. ; SCHORE N. E. Organic Chemistry: Structure and Function ;4th Ed ; W. H. Freeman ; 2002. (Traduction française : Traité de chimie organique ; De Boeck ; 1999)
CLAYDEN J ; GREEVES N. ; WARREN S. ; WOTHERS P. Organic chemistry ; Oxford University Press ; 2001. (Traduction française : Chimie organique ; De Boeck ; 2003)
CAREY F. A. ; SUNDBERG R.J. Advanced Organic Chemistry, 4th Ed ; Part B : reactions and synthesis ; Kluwer Academic/Plenum Publishers ; 2001 (Traduction française : Chimie organique avancée ; Tome 2 ; De Boeck ; 1997)
ASTRUC D. Chimie organométallique ; EDP Sciences ; 2000.
MATHEY F. ; SEVIN A. Introduction à la chimie moléculaire des éléments de transition ; Ellipses ; 1991.

9) Coefficient 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Spectroscopie et Hétérochimie

Numéro de l’UE : CHIM 71
Intitulé de l' U E : Spectroscopie et Hétérochimie

Responsable(s) : Pascal PELLON, Régis REAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master Biologie et Biochimie Moléculaire, Master Chimie du Vivant

2) Parcours : M1 Première année de Master Recherche

3) Semestre n° : S7

4) Objectifs :
Etude spectroscopique des molécules organiques, appréhender la relation entre structure chimique et propriétés spectroscopiques.
Etablir des relations structures-propriétés pour les dérivés organophosphorés et organosoufrés. Donner des méthodes modernes d’aménagements fonctionnels utilisant ces dérivés.

5) Prérequis :
CHIM 3 :Chimie Organique générale
CHIM 4 :Physico-chimie
CHIM 5 :Stéréochimie et réactivité en chimie organique
CHIM 5’ :Chimie des composés polyfonctionnels d’intérêt biologique

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2424120060Travail personnel361860060
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Spectroscopie
Spectres UV/visible : Chromophores, application de la spectroscopie UV/visible, méthodes chiroptiques
Spectres infrarouges, spectres Raman, IRFT.
Spectres de résonance magnétique nucléaire : RMN et structure moléculaire, RMN multinoyaux, RMN 2D spectres de corrélations H-H et C-H, DEPT.
Spectres de masse : Procédés d’ionisation, détecteur et analyseurs, fragmentation de composés organiques, distribution isotopique.
Hétérochimie :
Concepts généraux sur la chimie des hétéroéléments (analogies et différences avec les éléments de la deuxième période : C/Si, N/P, O/S)
Outils pour l’aménagement fonctionnel de molécules organiques (oxydation, réduction, synthons, inversion de polarité…)
Chimie des composés organiques du phosphore et soufre (fonctions, applications, molécules bio-actives…)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Chimie et Biochimie du médicament

Numéro de l’UE : CHIM 80
Intitulé de l' U E : Chimie et Biochimie du médicament

Responsable(s) : Olivier MONGIN
Equipe(s) pédagogique(s) : ‘Chimie’ + ‘Biochimie et Biologie moléculaire’

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master ‘Biochimie et Biologie moléculaire’ et Master ‘Chimie du vivant’

2) Parcours : Master ‘Biochimie et Biologie moléculaire’  1ère année

3) Semestre n° : S8

4) Objectifs : Connaissances fondamentales sur la chimie (structures, propriétés, synthèses) et sur la biochimie (mécanismes d’action, biosynthèses) du médicament, ainsi que sur les mécanismes de résistance des agents pathogènes.

5) Prérequis : Notions de Chimie Organique niveau Licence et notions de Biochimie niveau Licence

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel32141460Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
COURS : 32 heures
1. Chimie du médicament (19 heures)
a) Structures, propriétés chimiques, synthèses et hémisynthèses des molécules des principales familles de médicaments (13 heures):
- Antibiotiques et anti-infectieux
- Anticancéreux
- Médicaments du système nerveux
- Médicaments du système cardiovasculaire
- Médicaments du système endocrinien
b) De la molécule à l’agent thérapeutique : l’exemple des peptides (6 heures):
- Recherche de molécules tête de série
- Modifications chimiques du squelette
- Notions de peptidomimétique peptidique et non peptidique
- Vectorisation de l’agent exogène
- Applications dans les traitements anti-HIV
2. Biochimie du médicament (13 heures)
a) Mécanismes d’action des principales catégories d’antibiotiques
b) Mécanismes de résistance des agents pathogènes aux antibiotiques
c) Mécanismes d’action de médicaments agissant sur des récepteurs protéiques du corps humain
d) Biosynthèses des antibiotiques
TD : 14 heures
Exercices portant sur le programme du cours : 8 h pour la partie Chimie et 6 h pour la partie Biochimie.
TP : 14 heures
Deux étapes de la synthèse d’un médicament (8 h)
Réalisation d’un antibiogramme et étude de l’action d’une bêta-lactamine sur une bactérie (6 h).

8) Bibliographie :
« Guide de Chimie Thérapeutique » (S. Kirkiacharian) (Editeur : Ellipses) ISBN = 2-7298-4667-0
« Antibiotiques, agents antibactériens et antifongiques » (A. Bryskier) (Editeur : Ellipses)
ISBN = 2-7298-4712-X

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE.

12) Capacité d'accueil : sans limite.

S 8 : Agrochimie et Phytochimie

Numéro de l’UE : CHIM 81
Intitulé de l' U E : Agrochimie et Phytochimie

Responsable(s) : P. LEGREL, JP BAZUREAU
Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master recherche 1 en Biologie et Environnement
Mention : Sciences végétales fondamentales
Master professionnel 1 en Sciences agronomiques et agroalimentaires
Mention : Sciences et productions végétales

2) Parcours : M1 recherche ou M1 professionnel (domaine végétal)

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
Acquérir les bases de chimie minérale et agrochimie et de spectroscopie permettant d’aborder l’étude de la nutrition minérale, de la composition et de la qualité de la matière végétale.

5) Prérequis : Enseignements de chimie de la filière végétale en L2 et L3

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel48h12h60 h Travail personnel40h20h60 h
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Contenu pédagogique :
Chimie des pesticides et des régulateurs de croissance (20h)
Phytochimie et Chimie des substances naturelles végétales (15h)
Introduction aux méthodes spectroscopiques (25h)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :
(UE de Physique

CHIMIE-PHYSIQUE


Numéro de l’UE : CHIM-PHYS

Intitulé de l' U E : CHIMIE, PHYSIQUE

Responsable(s) : Stéphane Golhen, Véronique Vie

Equipe(s) pédagogique(s) : Chimie + Physique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Toutes les Licences du domaine Biologie.

2) Parcours :

L1 licences biologie.

3) Semestre n° : 1

4) Objectifs :

Acquisition des bases de chimie générale (atomistique, liaison chimique et thermodynamique chimique)

Illustration du rôle de la physique en biologie

5) Prérequis : Baccalauréat scientifique

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2725860Travail personnel25 35 60
Crédit total de l’UE : 7

7) Programme des enseignements :

CHIMIE 
ATOMISTIQUE
Le spectre de l’atome d’hydrogène
Introduction au modèle quantique de l’atome
Application à l’atome polyélectronique
Le tableau périodique

La liaison chimique
La liaison covalente
La géométrie moléculaire
Les autres liaisons fortes (métallique, ionique) – Les interactions intermoléculaires

Thermodynamique CHIMIQUE
Le premier principe de la thermodynamique
Applications du premier principe de la thermodynamique
Le second principe de la thermodynamique
La fonction enthalpie libre G, les équilibres chimiques, déplacement des équilibres chimiques

PHYSIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE

Premier thème : « Suivi de l’évolution d’une population de bactéries »

TP : évolution d’une population de bactéries avec mesures de densité optique.
Cours-TD : lois exponentielles, notions de constante de temps, durée de vie.

Deuxième thème : « Qu’est-ce que le son ? »

TP : mesure le seuil d’audibilité de l’oreille humaine. Utilisation : multimètre, oscilloscope.
Cours -TD : notions sur la nature et la propagation du son (ondes acoustiques, vitesse du son), audibilité (en fréquence et en amplitude, comparaison avec d’autres espèces).

Troisième thème : « Correction optique des défauts de l’œil, instruments oculaires »

TP : modélisation du cristallin et la rétine d’un œil par une lentille convergente et un écran, défauts de l’œil.
Cours-TD : lentilles, construction géométrique de rayons lumineux, fonctionnement d’instruments oculaires simples ou composés (loupe, microscope, …), notions d’objectif, d’oculaire, de grossissement et de grandissement.

Quatrième thème : « L’énergie dans la matière » 

TP : série d’expériences illustrant diverses notions ou phénomènes où intervient l’énergie: tension de surface, capillarité, changement d’état (liquide-vapeur), etc.
Cours-TD : notion d’énergie, liaisons dans la matière (gaz, liquide, solide), rôle dans les changements d’états, et dans tous les phénomènes vus en TP.


8) Bibliographie :

Chimie : Cours de chimie physique, Paul Arnaud, Editions Dunod.
Physique : A. Bouyssy, M. Davier, B. Gatty : Physique pour les sciences de la vie, 3 tomes

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil :
S2 : Etats de la matière et Interactions

Numéro de l’UE : PHYS 20
Intitulé de l' U E : Etats de la matière et Interactions

Responsable(s) : S. Le Picard

Equipe(s) pédagogique(s) : Physique


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie moléculaire
Licences de Biologie

2) Parcours : 1ère année

3) Semestre n° : 2

4) Objectifs :

Description des états de la matière, changement de phase.
Présentation des forces et interactions existantes dans la matière

5) Prérequis :


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel121224Travail personnel24
Crédit total de l’UE : 2

7) Programme des enseignements :

Etats de la matière : gaz-liquide-solide, changements de phase (ex : lipides).
Forces, interactions, dipôle (ex : électrophorèse).


8) Bibliographie :

A. Bouyssy, M. Davier, B. Gatty : « Physique pour les sciences de la vie », tome 2.

9) Coefficient : 1

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil : pas de limite.
S4 : La Physique pour les Sciences de la Vie

Numéro de l’UE : PHYS 40

Intitulé de l' U E : La Physique pour les Sciences de la Vie

Responsable(s) : S. Carles

Equipe(s) pédagogique(s) : Physique


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie moléculaire
Licences de Biologie

2) Parcours :

3) Semestre n° : 4

4) Objectifs :

Acquisition des notions nécessaires pour comprendre (1) les principes physiques qui gouvernent les structures et les fonctions du vivant et (2) les méthodes physiques utilisées en Biochimie et Biologie.

5) Prérequis : 1ère année S1, S2.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3022860Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7

7) Programme des enseignements :
 
Thermodynamique :
-Température, énergie, osmose, pression de surface, désordre et spontanéité, mouvement brownien.
Transport - Fluides :
- Diffusion (membrane), viscosité, sédimentation, ultracentrifugation.
- Dynamique des fluides.
Ondes et signaux :
- Diffraction, interférences, polarisation, instruments d’analyse (spectro…).
- Analyses de signaux, signaux périodiques, non périodiques (audition, vision, imagerie).
Particules, Atomes et Molécules :
- Particules et radioactivité.
- Notions sur la structure des atomes et des molécules utiles à la compréhension de la RMN, la spectroscopie et la fluorescence.

8) Bibliographie :

A. Bouyssy, M. Davier, B. Gatty : « Physique pour les sciences de la vie », tomes 2 et 3.

9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire

optionnel (


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil : pas de limite.

S3, 5, 6 : ENERGIE - Transport - Fluides 


Numéro de l’UE : PHYS 30
Intitulé de l' U E :  Energie - Transport - Fluides 

Responsable(s) : V. Vié

Equipe(s) pédagogique(s) : Physique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

- Licences de biologie

- Licence de Biochimie et Biologie moléculaire (sauf pour les étudiants ayant choisi l’UE de Physique en option de S4).

2) Parcours :

3) Semestres n° : 3, 5 ou 6

4) Objectifs :
Comprendre les principes physiques qui gouvernent la structure et le fonctionnement de la matière vivante à ses différents niveaux d’organisation.

5) Prérequis : 1ère année S1, S2 ou équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301848Travail personnel48
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements :

- Température, énergie, osmose, pression de surface, désordre et spontanéité, mouvement brownien.

- Diffusion (membrane), viscosité, sédimentation, ultracentrifugation.

- Dynamique des fluides.
 

8) Bibliographie :

A. Bouyssy, M. Davier, B. Gatty : « Physique pour les sciences de la vie », tome 2.


9) Coefficient : 1


10) Statut :

obligatoire

optionnel

libre : (


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil : pas de limite.


S3,5,7 : Ondes, signaux, particules, atomes et molécules


Numéro de l’UE : PHYS 31
Intitulé de l' U E : Ondes, signaux, particules, atomes et molécules

Responsable(s) : S. Le Picard, V. Vié

Equipe(s) pédagogique(s) : Physique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

- Licences de biologie

- Licence de Biochimie et Biologie moléculaire (sauf pour les étudiants ayant choisi l’UE de Physique en option de S4).

2) Parcours :

3) Semestre n° : 3, 5 ou 6

4) Objectifs :

Acquisition des notions nécessaires pour comprendre (1) les principes physiques qui gouvernent les structures et les fonctions du vivant et (2) les méthodes physiques utilisées en Biochimie et Biologie.

5) Prérequis : 1ère année S1, S2.

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301848Travail personnel48
Crédit total de l’UE : 4

7) Programme des enseignements :

- Diffraction, interférences, polarisation, instruments d’analyse (spectro…).

- Analyses de signaux, signaux périodiques ou non périodiques (audition, vision, imagerie).

- Particules et radioactivité.

- Notions sur la structure des atomes et des molécules utiles à la compréhension de la RMN, la spectroscopie et la fluorescence


8) Bibliographie :

A. Bouyssy, M. Davier, B. Gatty : « Physique pour les sciences de la vie », tome 3.


9) Coefficient : 1


10) Statut :
obligatoire

optionnel

libre (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil : pas de limite.





(UE de Géologie
S2 : Géologie 1

Numéro de l’UE : GEOL 20
Intitulé de l' U E : GEOLOGIE 1

Responsable(s) : J. van den DRIESSCHE
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licences de Biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, licence de Sciences de la Vie et de la Terre, licence pluridisciplinaire


2) Parcours :

U.E. fortement conseillée aux futurs étudiants biologistes se destinant aux concours Capes et Agrégation de SVT.

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :

Les étudiants doivent acquérir à travers ce module une vision moderne des Sciences de la Terre, qui mettra l’accent sur le fonctionnement interne de la Terre. L’idée est de partir d’un événement médiatique récent (tremblement de terre, etc) pour montrer comment (et avec quelles limites) la science décrit, modélise puis prédit.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2424Travail personnel10
Crédit total de l’UE : 2


7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :


9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire
optionnel (




11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant


12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.

S2 : Geologie 2

Numéro de l’UE : GEOL 21
Intitulé de l' U E : GEOLOGIE 2

Responsable(s) : L. AQUILINA
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licences de Biologie, licence de Biochimie et Biologie moléculaire, licence de Sciences de la Vie et de la Terre, licence pluridisciplinaire

2) Parcours :

U.E. fortement conseillée aux futurs étudiants biologistes se destinant aux concours Capes et Agrégation de SVT.

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :

Les étudiants doivent acquérir à travers ce module une vision moderne des Sciences de la Terre, qui mettra l’accent sur le fonctionnement externe de la Terre. L’idée est de partir d’un événement médiatique récent (inondation, pollution, etc) pour montrer comment (et avec quelles limites) la science décrit, modélise puis prédit.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2424Travail personnel10
Crédit total de l’UE : 2


Programme des enseignements :



8) Bibliographie :


9) Coefficient : 3



10) Statut :

obligatoire
optionnel (




11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant


12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.





S 3 : Matériaux géologiques


Numéro de l’UE : GEOL 30
Intitulé de l' U E : MATERIAUX GEOLOGIQUES

Responsable(s) : E. HALLOT
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; S. Blais, P. Boulvais, M.-P. Dabard, E. Hallot, P. Pitra


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terre
Licence de Sciences et Technologies

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT, comprenant les deux jours de terrain.


3) Semestre n° 3

4) Objectifs :

Devront être acquises les compétences suivantes :
- identifier les principales textures et familles de roches sur macro-échantillons ;
- identifier les principales familles de minéraux au microscope et sur macro-échantillons ;
- faire le lien entre processus et produits.

5) Prérequis :

néant


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel204242 jours soit 12h60Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

Les minéraux :
- nucléation et croissance cristalline (2h CM)
- cristallographie géométrique (2h CM + 2h TD)
- propriétés physiques des minéraux et optique cristalline (4h CM + 4h TP)
- principales familles de minéraux et compositions chimiques (8h CM + 8h TP)

Les roches :
- De la texture au mode de formation des roches (3h CM et 2h TD)
- Propriétés physiques des roches (densité, porosité, perméabilité) (1h CM)
- Roches magmatiques (4h TP)
- Roches sédimentaires (4h TP)
- Roches métamorphiques (4h TP)

8) Bibliographie :

Baronnet A. (1988). Minéralogie. Dunod ed. Paris
Bonin B. (1999). La pétrologie. Nathan Université, Paris, 128p.

9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel ( (prérequis pour pousuivre vers la mention
Sci. de la Terre de la Licence Sci. et Technologies)


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.


S4 : Structures géologiques


Numéro de l’UE : GEOL 40
Intitulé de l' U E : STRUCTURES GEOLOGIQUES

Responsable(s) : P. GAUTIER
Equipe(s) pédagogique(s) :SPM ; P. Gautier, E. Hallot


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terre
Licence de Sciences et Technologies

2) Parcours :

U.E. dont l’essentiel du contenu est mutualisé sur deux parcours :
- dans le parcours Sciences et Technologies, U.E. préparatoire à la mention Sciences de la Terre de la Licence, comprenant deux jours de terrain,
- dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT, ne comprenant pas les deux jours de terrain.

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :

A l’issue de cet enseignement, l’étudiant doit savoir :
- identifier et interpréter les principaux types de structures géologiques, en particulier celles liées à la déformation des roches, depuis l’échelle de l’échantillon macroscopique jusqu’à celle de la carte (ainsi qu’à travers une brève initiation sur le terrain, dans le parcours Sciences et Technologies),
- analyser et restituer ces structures dans les trois dimensions de l’espace, en particulier à travers la lecture de cartes topographiques et géologiques et la déduction de coupes à l’échelle 1/50000, et via une initiation à l’utilisation des diagrammes stéréographiques,
- interpréter ces structures en terme de chronologie relative des événements.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2420162 jours soit 12h72 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :
- Cadre général : notion de plaque tectonique et de mouvement relatif entre plaques (CM 2h)
- Structures liées à la déformation :
terminologie illustrée (translation, rotation rigide, distortion, axes principaux, forme de l’ellipsoïde, déf. homogène/hétérogène, continue/discontinue, etc…) (CM 3h)
notions de comportement rhéologique (élastique, fragile, ductile) en fonction des conditions (pression, température, nature de la roche, …) à travers la description d’expériences (CM 3h)
les structures de la déformation discontinue (les différents types de faille et leur interprétation tectonique, fentes de tension, stylolithes) (CM 4h)
les structures de la déformation continue (fabrique homogène : types de schistosité, linéations ; déformation hétérogène : plis, boudins, zones de cisaillement) (CM 6h)
analyse de structures à partir de photos (vues aériennes, paysages, affleurements, vues au microscope) et d’échantillons macroscopiques (TD 6h)
- Structures liées au magmatisme (édifices volcaniques, types d’intrusions, …) (CM 3h + TD 1h)
- Chronologie relative (relations de recoupement, discordances, critères de polarité, déformations superposées, interactions avec le magmatisme) (CM 3h +TD 3h)
- Analyse de cartes géologiques à l’échelle 1/50000 (analyse de la topographie, lecture de la légende, orientation des surfaces, établissement de coupes, principe du schéma structural) (TD 4h + TP 16h)
- Initiation à l’utilisation des diagrammes stéréographiques (TD 6h)
- Analyse de structures sur le terrain -parcours Sciences et Technologie uniquement-, combinée à l’identification des types de roche, et application des principes de chronologie relative (2 jours /12h TD)
Les sorties sur le terrain font l’objet d’un rapport de quelques pages, où l’étudiant rend compte de ses observations personnelles et de leur interprétation.



8) Bibliographie :

Park R.G. (1997). Fundamentals of structural geology (3rd edition). Chapman and Hall, london, 202p.


9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel prérequis pour poursuivre vers la mention
Sciences de la Terre de la Licence Sci. et Technologies


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.
S4 : Temps géologique


Numéro de l’UE : GEOL 41
Intitulé de l' U E : TEMPS GEOLOGIQUE

Responsable(s) : D. NERAUDEAU
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; P. Boulvais, A. Chauvin, P. Courville, S. Fourcade, F. Guillocheau, D. Néraudeau

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terre
Licence de Sciences et Technologies

2) Parcours :

U.E. dont l’essentiel du contenu est mutualisé sur deux parcours :
- dans le parcours Sciences et Technologies, U.E. préparatoire à la mention Sciences de la Terre de la Licence, comprenant deux jours de terrain,
- dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT, ne comprenant pas les deux jours de terrain.

3) Semestre n° 4

4) Objectifs :

Il s’agira de définir la notion de temps géologique à différentes échelles de résolution, ainsi que les différentes méthodes, relatives ou absolues, de mesure des vitesses et des durées en géologie. Seront également abordées les précautions d’utilisation des différents types de datation, leur congruence, leurs différences et leurs principales applications.


5) Prérequis : aucun



6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

- Cours : 40h
I - Temps paléontologique (P. Courville, D. Néraudeau, 8h) :
- Les grandes crises et extinctions de masse et leur utilisation dans le découpage
des grands systèmes géologiques,
- Principes et méthodes de la biostratigraphie,
II - Temps lithologique (F. Guillocheau, A. Chauvin, 10h) :
- Cyclostratigraphie et relations espace-temps-sédiments,
- Chimiostratigraphie,
- Magnétostratigraphie,
III - Géochronologie (P. Boulvais, S. Fourcade, 16h) :
- Stabilité et instabilité des nucléides, lois de destruction et production,
- Les concepts mis en jeu au niveau des datations dites « absolues »,
- Les méthodologies (longues et courtes périodes) mises en oeuvre pour dater :
° les événements magmatiques,
° les vitesses d’accumulation (ex: sédiments, glaces),
° les temps de résidence (transferts, expositions),
° la déformation,
IV – Synthèse (F. Guillocheau, 6h) :
construction, harmonisation et validité de l’échelle chronostratigraphique ;
nature et signification de l’échelle des temps géologiques, calendrier climatique, calendrier tectonique

- TP/TD : 20h (10 séances de 2h)
I - Principaux fossiles utilisés dans les datations géologiques (P. Courville, 10h)
- marqueurs paléozoïques (2 séances)
- marqueurs mésozoïques (2 séances)
- marqueurs cénozoïques (1 séance)
II - Datations et corrélations radiochronologiques (P. Boulvais, S. Fourcade, 4h)
III - Relations espace/temps en sédimentologie, Diagrammes de Wheeler (F. Guillocheau, 6h)



8) Bibliographie :




9) Coefficient : 3

10) Statut :

obligatoire ( (pour la filière SVT)

optionnel ( (pour la filière Sciences et Technologies)


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

En parallèle avec les enseignements présentiels seront proposés aux étudiants du LMD, d’une part, et aux enseignants du secondaire et du primaire dans le cadre de la Formation Continue, d’autre part, un cycle de conférences annoncé en début d’année.



12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.
S5 : Terre et Planètes


Numéro de l’UE : GEOL 50
Intitulé de l' U E : TERRE ET PLANETES

Responsable(s) : A. CHAUVIN
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; A. Chauvin, J. van den Driessche, S. Fourcade


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terrre

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT.


3) Semestre n° 5


4) Objectifs :

Devront être compris les données suivantes :
- genèse et évolution du système solaire ;
- structures internes des planètes telluriques ;
- fonctionnement de la Terre ;
- différentiation géochimique de la planète Terre.


5) Prérequis :

UE GEOL 401, 402 et 403 de la Licence ou niveau équivalent


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel301848Travail personnel101020
Crédit total de l’UE : 5


7) Programme des enseignements :

L’Univers : une brève description (2h CM, 2h TD, S. Fourcade)
- Constitution de l’univers
- Nucléosynthèse

Le système solaire (2h CM, 2h TD, A. Chauvin) :
- Méthodes d’exploration ;
- Mécanique du sytème solaire
- Nature et fonctionnement d’une étoile : le Soleil ;
- Caractères généraux des planètes

Les planètes telluriques (et la Lune) (2h CM, 2h TD, A. Chauvin) :
- Constitution physique et organisation interne
- Astéroïdes et météorites

La Terre (18h CM, 18h TD)
- Données géophysiques sur la structure interne (A. Chauvin) ;
- Tectonique des plaques (J. van den Driessche) ;
- Mécanismes de différentiation (S. Fourcade).


8) Bibliographie :

Allègre C. (1985). De la pierre à l’étoile. Fayard ed. Paris, 300p.
Allègre C. (1986). L’écume de la Terre. Fayard ed, Paris, 250p.
Brahic A. (1999). Planètes et satellites. Vuyibert ed, Paris, 360p.


9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil pour les cours, en groupes de 40 pour les TD.
S5 : Géodynamique interne


Numéro de l’UE : GEOL 51
Intitulé de l' U E : GEODYNAMIQUE INTERNE

Responsable(s) : S. BLAIS
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; M. Ballèvre, S. Blais, E. Hallot, P. Pitra, J. van den Driessche


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT.


3) Semestre n° 5


4) Objectifs :

Devront être assimilées les conséquences de la tectonique des plaques quant à la déformation des matériaux, ainsi qu’à la genèse des roches magmatiques et métamorphiques.


5) Prérequis :

UE GEOL 401, 402 et 403 de la Licence de Sciences de la Vie et de la Terre ou niveau équivalent


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel303060Travail personnel402060
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

Déformation aux limites de plaques (14h CM, 14h TP, J. van den Driessche)
- Zones de divergence : rifts océaniques et marges passives ;
- Zones de subduction ;
- Zones de collision.

Magmatisme (12h CM, 12h TP, S. Blais, E. Hallot)
- Modalités de la fusion en fonction des sites géodynamiques ;
- Magmatisme océanique (diversité des basaltes) ;
- Magmatisme des zones de subduction ;
- Magmatisme des zones de collison (diversité des granites).

Métamorphisme (4hCM, 4h TP, M. Ballèvre, P. Pitra))
- Gradient géothermique
- Perturbations du gradient géothermique
- Sites géodynamiques du métamorphisme


8) Bibliographie :


9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil pour les cours, en groupes de 22 pour les TP.
S6 : Géogynamique externe


Numéro de l’UE : GEOL 60
Intitulé de l' U E : GEODYNAMIQUE EXTERNE

Responsable(s) : M.-P. DABARD
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; M.-P. Dabard, F. Guillocheau


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Licence de Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT.


3) Semestre n° 6


4) Objectifs :

Devront être assimilées les processus de genèse des roches sédimentaires, ainsi que les mécanismes d’évolution des bassins sédimentaires.


5) Prérequis :

UE 401, 402 et 403 de la Licence Sciences de la Vie et de la Terre ou équivalent


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel303060Travail personnel402060
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

Climat et érosion

Bassins sédimentaires

Interactions hydrosphère-atmosphère

Cycles biogéochimiques

Paléoclimats et paléoenvironnements
- Méthodes de reconstitution ;
- Exemples classiques


8) Bibliographie :


9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.

S7 : Hydrologie de surface et systèmes aquifères

Numéro de l’UE : GEOL 70
Intitulé de l’UE : Hydrologie de surface et systèmes aquifères

Responsable : L. Aquilina
Equipe pédagogique : SPM

Diplôme (s) dont l'UE fait partie :
Master Biologie, Environnement, Santé mention Environnement
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement -

2) Parcours : Master 1ère année

3) Semestre : S7

4) Objectifs :
Comprendre le fonctionnement physique et bio-chimique des hydrosystèmes. Analyser les écoulements et les méthodes d'exploitation et de gestion des aquifères.

5) Prérequis : Connaissance du cycle de l'eau et bases de chimie de l'eau.

Contenu des enseignements :


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Stage
TotalPrésentiel36121260Travail personnel60

Crédit total de l’UE : 7

7) Programme des enseignements

Ens.CMTPTDCycle de l'eau et hydrologieL.A.2  Hydrogéologie appliquéeO.B.12 46Exploitation et gestion des aquifèresY.Q.8 Hydrogéologie chimique et isotopiqueL.A., MC1086Traitement et pollution des aquifèresM.D.4
8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : Obligatoire

9) Modalités pédagogiques° : TP réalisés sur le terrain (site expérimental hydrogéologique de Beaulieu)

10) Capacité d'accueil : illimitée
S7 : Structure, Fonctionnement et Hydrochimie des Sols

Numéro de l’UE : GEOL 70
Intitulé de l’UE : Structure, fonctionnement et hydrochimie des sols

Responsable : M. Davranche
Equipe pédagogique : SPM


Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Biologie, Environnement, Santé mention Environnement
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement

2) Parcours : Master 1ère année

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :
Comprendre le fonctionnement physique et bio-géochimique des sols.

5) Prérequis : Connaissance du cycle de l'eau et bases de chimie de l'eau.

6) Contenu des enseignements :


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Stage/ excursion
TotalPrésentiel2824860Travail personnel60

Crédit total de l’UE : 7

7) Programme des enseignements

Ens.CMTPTDStructure et évolution des solsM.D.,M.P.D.6  12Rôle des organismes dans les solsD.C.4 44Exploitation et gestion des solsY.Q.4 2Chimie de l’eau dans les sols et en zone non saturéeM.D.1044Traitement et pollution des solsM.D.42
8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : Obligatoire

11) Modalités pédagogiques° : Une sortie de terrain sur l’étude des sols.

12) Capacité d'accueil : illimitée

S7 : Histoire de la Biosphère

Numéro de l’UE : GEOL 72
Intitulé de l’UE : Hydrologie de surface et systèmes aquifères

Responsable :
Equipe pédagogique : SPM


1) Diplôme dont l'UE fait partie : Master 1 Sciences de la Vie, de la Terre et de l’Univers (SVTU)


2) Parcours : UE Mutualisée avec la filière SVTU, à l’exception du stage de terrain de 2 jours qui est propre aux géologues.


3) Semestre n° : 7


4) Intitulé de l' U E : Histoire de la Biosphère


5) Objectifs : Il s’agira de suivre les principales étapes de l’évolution de la biosphère depuis la sortie des eaux, jusqu’à l’hominisation en passant par le passage reptiles mammifères, la conquête du milieu aérien et le retour à l’eau des mammifères.


6) Prérequis : Pour les étudiants inscrits en L2 à Rennes I, il est demandé qu’ils aient suivi l’UE Temps Géologique (de L2) pour accéder à l’UE Histoire de la Biosphère de L3. Pour les étudiants issus d’autres universités, leur inscription dans ce module de L3 seront examinées au cas par cas, sur dossier, par la commission ad hoc.


7) Contenu des enseignements:

60h d’enseignement dont 48 en salle et 2 jours de terrain

Cours: 20h00 (D. Néraudeau)
Le passage poissons-amphibiens et la conquête du milieu terrestre
Le passage reptiles-mammifères
Le passage dinosaures-oiseaux et la conquête du milieu aérien
Le retour à l’eau des mammifères.
L’hominisation

TP: 28h00 (P. Courville & D. Néraudeau)
I - Taxonomie, paléoécologie et paléobiogéographie des pricnipaux groupes d’invertébrés (P. Courville)
1 - les Macrofossiles (8 séances)
- les mollusques céphalopodes
- les mollusques gastéropodes
- les mollusques bivalves
- les brachiopodes
- les échinodermes
2 - Les microfossiles (4 séances)
- les foraminifères (2 séances)
- les ostracodes (1 séance)
- le nannoplancton, les diatomées, les radiolaires (1 séance)

II - Evolution des morphologies dentaires et des régimes alimentaires chez les mammifères:
- le cas des Equidés (1 séance)
- le cas des Proboscidiens (1 séance)

TD: 12h00
2 journées de terrain sur les écosystèmes des faluns (en Anjou), des bioconstructions à coraux jurassiques et de la Craie campanienne (en Charentes).


8) Bibliographie :

Une liste d’ouvrages, d’articles et d’adresses web sera proposée lors du premier cours, pour donner aux étudiants matière à préparer et à compléter les enseignements.




Cours

T. D.
T. P.
Projet
Stage
CréditsPrésentiel
20h0012h0028h006Travail personnel

9) Coefficient :

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en F. C.) :

En parallèle avec les enseignements présentiels seront proposés aux étudiants du LMD, d’une part, et aux enseignants du secondaire et du primaire dans le cadre de la F.C., d’autre part, un cycle de conférences annoncé en début d’année. A destination de la F.C., des résumés de cours seront mis à disposition de l’APBG qui sera chargée de diffuser ces document auprès des enseignants du secondaire en SVT.

12) Capacité d'accueil :

Le flux du module Stratigraphie-Paléontologie actuel est de l’ordre de 120 étudiants en moyenne (de 90 à 150).
Sur ces bases, même si le module Histoire de la Biosphère proposé dans le semestre 7 de la future Licence est en partie différent du Module Histoire de la Biosphère de l’actuel Licence BGSTU, le nombre d’étudiants attendu est:
- en fourchette basse: de 80 à 120;
- en fourchette haute:de 100 à 140.
S8 : Histoire de la Terre


Numéro de l’UE : GEOL 80
Intitulé de l' U E : HISTOIRE DE LA TERRE

Responsable(s) : M. BALLEVRE
Equipe(s) pédagogique(s) : SPM ; M. Ballèvre, J. Bouffette, F. Gueydan, F. Guillocheau


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Master de Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT.


3) Semestre n° 8


4) Objectifs :

Devront être comprises les grandes étapes de l’histoire de la Terre, avec une référence particulière à l‘évolution de la France. L’accent est mis sur une approche pluridisciplinaire à travers l’analyse de documents variés.


5) Prérequis :

UE 501, 502 et 601 de la Licence Sciences de la Vie et de la Terre


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel242448Travail personnel201030

Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

Le fonctionnement de la Terre :
- La Terre primitive : l’Archéen et le Protérozoïque d’Inde (2h CM, 2h TD : M. Ballèvre)
- La Terre moderne : la chaîne himalayenne (4h CM, 4h TD : M. Ballèvre, F. Gueydan)

L’évolution de la France :
- La chaîne hercynienne en Europe occidentale (2h CM, 2hTD : M. Ballèvre)
- Le Mésozoïque : ouvertures océaniques et bassins continentaux (4h CM, 4h TD : M. Ballèvre, F. Guillocheau)
- La chaîne alpine (4h CM, 4h TD : M. Ballèvre, J. Bouffette)
- Le rifting oligocène (2h CM, 2hTD : M. Ballèvre, J. Bouffette)
- Le puzzle méditerranéen (2H CM, 2h TD : M. Ballèvre, J. Bouffette)

Climat et tectonique au Quaternaire (4hCM, 4h TD : M. Ballèvre)


8) Bibliographie :

Jolivet L.
Dercourt J.

9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant




12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.

S8 : Erosion reliefs et climats

1) Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement - Resp. : L. Aquilina
UE commune aux spécialités Sciences de la terre et Environnement du Master 1

2) Parcours : Master Pro 1

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E :
Erosion reliefs et climats – Resp. S. Bonnet

5) Objectifs :
A l'issue de ce module, devront être acquis:
- les méthodes et techniques d'analyse des reliefs,
- les notions nécessaires à la compréhension du fonctionnement des systèmes géomorphologiques et à l'interprétation des reliefs,
- le rôle de l'érosion dans les processus géodynamiques internes et externes.

6) Prérequis :

7) Contenu des enseignements :

Ens.CMTPTDIntroduction (géodynamique, reliefs, flux)4Objets et marqueurs géomorphologiques510Processus, lois et vitesses d’érosion52Dynamique des reliefs682Paléoclimats, paléoreliefs et paléoflux6
8) Bibliographie :
Burbank, D., W., and Anderson, R. S., Tectonic Geomorphology, Blackwell Science, 274 p., 2001. Summerfield, M. A., Global geomorphology, An introduction to the study of landforms, Longman Scientific Technical, Essex, England, 537 p., 1991.


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Terrain
(Eq TD)
CréditsPrésentiel268865Travail personnel202
9) Coefficient :

10) Statut : Optionnel

11) Modalités pédagogiques° :
Outre les enseignements en salle, ce module inclus:
- 1 journée de terrain permettant de familiariser les étudiants avec la réalité des objets naturels,
- 1 journée de TP (8h) de modélisation expérimentale de l'érosion,
- Un projet personnel qui permettra de se familiariser aux méthodes et aux techniques de la géomorphologie par l'analyse du relief d'une région, au choix de l'étudiant. Ce projet inclura la recherche de données, bibliographiques mais surtout via internet (MNT, images satellites, ...), une description morphologique de la région, et une quantification des formes du relief par l'utilisation de logiciels de morphométrie (RiverTools, GridVisual, ...) et de SIG. Ce projet permettra l'application des techniques acquises dans l'UE "Cartographie et spatialisation de l'information" un et pourra éventuellement être complémentaire d'un projet personnel réalisé dans le cadre d'un autre module (UE "Stage Pro" par exemple).

12) Capacité d'accueil : illimitée

S8 : Cartographie et spatialisation de l’information


Code UE : GEOL 83
1) Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement - Resp. : L. Aquilina
UE commune aux spécialités Sciences de la terre et Environnement du Master 1
Master Biologie, Environnement, Santé mention Environnement, Gestion intégrée des bassins versants

2) Parcours : Master Pro 1

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E :
Cartographie et spatialisation de l’information – Resp. F. Guillocheau

5) Objectifs :
L’objectif de ce module est de familiariser les étudiants avec les différentes techniques de traitements de l’information géologique pour la restituer en 2D (cartes) ou en 3D (géomodeleurs). Ces différentes techniques (MNT, Télédétection, Bases de données, SIG, Géomodeleurs) seront appliquées sur deux cas afin de sensibliser les étudiants (1) aux croisements de méthodes et (2) à l’obligation de traiter des données hétérogènes.

6) Prérequis :

7) Contenu des enseignements :

Ens.CMTPTDAnalyse 3D de la topographie terrestre (terre et mer) - MNT42Télédétection64Notions de base de données et SIG8Les géomodeleurs42Etudes de cas216Application sur le terrain12
8) Bibliographie :



Cours

T. D.
T. P.
Projet
Terrain
(Eq TD)
CréditsPrésentiel24244127Travail personnel16
9) Coefficient :

10) Statut : Optionnel

11) Modalités pédagogiques° :

12) Capacité d'accueil : illimitée
S8 : Gestion des risques et protection des milieux

Code UE : GEOL 84
1) Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement - Resp. : L. Aquilina
UE Proposée par SPM, optionnelle dans le Master Pro Biologie – mention Environnement
Master Biologie, Environnement, Santé mention Environnement, Gestion intégrée des bassins versants


2) Parcours : Master Pro 1

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E :
Gestion des risques et protection des milieux – Resp. O. Bour

5) Objectifs :
Appréhender la notion de risques et l’interaction entre homme et milieux dans les domaines des ressources (eau, sols, matières premières et organismes) et des risques naturels.

6) Prérequis : Pas de prérequis

7) Contenu des enseignements :

Ens.CMTPTDTNotions de statistiquesO. B.4 6 Notions de risques, de modèle prédictifO.B.4Le risque sismique, volcanique, glissements de terrainA.C, JBA, VDD 8 44 Les ressources (eau, sols, minéraux)L.A. S.F. M.B.4Les inondations, gestion de l’aléa hydrologiqueL.A., O.B.430,5Site de stockage et gestion des déchetsS.F., O.B.42Restauration des sites, des habitatsF.R.430,5
8) Bibliographie :
Chamley, H., Environnements géologiques et activités humaines, Vuibert, 2002. Lundgren, L.W., 1999, Environmental geology, Prentice Hall, 1999


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Terrain
(Eq TD)
CréditsPrésentiel30141067Travail personnel20102
9) Coefficient :

10) Statut : Optionnel

11) Modalités pédagogiques° : Une sortie de terrain.

12) Capacité d'accueil : illimitée
S7 : Cycle hydrogéochimique

Code UE : GEOL 85

1) Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement - Resp. : L. Aquilina
UE Proposée par SPM, optionnelle dans le Master Pro Biologie – mention Environnement
Module réalisé en échange avec le Master 1 de Brest (module cycles biogéochimiques océaniques)
Master Biologie, Environnement, Santé mention Environnement, Gestion intégrée des bassins versants


2) Parcours : Master Recherche et professionnel 1

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E :
Cycles hydro-biogéochimiques – Resp. L. Aquilina et P. Marmonier

5) Objectifs :
Initiation au fonctionnement bio-géochimique des écosystèmes en relation avec le fonctionnement hydrologique et les activités biologiques.

6) Prérequis : Pas de prérequis

7) Contenu des enseignements :

Ens.CMTPTDFonctionnement hydrologique des systèmes naturels souterrains et superficiels et structuration biogéochimiques.L.A., P.M.48Processus microbiens dans les sols et les aquifères.P.M.4Contrôles physico-chimiques et biologiques des cycles biogéochimiques (carbone, azote, phosphore, souffre, oxygène).A.J.F.88Outils géochimiques et isotopiques.C.M.8Etudes de terrain (deux sorties de 6h) sur le fonctionnement biogéochimique des zones humides et des aquifères.12Oxygénation, hypoxie et anoxie en milieu naturels.8

8) Bibliographie : INRA "Qualité des eaux en milieu agricole". Levêques "Ecologie"


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Stage
CréditsPrésentiel2412247Travail personnel10
9) Coefficient :

10) Statut : Optionnel

11) Modalités pédagogiques° : TD sous la forme de deux sorties de terrain. Compte-rendu de sortie de terrain sous forme de projet.

12) Capacité d'accueil : illimitée
S8 : Ressources minérales et énergétiques

1) Diplôme dont l'UE fait partie :
Master Sciences et Technologies - Mention Environnement - Resp. : L. Aquilina
UE commune aux spécialités Sciences de la terre et Environnement du Master 1
Master Biologie, Environnement et Santé mention Environnement, Gestion intégrée des bassins versants

2) Parcours : Master Pro 1

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E :
Ressources minérales et énergétiques – Resp. S. Fourcade

5) Objectifs :
Donner aux étudiants une vision « économique » des Sciences de la Terre. Fournir des connaissances de base dans les domaines de la géologie économique : matériaux utiles, gîtes métallifères, combustibles fossiles, prospection (dont méthodes géophysiques). Introduire les étudiants au monde de l’entreprise

6) Prérequis : Modules du S7 Sci. de la Terre

7) Contenu des enseignements :

Ens.CMTPTDMétallogénie : notion de gisement et mécanismes de concentration4Les grands types de minéralisation (processus magmatiques, hydrothermaux, sédimentaires)97Matériaux (évaporites, argiles, combustibles fossiles)115Geophysique d’exploration42Terrain18
8) Bibliographie :
Evans A.M. (1993) Ore geology and industrial minerals : introduction. Blackwell, Oxford. Pélissonnier H. (2001) Reflexions sur la métallogénie. Industrie minérale.


Cours

T. D.
T. P.
Projet
Terrain
(Eq TD)
CréditsPrésentiel2814187Travail personnel
9) Coefficient :

10) Statut : Optionnel

11) Modalités pédagogiques° :

12) Capacité d'accueil : illimitée

S8 : Ressources et environnEment


Numéro de l’UE : GEOL 87
Intitulé de l' U E : Ressources et environnement

Responsable(s) : O. BOUR
Equipe(s) pédagogique(s) : O. Bour, J. Bouffette, M. Ballèvre, C. Robin, S. Fourcade


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

Master de Sciences de la Vie et de la terre

2) Parcours :

Dans le parcours Sciences de la Vie et de la Terre, U.E. préparatoire aux concours Capes et Agrégation de SVT.


3) Semestre n° 8


4) Objectifs :

L’objectif prioritaire est de fournir une vision synthétique de toutes les applications des Sciences de la Terre, depuis la prospection et l’exploitation des ressources minérales, énergétiques et en eau, jusqu’à la gestion des problèmes environnementaux liés à ces exploitations.


5) Prérequis :

UE géodynamique externe et Géodynamique interne de la Licence de Biologie, mention Sciences de la Vie et de la Terre


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel303060Travail personnel201030
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

Ressources minérales : (15 heures)
Conditions de formation des concentrations d’intérêt économique,
méthodes de prospection et d’exploitation.

Ressources énergétiques : (15 heures)
matière organique fossile,
géothermie,
minerais radioactifs.

Ressources en eau : (15 heures)
Notions d’hydrologie,
Eaux souterraines (aquifères).
Exploitation et protection des resources en eau,
Exemples de pollution.

Gestion des sites et environnement : (6h)
Prévision et prévention des risques naturels (exemple du risque sismique) : (5h)
Grands ouvrages et matériaux de construction : (4h)


8) Bibliographie :
Chamley, H., 2002, Environnements géologiques et activités humaines, Vuibert.
Pélissonnier, H., 2001, Réflexions sur la métallogénie, Les ouvrages de l’industrie minérale.
Biju-Duval, B. 1999, Géologie sédimentaire : bassins, environnements de dépôts, formation du pétrole, Technip.
BODELLE J. & MARGAT J., 1980, L'eau souterraine en France, 216 p, Masson.
CASTANY G., 1982, Principes et méthodes de l'hydrogéologie, 236 p, Dunod.

9) Coefficient : 3


10) Statut :

obligatoire ( (pour le parcours Sciences de la Vie et de la Terre)

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

néant


12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil.
S8 : Dynamique de la paleodiversite


Numéro de l’UE : GEOL 88
Intitulé de l' U E : Dynamique de la paléobiodiversité
Responsable(s) : O. BOUR
Equipe(s) pédagogique(s) : O. Bour, J. Bouffette, M. Ballèvre, C. Robin, S. Fourcade

Diplôme dont l'UE fait partie : Master 1 Sciences & Technologie, Mention Sciences de la Terre et master Sciences de la Vie et de la Terre

2) Parcours : UE Mutualisée entre deux parcours (Sciences et Techniques et Sciences de la Vie ete de la terre)

3) Semestre n° : 8

4) Intitulé de l' U E : Dynamique de la paléobiodiversité

5) Objectifs : Donner les principes et méthodes d’analyse de la paléobiodiversité, tant sur le plan des processus évolutifs que sur le plan des structures paléoécologiques des écosystèmes anciens

6) Prérequis : Des étudiants d’horizons bien différents pourront suivre ce module en Master 1; aucun prérequis précis n’est donc obligatoire pour y accéder. A titre de rappel, les 3 filières de Rennes I les plus adaptées pour l’intégration de ce module dans le parcours menant au Master Paleo 3 sont: la filière Biologie, la filière enseignement SVT et la filière Sciences & Technologies. Pour les étudiants de ces deux dernières filières, il leur est recommandé, dans l’optique du parcours Paleo 3, d’avoir suivi le Module de L2 intitulé « Temps géologique » (mutualisé entre SVT et S&T) et le module de M1 intitulé « Histoire de la Biosphère » (proposé par la filière SVT).

7) Contenu des enseignements:


CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel303060Travail personnel303060
Crédit total de l’UE : 7


30h d’enseignement en salle plus 5 jours de terrain

Cours: 30h00

Processus évolutifs chez les échinodermes (D. Néraudeau)
Processus évolutifs ches les mollusques (P. Courville)
Processus évolutifs chez les microfossiles et les vertébrés (ATER)
Reconstruction des paléoenvironnements à partir des échinodermes (D. Néraudeau)
Reconstruction des paléoenvironnements à partir des mollusques (P. Courville)

TD: 30h00
5 journées de terrain

8) Bibliographie :

Tous les ouvrages de Steven J. Gould et de Jean Chaline.



9) Coefficient :

10) Statut :

obligatoire pour le parcours menant au Master 2 Paleo 3
optionnel pour les autres parcours

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en F. C.) :

En dehors des enseignements présentiels obligatoires (30h en salle et 5 jours sur le terrain), les étudiants seront incités à suivre les conférences relevant des spécialités du parcours Paleo 3 données à Rennes (sur et hors campus), à savoir tout ce qui relève de l’évolution, de la climatologie et plus largement des paléoenvironnements.
Le cycle de conférences organiqé annuellement sera proposé en concertation avec les demandes émanant des responsables de la formation continue. Afin de faciliter l’accès des enseignants du primaire et du secondaire à ces conférences, elles seront majoritairement organisées le mercerdi après-midi.

12) Capacité d'accueil :

Depuis 3 ans, le flux du module Biodiversité de Maîtrise STU est de l’ordre de 6 à 9 étudiants. L’ouverture de ce module aux filières BGSTU et BOP est restée jusqu’à présent minimale (et quasi confidentielle) car les étudiants devaient payer 2 inscriptions jusqu’en 2002, ce qui dissuadait plusieurs d’entre eux. Ce ne sera plus le cas dans le futur et lorsque l’information sera communiquée aux étudiants, il est clair que le nombre de candidats à ce module dépassera la dizaine, avec un flux maximal d’une quinzaine d’étudiants.


(UE d’Informatique
S 3 : Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation

Numéro de l’UE : INFO 30
Intitulé de l' U E : Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation

Responsable(s) : Michel Le Borgne
Equipe(s) pédagogique(s) : IFSIC, Biologie Cellulaire

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et Informatique

2) Parcours : 2ème Année

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :
L’objectif est d’introduire les méthodes de conception d’algorithmes et de programmation qu’il est nécessaire de mettre en œuvre dans la conception de logiciels professionnels . L’accent doit être mis sur la correction des algorithmes, la réutilisation des programmes,…. Ceci implique une introduction aux techniques d’analyse des problèmes, à l’architecture logicielle.

5) Prérequis : Outils Informatiques ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/
T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Structures de contrôle
Informatique, machine et algorithmes
Programmation fonctionnelle
Analyse descendante
Conception de fonctions récursives
Données, types, abstraction et approche objet
Analyse de problèmes en vue d’un traitement informatique
Mise en œuvre des objets
Quelques objets génériques : listes et arbres
Compléments sur les structures de contrôle
Itération : boucles pour et tant-que
Langage : Java ou Python ou Ruby

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40

S 4 : Systèmes et réseaux

Numéro de l’UE : INFO 40
Intitulé de l' U E : Systèmes et réseaux

Responsable(s) :Michel Le Borgne
Equipe(s) pédagogique(s) : IFSIC, Biologie Cellulaire

Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et Informatique

2) Parcours : 2ème Année

3) Semestre n° : 4

4) Objectifs :
Notions de base sur systèmes et réseaux pour permettre de gérer un petit réseau local, brancher une machine sur un réseau, installer un logiciel, écrire des programmes d’enchaînement de traitement faisant appel à plusieurs logiciels.

5) Prérequis :
Outils Informatiques , Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/
T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Systèmes (30h)
Introduction aux systèmes
Rôle d’un système d’exploitation
Unix et Windows NT
Mécanismes d’exécution d’un programme
Notions sur les processus (compris légers). Communication et synchronisation.
Eléments d’administration système
Réseaux (30h)
Eléments physiques d’un réseau local
Notions sur les protocoles
Administration réseau
Sécurité
Langage : Shell ou Python/Perl pour TP, JAVA pour les threads

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40

S 5 : Bases de données et systèmes d’information

Numéro de l’UE : INFO 50
Intitulé de l' U E : Bases de données et systèmes d’information

Responsable(s) : Michel Le Borgne
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire, IFSIC

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et Informatique

2) Parcours : 2ème ou 3ème Année

3) Semestre n° : 4 ou 5

4) Objectifs : Acquérir les techniques de base de la gestion de l’information

5) Prérequis :
Outils Informatiques, Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/
T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Bases de données : introduction au modèle relationnel
Tables et bases de données
Description logique et organisation physique
Algèbre relationnelle
SQL
Systèmes d’information de laboratoires biologiques
Concepts de base
Méthodes de conception des systèmes d’information
Modèles conceptuels de données
Liens avec les bases de données
Spécificité des données biologiques (LIMS)
Langage : SQL
Outil : PowerAMC, 

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40

S 5 : Traitement du Signal et de l’Image

Numéro de l’UE : INFO 51 
Intitulé de l' U E : Traitement du Signal et de l’Image

Responsable(s) : M. Garreau, L. Senhadji
Equipe(s) pédagogique(s) : Biologie Cellulaire, LTSI (SPM)

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biologie mention Biologie et Informatique

2) Parcours : 3ème Année

3) Semestre n° : 5

4) Objectifs :
A partir de problèmes biologiques, acquérir des connaissances générales sur les méthodes,
en ciblant un sous-ensemble de techniques et en les appliquant à des exemples concrets

5) Prérequis :
Outils Informatiques S1 et Initiation à l’Algorithmique et à la Programmation S 3; Maths (avec bases complémentaires incluses dans ce cours) ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel60 Travail personnel60
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Techniques d’acquisition de signaux et d’Images en Biologie
(Signaux issus de l’activité musculaire ou nerveuse, Microscopies, Approches du type transcriptome et/ou protéome, Vectorisation …)
Position des problèmes biologiques en fonction des objets observés
Méthodes de représentation spatiale/temporelle et fréquentielle
(Transformée de Fourier, échantillonnage, …)
Méthodes de Traitement du Signal et de l’Image :
. Filtrage
. Segmentation, Détection
. Caractérisation, Quantification et Classification

Langage : Matlab, voire autre.

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :



S 7 : Algorithmique : Complexité et Optimisation

Numéro de l’UE : INFO 70
Intitulé de l' U E : Algorithmique : Complexité et Optimisation

Responsable(s) : Michel Le Borgne
Equipe(s) pédagogique(s) : IFSIC

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) recherche de Biologie et Environnement, mention bio-informatique

2) Parcours : Première année du Master
3) Semestre n°7

4) Objectifs :
Se basant sur les premier acquis en algorithmique, cette Unité d’Enseignement aborde les structures de données classiques à travers l’algorithmique sur les graphes. On abordera également l’évaluation de la complexité des algorithmes, très importante en bio-informatique compte tenu de la taille des données. Enfin les grandes méthodes d’optimisation des algorithmes seront abordées.
Ces objectifs constituent un prérequis pour aborder l’algorithmique sur les séquences.

5) Prérequis :
Bases de l’algorithmique : test, récursivité, itération, programmation objet.
Des connaissances de base sur les systèmes d’exploitation UNIX au niveau utilisateur sont nécessaires pour les TP.

6) Contenu des enseignements:

CoursCours
T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel402060 
Crédit total de l’UE : 7 
7) Programme des enseignements :
Graphes :
Définitions et représentation
Evaluation de la complexité des algorithmes
Différents types de parcours
Composantes connexes
Application aux arbres et automates
Méthodes de résolution de problèmes
Diviser pour régner et récursivité
Programmation dynamique
Algorithmes gloutons
Branch and bound et heuristiques

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40 (NB : 2x20 pour les TP)

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S 8 : Algorithmique des Séquences

Numéro de l’UE : INFO 80
Intitulé de l' U E : ALGORITHMIQUE DES SEQUENCES

Responsable(s) : Jacques Nicolas
Equipe(s) pédagogique(s) : IFSIC

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master de Biologie et Environnement, mention bio-informatique

2) Parcours : Première année du Master de Biologie

3) Semestre n° 8

4) Objectifs :
Les données de séquences produites de manière massive en génomique exigent des structures de données et une algorithmique adaptée pour être traitées en temps raisonnable. En particulier, il est important de chercher à réaliser le maximum d’analyses en temps et espace linéaire par rapport à la taille des séquences considérées. Un autre point fondamental pour contrôler la complexité des traitements est l’adaptation et l’application de techniques d’optimisation génériques comme la programmation dynamique. Ce module propose d’acquérir une maîtrise théorique et pratique des principaux concepts de ce domaine qui s’intéresse à la recherche et la découverte de motifs communs plus ou moins complexes dans les séquences.

5) Prérequis :
Les pré requis en informatique pour l’inscription à ce module correspondent au module
Algorithmique: Complexité et Optimisation (ACO)
On utilisera des notions de complexité des algorithmes et d’algorithmique des graphes et quelques grandes méthodes de résolution de problèmes.

6) Contenu des enseignements:

Cours /T. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel402060 Travail personnel30151560
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :
Théorie des langages:
Quelques notions sur les mots et les langages formels ;
La linguistique des séquences biologiques ;
L’analyse syntaxique ;
Principaux motifs utilisés en biologie : le cas particulier des langages réguliers.
Méthodes de recherche exacte de motifs
Les méthodes utilisant une structure d’accès au motif
Les méthodes utilisant une structure d’accès à la séquence
Méthodes de recherche approchée de motifs et comparaison de séquences (suite du module de S7, Outils et Méthodes de Bio-informatique)
Algorithmes de recherche de motifs avec erreurs
Algorithmes d’alignement de séquences
Validation des alignements
Méthodes de découverte de motifs
Construction de réseaux de Markov
Algorithmes combinatoires pour la découverte de motifs

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40 max (NB : 2x20 pour les TP)


S 8 : Bases de Données et Gestion de l’Information

Numéro de l’UE : INFO 81
Intitulé de l' U.E : Bases de Données et Gestion de l’Information

Responsable(s) : Anita Burgun
Equipe(s) pédagogique(s) : Bio-informatique

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Master 1 (maîtrise) Biologie et Environnement mention Bio-informatique

2) Parcours : 1ère année du Master

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :
L’objectif de ce cours est de fournir aux étudiants une vue d'ensemble des architectures et des environnements de système de gestion de bases de données, et une compréhension des techniques de base de conception d’une base de données. Le cours sera illustré par des expériences pratiques de bases de données relationnelles dans le domaine de la biologie moléculaire, tout en révélant les problèmes les plus cruciaux qui émergent lors de la structuration, de l’interrogation et de l’analyse de telles données.
Ce module est une alternance de cours où sont introduits les concepts de base sur l’organisation des données dans une base de données, et de travaux pratiques qui concrétisent immédiatement les notions abordées.

5) Pré-requis :
Pré-requis en biologie moléculaire nécessaires pour une bonne expertise du domaine, et une étude plus aisée de l’existant.
Connaissance préalable d’un SGBD relationnel et utilisation même rudimentaire du langage de requêtes SQL.
Licence de bio-informatique ou équivalent

6) Contenu des enseignements: (en heures équiv TD)

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel18h18h24h60Travail personnel30h30
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements
Le point sur la modélisation conceptuelle de données. (18h de cours)
Modèle de données
Historique
Modèle relationnel
Modèle à objet
Comparaison (avantages/inconvénients)

Conception de Bases de données (18h TD + 24h TP)
Modélisation et Construction d’une base de données avec des considérations relatives aux performances,
Gestion et traitement des transactions,
Interrogation par l’utilisation du langage de requête SQL, voire conception d’applications moyennant d’autres langages (SQL plus, PL/SQL, Java et C++,…)

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : 40



(UE de Gestion

S7 : Concepts de base en Marketing et Stratégie Marketing


Numéro de l’UE : GEST 70
Intitulé de l’UE : Concepts de base en Marketing et Stratégie Marketing

Responsable : Olivier Droulers
Equipe pédagogique : IUT département GEA

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 1er semestre

3) Semestre 7

4) Objectifs : :
Expliquer les origines du marketing
Appréhender les concepts de segmentation, cible, positionnement et de mix marketing
Comprendre le lien entre la stratégie et le mix marketing

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotalPrésentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements
Les acteurs constitutifs de l’offre et de la demande
L’analyse d’un marché
Le diagnostic d’une entreprise sur un marché
Les critères de segmentation d’un marché
Le choix d’un ou de plusieurs segments : l’étape de la définition de la cible
Le choix d’un positionnement spécifique pour s’adresser à la cible

8) Bibliographie
Kotler Philip et Dubois Bernard (2002), Marketing Management, 10ème édition, PubliUnion.

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE :

12) Capacité d’accueil :


S7 : Droit et Entreprise

Numéro de l’UE : GEST 71
Intitulé de l’UE : Droit et Entreprise

Responsable : Armel Liger, Laurent Le Hen, Anne Joyeau
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 1er semestre

3) Semestre : 7

4) Objectifs :
Acquérir les bases théoriques juridiques.
Savoir bâtir un raisonnement juridique
Appréhender la fonction organisationnelle du droit des affaires à travers le contrat, l’entreprise individuelle et les principales formes de sociétés
S'adapter aux évolutions législatives et jurisprudentielles.
Faire découvrir les relations juridiques entre employeurs et salariés.

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotalPrésentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements
- L’environnement juridique et fiscal (6h)
- Le droit des Affaires (22h)
Contrats
Droit des sociétés
- Le droit du travail (8h)
Les sources du droit du travail
Le contrat de travail : sa conclusion, son déroulement, sa rupture
La représentation du personnel

8) Bibliographie
Cozian M., Précis de fiscalité des entreprises
Cozian M., Vialdier A. et Deboissy F., Droit des sociétés (15 éd.), Litec.
Edou E. (1997), Le droit au service de l’entreprise, Economica.
Ray Jean Emmanuel (2001), Droit du travail, droit vivant, Editions Liaisons.

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE :
Cours avec remise d’un polycopié
TD : exercices, études de cas.

12) Capacité d’accueil :
S7 : Politiques de Produits et de Prix

Numéro de l’UE : GEST 72
Intitulé de l’UE : Politiques de Produits et de Prix

Responsable : Guy Basset
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 1er semestre

3) Semestre : 7

4) Objectifs : :
Analyser les différentes composantes matérielles et stratégiques d’un produit
Comprendre la mise en œuvre d’une politique de produit
Assimiler les différentes pratiques de fixation des prix

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotalPrésentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements

- La qualité du produit
- Le packaging
- La politique de marque
- Le cycle de vie du produit
- Le lancement du produit nouveau
- Le choix d’une gamme de produits
- Les objectifs d’une politique de prix
Les méthodes de fixation des prix


8) Bibliographie
Ouvrages
Botton Marcel (1992), Le nom de marque, Ediscience.
Devismes Philippe (2000), Le Packaging mode d’emploi, Dunod.
Faye Pierre (1989), Lancer un nouveau produit, Chotard.
Kapferer Jean-Noël (1998), Les marques, capital de l'entreprise (3ème ed.), Editions d'Organisation, Paris.
Kapferer Jean-Noël (2000), Re-marques - les marques à l'épreuve de la pratique, Editions d'Organisation, Paris.
Kapferer Jean-Noël et Gilles Laurent (1992), La sensibilité aux marques: marchés sans marques, marché à marques, Editions d'Organisation, Paris.

Revue :
La Revue des Marques

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE

12) Capacité d’accueil

S8 : Etudes de Marché

Numéro de l’UE : GEST 80
Intitulé de l’UE : Etudes de Marché

Responsable : Olivier Droulers et Maryvonne Dagnet*
Equipe pédagogique : IUT département GEA
* Cabinet Dagnet Consultants, Directrice

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 2ème semestre

3) Semestre : 8

4) Objectifs :
En suivant cet UE l’étudiant doit acquérir les concepts et la démarche lui permettant en seconde année de Master de réaliser une étude de marché réelle pour entreprise.

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements
Définition d’une étude de marché
La recherche du commanditaire
Entretien avec le commanditaire
Rédaction du projet d’études
Réalisation de l’étude
Présentation des résultats et des recommandations
Suivi des actions et contrôle des réactions du marché


8) Bibliographie
Giannelloni Jean-Luc et Vernette Eric (2001), Etudes de marché (2ème ed.), Vuibert, Paris
Evrard Yves, Pras Bernard et Roux Elyette (1993), Market: études et recherches en marketing. (2ème ed.), Nathan Gestion, Paris,

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE
Cours avec remise d’un polycopié
TD : exercices, études de cas et encadrement d’une étude sur le terrain.

12) Capacité d’accueil


S8 : Comptabilité Générale et Comptabilité de Gestion

Numéro de l’UE : GEST 81
Intitulé de l’UE : Comptabilité Générale et Comptabilité de Gestion

Responsable : Chrystelle Bouguennec et Laure Quatreboeufs
Equipe pédagogique : IUT département GEA

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 2ème semestre

3) Semestre : 8

4) Objectifs :
Comptabilité générale
Connaître et comprendre les bases conceptuelles d’un système d’information comptable, et les méthodes de la comptabilité générale.
Comprendre les principaux documents comptables (bilan, compte de résultat), leur intérêt et leurs limites.
Etre en mesure de communiquer avec des spécialistes de la comptabilité.
Comptabilité de gestion :
Connaître et comprendre les différentes méthodes d’analyse des coûts ; être en mesure de discuter les conclusions d’une étude de coûts.
Pouvoir comprendre la place d’un système de comptabilité de gestion dans le système d’information de l’entreprise, être capable de l’utiliser et d’en cerner les limites.

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel181836Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements
Comptabilité générale (20h)
Notions fondamentales
Documents de synthèse (bilan, compte de résultat)
Organisation comptable
Comptabilité de gestion (16h)
Calcul et analyse de coûts de revient
Calcul et analyse de coûts partiels, seuil de rentabilité

8) Bibliographie

Alazard C. et Sépari S. (2000), Contrôle de Gestion, Dunod, Paris
Baranger P. et Mouton P. (1997), Comptabilité de Gestion, Hachette, Paris
Burlaud A. et Simon C. (2000), Comptabilité de Gestion – Coûts/contrôle, Vuibert, Paris
Burlaud A., Poitrinal F.D. et Salustro E. (1998), Comptabilité et droit comptable, L’intelligence des comptes et leur cadre légal, Gualino
Grenier C. et Bonnebouche J. (1998), Système d’information comptable – Comptabilité générale, Foucher, Paris
Langlois G. et Friédérich M. (2000), Comptabilité générale, Foucher, Paris

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE
Cours
TD : nombreux jeux de simulation : « La marée fraternelle », « Kitus », « Shadow Manager »

12) Capacité d’accueil

S9 : Distribution et Achats


Numéro de l’UE : GEST 90
Intitulé de l’UE : Distribution et Achats

Responsable : André Fady
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 3er semestre

3) Semestre : 9

4) Objectifs :
Comprendre les fonctions économiques assurées par le commerce et les divers canaux de distribution
Analyser les critères de choix des circuits par les industriels et les relations producteurs - distributeurs
Aider à assurer la gestion commerciale des canaux

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements

Les fonctions de la distribution et les méthodes de vente
La longueur des circuits et le niveau de couverture des marchés
Les canaux non contrôlés contractuels et intégrés
Le choix des intermédiaires et leur gestion
Les relations producteurs - distributeurs, le trade marketing et le merchandising

8) Bibliographie
Cliquet Gérard, Fady André et Basset Guy (2002), Le management de la distribution, Dunod, Paris.
Fady André et Seret Michel (2000), Merchandising (5ème éd.), Vuibert, Paris.

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE
Cours avec remise d’un polycopié
TD : exercices, études de cas et encadrement d’une étude sur le terrain

12) Capacité d’accueil :

S9 : contrôle de Gestion et Finance

Numéro de l’UE : GEST 91
Intitulé de l’UE : Contrôle de Gestion et finance

Responsable : Christelle Bouguennec, Moulay Chaibddera, Laure Quatreboeufs
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 3er semestre

3) Semestre : 9

4) Objectifs :
Savoir utiliser les outils du contrôle de gestion (budgets, tableaux de bord, etc.)
Comprendre le fonctionnement d’un système budgétaire et de la démarche prévisionnelle.
S’interroger sur la notion de performance
Fournir les éléments et la démarche d’analyse de la situation financière d’une entreprise
Expliciter les avantages et les limites de l’utilisation des critères financiers de choix des investissements
Susciter une planification des financements à court et moyen terme

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel181836Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements

Contrôle de Gestion (14h)
Mesure de la performance, tableaux de bord
Gestion budgétaire

Finance (22h)
Analyse des documents de synthèse (bilan, compte de résultat, tableau de financement)
Choix de l’investissement (VAN, TIR)
Choix des sources de financement
Plan de financement et de trésorerie

8) Bibliographie


Burlaud A. et Simon C. (2000), Comptabilité de Gestion – Coûts/contrôle, Vuibert, Paris
Charreaux Gérard (1994), Finance d’entreprise, Litec, Paris
Eglem Jean-Yves, Philipps André, Christian Raulet et Christiane Raulet (2000), Analyse comptable et financière (8ème éd.), Dunod, Paris.
Gervais Michel (2000), Contrôle de Gestion (7ème éd.), Economica, Paris
Piermay Michel, Hereil Olivier et Lazimi Alain (1998), Mathématiques financières (2ème éd.), Economica, Paris
Raulet Christian, Raulet Christiane et Gouget Christian (2000), Comptabilité analytique et contrôle de gestion, tome 1 et tome 2, Dunod, Paris

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE
Cours
TD : exercices, études de cas d’entreprises, utilisation du logiciel de jeux de simulation : « Shadow Manager »

12) Capacité d’accueil
S9 : Conduite de projet managérial : realisation d’une etude de marche


Numéro de l’UE : GEST 92
Intitulé de l’UE : Conduite de projet marketing

Responsable : Olivier Droulers et Maryvonne Dagnet
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Biologie, Environnement, Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 3ème semestre

Semestre : 9

Objectifs :
L’objectif de ce module est de permettre aux étudiants de réaliser une véritable étude de marché pour une entreprise, une collectivité ou une association.
5) Prérequis

Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel241236Travail personnel36
7) Programme des enseignements

L’étudiant devra chercher un commanditaire, comprendre sa demande et valider cette première étape en rédigeant un projet d’étude.
Le projet d’étude accepté, il devra choisir et mettre en œuvre une méthodologie lui permettant d’atteindre les objectifs demandés par le commanditaire.
Puis il présentera une rapport d’étude de marché qui fera l’objet d’une présentation orale devant un jury comportant un membre de l’équipe pédagogique et, dans la mesure du possible, un membre de l’entreprise « cliente ».

8) Bibliographie

Giannelloni Jean-Luc et Vernette Eric (2001), Etudes de marché (2ème ed.), Vuibert, Paris
Evrard Yves, Pras Bernard et Roux Elyette (1993), Market: études et recherches en marketing. (2ème ed.), Nathan Gestion, Paris,

9) Coefficient

10) Statut

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE

Chaque étude de marché sera réalisée par un groupe de 3 à 4 étudiants. Les cours permettront des rappels méthologiques (et une formation sur un logiciel spécialisé : sphinx) et les TD permettront un suivi personnalisé.

12) Capacité d’accueil






S10 : stratégie de Communication

Numéro de l’UE : GEST 100
Intitulé de l’UE : Stratégie de Communication

Responsable : Olivier Droulers et Sophie Lacoste*
Equipe pédagogique : IUT département GEA
* Fédération Régionale de l’Agriculture biologique (FRAB), Responsable communication

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 2ème semestre

3) Semestre : 10

4) Objectifs :
Etre capable de définir les objectifs de communication et d’estimer le budget de communication nécessaire à l’atteinte des objectifs
Savoir choisir et travailler avec une agence de communication
Savoir répartir les dépenses de communication (équilibre média / hors médias et choix des moyens médias / hors médias) de façon à obtenir le meilleur rapport efficacité / coût.

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotal (équivalent TD)Présentiel241236Travail personnel36
Crédit total de l’UE : 4


7) Programme des enseignements
Les relations Entreprise - Agence
Les différentes fonctions d’une agence de communication (stratégie commerciale, stratégie de création publicitaire, stratégie de diffusion)
Le choix des moyens (média et hors média)
Le choix des médias (phase d’élimination, phase d’évaluation)
Le choix des supports (analyse d’un support, analyse d’une combinaison de supports)
Les moyens hors média

8) Bibliographie

Ouvrages
Caumont Daniel (2001), La publicité, Dunod, Paris
Dordor Xavier (1989), L’esprit Média, InterEditions, Paris.
Brochand Bernard et Lendrevie Jacques (2001), Le Publicitor (5ème ed.), Dalloz, Paris.

Revues :
Stratégie
CB News

9) Coefficient : 2

10) Statut : obligatoire

11) Modalités pédagogiques retenues pour l’UE

12) Capacité d’accueil

S10 : Strategie et Planification marketing


Numéro de l’UE : GEST 101
Intitulé de l’UE : Stratégie et planification marketing

Responsable : Philippe Robert
Equipe pédagogique : IGR

Diplôme dont l’UE fait partie : Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Biologie et Gestion

Parcours : 4ème semestre

3) Semestre : 10

Crédit total de l’UE : 4
4) Objectifs :
Acquérir les principaux concepts et méthodes d'aide au raisonnement stratégique.
Comprendre les différentes options stratégiques que peut suivre une entreprise.
Maîtriser les techniques de diagnostic stratégique
Comprendre les liens existant entre les options stratégiques et les questions d’ingénierie

5) Prérequis
Aucun

6) Contenu des enseignements

CoursTDTPProjetTotalPrésentiel2424Travail personnel24
7) Programme des enseignements

La démarche stratégique
Les étapes du raisonnement stratégique
Gestion stratégique vs gestion opérationnelle
L'identification des métiers de l'entreprise :

Analyse et diagnostic concurrentiels

Le diagnostic d’attractivité
Le diagnostic de compétitivité
Les matrices de gestion d'un portefeuille d'activités.

Conception des manoeuvres stratégiques et pilotage stratégique

Les stratégies génériques : domination par les coûts, différenciation, focalisation.
Le choix des modes de développement : de la spécialisation à la diversification
Pilotage stratégique et planification.

8) Bibliographie

Allouche J.t Schmidt G., 1995, Les outils de la décision stratégique, Paris, La Découverte
Bloch A., 1999, L'intelligence économique, Paris, Economica, 1999
Desreumaux A., 1994, Stratégie, Paris, Dalloz. Helfer J.-P., Kalika M., Orsoni J., 1998, Management (stratégie et organisation), Paris, Vuibert
Pateyron E., 1998, La veille stratégique, Paris, Economica, 1998 Salmon R., 1997, L’intelligence compétitive, Paris, Economica


(UE de Langues

S2 : Langues vivantes etrangereS

Numéro de l’UE : LANG 20 (anglais), 21 (espagnol), 22 (allemand)
Intitulé de l' U E : LV étrangère : anglais, espagnol ou allemand

Responsable(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées
Equipe(s) pédagogique(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées



S3 ET 4 : Langues vivantes etrangereS

Numéro de l’UE : LANG LANG 30 (anglais), 31 (espagnol), 32 (allemand)

Intitulé de l' U E : LV étrangère : anglais, espagnol ou allemand

Responsable(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées
Equipe(s) pédagogique(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées

S5 et 6 : Langues vivantes etrangereS


Numéro de l’UE : LANG 50 (anglais), 51 (espagnol), 52 (allemand)
Intitulé de l' U E : LV étrangère : anglais, espagnol ou allemand

Responsable(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées
Equipe(s) pédagogique(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

L3 : Licence de Biologie Cellulaire, Moléculaire & Physiologie, Licence de Biologie des organismes, Licence de Biochimie et Biologie Moléculaire, Licence de Biologie mention Biologie et Informatique, Licence Sciences de la Vie et de la Terre, Licence pluridisciplinaire

2) Parcours : 3ème année de la licence



3) Semestre n° : un semestre de présentiel & un semestre d’auto-formation



4) Objectifs :
Apprendre à apprendre (accent mis sur travail méthodologique), mettre les compétences linguistiques au services des compétences transversales.
- développer compétences organisationnelles
- développer stratégies de compréhension orale
- développer compétences de communication orale


5) Prérequis :

Compétences enseignées en L1 & L2


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel48h*48hTravail personnel48h48h*24h de présentiel + 24h d’auto-formation (créneau langue fixé à l’année)

Crédit total de l’UE : 2


7) Programme des enseignements :
2 approches de l’apprentissage complémentaires : présentiel + auto-formation
TDs (Groupes de 24 maximum)
Activités variées
Travail en binômes & petits groupes
Expression orale (mises en situation)
Supports variés de vulgarisation scientifique et autres (presse, audio-vidéo, Internet, etc.)

Auto-formation (obligatoire)
Travail au Centre de Ressources des Langues (présence de documentalistes et locuteurs natifs)

Activités :
- entraînement à la compréhension orale (avec, entre autres, le Progiciel Studio-Elang)
- entretien avec locuteur natif
- recherches documentaires
- production de travaux écrits (CV, dossiers thématiques, etc.)


8) Bibliographie :
 HYPERLINK http://www.scelva.univ-rennes1.fr www.scelva.univ-rennes1.fr
(bases de données grammaticales, liens presse, dictionnaires, Studio-Elang, etc.)

9) Coefficient :

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

présentiel (24h) + guidage de l’auto-formation (6h)




12) Capacité d'accueil : 24 étudiants par groupe
S7 ou S8 : Langues Vivantes Etrangères


Numéro de l’UE : LANG 70 (anglais), 71 (espagnol), 72 (allemand)
Intitulé de l' U E : LV étrangère : anglais, espagnol ou allemand

Responsable(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées
Equipe(s) pédagogique(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :

M1 : filière recherche
Master de Sciences de la Vie et de l’Environnement mention Biologie Cellulaire & Physiologie, mention Biologie des organismes, des Populations et des Ecosystèmes, mention Sciences végétales fondamentales, mention bio-informatique
Master de Biochimie et Biologie moléculaire,

2) Parcours :



3) Semestre n° : un semestre de présentiel & un semestre d’auto-formation



4) Objectifs : Autonomie et compétences transversales
Mettre les compétences organisationnelles au service d’activités complexes impliquant compréhension et expression écrites et orales orales (savoir utiliser ses compétences linguistiques en situation).


5) Prérequis :

Compétences enseignées en L3


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel48h*48hTravail personnel48h48h*24h de présentiel + 24h d’auto-formation (créneau langue fixé à l’année)

Crédit total de l’UE : 2

7) Programme des enseignements :
2 approches de l’apprentissage complémentaires : présentiel + auto-formation
TDs (Groupes de 24 maximum)
- Travail en groupes de toutes tailles
- Activités complexes en s’appuyant sur des supports multiples(prise en charge progressive de
l’organisation des activités par les étudiants)
- Expression et communication orales (échanges structurés en situation)
- Productions écrites

Auto-formation (obligatoire)
Travail au Centre de Ressources des Langues (présence de documentalistes et locuteurs natifs)

Activités :
- travail sur documents audio-vidéo & écrits (compréhension, synthèses, etc.)
- entretien avec locuteur natif
- recherches documentaires pour productions écrites qui gagnent en complexité


8) Bibliographie :
 HYPERLINK http://www.scelva.univ-rennes1.fr www.scelva.univ-rennes1.fr
(bases de données grammaticales, liens presse, dictionnaires, Studio-Elang, etc.)

9) Coefficient :

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

présentiel (24h) + guidage de l’auto-formation (6h)




12) Capacité d'accueil : 24 étudiants par groupe








S9 et S10 : Langues vivantes étrangères


Numéro de l’UE : LANG 90 (anglais), 91 (espagnol), 92 (allemand)
Intitulé de l' U E : LV étrangère : anglais, espagnol ou allemand

Responsable(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées
Equipe(s) pédagogique(s) : Service Commun d’Etude des Langues Vivantes Appliquées



1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention biologie et gestion, mention Environnement spécialité Environnement et Droit et spécialité Vie et Environnement : Gestion intégrée des Bassins versants


2) Parcours : 2ème année des masters



3) Semestre n° : un semestre de présentiel & un semestre d’auto-formation



4) Objectifs :
Travail sur projet en privilégiant les compétences transversales ; mettre ses compétences linguistiques au service des compétences transversales.
Présentations écrites et orales liées au monde de l’entreprise



5) Prérequis :

Compétences enseignées en M1 (filière pro)


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel48h*48hTravail personnel48h48h*24h de présentiel + 24h d’auto-formation (créneau langue fixé à l’année)

Crédit total de l’UE : 


7) Programme des enseignements :
2 approches de l’apprentissage complémentaires : alternance de présentiel et d’auto-formation
- Travail autour de la structuration de travaux écrits & présentations orales
- Préparation de réunions
- Perfectionnement des compétences linguistiques
- Possibilité de travail en collaboration avec des collègues scientifiques et/ou du monde
de l’entreprise

8) Bibliographie :
 HYPERLINK http://www.scelva.univ-rennes1.fr www.scelva.univ-rennes1.fr
(bases de données grammaticales, liens presse, dictionnaires, Studio-Elang, etc.)

9) Coefficient :

10) Statut :

obligatoire (

optionnel


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

présentiel (24h) + guidage de l’auto-formation (6h)




12) Capacité d'accueil : 24 étudiants par groupe
















((UE de Droit
S 1 : Droit communautaire II

Numéro de l’UE :
Intitulé de l' U E : Droit communautaire II

Responsable(s) : Joël LEBULLENGER professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Daniel GADBIN, professeur et C. Dekcourt maître de conférences IODE-CEDRE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Maîtrise en Droit
Quatrième année semestre 8 master Sciences de la Vie et de la santé mention Droit et Environnement

2) Parcours : S 8 année 4 master droit et environnement

3) Semestre n° : 1

4) Objectifs :
Appréhender la politique agricole commune au sein de l’Union européenne et les politiques d’aménagement du territoire

5) Prérequis :
UE introduction au droit
UE Droit économique international et communautaire
UE Droit de l’environnement
UE Institutions européennes

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3838Travail personnel1212
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :
S 2 : Introduction au Droit

Numéro de l’UE : DRT 20
Intitulé de l' U E : Introduction au Droit

Responsable(s) : Eric GHERARDI, maître de conférences
Equipe(s) pédagogique(s) : Marion DEL SOL et; Thierry HAMON, maîtres de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
DEUG Droit
Licence de Biologie mention Biologie des organismes

2) Parcours : licence, année 1, semestre 2

3) Semestre n° : 2

4) Objectifs :
Découvrir le droit en tant que discipline ; appréhender le droit en tant que phénomène et technique, découvrir les sources du droit.

5) Prérequis :
Baccalauréat de préférence général
Connaissances historiques, philosophiques et sociologiques fin du cursus études secondaires

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2525Travail personnel1515
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

L'APPREHENSION DU PHENOMENE JURIDIQUE
L'IDENTIFICATION DE LA REGLE DE DROIT
LES FONDEMENTS DU DROIT
LA TECHNIQUE JURIDIQUE
LES GRANDS SYSTEMES DE DROIT CONTEMPORAINS
LE DROIT OBJECTIF
LES SOURCES DE LA REGLE DE DROIT
L'INTERPRETATION DE LA REGLE DE DROIT

8) Bibliographie :
AUBERT J.-L. :
"Introduction au droit et thèmes fondamentaux du droit civil"
Ed. A. Colin, coll. U Droit
BEAUDET Ch. :
"Introduction générale et historique à l'étude du droit"
Ed. C.P.U. (Centre de publications universitaires)
CABRILLAC R. :
"Introduction générale au droit"
Ed. Dalloz, coll. Cours
CHABAS F. :
"Leçons de droit civil. Introduction à l'étude du droit" (tome 1)
Ed. Montchrestien, coll. Leçons de droit civil

9) Coefficient : 1

10) Statut :

obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 3 : Institutions administratives

Numéro de l’UE : DRT 30
Intitulé de l' U E : Institutions administratives

Responsable(s) : E. GHERARDI, maître de conférences
Equipe(s) pédagogique(s) : Francis CHAUVIN, professeur ; Xavier VOLMERANGE,
C. DELCOURTmaîtres de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
DEUG Droit
Licence de Biologie mention Biologie des organismes

2) Parcours : S 3 année 2 licence Biologie des organismes

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs : Découvrir l’organisation administrative de la France.

5) Prérequis :
UE introduction au droit
Connaissances historiques, géographiques fin de cursus études secondaires

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2525Travail personnel1212
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :
L’administration d’Etat (services centraux, services déconcentrés) ; l’administration décentralisée (fonctionnement et compétences du conseil régional, général et municipal).

8) Bibliographie :
F. CHAUVIN : Administration de l’Etat, mémento Dalloz ; O. GOHIN, Institutions administratives, Montchrestien,
C. GUETTIER, Institutions administratives, cours Dalloz ;
J. MOREAU, Administration régionale départementale et municipale ;
H. OBERDOFF, Les institutions administratives, Cours Dalloz.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :
S 3 : Institutions européennes

Numéro de l’UE : DRT 31
Intitulé de l' U E : Institutions européennes

Responsable(s) : E. GHERARDI, maître de conférences
Equipe(s) pédagogique(s) : Joël LEBULLENGER, professeur ; Loïc MARION,
C. DELCOURTmaîtres de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
DEUG Droit
Licence de Biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : Année 2, semestre 3

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs :

5) Prérequis :
UE introduction au droit
Connaissances historiques, géographiques fin de cursus études secondaires

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2525Travail personnel1515
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements : Structuration institutionnelle du continent européen, structure institutionnelle de l’Union européenne (Les institutions décisionnelles et les institutions de contrôle).

8) Bibliographie : H. RENOUT, Institutions européennes, Cours de Paris ; J-L SAURON, Institutions européennes, Gualino éditeur ; J-C. GAUTRON, Droit européen ; C. HOUTEER, La construction européenne, Nathan Université

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 5 et 6 : Droit Administratif

Numéro de l’UE : DRT
Intitulé de l' U E : Droit administratif

Responsable(s) :Marie-Laure MOQUET-ANGER, professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Marie-Laure MOQUET-ANGER, Jacques PETIT professeurs

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
DEUG Droit
Licence de Biologie mention Biologie des organismes

2) Parcours : Année 3 licence

3) Semestre n° : 5 et 6

4) Objectifs :
Découvrir la spécificité des règles qui organisent l’administration et gouvernent ses relations avec les usages à travers la jurisprudence, le droit des contrats et els principes de la repsonsabilité administrative.

5) Prérequis :
UE introduction au droit ou niveau équivalent
UE Relations européennes ou niveau équivalent

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel7232104Travail personnel3030
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 5 et 6 : Droit des Obligations

Numéro de l’UE : DRT 50
Intitulé de l' U E : Droit des obligations

Responsable(s) :Marie-Laure MOQUET-ANGER, professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Sylvie HENNION-MOREAU, professeur ; Afif DAHER, maître de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
DEUG Droit
Licence de biologie mention Biologie des Organismes

2) Parcours : S 5 et 6 année 3 licence de Biologie mention biologie des organismes

3) Semestre n° : 5 et 6

4) Objectifs :
Découvrir la notion et le régime des obligations : des liens de droit pouvant exister entre les personnes. A travers essentiellement le Code civil et l’étude des mécanismes de formation et d’exécution du droit des contrats et de la responsabilité civile.

5) Prérequis : UE introduction au droit

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel7232104Travail personnel3030
Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 7 : Droit de l’environnement

Numéro de l’UE : DRT 70
Intitulé de l' U E : Droit de l’environnement

Responsable(s) : Jean DHOMMEAUX, professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Véronique INSERGUET-BRISSET maître de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Maîtrise en Droit
Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Droit et Environnement

2) Parcours : S 7 année 1 master droit et environnement

3) Semestre n° : 7

4) Objectifs :

5) Prérequis :
UE introduction au droit
UE Droit administratif
UE Droit des obligations

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel37,560 ou 24Travail personnel1230 ou 12
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 8 : Droit économique international et communautaire

Numéro de l’UE : DRT 80
Intitulé de l' U E : Droit économique international et communautaire I

Responsable(s) : Joël LEBULLENGER professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : IODE-CEDRE

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Maîtrise en Droit
Quatrième année semestre 8 master environnement et droit

2) Parcours : S 8 année 1 master environnement et droit

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :

5) Prérequis :
UE introduction au droit
UE Droit administratif
UE Institutions européennes

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3838Travail personnel1515 
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 8 : Droit rural

Numéro de l’UE : DRT 81
Intitulé de l' U E : Droit rural

Responsable(s) : Anne KARM professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Véronique BARABE-BOUCHARD maître de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Maîtrise en Droit, Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Droit et Environnement

2) Parcours : S 8 année 4 master droit et environnement

3) Semestre n° : 8

4) Objectifs :

5) Prérequis :
UE introduction au droit
UE Droit administratif
UE Droit des obligations

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3838Travail personnel1212
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :

S 9 : Droit de l’urbanisme


Numéro de l’UE : DRT 90
Intitulé de l' U E : Droit de l’urbanisme

Responsable(s) : Jean DHOMMEAUX professeur
Equipe(s) pédagogique(s) : Jean-Paul MARTIN maître de conférences

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Maîtrise en Droit
Master professionnel Sciences de la Vie et de la Santé mention Droit et Environnement

2) Parcours : S 9 année 2 master droit et environnement

3) Semestre n° : 9/10

4) Objectifs :

5) Prérequis :
UE introduction au droit
UE Droit administratif

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel3838Travail personnel1212
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements :

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :
((UE de Culture Générale
S 2 : Communication animale et humaine

Numéro de l’UE : BIO 204
Intitulé de l' U E : Communication animale et humaine

Responsable(s) : Laurence HENRY
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : 1ière et/ou 2ième année de la licence de biologie (pour toutes les mentions) et de la licence de biochimie et de biologie moléculaire

2) Parcours : 1ière et/ou 2ième année

3) Semestre n° :S2

Objectifs :
Cette unité d'enseignements propose une approche éthologique de la communication chez l'animal et chez l'Homme. Nous aborderons entre autre les aspects de la communication verbale et non verbale humaine, le développement et l'origine du langage.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel16824Travail personnel12416
Crédit total de l’UE : 2
Programme des enseignements :
Cours
Définitions
Les différents canaux de communication (2h)
La communication animale (8h)
La communication humaine (6h)
La communication verbale et non verbale Le développement du langage
L'origine du langage et des langues
TD
Les différents modes de communication chez les diverses espèces animales : analyse
de documents vidéo et de données expérimentales (2h30)
Analyse de la communication humaine : gestualité, gestion des distances interindividuelles (2h30)
Analyse d'articles sur la communication animale et humaine et exposés par les étudiants (3h).

Bibliographie :
Le langage : de l'animal aux origines du langage humain. J. - A. Rondal. Mardaga. 2000.
Les langues du monde. Dossier Pour la science. 1999.

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel SYMBOL 114 \f "Webdings" \s 12r

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Analyse d'articles et exposés par les étudiants

12) Capacité d'accueil : sans limite d'accueil

S 2 :Histoire de la biologie

Numéro de l’UE : BIO 205
Intitulé de l' U E : Histoire de la biologie

Responsable(s) : C. BLOIS-HEULIN
Equipe(s) pédagogique(s) : éthologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Optionnel pour toutes les licences de biologie

2) Parcours : 1° année licence

3) Semestre n° : 2

4) Objectifs :
Se repérer dans l’histoire de l’étude du monde vivant. Un accent particulier est mis sur les théories de l'évolution.
La biologie fut d’abord médecine, pharmacie et histoire naturelle. L’idée même que le vivant en tant que tel puisse être objet de science n’apparaît qu’avec Lamarck, à la fin du XVIIIe siècle, inventeur du terme de biologie. La biologie se prête mal à une histoire linéaire. Elle est faite de nombreux courants parallèles et a connu des paradigmes multiples : Aristotélisme, Averroïsme, préformationnisme, fixisme, transformisme, darwinisme, théorie puis biologie cellulaire, génétique formelle puis génétique moléculaire, néodarwinisme… L’histoire de ses tâtonnements et de ses controverses est riche et colorée. Des personnages hors du commun émaillent un cheminement hésitant, souvent austère. L’intensité de ses controverses en fait un excellent sujet d’histoire et de philosophie des sciences.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel20424Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 7 ou 2
7) Programme des enseignements :
1. les grandes étapes de l'histoire de la biologie: des hommes et des idées
De l’antiquité à la Renaissance………………………………………………………..9h
Origine et définitions de la science 
La biologie en Mésopotamie et en Egypte
L’apport de la civilisation Chinoise
Naturalistes et médecins de l’antiquité gréco-romaine : Hippocrate, Galien, Pline
Le Moyen Age :
Le monde étrange de la scolastique : les quatre variantes de la ressemblance
Le rôle proéminent des naturalistes et médecins arabes : Avicenne, Averroes
La Renaissance :
Une histoire naturelle en retard philosophique sur son temps : Pierre Belon, Gesner, Aldrovandi, Albert le Grand
Les médecins et anatomistes redécouvrent l’observation : Léonard de Vinci, Vésale
les naturalistes explorateurs et la diversité du monde vivant
De Descartes à Buffon…………………………………………………………………..6h
La philosophie moderne commence avec Descartes, l’histoire naturelle moderne seulement avec Buffon
- Vers la théorie de l’évolution
- description et classification (Linné, Tournefort)
analyse des fossiles (Ray, Owen)
Anatomie comparée (Cuvier, Geoffroy Saint- hilaire)
- Du transformisme (Lamark) au concept de sélection naturelle (Darwin)
La biologie contemporaine……………………………………………………………..6h
L’unité de la vie : la théorie cellulaire
La génétique : De Gregor Mendel à la biologie moléculaire le néo-darwinisme

2. Controverses sur la conception de la place de l'homme dans la nature………….3h

8) Bibliographie :
Ouvrage :
Les sciences au Moyen-Age. Oct.2002. Dossier pour la science.
Histoire et philosophie des sciences. 2000. n°31. Hors-Série Sciences Humaines.
Homme/Animal : des frontières incertaines. 2000 n°108. Sciences Humaines.
Du scribe au savant. Les porteurs du savoir de l'antiquité à la révolution industrielle. 2000.Y. Gingra, P. Keating et C. Limoges. Puf, Science histoire et société.
Histoire de la biologie. 1989. E. Mayr. Fayard, le temps de sciences
Aux origines de l’humanité. 2001. Vol. 2 Le propre de l’homme. Fayard.

Sites internet – liste non-exhaustive:
 HYPERLINK "http://www.infoscience.fr/index.php3" http://www.infoscience.fr/index.php3
 HYPERLINK "http://coll-ferry-montlucon.pays-allier.com/gdscient.htm" http://coll-ferry-montlucon.pays-allier.com/gdscient.htm
 HYPERLINK "http://www.cegep-st-laurent.qc.ca/depar/physique/hisCope.htm" http://www.cegep-st-laurent.qc.ca/depar/physique/hisCope.htm
 HYPERLINK "http://pst.chez.tiscali.fr/histoire.htm" http://pst.chez.tiscali.fr/histoire.htm
 HYPERLINK "http://www.ulg.ac.be/omp/medicinale.html" http://www.ulg.ac.be/omp/medicinale.html
 HYPERLINK "http://perso.wanadoo.fr/sos.philosophie/auteurs.htm" http://perso.wanadoo.fr/sos.philosophie/auteurs.htm
 HYPERLINK "http://grenier2clio.free.fr/egypte/osiris.htm" http://grenier2clio.free.fr/egypte/osiris.htm
 HYPERLINK "http://classes.bnf.fr/dossitsm/b-gesner.htm" http://classes.bnf.fr/dossitsm/b-gesner.htm
 HYPERLINK "http://scienceworld.wolfram.com/biography/Al-Khwarizmi.html" http://scienceworld.wolfram.com/biography/Al-Khwarizmi.html

9) Coefficient : 1

10) Statut :
obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil :


S 2 : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 1

Numéro de l’UE : BIO 206 
Intitulé de l' U E : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 1

Responsable(s) : Roger Gautun
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
licences Sciences de la Vie et de la Terre, licence Pluridisciplinaire, licence de biologie et licence de biochimie et biologie moléculaire

2) Parcours : 1ème année des licences

3) Semestre n° 2

4) Objectifs :
Identifier et caractériser les différents métiers de l’enseignement dans le système éducatif
Engager un processus de formation professionnalisante
Identifier les dimensions pédagogique et didactique dans les processus d’enseignement et d’apprentissage

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel1266-24Travail personnel16
Crédit total de l’UE : 2
7) Programme des enseignements:
Les CM porteront sur :
L’éducation et le système éducatif français (2h)
Les métiers dans l’enseignement
La formation dans les IUFM (2h)
Les professeurs des écoles (2h)
Les professeurs de lycée de l’enseignement technologique (2h)
Les enseignants-cherhceurs (2h)
Histoire de l’école et du système éducatif (4h)
Les TD ont pour objectif d’illustrer certains points précis à savoir :
Pédagogie et didactique
Les sciences de l’éducation
Les compétences des métiers de l’enseignement et les stratégies de formation
Place et enjeu de l’enseignement scientifique
Les TP :
Mise en place et encadrement d’activités scientifiques en milieu scolaire
Enquête auprès des professionnels
Ou
Travail d’observation à partir de séquences vidéo de situations d’enseignement

8) Bibliographie :

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire
optionnel (

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :
Alternance de cours, travaux personnels et de groupes
Témoignage sous forme de conférences par des professionnels de l’éducation
Accès à un cours en ligne

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil
S 5 : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 2

Numéro de l’UE : BIO 524 
Intitulé de l' U E : Initiation aux Métiers de l’Enseignement 2

Responsable(s) : S. Barbu
Equipe(s) pédagogique(s) : Ethologie

1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
obligatoire pour les licences Sciences de la Vie et de la Terre et Pluridisciplinaire mention biologie

2) Parcours : 3ème année des licences

3) Semestre n° 5

4) Objectifs :
Cette Unité d’Enseignement doit permettre à l’étudiant (i) d’acquérir des connaissances sur le système éducatif et sur la psychologie de l’enfant et de l’adolescent (ii) de se sensibiliser aux métiers de l’enseignement auxquels il se destine par une expérience en établissement.

5) Prérequis : aucun

6) Contenu des enseignements:

CoursCours/T. D.*T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel2299-2060Travail personnel60* : les cours/TD sont organisés par groupe de 40 étudiants

Crédit total de l’UE : 7
7) Programme des enseignements:
Les CM porteront sur :
L’histoire de la psychologie du développement et des connaissances de l’enfant (2h)
L’enfant à l’école maternelle et primaire (6h)
L’adolescence (6h)
Les rythmes scolaires (2h)
L’étude de l’intelligence (2h)
Histoire de l’école et du système éducatif (4h)
Les TD ont pour objectif d’illustrer certains points précis à savoir :
Le groupe classe et sa dynamique (2h)
Le développement intellectuel et les troubles de l’apprentissage (2h)
L’évaluation psychologique des compétences cognitives (2h)
Histoire de l’école et du système éducatif : analyse de texte et exposés (3h)
Les TP s’articulent autour de la réalisation d’un stage en établissement, visant à la préparation du stage (3h), à l’exploitation des observations (3h), et à la présentation orale du stage (3h).

8) Bibliographie :
Tourette & Guidetti (1994). Introduction à la psychologie du développement. Du bébé à l’adolescent. Ed. Armand Colin.
Dumas (1999). Psychopathologie de l’enfant et de l’adolescent. Ed De Boeck.
Lieury (2000). Introduction à la psychologie. Ed Dunod.
Nicolas (2001). Histoire de la Psychologie. Ed Dunod.

9) Coefficient : 3

10) Statut : obligatoire (
optionnel

11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :

12) Capacité d'accueil : sans limite d’accueil



S2 : Arts culinaires 1


Numéro de l’UE : BIO 208
Intitulé de l' U E : Arts culinaires 1

Responsable(s) :Georges Le Roux
Equipe(s) pédagogique(s) : Génie culinaire Lycée Hôtelier de Dinard


1) Diplôme(s) dont l'UE fait partie : Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Biologie mention Biologie cellulaire et Physiologie


2) Parcours : 1ère année des licences


3) Semestre n° : 2

4) Objectifs : Acquisition des connaissances basiques concernant le milieu de la restauration commerciale et les techniques culinaires :
locaux, matériels, postes de travail et outillage
les pratiques culinaires
étude des différents caloporteurs
réactions des nutriments à la chaleur
études pour la confection des potages, des sauces, des œufs
études des cuissons rapides et des cuissons longues
études des différentes pâtes sucrées
connaissance du marché de la restauration.
L’histoire de la cuisine

5) Prérequis : néant


6) Contenu des enseignements:

CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel93948Travail personnel48
Crédit total de l’UE : 


Programme des enseignements :

Programme des travaux pratiques de cuisine

SemaineDateThèmesObjectifs117/1Approche Présentation
Des locaux, des matériels, des postes de travail
Des procédures d’utilisation et des protocoles de nettoyage
Présentation de différents ingrédients et des vecteurs de chaleur224/1Taillages de basePratiques culinaires
Présentation des couteaux et utilisation
Réalisation de taille de base
Cuissons courtes de légume
Utilisation du vocabulaire culinaire de base331/1Les potages Les échanges
mise en évidence du rôle du sel
réalisations pratiques de différents potages
analyse des échanges lors de cuisson dans un liquide
taillage de base et cuisson avec recherche et application pour les soupes de bases47/2Les sauces de base Réalisation de sauce
explication de la démarche culinaire lors des réalisations de sauces
définition de sauces classiques
réalisation de sauces émulsionnée514/2Les cuissons courtesApproche gustative
les différentes réactions des nutriments à la chaleur
réalisation et analyse de tests organoleptiques
finition et mise au point de sauces courtes 621/2La pâtisserieLa pâtisserie en cuisine
les différentes pâtes de base
les utilisations possibles
réalisation pratique d’entremet, présentation et critiques714/3Le marché français
L’histoire de la cuisine
Le consommateur Le marché
l’importance de la restauration dans notre culture française
l’histoire de la gastronomie de l’antiquité à nos jours
Que sera le marché demain ?
les différentes attentes et réactions du consommateur français
l’offre de la restauration française et ses typicités821/3Les œufsLes ovo produits
Le marché français et les différents produits disponibles
les différents critères de fraîcheur
les différents apprêts et cuissons à base d’œuf928/3Les viandes
et les cuissons longuesLes cuissons longues
Approche des cuissons complexes et des phénomènes physico-chimiques recherchés
Définition des règles de base et procédures à suivre
Application avec différentes cuissons et morceaux de viande
réalisation de garnitures
présentation d’assiettes et critiques104/4Les poissons Les produits de la pêche
Le marché français et les différents produits disponibles
les différents critères de fraîcheur
Les différentes actions préliminaires
Les sauces à base de poisson
Les cuissons
réalisation de garnitures
présentation d’assiettes et critiques1111/4Les volaillesL’utilisation des volailles
Le marché français et les différents produits disponibles
les différents critères de fraîcheur
les préparations préliminaires
les cuissons de base applicable aux volailles
réalisation de garnitures
présentation d’assiettes et critiques1218/4EvaluationEvaluation sommative des acquis
Evaluation écrite sous forme de DS d’une durée de 2 heures
Travaux pratiques de 3 heures avec Evaluation sommative des exercices imposés
présentation d’assiettes et critiques

8) Bibliographie : Biochimie biologie alimentaire Lavoisier
Le guide culinaire Escoffier
Le grand Livre de la cuisine de Alain Ducasse
La cuisine de référence Michel Maincent


9) Coefficient : 1

10) Statut : obligatoire

optionnel (


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


12) Capacité d'accueil : 24




S3 : Arts culinaires 2


Numéro de l’UE : BIO 314

Intitulé de l' U E : Arts culinaires2

Responsable(s) : Georges Le Roux
Equipe(s) pédagogique(s) :Professeurs de génie culinaire du Lycée Hôtelier de Dinard


Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Biologie mention Biologie cellulaire et Physiologie

2) Parcours : 2ème année des licences

3) Semestre n° : 3

4) Objectifs : Acquisition des bases culinaires, connaissance du marché de la restauration et démarche de créativité culinaire. Cet apprentissage est nécessaire pour une éventuelle poursuite d’études en licence professionnelle « arts culinaires industrialisés », ce module peut également orienter les étudiants pour une poursuite d’études vers l’agroalimentaire.

5) Pré Requis :

Module « arts culinaires 1 » ou équivalent


6) Contenu des enseignements:


CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel154560 Travail personnel82260
Crédit total de l’UE : 7


7) Programme des enseignements :

ARTS CULINAIRES
Thème centraltechniques culinairesApproche thématiqueTravail personnelCours 1Approche globalePlanning annuel, rotation des travauxMise en place des documents, développements des différents thèmesrépartition des travaux à présenterCours 2Les fruits en cuisineSalés / Sucrés, aigre / doux, crus / cuitsÉléments de garniture d'accompagnement, associations diversesLa place des fruits dans l' alimentationCours 3Les pâtes et farinagesA partir de P.A.IAnalyse, contenu / contenant, tendances actuellesLes pâtes dans les hors d'œuvre chaudsCours 4Les saucessauces courtes, sauces émulsionnées chaudes, sauces à base de vinElaboration de fiches de dégustation, analyse sensorielle à partir d'application(s) concrète(s)les tendances actuellesCours 5Les produits de la merCarpaccio de poisson, coquillages à l'orange, beignets, accras, poissons marinés, poissons crus et cuitsLa place des produits de la mer dans l'alimentationLes algues et dérivéesCours 6Les légumesFlans, mousses, gratins, granités, pudding, mini légumesformes commerciales, les légumes: évolution et perspective d'utilisationsLes légumes comme garniture d'accompagnement
8) Bibliographie : les cuisines du monde LANORE
La cuisine des terroirs RJ. COURTINE
Histoire de la cuisine et des cuisiniers NEIRINCK et POULAIN


9) Coefficient :

10) Statut :
obligatoire

optionnel (


11) Modalités pédagogiques retenues pour l'UE. (dont enseignement non présentiel et mode d'accompagnement en Formation Continue) :


S4 : Arts culinaires 3


Numéro de l’UE : BIO 412

Intitulé de l' U E : Arts culinaires 3

Responsable(s) :Georges Le Roux
Equipe(s) pédagogique(s) :Professeurs de génie culinaire du Lycée Hôtelier de Dinard


Diplôme(s) dont l'UE fait partie :
Licence de Biochimie et Biologie moléculaire, Licence de Biologie toutes mentions

2) Parcours : 2ème année des licences

3) Semestre n° : 4

4) Objectifs : Acquisition des bases culinaires, connaissance du marché de la restauration et démarche de créativité culinaire. Cet apprentissage est nécessaire pour une éventuelle poursuite d’études en licence professionnelle « arts culinaires industrialisés », ce module peut également orienter les étudiants pour une poursuite d’études vers l’agroalimentaire.

5) Pré Requis :

Module « arts culinaires 1 et 2 » ou équivalent



6) Contenu des enseignements:


CoursT. D.T. P.ProjetStage de terrain, excursionsTOTALPrésentiel154560 Travail personnel82260
Crédit total de l’UE : 7 


7) Programme des enseignements :

DEUG
2e année : Introduction aux arts culinairesModule 1Thème centraltechniques culinairesApproche thématiqueTravail personnel

Cours 7Les salades composéesTechniques d'assemblage des différents gammes, association éléments crus et cuitsAnalyse de la mise en œuvre de la présentation (couleur, forme, volume), compatibilité des saveurs et accords possiblesLa place des salades dans l' alimentation
Thème central
techniques culinaires
Approche thématique
Travail personnelCours 8Desserts 1gratin de fruits, mousses, salades, sorbets, granités, soufflésClassification, dénomination, tendances contemporainesLes fruits exotiques
Cours 9
Desserts 2Les crèmescomparaisons avec P.A.I, analyse sensorielle comparativeLe goût dans la société occidentale
Cours 10
La cuisine régionale 1La BretagneIdentité réelle et imaginaire, aliments dominants, UWXfghxy’“”•–—˜¢£¤½¾¿ÀÁÕÖïðñòó  + , - . / \ ] v øôìôìà×É׸É×ÉתŸ×É׎É×É×É×}É×É×É×lÉ×É×É× jqh FôUmHnHu jöh FôUmHnHu j{h FôUmHnHu *h FômHnHu jðð *h FômHnHu jh FôUmHnHujh FôUmHnHuh FômHnHu jðh FômHnHujh FôUh Fô
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